data_4DYB
#
_model_server_result.job_id            BrgbQxJD-782xlS0hEV6xA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-05 01:16:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4dyb 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    4DYB 
#
_exptl.entry_id    4DYB 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              582.027 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-[4-chloranyl-5-[4-[[3-(2-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]carbonyl]piperazin-1-yl]-2-nitro-phenyl]thiophene-2-carboxamide 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4DYB 
_cell.length_a            145.796 
_cell.length_b            145.796 
_cell.length_c            145.796 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4DYB 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        198 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 3' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,E 1 1,2,3 
B,D,F 2 1,2,3 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 8_544 -z,x-1/2,-y-1/2 0 0 -1 1 0 0 0 -1 0 0 -72.898 -72.898 
3 'crystal symmetry operation' 11_545 y+1/2,-z-1/2,-x 0 1 0 0 0 -1 -1 0 0 72.898 -72.898 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
#
_chem_comp.formula           'C27 H24 Cl N5 O6 S' 
_chem_comp.formula_weight    582.027 
_chem_comp.id                0MH 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-[4-chloranyl-5-[4-[[3-(2-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]carbonyl]piperazin-1-yl]-2-nitro-phenyl]thiophene-2-carboxamide 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O33 N32 0MH doub 1 n n 
C3 C6 0MH sing 2 n y 
C3 C9 0MH doub 3 n y 
C6 C18 0MH doub 4 n y 
C9 S39 0MH sing 5 n y 
N32 O36 0MH sing 6 n n 
N32 C14 0MH sing 7 n n 
C18 S39 0MH sing 8 n y 
C18 C21 0MH sing 9 n n 
N31 C21 0MH sing 10 n n 
N31 C13 0MH sing 11 n n 
C14 C13 0MH doub 12 n y 
C14 C8 0MH sing 13 n y 
C21 O35 0MH doub 14 n n 
C13 C7 0MH sing 15 n y 
C8 C16 0MH doub 16 n y 
C7 C12 0MH doub 17 n y 
C16 C12 0MH sing 18 n y 
C16 CL4 0MH sing 19 n n 
C12 N29 0MH sing 20 n n 
C22 N29 0MH sing 21 n n 
C22 C24 0MH sing 22 n n 
N29 C23 0MH sing 23 n n 
C24 N30 0MH sing 24 n n 
C23 C25 0MH sing 25 n n 
N30 C25 0MH sing 26 n n 
N30 C20 0MH sing 27 n n 
C20 O34 0MH doub 28 n n 
C20 C11 0MH sing 29 n n 
C27 O38 0MH sing 30 n n 
C5 C2 0MH doub 31 n y 
C5 C15 0MH sing 32 n y 
C2 C1 0MH sing 33 n y 
O38 C15 0MH sing 34 n n 
C15 C10 0MH doub 35 n y 
C11 C17 0MH sing 36 n y 
C11 C19 0MH doub 37 n y 
C1 C4 0MH doub 38 n y 
C10 C4 0MH sing 39 n y 
C10 C17 0MH sing 40 n n 
C17 N28 0MH doub 41 n y 
C26 C19 0MH sing 42 n n 
C19 O37 0MH sing 43 n y 
N28 O37 0MH sing 44 n y 
C1 H1 0MH sing 45 n n 
C2 H2 0MH sing 46 n n 
C3 H3 0MH sing 47 n n 
C4 H4 0MH sing 48 n n 
C5 H5 0MH sing 49 n n 
C6 H6 0MH sing 50 n n 
C7 H7 0MH sing 51 n n 
C8 H8 0MH sing 52 n n 
C9 H9 0MH sing 53 n n 
C22 H10 0MH sing 54 n n 
C22 H11 0MH sing 55 n n 
C23 H12 0MH sing 56 n n 
C23 H13 0MH sing 57 n n 
C24 H14 0MH sing 58 n n 
C24 H15 0MH sing 59 n n 
C25 H16 0MH sing 60 n n 
C25 H17 0MH sing 61 n n 
C26 H18 0MH sing 62 n n 
C26 H19 0MH sing 63 n n 
C26 H20 0MH sing 64 n n 
C27 H21 0MH sing 65 n n 
C27 H22 0MH sing 66 n n 
C27 H23 0MH sing 67 n n 
N31 H24 0MH sing 68 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4DYB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006859 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006859 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006859 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 0MH A 1 601 1 0MH LG1 . 
D 2 0MH B 1 601 1 0MH LG1 . 
E 3 HOH A 1 701 1 HOH HOH . 
E 3 HOH A 2 702 2 HOH HOH . 
E 3 HOH A 3 703 3 HOH HOH . 
E 3 HOH A 4 704 4 HOH HOH . 
E 3 HOH A 5 705 6 HOH HOH . 
E 3 HOH A 6 706 7 HOH HOH . 
E 3 HOH A 7 707 8 HOH HOH . 
E 3 HOH A 8 708 11 HOH HOH . 
E 3 HOH A 9 709 12 HOH HOH . 
E 3 HOH A 10 710 14 HOH HOH . 
E 3 HOH A 11 711 15 HOH HOH . 
E 3 HOH A 12 712 16 HOH HOH . 
E 3 HOH A 13 713 18 HOH HOH . 
F 3 HOH B 1 701 5 HOH HOH . 
F 3 HOH B 2 702 9 HOH HOH . 
F 3 HOH B 3 703 10 HOH HOH . 
F 3 HOH B 4 704 13 HOH HOH . 
F 3 HOH B 5 705 17 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 0MH . . . D 2 0.293 -29.355 14.092 1 47.46 ? C1 0MH 601 B 1 
HETATM 2 C C2 0MH . . . D 2 -0.623 -30.115 13.358 1 47.43 ? C2 0MH 601 B 1 
HETATM 3 C C3 0MH . . . D 2 -4.882 -38.548 12.57 1 52.92 ? C3 0MH 601 B 1 
HETATM 4 C C4 0MH . . . D 2 1.397 -28.784 13.457 1 47.31 ? C4 0MH 601 B 1 
HETATM 5 C C5 0MH . . . D 2 -0.436 -30.303 11.99 1 47.12 ? C5 0MH 601 B 1 
HETATM 6 C C6 0MH . . . D 2 -3.666 -37.933 12.989 1 52.89 ? C6 0MH 601 B 1 
HETATM 7 C C7 0MH . . . D 2 0.721 -35.023 12.85 1 52.88 ? C7 0MH 601 B 1 
HETATM 8 C C8 0MH . . . D 2 1.614 -35.535 15.456 1 52.95 ? C8 0MH 601 B 1 
HETATM 9 C C9 0MH . . . D 2 -5.215 -38.224 11.273 1 52.87 ? C9 0MH 601 B 1 
HETATM 10 C C10 0MH . . . D 2 1.583 -28.97 12.087 1 47.42 ? C10 0MH 601 B 1 
HETATM 11 C C11 0MH . . . D 2 3.609 -29.005 10.535 1 47.71 ? C11 0MH 601 B 1 
HETATM 12 C C12 0MH . . . D 2 1.911 -34.45 13.309 1 52.74 ? C12 0MH 601 B 1 
HETATM 13 C C13 0MH . . . D 2 -0.011 -35.859 13.702 1 52.95 ? C13 0MH 601 B 1 
HETATM 14 C C14 0MH . . . D 2 0.437 -36.108 14.998 1 52.99 ? C14 0MH 601 B 1 
HETATM 15 C C15 0MH . . . D 2 0.667 -29.73 11.354 1 47.51 ? C15 0MH 601 B 1 
HETATM 16 C C16 0MH . . . D 2 2.341 -34.708 14.611 1 52.86 ? C16 0MH 601 B 1 
HETATM 17 C C17 0MH . . . D 2 2.733 -28.381 11.446 1 47.55 ? C17 0MH 601 B 1 
HETATM 18 C C18 0MH . . . D 2 -3.111 -37.158 11.992 1 53.02 ? C18 0MH 601 B 1 
HETATM 19 C C19 0MH . . . D 2 4.516 -28.019 10.237 1 47.2 ? C19 0MH 601 B 1 
HETATM 20 C C20 0MH . . . D 2 3.602 -30.368 9.974 1 48.55 ? C20 0MH 601 B 1 
HETATM 21 C C21 0MH . . . D 2 -1.865 -36.369 12.032 1 53.01 ? C21 0MH 601 B 1 
HETATM 22 C C22 0MH . . . D 2 2.547 -33.695 11.02 1 51.03 ? C22 0MH 601 B 1 
HETATM 23 C C23 0MH . . . D 2 2.702 -32.202 12.982 1 51.25 ? C23 0MH 601 B 1 
HETATM 24 C C24 0MH . . . D 2 3.662 -32.883 10.36 1 50.1 ? C24 0MH 601 B 1 
HETATM 25 C C25 0MH . . . D 2 3.736 -31.337 12.263 1 50.04 ? C25 0MH 601 B 1 
HETATM 26 C C26 0MH . . . D 2 5.697 -27.948 9.367 1 47.03 ? C26 0MH 601 B 1 
HETATM 27 C C27 0MH . . . D 2 -0.12 -30.756 9.345 1 47.19 ? C27 0MH 601 B 1 
HETATM 28 N N28 0MH . . . D 2 3.082 -27.115 11.696 1 47.47 ? N28 0MH 601 B 1 
HETATM 29 N N29 0MH . . . D 2 2.653 -33.592 12.482 1 52.55 ? N29 0MH 601 B 1 
HETATM 30 N N30 0MH . . . D 2 3.657 -31.488 10.814 1 49.62 ? N30 0MH 601 B 1 
HETATM 31 N N31 0MH . . . D 2 -1.197 -36.451 13.269 1 52.88 ? N31 0MH 601 B 1 
HETATM 32 N N32 0MH . . . D 2 -0.278 -36.947 15.886 1 52.99 ? N32 0MH 601 B 1 
HETATM 33 O O33 0MH . . . D 2 0.09 -36.99 17.08 1 53.31 ? O33 0MH 601 B 1 
HETATM 34 O O34 0MH . . . D 2 3.542 -30.43 8.749 1 48.24 ? O34 0MH 601 B 1 
HETATM 35 O O35 0MH . . . D 2 -1.475 -35.717 11.062 1 52.92 ? O35 0MH 601 B 1 
HETATM 36 O O36 0MH . . . D 2 -1.025 -37.828 15.407 1 54.19 ? O36 0MH 601 B 1 
HETATM 37 O O37 0MH . . . D 2 4.215 -26.889 10.924 1 46.83 ? O37 0MH 601 B 1 
HETATM 38 O O38 0MH . . . D 2 0.83 -29.925 10.009 1 47.59 ? O38 0MH 601 B 1 
HETATM 39 S S39 0MH . . . D 2 -4.056 -37.183 10.563 1 53.15 ? S39 0MH 601 B 1 
HETATM 40 CL CL4 0MH . . . D 2 3.793 -34.04 15.245 1 53.05 ? CL4 0MH 601 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              73 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    9 
_model_server_stats.query_time_ms           326 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           40 
#