data_4E0S # _model_server_result.job_id Cwexvc71cUzcajzoh3ytVw _model_server_result.datetime_utc '2025-04-12 18:50:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4e0s # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":1006}' # _entry.id 4E0S # _exptl.entry_id 4E0S _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 180.156 _entity.id 7 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description alpha-D-mannopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4E0S _cell.length_a 158.949 _cell.length_b 227.529 _cell.length_c 278.157 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4E0S _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 24 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 H N N ? 7 I N N ? 7 J N N ? 7 K N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 4 2 1 BGC FUC C1 O1 . O3 HO3 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 3 n C NAG 1 C 1 NAG A 2001 NAG 3 n C NAG 2 C 2 NAG A 2002 NAG 3 n D NAG 1 D 1 NAG B 1001 NAG 3 n D NAG 2 D 2 NAG B 1002 NAG 4 n E FUC 1 E 1 FUC B 1004 FUC 4 n E BGC 2 E 2 BGC B 1006 BGC # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 567 A CYS 567 1_555 A SG CYS 810 A CYS 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 634 A CYS 634 1_555 A SG CYS 669 A CYS 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 856 A CYS 856 1_555 A SG CYS 883 A CYS 883 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 866 A CYS 866 1_555 A SG CYS 1527 A CYS 1527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 1101 A CYS 1101 1_555 A SG CYS 1159 A CYS 1159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 1375 A CYS 1375 1_555 A SG CYS 1505 A CYS 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 1405 A CYS 1405 1_555 A SG CYS 1474 A CYS 1474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 1520 A CYS 1520 1_555 A SG CYS 1525 A CYS 1525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 1532 A CYS 1532 1_555 A SG CYS 1606 A CYS 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 1553 A CYS 1553 1_555 A SG CYS 1676 A CYS 1676 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 1654 A CYS 1654 1_555 A SG CYS 1657 A CYS 1657 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 1 B CYS 1 1_555 B SG CYS 40 B CYS 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 3 B CYS 3 1_555 B SG CYS 44 B CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 14 B CYS 14 1_555 B SG CYS 52 B CYS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 18 B CYS 18 1_555 B SG CYS 57 B CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 61 B CYS 61 1_555 B SG CYS 96 B CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 72 B CYS 72 1_555 B SG CYS 106 B CYS 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 75 B CYS 75 1_555 B SG CYS 112 B CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 119 B CYS 119 1_555 B SG CYS 130 B CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 125 B CYS 125 1_555 B SG CYS 143 B CYS 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 137 B CYS 137 1_555 B SG CYS 152 B CYS 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 159 B CYS 159 1_555 B SG CYS 197 B CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 378 B CYS 378 1_555 B SG CYS 399 B CYS 399 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 478 B CYS 478 1_555 B SG CYS 602 B CYS 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 500 B CYS 500 1_555 B SG CYS 549 B CYS 549 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf26 B SG CYS 502 B CYS 502 1_555 B SG CYS 518 B CYS 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf27 B SG CYS 505 B CYS 505 1_555 B SG CYS 520 B CYS 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf28 B SG CYS 522 B CYS 522 1_555 B SG CYS 531 B CYS 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf29 B SG CYS 556 B CYS 556 1_555 B SG CYS 590 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf30 B SG CYS 568 B CYS 568 1_555 B SG CYS 580 B CYS 580 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf31 B SG CYS 623 B CYS 623 1_555 B SG CYS 665 B CYS 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? disulf ? disulf32 B SG CYS 651 B CYS 651 1_555 B SG CYS 678 B CYS 678 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf33 B SG CYS 683 B CYS 683 1_555 B SG CYS 725 B CYS 725 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf34 B SG CYS 711 B CYS 711 1_555 B SG CYS 740 B CYS 740 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf35 B SG CYS 752 B CYS 752 1_555 B SG CYS 763 B CYS 763 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf36 B SG CYS 765 B CYS 765 1_555 B SG CYS 802 B CYS 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? disulf ? disulf37 B SG CYS 772 B CYS 772 1_555 B SG CYS 795 B CYS 795 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf38 B SG CYS 780 B CYS 780 1_555 B SG CYS 816 B CYS 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf39 B SG CYS 841 B CYS 841 1_555 B SG CYS 852 B CYS 852 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf40 B SG CYS 846 B CYS 846 1_555 B SG CYS 859 B CYS 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf41 B SG CYS 861 B CYS 861 1_555 B SG CYS 898 B CYS 898 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf42 B SG CYS 867 B CYS 867 1_555 B SG CYS 891 B CYS 891 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf43 B SG CYS 876 B CYS 876 1_555 B SG CYS 911 B CYS 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 911 A ASN 911 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? covale ? covale2 B CD1 TRP 8 B TRP 8 1_555 I C1 MAN . B MAN 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale3 B CD1 TRP 11 B TRP 11 1_555 H C1 MAN . B MAN 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale ? covale4 B OG1 THR 17 B THR 17 1_555 E C1 FUC . E FUC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 303 B ASN 303 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? covale ? covale6 B CD1 TRP 547 B TRP 547 1_555 K C1 MAN . B MAN 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale7 B CD1 TRP 550 B TRP 550 1_555 J C1 MAN . B MAN 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale8 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale ? covale9 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale10 E O3 FUC . E FUC 1 1_555 E C1 BGC . E BGC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 468 A ASP 468 1_555 F NA NA . A NA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc2 B O LEU 135 B LEU 135 1_555 G CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc3 B OD1 ASN 138 B ASN 138 1_555 G CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc4 B O GLU 140 B GLU 140 1_555 G CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 142 B ASP 142 1_555 G CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASP 148 B ASP 148 1_555 G CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc7 B OE1 GLU 149 B GLU 149 1_555 G CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc8 B OE2 GLU 149 B GLU 149 1_555 G CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.147 ? # _chem_comp.formula 'C6 H12 O6' _chem_comp.formula_weight 180.156 _chem_comp.id MAN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name alpha-D-mannopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, alpha linking' _chem_comp.pdbx_synonyms alpha-D-mannose;D-mannose;mannose # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 MAN sing 263 n n C1 O1 MAN sing 264 n n C1 O5 MAN sing 265 n n C1 H1 MAN sing 266 n n C2 C3 MAN sing 267 n n C2 O2 MAN sing 268 n n C2 H2 MAN sing 269 n n C3 C4 MAN sing 270 n n C3 O3 MAN sing 271 n n C3 H3 MAN sing 272 n n C4 C5 MAN sing 273 n n C4 O4 MAN sing 274 n n C4 H4 MAN sing 275 n n C5 C6 MAN sing 276 n n C5 O5 MAN sing 277 n n C5 H5 MAN sing 278 n n C6 O6 MAN sing 279 n n C6 H61 MAN sing 280 n n C6 H62 MAN sing 281 n n O1 HO1 MAN sing 282 n n O2 HO2 MAN sing 283 n n O3 HO3 MAN sing 284 n n O4 HO4 MAN sing 285 n n O6 HO6 MAN sing 286 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version MAN DManpa 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 MAN a-D-mannopyranose 'COMMON NAME' GMML 1 MAN a-D-Manp 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 MAN Man 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 4E0S _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006291 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004395 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003595 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 5 NA A 1 2003 2006 NA NA . G 6 CA B 1 1001 1000 CA CA . H 7 MAN B 1 1006 1006 MAN MAN . I 7 MAN B 1 1007 1007 MAN MAN . J 7 MAN B 1 1008 1008 MAN MAN . K 7 MAN B 1 1009 1009 MAN MAN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 MAN . . . H 7 89.263 53.66 93.926 1 245.43 ? C1 MAN 1006 B 1 HETATM 2 C C2 MAN . . . H 7 90.755 53.853 94.168 1 257.71 ? C2 MAN 1006 B 1 HETATM 3 C C3 MAN . . . H 7 91.222 55.124 93.482 1 266.2 ? C3 MAN 1006 B 1 HETATM 4 C C4 MAN . . . H 7 90.792 55.099 92.021 1 265.03 ? C4 MAN 1006 B 1 HETATM 5 C C5 MAN . . . H 7 89.274 55 91.951 1 260.76 ? C5 MAN 1006 B 1 HETATM 6 C C6 MAN . . . H 7 88.812 54.978 90.497 1 272.13 ? C6 MAN 1006 B 1 HETATM 7 O O2 MAN . . . H 7 91.488 52.775 93.623 1 254.08 ? O2 MAN 1006 B 1 HETATM 8 O O3 MAN . . . H 7 92.631 55.171 93.511 1 275.98 ? O3 MAN 1006 B 1 HETATM 9 O O4 MAN . . . H 7 91.285 56.227 91.331 1 281.96 ? O4 MAN 1006 B 1 HETATM 10 O O5 MAN . . . H 7 88.938 53.772 92.548 1 250.68 ? O5 MAN 1006 B 1 HETATM 11 O O6 MAN . . . H 7 87.495 55.466 90.368 1 277.01 ? O6 MAN 1006 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 44 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 320 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 11 #