data_4E5G # _model_server_result.job_id yRpkc19o1v33n7rEUvb1qg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 06:55:23' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4e5g # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":304}' # _entry.id 4E5G # _exptl.entry_id 4E5G _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4E5G _cell.length_a 126.892 _cell.length_b 133.659 _cell.length_c 126.778 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4E5G _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,F,G,H,I,J,CA 1 1 B,K,L,M,N,O,P,DA 2 1 C,Q,R,S,T,U,V,EA 3 1 D,W,X,Y,Z,AA,BA,FA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 Y N N ? 3 Z N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 41 A HIS 41 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 61 A GLU 80 1_555 G MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 89 A ASP 108 1_555 G MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 89 A ASP 108 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 100 A GLU 119 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? metalc ? metalc6 A O ILE 101 A ILE 120 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc7 G MN MN . A MN 303 1_555 I O14 XI7 . A XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc8 G MN MN . A MN 303 1_555 I O8 XI7 . A XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc9 H MN MN . A MN 304 1_555 I O11 XI7 . A XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc10 H MN MN . A MN 304 1_555 I O8 XI7 . A XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc11 B NE2 HIS 41 B HIS 41 1_555 N MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 61 B GLU 80 1_555 M MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 89 B ASP 108 1_555 M MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 89 B ASP 108 1_555 N MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 100 B GLU 119 1_555 N MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc16 B O ILE 101 B ILE 120 1_555 N MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc17 M MN MN . B MN 303 1_555 O O14 XI7 . B XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc18 M MN MN . B MN 303 1_555 O O8 XI7 . B XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc19 N MN MN . B MN 304 1_555 O O8 XI7 . B XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc20 N MN MN . B MN 304 1_555 O O11 XI7 . B XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc21 C NE2 HIS 41 C HIS 41 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc22 C OE1 GLU 61 C GLU 80 1_555 T MN MN . C MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc23 C OD2 ASP 89 C ASP 108 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASP 89 C ASP 108 1_555 T MN MN . C MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc25 C OE1 GLU 100 C GLU 119 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc26 C O ILE 101 C ILE 120 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc27 S MN MN . C MN 303 1_555 U O11 XI7 . C XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? metalc ? metalc28 S MN MN . C MN 303 1_555 U O8 XI7 . C XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc29 T MN MN . C MN 304 1_555 U O8 XI7 . C XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc30 T MN MN . C MN 304 1_555 U O14 XI7 . C XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc31 D NE2 HIS 41 D HIS 41 1_555 Y MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc32 D OE1 GLU 61 D GLU 80 1_555 Z MN MN . D MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc33 D OD2 ASP 89 D ASP 108 1_555 Y MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASP 89 D ASP 108 1_555 Z MN MN . D MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc35 D OE1 GLU 100 D GLU 119 1_555 Y MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc36 D O ILE 101 D ILE 120 1_555 Y MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc37 Y MN MN . D MN 303 1_555 AA O11 XI7 . D XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc38 Y MN MN . D MN 303 1_555 AA O8 XI7 . D XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? metalc ? metalc39 Z MN MN . D MN 304 1_555 AA O8 XI7 . D XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc40 Z MN MN . D MN 304 1_555 AA O14 XI7 . D XI7 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4E5G _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007881 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007482 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007888 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 SO4 A 1 301 4 SO4 SO4 . F 2 SO4 A 1 302 5 SO4 SO4 . G 3 MN A 1 303 7 MN MN . H 3 MN A 1 304 8 MN MN . I 4 XI7 A 1 305 2 XI7 XI7 . J 4 XI7 A 1 306 6 XI7 XI7 . K 2 SO4 B 1 301 2 SO4 SO4 . L 2 SO4 B 1 302 6 SO4 SO4 . M 3 MN B 1 303 3 MN MN . N 3 MN B 1 304 4 MN MN . O 4 XI7 B 1 305 4 XI7 XI7 . P 4 XI7 B 1 306 8 XI7 XI7 . Q 2 SO4 C 1 301 1 SO4 SO4 . R 2 SO4 C 1 302 7 SO4 SO4 . S 3 MN C 1 303 5 MN MN . T 3 MN C 1 304 6 MN MN . U 4 XI7 C 1 305 1 XI7 XI7 . V 4 XI7 C 1 306 5 XI7 XI7 . W 2 SO4 D 1 301 3 SO4 SO4 . X 2 SO4 D 1 302 8 SO4 SO4 . Y 3 MN D 1 303 1 MN MN . Z 3 MN D 1 304 2 MN MN . AA 4 XI7 D 1 305 3 XI7 XI7 . BA 4 XI7 D 1 306 7 XI7 XI7 . CA 5 HOH A 1 401 1 HOH HOH . CA 5 HOH A 2 402 2 HOH HOH . CA 5 HOH A 3 403 5 HOH HOH . CA 5 HOH A 4 404 7 HOH HOH . DA 5 HOH B 1 401 6 HOH HOH . EA 5 HOH C 1 401 3 HOH HOH . FA 5 HOH D 1 401 4 HOH HOH . FA 5 HOH D 2 402 8 HOH HOH . FA 5 HOH D 3 403 9 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Z _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -49.392 _atom_site.Cartn_y -16.697 _atom_site.Cartn_z 21.732 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 56.59 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 304 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 242 _model_server_stats.encode_time_ms 16 _model_server_stats.element_count 1 #