data_4E5I
#
_model_server_result.job_id            TFpMynjyJ1jB_FF5IegiZA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 12:44:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4e5i 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":303}' 
#
_entry.id    4E5I 
#
_exptl.entry_id    4E5I 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4E5I 
_cell.length_a            126.332 
_cell.length_b            134.828 
_cell.length_c            126.544 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4E5I 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,I 1 1 
B,J,K,L,M,N 2 1 
C,O,P,Q,R,S 3 1 
D,T,U,V,W,X 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 41 A HIS 41 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 89 A ASP 108 1_555 G MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 89 A ASP 108 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 100 A GLU 119 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 101 A ILE 120 1_555 H MN MN . A MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? 
metalc ? metalc6 G MN MN . A MN 303 1_555 I O13 0N9 . A 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc7 G MN MN . A MN 303 1_555 I O16 0N9 . A 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc8 H MN MN . A MN 304 1_555 I O12 0N9 . A 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc9 B NE2 HIS 41 B HIS 41 1_555 L MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc10 B OD2 ASP 89 B ASP 108 1_555 L MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc11 B OD1 ASP 89 B ASP 108 1_555 M MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc12 B OE1 GLU 100 B GLU 119 1_555 L MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc13 B O ILE 101 B ILE 120 1_555 L MN MN . B MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc14 L MN MN . B MN 303 1_555 N O13 0N9 . B 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc15 L MN MN . B MN 303 1_555 N O12 0N9 . B 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? 
metalc ? metalc16 M MN MN . B MN 304 1_555 N O13 0N9 . B 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc17 M MN MN . B MN 304 1_555 N O16 0N9 . B 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc18 C NE2 HIS 41 C HIS 41 1_555 Q MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc19 C OE1 GLU 61 C GLU 80 1_555 R MN MN . C MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? 
metalc ? metalc20 C OD2 ASP 89 C ASP 108 1_555 Q MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc21 C OD1 ASP 89 C ASP 108 1_555 R MN MN . C MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? 
metalc ? metalc22 C OE1 GLU 100 C GLU 119 1_555 Q MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc23 C O ILE 101 C ILE 120 1_555 Q MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc24 Q MN MN . C MN 303 1_555 S O12 0N9 . C 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc25 Q MN MN . C MN 303 1_555 S O13 0N9 . C 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc26 R MN MN . C MN 304 1_555 S O13 0N9 . C 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc27 R MN MN . C MN 304 1_555 S O15 0N9 . C 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc28 D OD2 ASP 89 D ASP 108 1_555 V MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc29 D OD1 ASP 89 D ASP 108 1_555 W MN MN . D MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? 
metalc ? metalc30 D OE1 GLU 100 D GLU 119 1_555 V MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.854 ? 
metalc ? metalc31 D O ILE 101 D ILE 120 1_555 V MN MN . D MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? 
metalc ? metalc32 V MN MN . D MN 303 1_555 X O12 0N9 . D 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? 
metalc ? metalc33 V MN MN . D MN 303 1_555 X O13 0N9 . D 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? 
metalc ? metalc34 W MN MN . D MN 304 1_555 X O15 0N9 . D 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc35 W MN MN . D MN 304 1_555 X O13 0N9 . D 0N9 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4E5I 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007916 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007417 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007902 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 SO4 A 1 301 4 SO4 SO4 . 
F 2 SO4 A 1 302 5 SO4 SO4 . 
G 3 MN A 1 303 7 MN MN . 
H 3 MN A 1 304 8 MN MN . 
I 4 0N9 A 1 305 1 0N9 062 . 
J 2 SO4 B 1 301 2 SO4 SO4 . 
K 2 SO4 B 1 302 6 SO4 SO4 . 
L 3 MN B 1 303 3 MN MN . 
M 3 MN B 1 304 4 MN MN . 
N 4 0N9 B 1 305 2 0N9 062 . 
O 2 SO4 C 1 301 1 SO4 SO4 . 
P 2 SO4 C 1 302 7 SO4 SO4 . 
Q 3 MN C 1 303 5 MN MN . 
R 3 MN C 1 304 6 MN MN . 
S 4 0N9 C 1 305 3 0N9 062 . 
T 2 SO4 D 1 301 3 SO4 SO4 . 
U 2 SO4 D 1 302 8 SO4 SO4 . 
V 3 MN D 1 303 1 MN MN . 
W 3 MN D 1 304 2 MN MN . 
X 4 0N9 D 1 305 4 0N9 062 . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -54.33 
_atom_site.Cartn_y               -19.637 
_atom_site.Cartn_z               -15.879 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        78.88 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           303 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    10 
_model_server_stats.query_time_ms           278 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           1 
#