data_4EB9
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_model_server_result.job_id            O9x7dcQz_mx6Be19-XhfLA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 03:55:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4eb9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    4EB9 
#
_exptl.entry_id    4EB9 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              1181.473 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "(3S,6S,7S,9aS,3'S,6'S,7'S,9a'S)-N,N'-(benzene-1,4-diylbis{butane-4,1-diyl-1H-1,2,3-triazole-1,4-diyl[(S)-phenylmethanediyl]})bis[7-(hydroxymethyl)-6-{[(2S)-2-(methylamino)butanoyl]amino}-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide]" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          95.67 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4EB9 
_cell.length_a            79.11 
_cell.length_b            81.31 
_cell.length_c            96.88 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4EB9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,E,G,H,K,M 1 1 
B,D,F,I,J,L,N 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 57 A CYS 300 1_555 E ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 60 A CYS 303 1_555 E ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc3 A NE2 HIS 77 A HIS 320 1_555 E ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 84 A CYS 327 1_555 E ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 60 B CYS 303 1_555 F ZN ZN . B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc6 B NE2 HIS 77 B HIS 320 1_555 F ZN ZN . B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 84 B CYS 327 1_555 F ZN ZN . B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc8 C SG CYS 57 C CYS 300 1_555 G ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 60 C CYS 303 1_555 G ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc10 C NE2 HIS 77 C HIS 320 1_555 G ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 84 C CYS 327 1_555 G ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc12 D SG CYS 57 D CYS 300 1_555 I ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc13 D SG CYS 60 D CYS 303 1_555 I ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc14 D NE2 HIS 77 D HIS 320 1_555 I ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc15 D SG CYS 84 D CYS 327 1_555 I ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
#
_chem_comp.formula           'C64 H88 N14 O8' 
_chem_comp.formula_weight    1181.473 
_chem_comp.id                0O6 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "(3S,6S,7S,9aS,3'S,6'S,7'S,9a'S)-N,N'-(benzene-1,4-diylbis{butane-4,1-diyl-1H-1,2,3-triazole-1,4-diyl[(S)-phenylmethanediyl]})bis[7-(hydroxymethyl)-6-{[(2S)-2-(methylamino)butanoyl]amino}-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide]" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O C 0O6 doub 1 n n 
CA C 0O6 sing 2 n n 
C NCE 0O6 sing 3 n n 
CAC N 0O6 sing 4 n n 
N CA 0O6 sing 5 n n 
N HN 0O6 sing 6 n n 
CB CA 0O6 sing 7 n n 
CA HA 0O6 sing 8 n n 
CB CAA 0O6 sing 9 n n 
CB HB 0O6 sing 10 n n 
CB HBA 0O6 sing 11 n n 
CAA HAA 0O6 sing 12 n n 
CAA HAAA 0O6 sing 13 n n 
CAA HAAB 0O6 sing 14 n n 
CAB CBD 0O6 sing 15 n n 
CAB HAB 0O6 sing 16 n n 
CAB HABA 0O6 sing 17 n n 
CAB HABB 0O6 sing 18 n n 
CAC HAC 0O6 sing 19 n n 
CAC HACA 0O6 sing 20 n n 
CAC HACB 0O6 sing 21 n n 
CAD NCB 0O6 sing 22 n n 
CAD HAD 0O6 sing 23 n n 
CAD HADA 0O6 sing 24 n n 
CAD HADB 0O6 sing 25 n n 
OAF CCH 0O6 doub 26 n n 
CCI OAG 0O6 doub 27 n n 
CCJ OAH 0O6 doub 28 n n 
CCK OAI 0O6 doub 29 n n 
CCL OAJ 0O6 doub 30 n n 
OAK CBI 0O6 sing 31 n n 
OAK HOAK 0O6 sing 32 n n 
CBJ OAL 0O6 sing 33 n n 
OAL HOAL 0O6 sing 34 n n 
CAO CAM 0O6 doub 35 n y 
CAM CAP 0O6 sing 36 n y 
CAM HAM 0O6 sing 37 n n 
CAQ CAN 0O6 doub 38 n y 
CAN CAR 0O6 sing 39 n y 
CAN HAN 0O6 sing 40 n n 
CAS CAO 0O6 sing 41 n y 
CAO HAO 0O6 sing 42 n n 
CAT CAP 0O6 doub 43 n y 
CAP HAP 0O6 sing 44 n n 
CAU CAQ 0O6 sing 45 n y 
CAQ HAQ 0O6 sing 46 n n 
CAV CAR 0O6 doub 47 n y 
CAR HAR 0O6 sing 48 n n 
CAS CCO 0O6 doub 49 n y 
CAS HAS 0O6 sing 50 n n 
CCO CAT 0O6 sing 51 n y 
CAT HAT 0O6 sing 52 n n 
CAU CCP 0O6 doub 53 n y 
CAU HAU 0O6 sing 54 n n 
CCP CAV 0O6 sing 55 n y 
CAV HAV 0O6 sing 56 n n 
CAX CAW 0O6 doub 57 n y 
CAW CCM 0O6 sing 58 n y 
CAW HAW 0O6 sing 59 n n 
CAX CCN 0O6 sing 60 n y 
CAX HAX 0O6 sing 61 n n 
CAZ CAY 0O6 sing 62 n y 
CCM CAY 0O6 doub 63 n y 
CAY HAY 0O6 sing 64 n n 
CCN CAZ 0O6 doub 65 n y 
CAZ HAZ 0O6 sing 66 n n 
CCQ CBA 0O6 doub 67 n y 
NDG CBA 0O6 sing 68 n y 
CBA HBAA 0O6 sing 69 n n 
NDH CBB 0O6 sing 70 n y 
CBB CCR 0O6 doub 71 n y 
CBB HBB 0O6 sing 72 n n 
CBD CCV 0O6 sing 73 n n 
CBD HBD 0O6 sing 74 n n 
CBD HBDA 0O6 sing 75 n n 
CBE CBK 0O6 sing 76 n n 
CBE CBG 0O6 sing 77 n n 
CBE HBE 0O6 sing 78 n n 
CBE HBEA 0O6 sing 79 n n 
CBL CBF 0O6 sing 80 n n 
CBF CBH 0O6 sing 81 n n 
CBF HBF 0O6 sing 82 n n 
CBF HBFA 0O6 sing 83 n n 
CBG CBU 0O6 sing 84 n n 
CBG HBG 0O6 sing 85 n n 
CBG HBGA 0O6 sing 86 n n 
CBV CBH 0O6 sing 87 n n 
CBH HBH 0O6 sing 88 n n 
CBH HBHA 0O6 sing 89 n n 
CCS CBI 0O6 sing 90 n n 
CBI HBI 0O6 sing 91 n n 
CBI HBIA 0O6 sing 92 n n 
CCT CBJ 0O6 sing 93 n n 
CBJ HBJ 0O6 sing 94 n n 
CBJ HBJA 0O6 sing 95 n n 
CCM CBK 0O6 sing 96 n n 
CBK HBK 0O6 sing 97 n n 
CBK HBKA 0O6 sing 98 n n 
CBL CCN 0O6 sing 99 n n 
CBL HBL 0O6 sing 100 n n 
CBL HBLA 0O6 sing 101 n n 
CCS CBM 0O6 sing 102 n n 
CBM CBO 0O6 sing 103 n n 
CBM HBM 0O6 sing 104 n n 
CBM HBMA 0O6 sing 105 n n 
CBP CBN 0O6 sing 106 n n 
CBN CCT 0O6 sing 107 n n 
CBN HBN 0O6 sing 108 n n 
CBN HBNA 0O6 sing 109 n n 
CCW CBO 0O6 sing 110 n n 
CBO HBO 0O6 sing 111 n n 
CBO HBOA 0O6 sing 112 n n 
CCX CBP 0O6 sing 113 n n 
CBP HBP 0O6 sing 114 n n 
CBP HBPA 0O6 sing 115 n n 
CCW CBQ 0O6 sing 116 n n 
CBQ CBS 0O6 sing 117 n n 
CBQ HBQ 0O6 sing 118 n n 
CBQ HBQA 0O6 sing 119 n n 
CBT CBR 0O6 sing 120 n n 
CBR CCX 0O6 sing 121 n n 
CBR HBR 0O6 sing 122 n n 
CBR HBRA 0O6 sing 123 n n 
CBS CCY 0O6 sing 124 n n 
CBS HBS 0O6 sing 125 n n 
CBS HBSA 0O6 sing 126 n n 
CBT CCZ 0O6 sing 127 n n 
CBT HBT 0O6 sing 128 n n 
CBT HBTA 0O6 sing 129 n n 
NDG CBU 0O6 sing 130 n n 
CBU HBU 0O6 sing 131 n n 
CBU HBUA 0O6 sing 132 n n 
CBV NDH 0O6 sing 133 n n 
CBV HBV 0O6 sing 134 n n 
CBV HBVA 0O6 sing 135 n n 
NBW NBY 0O6 doub 136 n y 
NBW CCQ 0O6 sing 137 n y 
NBZ NBX 0O6 doub 138 n y 
NBX CCR 0O6 sing 139 n y 
NBY NDG 0O6 sing 140 n y 
NBZ NDH 0O6 sing 141 n y 
CCV NCB 0O6 sing 142 n n 
NCB HNCB 0O6 sing 143 n n 
CCI NCC 0O6 sing 144 n n 
NCC CDA 0O6 sing 145 n n 
NCC HNCC 0O6 sing 146 n n 
NCD CCJ 0O6 sing 147 n n 
NCD CDB 0O6 sing 148 n n 
NCD HNCD 0O6 sing 149 n n 
NCE CDC 0O6 sing 150 n n 
NCE HNCE 0O6 sing 151 n n 
CDD NCF 0O6 sing 152 n n 
CCH NCF 0O6 sing 153 n n 
NCF HNCF 0O6 sing 154 n n 
CCH CCV 0O6 sing 155 n n 
CCY CCI 0O6 sing 156 n n 
CCZ CCJ 0O6 sing 157 n n 
CDC CCK 0O6 sing 158 n n 
CCK NDE 0O6 sing 159 n n 
NDF CCL 0O6 sing 160 n n 
CCL CDD 0O6 sing 161 n n 
CDA CCO 0O6 sing 162 n n 
CDB CCP 0O6 sing 163 n n 
CDA CCQ 0O6 sing 164 n n 
CCR CDB 0O6 sing 165 n n 
CDC CCS 0O6 sing 166 n n 
CCS HCS 0O6 sing 167 n n 
CDD CCT 0O6 sing 168 n n 
CCT HCT 0O6 sing 169 n n 
CCV HCV 0O6 sing 170 n n 
CCW NDE 0O6 sing 171 n n 
CCW HCW 0O6 sing 172 n n 
CCX NDF 0O6 sing 173 n n 
CCX HCX 0O6 sing 174 n n 
NDE CCY 0O6 sing 175 n n 
CCY HCY 0O6 sing 176 n n 
CCZ NDF 0O6 sing 177 n n 
CCZ HCZ 0O6 sing 178 n n 
CDA HDA 0O6 sing 179 n n 
CDB HDB 0O6 sing 180 n n 
CDC HDC 0O6 sing 181 n n 
CDD HDD 0O6 sing 182 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4EB9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012641 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001255 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012299 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010373 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ZN A 1 401 502 ZN ZN . 
F 2 ZN B 1 401 502 ZN ZN . 
G 2 ZN C 1 401 502 ZN ZN . 
H 3 0O6 C 1 402 600 0O6 0O6 . 
I 2 ZN D 1 401 502 ZN ZN . 
J 3 0O6 D 1 402 600 0O6 0O6 . 
K 4 HOH A 1 501 1 HOH HOH . 
K 4 HOH A 2 502 11 HOH HOH . 
K 4 HOH A 3 503 18 HOH HOH . 
K 4 HOH A 4 504 24 HOH HOH . 
K 4 HOH A 5 505 41 HOH HOH . 
K 4 HOH A 6 506 43 HOH HOH . 
K 4 HOH A 7 507 48 HOH HOH . 
K 4 HOH A 8 508 53 HOH HOH . 
K 4 HOH A 9 509 64 HOH HOH . 
K 4 HOH A 10 510 66 HOH HOH . 
K 4 HOH A 11 511 74 HOH HOH . 
K 4 HOH A 12 512 78 HOH HOH . 
K 4 HOH A 13 513 88 HOH HOH . 
K 4 HOH A 14 514 108 HOH HOH . 
K 4 HOH A 15 515 111 HOH HOH . 
K 4 HOH A 16 516 113 HOH HOH . 
K 4 HOH A 17 517 115 HOH HOH . 
K 4 HOH A 18 518 117 HOH HOH . 
K 4 HOH A 19 519 118 HOH HOH . 
K 4 HOH A 20 520 120 HOH HOH . 
K 4 HOH A 21 521 134 HOH HOH . 
K 4 HOH A 22 522 149 HOH HOH . 
K 4 HOH A 23 523 181 HOH HOH . 
K 4 HOH A 24 524 183 HOH HOH . 
K 4 HOH A 25 525 184 HOH HOH . 
K 4 HOH A 26 526 187 HOH HOH . 
K 4 HOH A 27 527 188 HOH HOH . 
K 4 HOH A 28 528 199 HOH HOH . 
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