data_4ER0 # _model_server_result.job_id DJ1mfOS8KmVkLG250JoYcA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 23:51:37' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4er0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":501}' # _entry.id 4ER0 # _exptl.entry_id 4ER0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 540.658 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "5'-[(3-{[(4-tert-butylphenyl)carbamoyl]amino}propyl)(propan-2-yl)amino]-5'-deoxyadenosine" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 4ER0 _cell.length_a 150.59 _cell.length_b 150.59 _cell.length_c 52.878 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4ER0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 170 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 65' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C27 H40 N8 O4' _chem_comp.formula_weight 540.658 _chem_comp.id AW1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "5'-[(3-{[(4-tert-butylphenyl)carbamoyl]amino}propyl)(propan-2-yl)amino]-5'-deoxyadenosine" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C6 N1 AW1 doub 70 n y N1 C2 AW1 sing 71 n y C2 N3 AW1 doub 72 n y C2 H2 AW1 sing 73 n n C4 N3 AW1 sing 74 n y C5 C4 AW1 doub 75 n y C4 N9 AW1 sing 76 n y C6 C5 AW1 sing 77 n y N7 C5 AW1 sing 78 n y N6 C6 AW1 sing 79 n n N6 HN6 AW1 sing 80 n n N6 HN6A AW1 sing 81 n n N7 C8 AW1 doub 82 n y C8 N9 AW1 sing 83 n y C8 H8 AW1 sing 84 n n N9 CBJ AW1 sing 85 n n CAA CBF AW1 sing 86 n n CAA HAA AW1 sing 87 n n CAA HAAA AW1 sing 88 n n CAA HAAB AW1 sing 89 n n CAB CBF AW1 sing 90 n n CAB HAB AW1 sing 91 n n CAB HABA AW1 sing 92 n n CAB HABB AW1 sing 93 n n CBM CAC AW1 sing 94 n n CAC HAC AW1 sing 95 n n CAC HACA AW1 sing 96 n n CAC HACB AW1 sing 97 n n CAD CBM AW1 sing 98 n n CAD HAD AW1 sing 99 n n CAD HADA AW1 sing 100 n n CAD HADB AW1 sing 101 n n CBM CAE AW1 sing 102 n n CAE HAE AW1 sing 103 n n CAE HAEA AW1 sing 104 n n CAE HAEB AW1 sing 105 n n CAZ OAG AW1 doub 106 n n OAH CBG AW1 sing 107 n n OAH HOAH AW1 sing 108 n n OAI CBH AW1 sing 109 n n OAI HOAI AW1 sing 110 n n CBB CAK AW1 doub 111 n y CAK CAM AW1 sing 112 n y CAK HAK AW1 sing 113 n n CBB CAL AW1 sing 114 n y CAL CAN AW1 doub 115 n y CAL HAL AW1 sing 116 n n CAM CBC AW1 doub 117 n y CAM HAM AW1 sing 118 n n CAN CBC AW1 sing 119 n y CAN HAN AW1 sing 120 n n CAR CAP AW1 sing 121 n n CAP CAQ AW1 sing 122 n n CAP HAP AW1 sing 123 n n CAP HAPA AW1 sing 124 n n CAQ NAW AW1 sing 125 n n CAQ HAQ AW1 sing 126 n n CAQ HAQA AW1 sing 127 n n NBK CAR AW1 sing 128 n n CAR HAR AW1 sing 129 n n CAR HARA AW1 sing 130 n n CBI CAS AW1 sing 131 n n CAS NBK AW1 sing 132 n n CAS HAS AW1 sing 133 n n CAS HASA AW1 sing 134 n n NAW CAZ AW1 sing 135 n n NAW HNAW AW1 sing 136 n n CAZ NAX AW1 sing 137 n n NAX CBB AW1 sing 138 n n NAX HNAX AW1 sing 139 n n CBJ OAY AW1 sing 140 n n CBI OAY AW1 sing 141 n n CBC CBM AW1 sing 142 n n NBK CBF AW1 sing 143 n n CBF HBF AW1 sing 144 n n CBH CBG AW1 sing 145 n n CBG CBI AW1 sing 146 n n CBG HBG AW1 sing 147 n n CBH CBJ AW1 sing 148 n n CBH HBH AW1 sing 149 n n CBI HBI AW1 sing 150 n n CBJ HBJ AW1 sing 151 n n # _atom_sites.entry_id 4ER0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006641 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003834 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007668 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.018911 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 AW1 A 1 501 1 AW1 DRG . C 3 UNX A 1 502 1 UNX UNL . D 3 UNX A 1 503 2 UNX UNL . E 3 UNX A 1 504 1 UNX UNK . F 4 HOH A 1 601 1 HOH HOH . F 4 HOH A 2 602 2 HOH HOH . F 4 HOH A 3 603 3 HOH HOH . F 4 HOH A 4 604 7 HOH HOH . F 4 HOH A 5 605 8 HOH HOH . F 4 HOH A 6 606 9 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 AW1 . . . B 2 15.154 60.14 -9.961 1 53.38 ? N1 AW1 501 A 1 HETATM 2 C C2 AW1 . . . B 2 16.362 59.437 -9.694 1 55.03 ? C2 AW1 501 A 1 HETATM 3 N N3 AW1 . . . B 2 17.568 60.16 -9.566 1 51.82 ? N3 AW1 501 A 1 HETATM 4 C C4 AW1 . . . B 2 17.541 61.491 -9.721 1 54.04 ? C4 AW1 501 A 1 HETATM 5 C C5 AW1 . . . B 2 16.384 62.133 -9.968 1 54.21 ? C5 AW1 501 A 1 HETATM 6 C C6 AW1 . . . B 2 15.23 61.469 -10.093 1 53.55 ? C6 AW1 501 A 1 HETATM 7 N N6 AW1 . . . B 2 14.163 62.209 -10.349 1 56.42 ? N6 AW1 501 A 1 HETATM 8 N N7 AW1 . . . B 2 16.654 63.435 -10.061 1 55.89 ? N7 AW1 501 A 1 HETATM 9 C C8 AW1 . . . B 2 17.96 63.605 -9.886 1 56.39 ? C8 AW1 501 A 1 HETATM 10 N N9 AW1 . . . B 2 18.502 62.406 -9.663 1 55.76 ? N9 AW1 501 A 1 HETATM 11 C CAA AW1 . . . B 2 22.168 66.319 -5.802 1 51.94 ? CAA AW1 501 A 1 HETATM 12 C CAB AW1 . . . B 2 20.023 65.162 -5.712 1 48.83 ? CAB AW1 501 A 1 HETATM 13 C CAC AW1 . . . B 2 23.123 66.782 3.857 1 59.91 ? CAC AW1 501 A 1 HETATM 14 C CAD AW1 . . . B 2 20.712 66.708 3.192 1 59.17 ? CAD AW1 501 A 1 HETATM 15 C CAE AW1 . . . B 2 21.614 65.026 4.792 1 60 ? CAE AW1 501 A 1 HETATM 16 O OAG AW1 . . . B 2 24.303 63.891 -1.786 1 56.09 ? OAG AW1 501 A 1 HETATM 17 O OAH AW1 . . . B 2 22.894 61.691 -10.194 1 60.29 ? OAH AW1 501 A 1 HETATM 18 O OAI AW1 . . . B 2 20.924 62.061 -11.66 1 54.12 ? OAI AW1 501 A 1 HETATM 19 C CAK AW1 . . . B 2 21.484 63.248 0.924 1 56.84 ? CAK AW1 501 A 1 HETATM 20 C CAL AW1 . . . B 2 23.702 64.178 0.709 1 57.97 ? CAL AW1 501 A 1 HETATM 21 C CAM AW1 . . . B 2 21.233 64.092 2.002 1 57.36 ? CAM AW1 501 A 1 HETATM 22 C CAN AW1 . . . B 2 23.443 65.028 1.785 1 57.84 ? CAN AW1 501 A 1 HETATM 23 C CAP AW1 . . . B 2 23.889 63.56 -4.524 1 56.22 ? CAP AW1 501 A 1 HETATM 24 C CAQ AW1 . . . B 2 24.651 62.312 -3.963 1 56.21 ? CAQ AW1 501 A 1 HETATM 25 C CAR AW1 . . . B 2 23.411 63.273 -5.897 1 54.7 ? CAR AW1 501 A 1 HETATM 26 C CAS AW1 . . . B 2 21.982 64.156 -7.627 1 55.73 ? CAS AW1 501 A 1 HETATM 27 N NAW AW1 . . . B 2 23.914 61.93 -2.784 1 56.29 ? NAW AW1 501 A 1 HETATM 28 N NAX AW1 . . . B 2 22.916 62.417 -0.784 1 58.33 ? NAX AW1 501 A 1 HETATM 29 O OAY AW1 . . . B 2 20.355 62.6 -8.213 1 57.74 ? OAY AW1 501 A 1 HETATM 30 C CAZ AW1 . . . B 2 23.725 62.8 -1.788 1 56.99 ? CAZ AW1 501 A 1 HETATM 31 C CBB AW1 . . . B 2 22.717 63.271 0.268 1 58.12 ? CBB AW1 501 A 1 HETATM 32 C CBC AW1 . . . B 2 22.211 64.982 2.448 1 58.82 ? CBC AW1 501 A 1 HETATM 33 C CBF AW1 . . . B 2 21.51 65.014 -5.432 1 52.08 ? CBF AW1 501 A 1 HETATM 34 C CBG AW1 . . . B 2 22.161 62.895 -9.812 1 58.3 ? CBG AW1 501 A 1 HETATM 35 C CBH AW1 . . . B 2 20.819 62.85 -10.483 1 57.22 ? CBH AW1 501 A 1 HETATM 36 C CBI AW1 . . . B 2 21.836 62.824 -8.347 1 57 ? CBI AW1 501 A 1 HETATM 37 C CBJ AW1 . . . B 2 19.918 62.12 -9.439 1 56.66 ? CBJ AW1 501 A 1 HETATM 38 N NBK AW1 . . . B 2 22.045 63.847 -6.2 1 55 ? NBK AW1 501 A 1 HETATM 39 C CBM AW1 . . . B 2 21.93 65.851 3.547 1 60.89 ? CBM AW1 501 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 312 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 39 #