data_4ERM # _model_server_result.job_id V2WyJm1zWwrZNHrNHrVJ9Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 03:13:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4erm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":802}' # _entry.id 4ERM # _exptl.entry_id 4ERM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 411.202 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 119.07 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4ERM _cell.length_a 280.471 _cell.length_b 155.744 _cell.length_c 166.919 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4ERM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 J N N ? 4 N N N ? 4 R N N ? 4 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 K O1G DTP . A DTP 803 1_555 L MG MG . A MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.733 ? metalc ? metalc2 K O1A DTP . A DTP 803 1_555 L MG MG . A MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc3 O O1G DTP . B DTP 803 1_555 P MG MG . B MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.733 ? metalc ? metalc4 O O3G DTP . B DTP 803 1_555 P MG MG . B MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? metalc ? metalc5 O O1A DTP . B DTP 803 1_555 P MG MG . B MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc6 S O1G DTP . C DTP 803 1_555 T MG MG . C MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.734 ? metalc ? metalc7 S O3A DTP . C DTP 803 1_555 T MG MG . C MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc8 W O1G DTP . D DTP 803 1_555 X MG MG . D MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.735 ? metalc ? metalc9 W O2G DTP . D DTP 803 1_555 X MG MG . D MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? metalc ? metalc10 W O1B DTP . D DTP 803 1_555 X MG MG . D MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc11 E OD2 ASP 84 E ASP 84 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc12 E OD1 ASP 84 E ASP 84 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc13 E OE1 GLU 115 E GLU 115 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc14 E OE2 GLU 115 E GLU 115 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? metalc ? metalc15 E ND1 HIS 118 E HIS 118 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc16 E OE2 GLU 204 E GLU 204 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc ? metalc17 E OE2 GLU 238 E GLU 238 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc18 E ND1 HIS 241 E HIS 241 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc19 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 CA O HOH . E HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc20 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 CA O HOH . E HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc21 F OD2 ASP 84 F ASP 84 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc22 F OD1 ASP 84 F ASP 84 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc23 F OE1 GLU 115 F GLU 115 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc24 F OE2 GLU 115 F GLU 115 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc25 F ND1 HIS 118 F HIS 118 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc26 F OE1 GLU 204 F GLU 204 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc27 F OE2 GLU 238 F GLU 238 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc28 F ND1 HIS 241 F HIS 241 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc29 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 DA O HOH . F HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc30 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 DA O HOH . F HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc31 G OD2 ASP 84 G ASP 84 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? metalc ? metalc32 G OD1 ASP 84 G ASP 84 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc33 G OE1 GLU 115 G GLU 115 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? metalc ? metalc34 G OE2 GLU 115 G GLU 115 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc35 G ND1 HIS 118 G HIS 118 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc36 G OE1 GLU 204 G GLU 204 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc37 G OE2 GLU 238 G GLU 238 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc38 G ND1 HIS 241 G HIS 241 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc39 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 EA O HOH . G HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? metalc ? metalc40 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 EA O HOH . G HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc41 H OD2 ASP 84 H ASP 84 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc42 H OD1 ASP 84 H ASP 84 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc43 H OE1 GLU 115 H GLU 115 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc44 H OE2 GLU 115 H GLU 115 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc45 H ND1 HIS 118 H HIS 118 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc46 H OE1 GLU 204 H GLU 204 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc47 H OE2 GLU 238 H GLU 238 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc48 H ND1 HIS 241 H HIS 241 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc49 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 FA O HOH . H HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? metalc ? metalc50 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 FA O HOH . H HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O9 P2' _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.id DAT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms DADP # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B DAT doub 83 n n PB O2B DAT sing 84 n n PB O3B DAT sing 85 n n PB O3A DAT sing 86 n n O2B HOB2 DAT sing 87 n n O3B HOB3 DAT sing 88 n n PA O1A DAT doub 89 n n PA O2A DAT sing 90 n n PA O3A DAT sing 91 n n PA O5' DAT sing 92 n n O2A HOA2 DAT sing 93 n n O5' C5' DAT sing 94 n n C5' C4' DAT sing 95 n n C5' "H5'1" DAT sing 96 n n C5' "H5'2" DAT sing 97 n n C4' O4' DAT sing 98 n n C4' C3' DAT sing 99 n n C4' H4' DAT sing 100 n n O4' C1' DAT sing 101 n n C3' O3' DAT sing 102 n n C3' C2' DAT sing 103 n n C3' H3' DAT sing 104 n n O3' HO3' DAT sing 105 n n C2' C1' DAT sing 106 n n C2' "H2'1" DAT sing 107 n n C2' "H2'2" DAT sing 108 n n C1' N9 DAT sing 109 n n C1' H1' DAT sing 110 n n N9 C8 DAT sing 111 n y N9 C4 DAT sing 112 n y C8 N7 DAT doub 113 n y C8 H8 DAT sing 114 n n N7 C5 DAT sing 115 n y C5 C6 DAT sing 116 n y C5 C4 DAT doub 117 n y C6 N6 DAT sing 118 n n C6 N1 DAT doub 119 n y N6 HN61 DAT sing 120 n n N6 HN62 DAT sing 121 n n N1 C2 DAT sing 122 n y C2 N3 DAT doub 123 n y C2 H2 DAT sing 124 n n N3 C4 DAT sing 125 n y # _atom_sites.entry_id 4ERM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003565 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001982 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006421 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006854 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 DTP A 1 801 800 DTP DTP . J 4 DAT A 1 802 850 DAT DAT . K 3 DTP A 1 803 900 DTP DTP . L 5 MG A 1 804 901 MG MG . M 3 DTP B 1 801 800 DTP DTP . N 4 DAT B 1 802 850 DAT DAT . O 3 DTP B 1 803 900 DTP DTP . P 5 MG B 1 804 901 MG MG . Q 3 DTP C 1 801 800 DTP DTP . R 4 DAT C 1 802 850 DAT DAT . S 3 DTP C 1 803 900 DTP DTP . T 5 MG C 1 804 901 MG MG . U 3 DTP D 1 801 800 DTP DTP . V 4 DAT D 1 802 850 DAT DAT . W 3 DTP D 1 803 900 DTP DTP . X 5 MG D 1 804 901 MG MG . Y 6 FEO E 1 501 501 FEO FEO . Z 6 FEO F 1 501 501 FEO FEO . AA 6 FEO G 1 501 501 FEO FEO . BA 6 FEO H 1 501 501 FEO FEO . CA 7 HOH E 1 601 1 HOH HOH . CA 7 HOH E 2 602 2 HOH HOH . DA 7 HOH F 1 601 1 HOH HOH . DA 7 HOH F 2 602 2 HOH HOH . EA 7 HOH G 1 601 1 HOH HOH . EA 7 HOH G 2 602 2 HOH HOH . FA 7 HOH H 1 601 1 HOH HOH . FA 7 HOH H 2 602 2 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB DAT . . . J 4 28.252 -66.983 56.828 1 126.54 ? PB DAT 802 A 1 HETATM 2 O O1B DAT . . . J 4 28.456 -68.138 57.929 1 126.54 ? O1B DAT 802 A 1 HETATM 3 O O2B DAT . . . J 4 29.529 -66.252 56.613 1 126.54 ? O2B DAT 802 A 1 HETATM 4 O O3B DAT . . . J 4 27.234 -66.044 57.299 1 126.54 ? O3B DAT 802 A 1 HETATM 5 P PA DAT . . . J 4 28.43 -68.899 54.963 1 126.54 ? PA DAT 802 A 1 HETATM 6 O O1A DAT . . . J 4 27.765 -70.19 55.453 1 126.54 ? O1A DAT 802 A 1 HETATM 7 O O2A DAT . . . J 4 29.992 -68.864 55.418 1 126.54 ? O2A DAT 802 A 1 HETATM 8 O O3A DAT . . . J 4 27.77 -67.619 55.475 1 126.54 ? O3A DAT 802 A 1 HETATM 9 O O5' DAT . . . J 4 28.447 -68.846 53.371 1 126.54 ? O5' DAT 802 A 1 HETATM 10 C C5' DAT . . . J 4 27.453 -69.441 52.669 1 126.54 ? C5' DAT 802 A 1 HETATM 11 C C4' DAT . . . J 4 25.993 -69.226 53.149 1 126.54 ? C4' DAT 802 A 1 HETATM 12 O O4' DAT . . . J 4 25.561 -67.822 53.43 1 126.54 ? O4' DAT 802 A 1 HETATM 13 C C3' DAT . . . J 4 25.019 -69.705 52.182 1 126.54 ? C3' DAT 802 A 1 HETATM 14 O O3' DAT . . . J 4 24.865 -71.127 52.254 1 126.54 ? O3' DAT 802 A 1 HETATM 15 C C2' DAT . . . J 4 23.775 -68.959 52.483 1 126.54 ? C2' DAT 802 A 1 HETATM 16 C C1' DAT . . . J 4 24.159 -67.846 53.347 1 126.54 ? C1' DAT 802 A 1 HETATM 17 N N9 DAT . . . J 4 23.401 -66.623 52.959 1 126.54 ? N9 DAT 802 A 1 HETATM 18 C C8 DAT . . . J 4 23.263 -66.119 51.731 1 126.54 ? C8 DAT 802 A 1 HETATM 19 N N7 DAT . . . J 4 22.502 -64.998 51.797 1 126.54 ? N7 DAT 802 A 1 HETATM 20 C C5 DAT . . . J 4 22.166 -64.811 53.085 1 126.54 ? C5 DAT 802 A 1 HETATM 21 C C6 DAT . . . J 4 21.407 -63.835 53.738 1 126.54 ? C6 DAT 802 A 1 HETATM 22 N N6 DAT . . . J 4 20.829 -62.799 53.016 1 126.54 ? N6 DAT 802 A 1 HETATM 23 N N1 DAT . . . J 4 21.235 -63.9 55.062 1 126.54 ? N1 DAT 802 A 1 HETATM 24 C C2 DAT . . . J 4 21.795 -64.903 55.762 1 126.54 ? C2 DAT 802 A 1 HETATM 25 N N3 DAT . . . J 4 22.534 -65.86 55.159 1 126.54 ? N3 DAT 802 A 1 HETATM 26 C C4 DAT . . . J 4 22.732 -65.833 53.834 1 126.54 ? C4 DAT 802 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 64 _model_server_stats.query_time_ms 672 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 26 #