data_4ERM # _model_server_result.job_id Y04hCdAmf3wma8avZ65QKA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 10:50:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4erm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":804}' # _entry.id 4ERM # _exptl.entry_id 4ERM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 119.07 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4ERM _cell.length_a 280.471 _cell.length_b 155.744 _cell.length_c 166.919 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4ERM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 L N N ? 5 P N N ? 5 T N N ? 5 X N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 K O1G DTP . A DTP 803 1_555 L MG MG . A MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.733 ? metalc ? metalc2 K O1A DTP . A DTP 803 1_555 L MG MG . A MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc3 O O1G DTP . B DTP 803 1_555 P MG MG . B MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.733 ? metalc ? metalc4 O O3G DTP . B DTP 803 1_555 P MG MG . B MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? metalc ? metalc5 O O1A DTP . B DTP 803 1_555 P MG MG . B MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc6 S O1G DTP . C DTP 803 1_555 T MG MG . C MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.734 ? metalc ? metalc7 S O3A DTP . C DTP 803 1_555 T MG MG . C MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc8 W O1G DTP . D DTP 803 1_555 X MG MG . D MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.735 ? metalc ? metalc9 W O2G DTP . D DTP 803 1_555 X MG MG . D MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? metalc ? metalc10 W O1B DTP . D DTP 803 1_555 X MG MG . D MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc11 E OD2 ASP 84 E ASP 84 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc12 E OD1 ASP 84 E ASP 84 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc13 E OE1 GLU 115 E GLU 115 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc14 E OE2 GLU 115 E GLU 115 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? metalc ? metalc15 E ND1 HIS 118 E HIS 118 1_555 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc16 E OE2 GLU 204 E GLU 204 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc ? metalc17 E OE2 GLU 238 E GLU 238 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc18 E ND1 HIS 241 E HIS 241 1_555 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc19 Y FE2 FEO . E FEO 501 1_555 CA O HOH . E HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc20 Y FE1 FEO . E FEO 501 1_555 CA O HOH . E HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc21 F OD2 ASP 84 F ASP 84 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc22 F OD1 ASP 84 F ASP 84 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc23 F OE1 GLU 115 F GLU 115 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc24 F OE2 GLU 115 F GLU 115 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc25 F ND1 HIS 118 F HIS 118 1_555 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc26 F OE1 GLU 204 F GLU 204 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc27 F OE2 GLU 238 F GLU 238 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc28 F ND1 HIS 241 F HIS 241 1_555 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc29 Z FE2 FEO . F FEO 501 1_555 DA O HOH . F HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc30 Z FE1 FEO . F FEO 501 1_555 DA O HOH . F HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc31 G OD2 ASP 84 G ASP 84 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? metalc ? metalc32 G OD1 ASP 84 G ASP 84 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc33 G OE1 GLU 115 G GLU 115 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? metalc ? metalc34 G OE2 GLU 115 G GLU 115 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc35 G ND1 HIS 118 G HIS 118 1_555 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc36 G OE1 GLU 204 G GLU 204 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc37 G OE2 GLU 238 G GLU 238 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc38 G ND1 HIS 241 G HIS 241 1_555 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc39 AA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 EA O HOH . G HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? metalc ? metalc40 AA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 EA O HOH . G HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc41 H OD2 ASP 84 H ASP 84 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc42 H OD1 ASP 84 H ASP 84 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc43 H OE1 GLU 115 H GLU 115 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc44 H OE2 GLU 115 H GLU 115 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc45 H ND1 HIS 118 H HIS 118 1_555 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc46 H OE1 GLU 204 H GLU 204 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc47 H OE2 GLU 238 H GLU 238 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc48 H ND1 HIS 241 H HIS 241 1_555 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc49 BA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 FA O HOH . H HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? metalc ? metalc50 BA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 FA O HOH . H HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4ERM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003565 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001982 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006421 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006854 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 DTP A 1 801 800 DTP DTP . J 4 DAT A 1 802 850 DAT DAT . K 3 DTP A 1 803 900 DTP DTP . L 5 MG A 1 804 901 MG MG . M 3 DTP B 1 801 800 DTP DTP . N 4 DAT B 1 802 850 DAT DAT . O 3 DTP B 1 803 900 DTP DTP . P 5 MG B 1 804 901 MG MG . Q 3 DTP C 1 801 800 DTP DTP . R 4 DAT C 1 802 850 DAT DAT . S 3 DTP C 1 803 900 DTP DTP . T 5 MG C 1 804 901 MG MG . U 3 DTP D 1 801 800 DTP DTP . V 4 DAT D 1 802 850 DAT DAT . W 3 DTP D 1 803 900 DTP DTP . X 5 MG D 1 804 901 MG MG . Y 6 FEO E 1 501 501 FEO FEO . Z 6 FEO F 1 501 501 FEO FEO . AA 6 FEO G 1 501 501 FEO FEO . BA 6 FEO H 1 501 501 FEO FEO . CA 7 HOH E 1 601 1 HOH HOH . CA 7 HOH E 2 602 2 HOH HOH . DA 7 HOH F 1 601 1 HOH HOH . DA 7 HOH F 2 602 2 HOH HOH . EA 7 HOH G 1 601 1 HOH HOH . EA 7 HOH G 2 602 2 HOH HOH . FA 7 HOH H 1 601 1 HOH HOH . FA 7 HOH H 2 602 2 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id P _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -1.028 _atom_site.Cartn_y -64.958 _atom_site.Cartn_z 63.657 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 94.06 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 804 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 59 _model_server_stats.query_time_ms 280 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #