data_4FE1
#
_model_server_result.job_id            26Pbp-xOXcOq3cl8Gue3zQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 04:14:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4fe1 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"WB","auth_seq_id":807}' 
#
_entry.id    4FE1 
#
_exptl.entry_id    4FE1 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              893.489 
_entity.id                          13 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CHLOROPHYLL A' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    96 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            4FE1 
_cell.length_a            281 
_cell.length_b            281 
_cell.length_c            165.2 
_cell.Z_PDB               6 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4FE1 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        173 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 63' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? 36-meric 36 author_defined_assembly 1 
PISA 33-meric 33 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE 1 1,2,3 
A,B,C,D,E,F,G,H,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE 2 1,2,3 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_655 -y+1,x-y,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 281 0 0 
3 'crystal symmetry operation' 3_665 -x+y+1,-x+1,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 140.5 243.353138 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 13 M N N 
? 13 N N N 
? 13 O N N 
? 13 P N N 
? 13 Q N N 
? 13 R N N 
? 13 S N N 
? 13 T N N 
? 13 U N N 
? 13 V N N 
? 13 W N N 
? 13 X N N 
? 13 Y N N 
? 13 Z N N 
? 13 AA N N 
? 13 BA N N 
? 13 CA N N 
? 13 DA N N 
? 13 EA N N 
? 13 FA N N 
? 13 GA N N 
? 13 HA N N 
? 13 IA N N 
? 13 JA N N 
? 13 KA N N 
? 13 LA N N 
? 13 MA N N 
? 13 NA N N 
? 13 OA N N 
? 13 PA N N 
? 13 QA N N 
? 13 RA N N 
? 13 SA N N 
? 13 TA N N 
? 13 UA N N 
? 13 VA N N 
? 13 WA N N 
? 13 XA N N 
? 13 YA N N 
? 13 ZA N N 
? 13 AB N N 
? 13 BB N N 
? 13 CB N N 
? 13 DB N N 
? 13 EB N N 
? 13 OB N N 
? 13 QB N N 
? 13 RB N N 
? 13 SB N N 
? 13 TB N N 
? 13 UB N N 
? 13 VB N N 
? 13 WB N N 
? 13 XB N N 
? 13 YB N N 
? 13 ZB N N 
? 13 AC N N 
? 13 BC N N 
? 13 CC N N 
? 13 DC N N 
? 13 EC N N 
? 13 FC N N 
? 13 GC N N 
? 13 HC N N 
? 13 IC N N 
? 13 JC N N 
? 13 KC N N 
? 13 LC N N 
? 13 MC N N 
? 13 NC N N 
? 13 OC N N 
? 13 PC N N 
? 13 QC N N 
? 13 RC N N 
? 13 SC N N 
? 13 TC N N 
? 13 UC N N 
? 13 VC N N 
? 13 WC N N 
? 13 XC N N 
? 13 YC N N 
? 13 ZC N N 
? 13 AD N N 
? 13 BD N N 
? 13 CD N N 
? 13 QD N N 
? 13 SD N N 
? 13 UD N N 
? 13 VD N N 
? 13 WD N N 
? 13 AE N N 
? 13 BE N N 
? 13 CE N N 
? 13 FE N N 
? 13 GE N N 
? 13 JE N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 F SG CYS 31 F CYS 8 1_555 F SG CYS 66 F CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLN 115 A GLN 115 1_555 T MG CLA . A CLA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 123 A GLN 123 1_555 U MG CLA . A CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 501 A THR 501 1_555 VA MG CLA . A CLA 836 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 578 A CYS 578 1_555 PB FE3 SF4 . A SF4 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 587 A CYS 587 1_555 PB FE2 SF4 . A SF4 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc6 P O1A CLA . A CLA 804 1_555 W MG CLA . A CLA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc7 EB MG CLA . A CLA 845 1_555 NB O5 LHG . A LHG 854 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc8 PB FE4 SF4 . A SF4 856 1_555 B SG CYS 565 B CYS 565 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc9 PB FE1 SF4 . A SF4 856 1_555 B SG CYS 574 B CYS 574 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc10 B OD2 ASP 92 B ASP 92 1_555 XB MG CLA . B CLA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 10 C CYS 10 1_555 PD FE4 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 13 C CYS 13 1_555 PD FE3 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 16 C CYS 16 1_555 PD FE2 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 20 C CYS 20 1_555 OD FE2 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 47 C CYS 47 1_555 OD FE4 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 50 C CYS 50 1_555 OD FE1 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 53 C CYS 53 1_555 OD FE3 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 57 C CYS 57 1_555 PD FE1 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc19 H OE2 GLU 28 J GLU 28 1_555 VD MG CLA . J CLA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc20 J OE2 GLU 49 L GLU 49 1_555 AE MG CLA . L CLA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc21 J O PRO 67 L PRO 67 1_555 ZD CA CA . L CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc22 J OD1 ASP 70 L ASP 70 1_555 ZD CA CA . L CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc23 J OD2 ASP 70 L ASP 70 1_555 ZD CA CA . L CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? 
metalc ? metalc24 L OD1 ASN 23 X ASN 23 1_555 JE MG CLA . X CLA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
#
_chem_comp.formula           'C55 H72 Mg N4 O5' 
_chem_comp.formula_weight    893.489 
_chem_comp.id                CLA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CHLOROPHYLL A' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
MG NA CLA sing 167 n n 
MG NB CLA sing 168 n n 
MG NC CLA sing 169 n n 
MG ND CLA sing 170 n n 
CHA C1A CLA sing 171 n n 
CHA C4D CLA doub 172 n n 
CHA CBD CLA sing 173 n n 
CHB C4A CLA doub 174 n n 
CHB C1B CLA sing 175 n n 
CHB HHB CLA sing 176 n n 
CHC C4B CLA sing 177 n n 
CHC C1C CLA doub 178 n n 
CHC HHC CLA sing 179 n n 
CHD C4C CLA sing 180 n n 
CHD C1D CLA doub 181 n n 
CHD HHD CLA sing 182 n n 
NA C1A CLA doub 183 n n 
NA C4A CLA sing 184 n n 
C1A C2A CLA sing 185 n n 
C2A C3A CLA sing 186 n n 
C2A CAA CLA sing 187 n n 
C2A H2A CLA sing 188 n n 
C3A C4A CLA sing 189 n n 
C3A CMA CLA sing 190 n n 
C3A H3A CLA sing 191 n n 
CMA HMA1 CLA sing 192 n n 
CMA HMA2 CLA sing 193 n n 
CMA HMA3 CLA sing 194 n n 
CAA CBA CLA sing 195 n n 
CAA HAA1 CLA sing 196 n n 
CAA HAA2 CLA sing 197 n n 
CBA CGA CLA sing 198 n n 
CBA HBA1 CLA sing 199 n n 
CBA HBA2 CLA sing 200 n n 
CGA O1A CLA doub 201 n n 
CGA O2A CLA sing 202 n n 
O2A C1 CLA sing 203 n n 
NB C1B CLA sing 204 n y 
NB C4B CLA sing 205 n y 
C1B C2B CLA doub 206 n y 
C2B C3B CLA sing 207 n y 
C2B CMB CLA sing 208 n n 
C3B C4B CLA doub 209 n y 
C3B CAB CLA sing 210 n n 
CMB HMB1 CLA sing 211 n n 
CMB HMB2 CLA sing 212 n n 
CMB HMB3 CLA sing 213 n n 
CAB CBB CLA doub 214 n n 
CAB HAB CLA sing 215 n n 
CBB HBB1 CLA sing 216 n n 
CBB HBB2 CLA sing 217 n n 
NC C1C CLA sing 218 n n 
NC C4C CLA doub 219 n n 
C1C C2C CLA sing 220 n n 
C2C C3C CLA doub 221 n n 
C2C CMC CLA sing 222 n n 
C3C C4C CLA sing 223 n n 
C3C CAC CLA sing 224 n n 
CMC HMC1 CLA sing 225 n n 
CMC HMC2 CLA sing 226 n n 
CMC HMC3 CLA sing 227 n n 
CAC CBC CLA sing 228 n n 
CAC HAC1 CLA sing 229 n n 
CAC HAC2 CLA sing 230 n n 
CBC HBC1 CLA sing 231 n n 
CBC HBC2 CLA sing 232 n n 
CBC HBC3 CLA sing 233 n n 
ND C1D CLA sing 234 n n 
ND C4D CLA sing 235 n n 
C1D C2D CLA sing 236 n n 
C2D C3D CLA doub 237 n n 
C2D CMD CLA sing 238 n n 
C3D C4D CLA sing 239 n n 
C3D CAD CLA sing 240 n n 
CMD HMD1 CLA sing 241 n n 
CMD HMD2 CLA sing 242 n n 
CMD HMD3 CLA sing 243 n n 
CAD OBD CLA doub 244 n n 
CAD CBD CLA sing 245 n n 
CBD CGD CLA sing 246 n n 
CBD HBD CLA sing 247 n n 
CGD O1D CLA doub 248 n n 
CGD O2D CLA sing 249 n n 
O2D CED CLA sing 250 n n 
CED HED1 CLA sing 251 n n 
CED HED2 CLA sing 252 n n 
CED HED3 CLA sing 253 n n 
C1 C2 CLA sing 254 n n 
C1 H11 CLA sing 255 n n 
C1 H12 CLA sing 256 n n 
C2 C3 CLA doub 257 e n 
C2 H2 CLA sing 258 n n 
C3 C4 CLA sing 259 n n 
C3 C5 CLA sing 260 n n 
C4 H41 CLA sing 261 n n 
C4 H42 CLA sing 262 n n 
C4 H43 CLA sing 263 n n 
C5 C6 CLA sing 264 n n 
C5 H51 CLA sing 265 n n 
C5 H52 CLA sing 266 n n 
C6 C7 CLA sing 267 n n 
C6 H61 CLA sing 268 n n 
C6 H62 CLA sing 269 n n 
C7 C8 CLA sing 270 n n 
C7 H71 CLA sing 271 n n 
C7 H72 CLA sing 272 n n 
C8 C9 CLA sing 273 n n 
C8 C10 CLA sing 274 n n 
C8 H8 CLA sing 275 n n 
C9 H91 CLA sing 276 n n 
C9 H92 CLA sing 277 n n 
C9 H93 CLA sing 278 n n 
C10 C11 CLA sing 279 n n 
C10 H101 CLA sing 280 n n 
C10 H102 CLA sing 281 n n 
C11 C12 CLA sing 282 n n 
C11 H111 CLA sing 283 n n 
C11 H112 CLA sing 284 n n 
C12 C13 CLA sing 285 n n 
C12 H121 CLA sing 286 n n 
C12 H122 CLA sing 287 n n 
C13 C14 CLA sing 288 n n 
C13 C15 CLA sing 289 n n 
C13 H13 CLA sing 290 n n 
C14 H141 CLA sing 291 n n 
C14 H142 CLA sing 292 n n 
C14 H143 CLA sing 293 n n 
C15 C16 CLA sing 294 n n 
C15 H151 CLA sing 295 n n 
C15 H152 CLA sing 296 n n 
C16 C17 CLA sing 297 n n 
C16 H161 CLA sing 298 n n 
C16 H162 CLA sing 299 n n 
C17 C18 CLA sing 300 n n 
C17 H171 CLA sing 301 n n 
C17 H172 CLA sing 302 n n 
C18 C19 CLA sing 303 n n 
C18 C20 CLA sing 304 n n 
C18 H18 CLA sing 305 n n 
C19 H191 CLA sing 306 n n 
C19 H192 CLA sing 307 n n 
C19 H193 CLA sing 308 n n 
C20 H201 CLA sing 309 n n 
C20 H202 CLA sing 310 n n 
C20 H203 CLA sing 311 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4FE1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003559 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002055 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004109 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006053 
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EB 13 CLA A 1 845 1801 CLA CLA . 
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KB 15 BCR A 1 851 4008 BCR BCR . 
LB 15 BCR A 1 852 4011 BCR BCR . 
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ID 15 BCR B 1 845 4010 BCR BCR . 
JD 15 BCR B 1 846 4014 BCR BCR . 
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OD 17 SF4 C 1 101 3002 SF4 SF4 . 
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QD 13 CLA F 1 1301 1301 CLA CLA . 
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IE 16 LHG X 1 101 5004 LHG LHG . 
JE 13 CLA X 1 102 1701 CLA CLA . 
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loop_
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_atom_site.auth_atom_id
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_atom_site.auth_asym_id
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HETATM 3 C CHB CLA . . . WB 13 101.457 90.002 87.109 1 39.22 ? CHB CLA 807 B 1 
HETATM 4 C CHC CLA . . . WB 13 104.128 93.508 88.761 1 40.3 ? CHC CLA 807 B 1 
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