data_4FID # _model_server_result.job_id 3g7BFxaPc5qmZinUbvNjxw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 14:08:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4fid # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":401}' # _entry.id 4FID # _exptl.entry_id 4FID _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 443.201 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4FID _cell.length_a 56.671 _cell.length_b 57.174 _cell.length_c 231.289 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4FID _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,E 1 1 B,D,F 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C VAL 8 A VAL 26 1_555 A N MSE 9 A MSE 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale2 A C MSE 9 A MSE 27 1_555 A N LEU 10 A LEU 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale3 A C CYS 52 A CYS 70 1_555 A N MSE 53 A MSE 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale4 A C MSE 53 A MSE 71 1_555 A N ARG 54 A ARG 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale5 A C PRO 66 A PRO 84 1_555 A N MSE 67 A MSE 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale6 A C MSE 67 A MSE 85 1_555 A N LYS 68 A LYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale7 A C ALA 130 A ALA 148 1_555 A N MSE 131 A MSE 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale8 A C MSE 131 A MSE 149 1_555 A N GLU 132 A GLU 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale9 A C LYS 176 A LYS 194 1_555 A N MLY 177 A MLY 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale10 A C MLY 177 A MLY 195 1_555 A N TRP 178 A TRP 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale11 A C ASP 198 A ASP 216 1_555 A N MSE 199 A MSE 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale12 A C MSE 199 A MSE 217 1_555 A N LYS 200 A LYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale13 A C ILE 220 A ILE 238 1_555 A N MSE 221 A MSE 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale14 A C MSE 221 A MSE 239 1_555 A N THR 222 A THR 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale15 A C LYS 237 A LYS 255 1_555 A N MSE 238 A MSE 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale16 A C MSE 238 A MSE 256 1_555 A N ASP 239 A ASP 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale17 A C VAL 264 A VAL 282 1_555 A N MSE 265 A MSE 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale18 A C MSE 265 A MSE 283 1_555 A N GLY 266 A GLY 284 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale19 A C GLU 282 A GLU 300 1_555 A N MSE 283 A MSE 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale20 A C MSE 283 A MSE 301 1_555 A N ASN 284 A ASN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale21 A C PHE 319 A PHE 337 1_555 A N MSE 320 A MSE 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale22 A C MSE 320 A MSE 338 1_555 A N LEU 321 A LEU 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale23 A C ILE 326 A ILE 344 1_555 A N MSE 327 A MSE 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale24 A C MSE 327 A MSE 345 1_555 A N LYS 328 A LYS 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale25 A C ASN 329 A ASN 347 1_555 A N MSE 330 A MSE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale26 A C MSE 330 A MSE 348 1_555 A N ALA 331 A ALA 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale27 A C LYS 335 A LYS 353 1_555 A N MSE 336 A MSE 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale28 A C MSE 336 A MSE 354 1_555 A N ARG 337 A ARG 355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale29 B C VAL 8 B VAL 26 1_555 B N MSE 9 B MSE 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale30 B C MSE 9 B MSE 27 1_555 B N LEU 10 B LEU 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale31 B C CYS 52 B CYS 70 1_555 B N MSE 53 B MSE 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale32 B C MSE 53 B MSE 71 1_555 B N ARG 54 B ARG 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale33 B C PRO 66 B PRO 84 1_555 B N MSE 67 B MSE 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale34 B C MSE 67 B MSE 85 1_555 B N LYS 68 B LYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale35 B C ALA 130 B ALA 148 1_555 B N MSE 131 B MSE 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale36 B C MSE 131 B MSE 149 1_555 B N GLU 132 B GLU 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale37 B C ASP 198 B ASP 216 1_555 B N MSE 199 B MSE 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale38 B C MSE 199 B MSE 217 1_555 B N LYS 200 B LYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale39 B C ILE 220 B ILE 238 1_555 B N MSE 221 B MSE 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale40 B C MSE 221 B MSE 239 1_555 B N THR 222 B THR 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale41 B C LYS 237 B LYS 255 1_555 B N MSE 238 B MSE 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale42 B C MSE 238 B MSE 256 1_555 B N ASP 239 B ASP 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale43 B C VAL 264 B VAL 282 1_555 B N MSE 265 B MSE 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale44 B C MSE 265 B MSE 283 1_555 B N GLY 266 B GLY 284 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale45 B C GLU 282 B GLU 300 1_555 B N MSE 283 B MSE 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale46 B C PHE 319 B PHE 337 1_555 B N MSE 320 B MSE 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale47 B C MSE 320 B MSE 338 1_555 B N LEU 321 B LEU 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale48 B C ILE 326 B ILE 344 1_555 B N MSE 327 B MSE 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale49 B C MSE 327 B MSE 345 1_555 B N LYS 328 B LYS 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale50 B C ASN 329 B ASN 347 1_555 B N MSE 330 B MSE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale51 B C MSE 330 B MSE 348 1_555 B N ALA 331 B ALA 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O11 P2' _chem_comp.formula_weight 443.201 _chem_comp.id GDP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type 'rna linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4FID _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.017646 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01749 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004324 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 GDP A 1 401 396 GDP GDP . D 2 GDP B 1 401 396 GDP GDP . E 3 HOH A 1 501 1 HOH HOH . E 3 HOH A 2 502 3 HOH HOH . E 3 HOH A 3 503 4 HOH HOH . E 3 HOH A 4 504 6 HOH HOH . E 3 HOH A 5 505 7 HOH HOH . E 3 HOH A 6 506 8 HOH HOH . E 3 HOH A 7 507 10 HOH HOH . E 3 HOH A 8 508 11 HOH HOH . E 3 HOH A 9 509 13 HOH HOH . E 3 HOH A 10 510 14 HOH HOH . E 3 HOH A 11 511 16 HOH HOH . E 3 HOH A 12 512 17 HOH HOH . E 3 HOH A 13 513 18 HOH HOH . E 3 HOH A 14 514 359 HOH HOH . E 3 HOH A 15 515 360 HOH HOH . E 3 HOH A 16 516 361 HOH HOH . E 3 HOH A 17 517 362 HOH HOH . E 3 HOH A 18 518 363 HOH HOH . E 3 HOH A 19 519 364 HOH HOH . E 3 HOH A 20 520 365 HOH HOH . E 3 HOH A 21 521 366 HOH HOH . E 3 HOH A 22 522 367 HOH HOH . E 3 HOH A 23 523 368 HOH HOH . E 3 HOH A 24 524 369 HOH HOH . E 3 HOH A 25 525 370 HOH HOH . E 3 HOH A 26 526 371 HOH HOH . E 3 HOH A 27 527 372 HOH HOH . E 3 HOH A 28 528 373 HOH HOH . E 3 HOH A 29 529 374 HOH HOH . E 3 HOH A 30 530 375 HOH HOH . F 3 HOH B 1 501 2 HOH HOH . F 3 HOH B 2 502 5 HOH HOH . F 3 HOH B 3 503 9 HOH HOH . F 3 HOH B 4 504 12 HOH HOH . F 3 HOH B 5 505 15 HOH HOH . F 3 HOH B 6 506 359 HOH HOH . F 3 HOH B 7 507 360 HOH HOH . F 3 HOH B 8 508 361 HOH HOH . F 3 HOH B 9 509 362 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB GDP . . . C 2 9.099 10.292 60.355 1 69.21 ? PB GDP 401 A 1 HETATM 2 O O1B GDP . . . C 2 8.842 11.769 60.519 1 71.41 ? O1B GDP 401 A 1 HETATM 3 O O2B GDP . . . C 2 8.225 9.528 61.322 1 70.95 ? O2B GDP 401 A 1 HETATM 4 O O3B GDP . . . C 2 8.739 9.925 58.937 1 69.23 ? O3B GDP 401 A 1 HETATM 5 O O3A GDP . . . C 2 10.65 9.894 60.653 1 69.85 ? O3A GDP 401 A 1 HETATM 6 P PA GDP . . . C 2 11.879 10.959 60.742 1 98.76 ? PA GDP 401 A 1 HETATM 7 O O1A GDP . . . C 2 12.313 11.425 59.368 1 84.66 ? O1A GDP 401 A 1 HETATM 8 O O2A GDP . . . C 2 11.52 12.15 61.613 1 103.93 ? O2A GDP 401 A 1 HETATM 9 O O5' GDP . . . C 2 13.059 10.122 61.47 1 81.22 ? O5' GDP 401 A 1 HETATM 10 C C5' GDP . . . C 2 13.626 10.597 62.695 1 81.05 ? C5' GDP 401 A 1 HETATM 11 C C4' GDP . . . C 2 15.112 10.237 62.841 1 79.49 ? C4' GDP 401 A 1 HETATM 12 O O4' GDP . . . C 2 15.499 9.138 62.004 1 74.85 ? O4' GDP 401 A 1 HETATM 13 C C3' GDP . . . C 2 16.037 11.408 62.506 1 74.05 ? C3' GDP 401 A 1 HETATM 14 O O3' GDP . . . C 2 16.902 11.678 63.628 1 69.13 ? O3' GDP 401 A 1 HETATM 15 C C2' GDP . . . C 2 16.822 10.951 61.284 1 66.45 ? C2' GDP 401 A 1 HETATM 16 O O2' GDP . . . C 2 18.155 11.494 61.277 1 55.38 ? O2' GDP 401 A 1 HETATM 17 C C1' GDP . . . C 2 16.766 9.425 61.403 1 67.15 ? C1' GDP 401 A 1 HETATM 18 N N9 GDP . . . C 2 16.946 8.726 60.096 1 59.96 ? N9 GDP 401 A 1 HETATM 19 C C8 GDP . . . C 2 16.091 8.672 59.051 1 48.31 ? C8 GDP 401 A 1 HETATM 20 N N7 GDP . . . C 2 16.605 7.931 58.031 1 41.4 ? N7 GDP 401 A 1 HETATM 21 C C5 GDP . . . C 2 17.816 7.491 58.42 1 49.83 ? C5 GDP 401 A 1 HETATM 22 C C6 GDP . . . C 2 18.909 6.668 57.84 1 54.3 ? C6 GDP 401 A 1 HETATM 23 O O6 GDP . . . C 2 18.815 6.182 56.698 1 52.59 ? O6 GDP 401 A 1 HETATM 24 N N1 GDP . . . C 2 20.01 6.46 58.57 1 61.17 ? N1 GDP 401 A 1 HETATM 25 C C2 GDP . . . C 2 20.146 6.959 59.815 1 63.65 ? C2 GDP 401 A 1 HETATM 26 N N2 GDP . . . C 2 21.282 6.694 60.498 1 66.45 ? N2 GDP 401 A 1 HETATM 27 N N3 GDP . . . C 2 19.193 7.718 60.416 1 60.44 ? N3 GDP 401 A 1 HETATM 28 C C4 GDP . . . C 2 18.032 8.012 59.78 1 58.43 ? C4 GDP 401 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 63 _model_server_stats.parse_time_ms 37 _model_server_stats.create_model_time_ms 26 _model_server_stats.query_time_ms 1274 _model_server_stats.encode_time_ms 33 _model_server_stats.element_count 28 #