data_4FME
#
_model_server_result.job_id            pqRvvtrjRnNGs3OTdw15vA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 23:42:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4fme 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":202}' 
#
_entry.id    4FME 
#
_exptl.entry_id    4FME 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              443.201 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4FME 
_cell.length_a            137.222 
_cell.length_b            137.222 
_cell.length_c            126.503 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4FME 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        78 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,K,Q,R 1 1 
D,E,F,L,M,N,O,P,S,T 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 H N N 
? 5 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 Q O HOH . A HOH 401 1_555 G AL AF3 . B AF3 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc2 B OG SER 20 B SER 25 1_555 I MG MG . B MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? 
metalc ? metalc3 B OG1 THR 38 B THR 43 1_555 I MG MG . B MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc4 B OD2 ASP 61 B ASP 66 1_555 I MG MG . B MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? 
metalc ? metalc5 G AL AF3 . B AF3 201 1_555 H O1B GDP . B GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc6 I MG MG . B MG 203 1_555 R O HOH . B HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? 
metalc ? metalc7 C OG1 THR 14 C THR 27 1_555 K MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc8 C OG1 THR 31 C THR 44 1_555 K MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc9 J O2B GTP . C GTP 201 1_555 K MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc10 J O3B GTP . C GTP 201 1_555 K MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc11 J O3G GTP . C GTP 201 1_555 K MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? 
metalc ? metalc12 J O2G GTP . C GTP 201 1_555 K MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? 
metalc ? metalc13 S O HOH . D HOH 401 1_555 L AL AF3 . E AF3 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc14 E OG SER 20 E SER 25 1_555 N MG MG . E MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc15 E OG1 THR 38 E THR 43 1_555 N MG MG . E MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? 
metalc ? metalc16 E OD2 ASP 61 E ASP 66 1_555 N MG MG . E MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc17 L AL AF3 . E AF3 201 1_555 M O1B GDP . E GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? 
metalc ? metalc18 M O3B GDP . E GDP 202 1_555 N MG MG . E MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc19 N MG MG . E MG 203 1_555 T O HOH . E HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc20 F OG1 THR 14 F THR 27 1_555 P MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc21 F OG1 THR 31 F THR 44 1_555 P MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc22 O O2B GTP . F GTP 201 1_555 P MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc23 O O3B GTP . F GTP 201 1_555 P MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc24 O O3G GTP . F GTP 201 1_555 P MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? 
metalc ? metalc25 O O2G GTP . F GTP 201 1_555 P MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    443.201 
_chem_comp.id                GDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B GDP doub 86 n n 
PB O2B GDP sing 87 n n 
PB O3B GDP sing 88 n n 
PB O3A GDP sing 89 n n 
O2B HOB2 GDP sing 90 n n 
O3B HOB3 GDP sing 91 n n 
O3A PA GDP sing 92 n n 
PA O1A GDP doub 93 n n 
PA O2A GDP sing 94 n n 
PA O5' GDP sing 95 n n 
O2A HOA2 GDP sing 96 n n 
O5' C5' GDP sing 97 n n 
C5' C4' GDP sing 98 n n 
C5' H5' GDP sing 99 n n 
C5' "H5''" GDP sing 100 n n 
C4' O4' GDP sing 101 n n 
C4' C3' GDP sing 102 n n 
C4' H4' GDP sing 103 n n 
O4' C1' GDP sing 104 n n 
C3' O3' GDP sing 105 n n 
C3' C2' GDP sing 106 n n 
C3' H3' GDP sing 107 n n 
O3' HO3' GDP sing 108 n n 
C2' O2' GDP sing 109 n n 
C2' C1' GDP sing 110 n n 
C2' H2' GDP sing 111 n n 
O2' HO2' GDP sing 112 n n 
C1' N9 GDP sing 113 n n 
C1' H1' GDP sing 114 n n 
N9 C8 GDP sing 115 n y 
N9 C4 GDP sing 116 n y 
C8 N7 GDP doub 117 n y 
C8 H8 GDP sing 118 n n 
N7 C5 GDP sing 119 n y 
C5 C6 GDP sing 120 n n 
C5 C4 GDP doub 121 n y 
C6 O6 GDP doub 122 n n 
C6 N1 GDP sing 123 n n 
N1 C2 GDP sing 124 n n 
N1 HN1 GDP sing 125 n n 
C2 N2 GDP sing 126 n n 
C2 N3 GDP doub 127 n n 
N2 HN21 GDP sing 128 n n 
N2 HN22 GDP sing 129 n n 
N3 C4 GDP sing 130 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4FME 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007287 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007287 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007905 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 AF3 B 1 201 505 AF3 AF3 . 
H 5 GDP B 1 202 501 GDP GDP . 
I 6 MG B 1 203 502 MG MG . 
J 7 GTP C 1 201 1230 GTP GTP . 
K 6 MG C 1 202 1231 MG MG . 
L 4 AF3 E 1 201 505 AF3 AF3 . 
M 5 GDP E 1 202 501 GDP GDP . 
N 6 MG E 1 203 502 MG MG . 
O 7 GTP F 1 201 1230 GTP GTP . 
P 6 MG F 1 202 1231 MG MG . 
Q 8 HOH A 1 401 503 HOH HOH . 
R 8 HOH B 1 301 504 HOH HOH . 
S 8 HOH D 1 401 503 HOH HOH . 
T 8 HOH E 1 301 504 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PB GDP . . . H 5 -30.065 45.722 1.5 1 190.87 ? PB GDP 202 B 1 
HETATM 2 O O1B GDP . . . H 5 -29.084 46.019 2.576 1 176.61 ? O1B GDP 202 B 1 
HETATM 3 O O2B GDP . . . H 5 -30.369 47.036 0.619 1 200.96 ? O2B GDP 202 B 1 
HETATM 4 O O3B GDP . . . H 5 -29.515 44.556 0.535 1 174.36 ? O3B GDP 202 B 1 
HETATM 5 O O3A GDP . . . H 5 -31.458 45.258 2.164 1 176.75 ? O3A GDP 202 B 1 
HETATM 6 P PA GDP . . . H 5 -31.237 43.98 3.124 1 132.43 ? PA GDP 202 B 1 
HETATM 7 O O1A GDP . . . H 5 -30.499 42.909 2.421 1 119.04 ? O1A GDP 202 B 1 
HETATM 8 O O2A GDP . . . H 5 -30.433 44.413 4.449 1 139.14 ? O2A GDP 202 B 1 
HETATM 9 O O5' GDP . . . H 5 -32.695 43.43 3.526 1 164.03 ? O5' GDP 202 B 1 
HETATM 10 C C5' GDP . . . H 5 -32.657 42.914 4.854 1 125.24 ? C5' GDP 202 B 1 
HETATM 11 C C4' GDP . . . H 5 -33.9 43.434 5.561 1 163.64 ? C4' GDP 202 B 1 
HETATM 12 O O4' GDP . . . H 5 -34.882 43.772 4.58 1 176.37 ? O4' GDP 202 B 1 
HETATM 13 C C3' GDP . . . H 5 -34.539 42.439 6.537 1 182.23 ? C3' GDP 202 B 1 
HETATM 14 O O3' GDP . . . H 5 -34.386 42.893 7.886 1 199.59 ? O3' GDP 202 B 1 
HETATM 15 C C2' GDP . . . H 5 -36.012 42.399 6.167 1 194.85 ? C2' GDP 202 B 1 
HETATM 16 O O2' GDP . . . H 5 -36.78 42.961 7.237 1 175.38 ? O2' GDP 202 B 1 
HETATM 17 C C1' GDP . . . H 5 -36.174 43.275 4.931 1 213.2 ? C1' GDP 202 B 1 
HETATM 18 N N9 GDP . . . H 5 -36.677 42.433 3.814 1 249.05 ? N9 GDP 202 B 1 
HETATM 19 C C8 GDP . . . H 5 -36.035 42.167 2.666 1 246.58 ? C8 GDP 202 B 1 
HETATM 20 N N7 GDP . . . H 5 -36.813 41.367 1.901 1 214.72 ? N7 GDP 202 B 1 
HETATM 21 C C5 GDP . . . H 5 -37.951 41.137 2.586 1 226.7 ? C5 GDP 202 B 1 
HETATM 22 C C6 GDP . . . H 5 -39.184 40.358 2.311 1 198.03 ? C6 GDP 202 B 1 
HETATM 23 O O6 GDP . . . H 5 -39.334 39.673 1.143 1 154.21 ? O6 GDP 202 B 1 
HETATM 24 N N1 GDP . . . H 5 -40.155 40.346 3.248 1 188.84 ? N1 GDP 202 B 1 
HETATM 25 C C2 GDP . . . H 5 -40.003 41.028 4.408 1 196.6 ? C2 GDP 202 B 1 
HETATM 26 N N2 GDP . . . H 5 -40.997 40.997 5.33 1 175.46 ? N2 GDP 202 B 1 
HETATM 27 N N3 GDP . . . H 5 -38.883 41.743 4.673 1 227.19 ? N3 GDP 202 B 1 
HETATM 28 C C4 GDP . . . H 5 -37.859 41.811 3.788 1 247.88 ? C4 GDP 202 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              89 
_model_server_stats.parse_time_ms           81 
_model_server_stats.create_model_time_ms    115 
_model_server_stats.query_time_ms           299 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           28 
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