data_4FSX # _model_server_result.job_id cOwMYAeBWcYm5-RTyQPl7A _model_server_result.datetime_utc '2025-07-13 05:38:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4fsx # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1000}' # _entry.id 4FSX # _exptl.entry_id 4FSX _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 384.411 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 93.47 _cell.angle_beta 95.53 _cell.angle_gamma 110.41 _cell.entry_id 4FSX _cell.length_a 64.857 _cell.length_b 88.952 _cell.length_c 113.493 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4FSX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C 1 1 B,D 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C ASN 149 A ASN 277 1_555 A N MSE 150 A MSE 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale2 A C MSE 150 A MSE 278 1_555 A N ASP 151 A ASP 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? covale ? covale3 A C ASP 167 A ASP 295 1_555 A N MSE 168 A MSE 296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale4 A C MSE 168 A MSE 296 1_555 A N SER 169 A SER 297 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale5 A C GLY 224 A GLY 352 1_555 A N MSE 225 A MSE 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale6 A C MSE 225 A MSE 353 1_555 A N SER 226 A SER 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale7 A C GLN 412 A GLN 540 1_555 A N MSE 413 A MSE 541 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale8 A C MSE 413 A MSE 541 1_555 A N VAL 414 A VAL 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale9 A C PHE 416 A PHE 544 1_555 A N MSE 417 A MSE 545 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale10 A C MSE 417 A MSE 545 1_555 A N ASP 418 A ASP 546 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 A C LEU 429 A LEU 557 1_555 A N MSE 430 A MSE 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale12 A C MSE 430 A MSE 558 1_555 A N GLU 431 A GLU 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale13 A C ALA 454 A ALA 582 1_555 A N MSE 455 A MSE 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale14 A C MSE 455 A MSE 583 1_555 A N LYS 456 A LYS 584 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale15 A C GLY 462 A GLY 590 1_555 A N MSE 463 A MSE 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? covale ? covale16 A C MSE 463 A MSE 591 1_555 A N MSE 464 A MSE 592 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? covale ? covale17 A C MSE 464 A MSE 592 1_555 A N VAL 465 A VAL 593 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale18 A C ARG 475 A ARG 603 1_555 A N MSE 476 A MSE 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale19 A C MSE 476 A MSE 604 1_555 A N ARG 477 A ARG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale20 A C SER 486 A SER 614 1_555 A N MSE 487 A MSE 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale21 A C MSE 487 A MSE 615 1_555 A N VAL 488 A VAL 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale22 A C CYS 512 A CYS 640 1_555 A N MSE 513 A MSE 641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale23 A C MSE 513 A MSE 641 1_555 A N VAL 514 A VAL 642 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale24 A C VAL 548 A VAL 676 1_555 A N MSE 549 A MSE 677 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale25 A C MSE 549 A MSE 677 1_555 A N GLU 550 A GLU 678 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale26 A C ASP 569 A ASP 697 1_555 A N MSE 570 A MSE 698 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale27 A C MSE 570 A MSE 698 1_555 A N LEU 571 A LEU 699 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale28 A C ALA 649 A ALA 777 1_555 A N MSE 650 A MSE 778 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale29 A C MSE 650 A MSE 778 1_555 A N SER 651 A SER 779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale ? covale30 B C ASN 149 B ASN 277 1_555 B N MSE 150 B MSE 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale31 B C MSE 150 B MSE 278 1_555 B N ASP 151 B ASP 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? covale ? covale32 B C ASP 167 B ASP 295 1_555 B N MSE 168 B MSE 296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale33 B C MSE 168 B MSE 296 1_555 B N SER 169 B SER 297 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale34 B C GLY 224 B GLY 352 1_555 B N MSE 225 B MSE 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale35 B C MSE 225 B MSE 353 1_555 B N SER 226 B SER 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale36 B C GLN 412 B GLN 540 1_555 B N MSE 413 B MSE 541 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.303 ? covale ? covale37 B C MSE 413 B MSE 541 1_555 B N VAL 414 B VAL 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale38 B C PHE 416 B PHE 544 1_555 B N MSE 417 B MSE 545 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale39 B C MSE 417 B MSE 545 1_555 B N ASP 418 B ASP 546 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale40 B C LEU 429 B LEU 557 1_555 B N MSE 430 B MSE 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale41 B C MSE 430 B MSE 558 1_555 B N GLU 431 B GLU 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale42 B C ALA 454 B ALA 582 1_555 B N MSE 455 B MSE 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? covale ? covale43 B C MSE 455 B MSE 583 1_555 B N LYS 456 B LYS 584 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale44 B C GLY 462 B GLY 590 1_555 B N MSE 463 B MSE 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale45 B C MSE 463 B MSE 591 1_555 B N MSE 464 B MSE 592 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale46 B C MSE 464 B MSE 592 1_555 B N VAL 465 B VAL 593 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale47 B C ARG 475 B ARG 603 1_555 B N MSE 476 B MSE 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale48 B C MSE 476 B MSE 604 1_555 B N ARG 477 B ARG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale49 B C SER 486 B SER 614 1_555 B N MSE 487 B MSE 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale50 B C MSE 487 B MSE 615 1_555 B N VAL 488 B VAL 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale51 B C CYS 512 B CYS 640 1_555 B N MSE 513 B MSE 641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale52 B C MSE 513 B MSE 641 1_555 B N VAL 514 B VAL 642 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale53 B C VAL 548 B VAL 676 1_555 B N MSE 549 B MSE 677 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale54 B C MSE 549 B MSE 677 1_555 B N GLU 550 B GLU 678 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale55 B C ASP 569 B ASP 697 1_555 B N MSE 570 B MSE 698 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale56 B C MSE 570 B MSE 698 1_555 B N LEU 571 B LEU 699 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? covale ? covale57 B C ALA 649 B ALA 777 1_555 B N MSE 650 B MSE 778 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? covale ? covale58 B C MSE 650 B MSE 778 1_555 B N SER 651 B SER 779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? # _chem_comp.formula 'C14 H20 N6 O5 S' _chem_comp.formula_weight 384.411 _chem_comp.id SAH _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SAH sing 275 n n N HN1 SAH sing 276 n n N HN2 SAH sing 277 n n CA CB SAH sing 278 n n CA C SAH sing 279 n n CA HA SAH sing 280 n n CB CG SAH sing 281 n n CB HB1 SAH sing 282 n n CB HB2 SAH sing 283 n n CG SD SAH sing 284 n n CG HG1 SAH sing 285 n n CG HG2 SAH sing 286 n n SD C5' SAH sing 287 n n C O SAH doub 288 n n C OXT SAH sing 289 n n OXT HXT SAH sing 290 n n C5' C4' SAH sing 291 n n C5' "H5'1" SAH sing 292 n n C5' "H5'2" SAH sing 293 n n C4' O4' SAH sing 294 n n C4' C3' SAH sing 295 n n C4' H4' SAH sing 296 n n O4' C1' SAH sing 297 n n C3' O3' SAH sing 298 n n C3' C2' SAH sing 299 n n C3' H3' SAH sing 300 n n O3' HO3' SAH sing 301 n n C2' O2' SAH sing 302 n n C2' C1' SAH sing 303 n n C2' H2' SAH sing 304 n n O2' HO2' SAH sing 305 n n C1' N9 SAH sing 306 n n C1' H1' SAH sing 307 n n N9 C8 SAH sing 308 n y N9 C4 SAH sing 309 n y C8 N7 SAH doub 310 n y C8 H8 SAH sing 311 n n N7 C5 SAH sing 312 n y C5 C6 SAH sing 313 n y C5 C4 SAH doub 314 n y C6 N6 SAH sing 315 n n C6 N1 SAH doub 316 n y N6 HN61 SAH sing 317 n n N6 HN62 SAH sing 318 n n N1 C2 SAH sing 319 n y C2 N3 SAH doub 320 n y C2 H2 SAH sing 321 n n N3 C4 SAH sing 322 n y # _atom_sites.entry_id 4FSX _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015419 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005737 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002082 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011995 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.001217 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008898 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 SAH A 1 1000 1000 SAH SAH . D 2 SAH B 1 1000 1000 SAH SAH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SAH . . . D 2 -27.971 72.193 -9.279 1 87.07 ? N SAH 1000 B 1 HETATM 2 C CA SAH . . . D 2 -26.892 72.782 -10.085 1 87.25 ? CA SAH 1000 B 1 HETATM 3 C CB SAH . . . D 2 -27.454 73.738 -11.139 1 80.26 ? CB SAH 1000 B 1 HETATM 4 C CG SAH . . . D 2 -27.972 72.935 -12.334 1 81.59 ? CG SAH 1000 B 1 HETATM 5 S SD SAH . . . D 2 -29.437 73.695 -13.124 1 39.48 ? SD SAH 1000 B 1 HETATM 6 C C SAH . . . D 2 -25.927 73.538 -9.171 1 90.36 ? C SAH 1000 B 1 HETATM 7 O O SAH . . . D 2 -25.683 73.028 -8.057 1 93.18 ? O SAH 1000 B 1 HETATM 8 O OXT SAH . . . D 2 -25.451 74.613 -9.604 1 84.18 ? OXT SAH 1000 B 1 HETATM 9 C C5' SAH . . . D 2 -29.277 73.011 -14.814 1 61.36 ? C5' SAH 1000 B 1 HETATM 10 C C4' SAH . . . D 2 -29.42 71.488 -14.858 1 60.45 ? C4' SAH 1000 B 1 HETATM 11 O O4' SAH . . . D 2 -30.78 71.143 -15.159 1 59.88 ? O4' SAH 1000 B 1 HETATM 12 C C3' SAH . . . D 2 -28.632 70.938 -16.037 1 57.55 ? C3' SAH 1000 B 1 HETATM 13 O O3' SAH . . . D 2 -27.378 70.416 -15.573 1 55.64 ? O3' SAH 1000 B 1 HETATM 14 C C2' SAH . . . D 2 -29.493 69.8 -16.559 1 57.78 ? C2' SAH 1000 B 1 HETATM 15 O O2' SAH . . . D 2 -28.78 68.561 -16.431 1 60.83 ? O2' SAH 1000 B 1 HETATM 16 C C1' SAH . . . D 2 -30.697 69.79 -15.631 1 55.95 ? C1' SAH 1000 B 1 HETATM 17 N N9 SAH . . . D 2 -31.933 69.446 -16.368 1 46.46 ? N9 SAH 1000 B 1 HETATM 18 C C8 SAH . . . D 2 -32.554 70.22 -17.253 1 44.73 ? C8 SAH 1000 B 1 HETATM 19 N N7 SAH . . . D 2 -33.621 69.56 -17.693 1 41.24 ? N7 SAH 1000 B 1 HETATM 20 C C5 SAH . . . D 2 -33.662 68.38 -17.081 1 37 ? C5 SAH 1000 B 1 HETATM 21 C C6 SAH . . . D 2 -34.523 67.369 -17.174 1 34.08 ? C6 SAH 1000 B 1 HETATM 22 N N6 SAH . . . D 2 -35.535 67.534 -18.021 1 34.73 ? N6 SAH 1000 B 1 HETATM 23 N N1 SAH . . . D 2 -34.38 66.247 -16.457 1 31.83 ? N1 SAH 1000 B 1 HETATM 24 C C2 SAH . . . D 2 -33.294 66.142 -15.587 1 33.55 ? C2 SAH 1000 B 1 HETATM 25 N N3 SAH . . . D 2 -32.406 67.217 -15.508 1 35.95 ? N3 SAH 1000 B 1 HETATM 26 C C4 SAH . . . D 2 -32.614 68.309 -16.259 1 38.23 ? C4 SAH 1000 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 22 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 334 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 26 #