data_4G56 # _model_server_result.job_id -4mBNrCCjwDh1-uTeZyoBA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 15:09:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4g56 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":701}' # _entry.id 4G56 # _exptl.entry_id 4G56 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 384.411 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4G56 _cell.length_a 181.856 _cell.length_b 101.935 _cell.length_c 125.679 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4G56 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 181.856 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 557 A CYS 533 1_555 A SG CYS 619 A CYS 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf2 C SG CYS 557 C CYS 533 1_555 C SG CYS 619 C CYS 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? covale ? covale1 A C ALA 51 A ALA 27 1_555 A N MSE 52 A MSE 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C MSE 52 A MSE 28 1_555 A N ALA 53 A ALA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale3 A C CYS 61 A CYS 37 1_555 A N MSE 62 A MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale4 A C MSE 62 A MSE 38 1_555 A N PRO 63 A PRO 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale5 A C ALA 125 A ALA 101 1_555 A N MSE 126 A MSE 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale6 A C MSE 126 A MSE 102 1_555 A N GLN 127 A GLN 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale7 A C THR 168 A THR 144 1_555 A N MSE 169 A MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale8 A C MSE 169 A MSE 145 1_555 A N PHE 170 A PHE 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale9 A C TRP 171 A TRP 147 1_555 A N MSE 172 A MSE 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale10 A C MSE 172 A MSE 148 1_555 A N ARG 173 A ARG 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale11 A C LEU 176 A LEU 152 1_555 A N MSE 177 A MSE 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale12 A C MSE 177 A MSE 153 1_555 A N ALA 178 A ALA 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale13 A C GLU 318 A GLU 294 1_555 A N MSE 319 A MSE 295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale ? covale14 A C MSE 319 A MSE 295 1_555 A N PHE 320 A PHE 296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale15 A C LEU 335 A LEU 311 1_555 A N MSE 336 A MSE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale16 A C MSE 336 A MSE 312 1_555 A N ASP 337 A ASP 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale17 A C LEU 381 A LEU 357 1_555 A N MSE 382 A MSE 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale18 A C MSE 382 A MSE 358 1_555 A N VAL 383 A VAL 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale19 A C ASP 439 A ASP 415 1_555 A N MSE 440 A MSE 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale20 A C MSE 440 A MSE 416 1_555 A N ARG 441 A ARG 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale21 A C GLU 519 A GLU 495 1_555 A N MSE 520 A MSE 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale22 A C MSE 520 A MSE 496 1_555 A N PRO 521 A PRO 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale23 A C GLY 595 A GLY 571 1_555 A N MSE 596 A MSE 572 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale24 A C MSE 596 A MSE 572 1_555 A N PHE 597 A PHE 573 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale25 A C PRO 611 A PRO 587 1_555 A N MSE 612 A MSE 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale26 A C MSE 612 A MSE 588 1_555 A N ARG 613 A ARG 589 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale27 B C CYS 40 B CYS 16 1_555 B N MSE 41 B MSE 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale28 B C MSE 41 B MSE 17 1_555 B N GLU 42 B GLU 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale29 C C ALA 51 C ALA 27 1_555 C N MSE 52 C MSE 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale30 C C MSE 52 C MSE 28 1_555 C N ALA 53 C ALA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale31 C C CYS 61 C CYS 37 1_555 C N MSE 62 C MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale32 C C MSE 62 C MSE 38 1_555 C N PRO 63 C PRO 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale33 C C ALA 125 C ALA 101 1_555 C N MSE 126 C MSE 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale34 C C MSE 126 C MSE 102 1_555 C N GLN 127 C GLN 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale35 C C THR 168 C THR 144 1_555 C N MSE 169 C MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale36 C C MSE 169 C MSE 145 1_555 C N PHE 170 C PHE 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale37 C C TRP 171 C TRP 147 1_555 C N MSE 172 C MSE 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale38 C C MSE 172 C MSE 148 1_555 C N ARG 173 C ARG 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale39 C C LEU 176 C LEU 152 1_555 C N MSE 177 C MSE 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale40 C C MSE 177 C MSE 153 1_555 C N ALA 178 C ALA 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale41 C C LEU 335 C LEU 311 1_555 C N MSE 336 C MSE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale42 C C MSE 336 C MSE 312 1_555 C N ASP 337 C ASP 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale43 C C LEU 381 C LEU 357 1_555 C N MSE 382 C MSE 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale44 C C MSE 382 C MSE 358 1_555 C N VAL 383 C VAL 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale45 C C ASP 439 C ASP 415 1_555 C N MSE 440 C MSE 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale46 C C MSE 440 C MSE 416 1_555 C N ARG 441 C ARG 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale47 C C GLU 519 C GLU 495 1_555 C N MSE 520 C MSE 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale48 C C MSE 520 C MSE 496 1_555 C N PRO 521 C PRO 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale49 C C GLY 595 C GLY 571 1_555 C N MSE 596 C MSE 572 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale50 C C MSE 596 C MSE 572 1_555 C N PHE 597 C PHE 573 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale51 C C PRO 611 C PRO 587 1_555 C N MSE 612 C MSE 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale52 C C MSE 612 C MSE 588 1_555 C N ARG 613 C ARG 589 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale53 D C CYS 40 D CYS 16 1_555 D N MSE 41 D MSE 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale54 D C MSE 41 D MSE 17 1_555 D N GLU 42 D GLU 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? # _chem_comp.formula 'C14 H20 N6 O5 S' _chem_comp.formula_weight 384.411 _chem_comp.id SAH _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SAH sing 277 n n N HN1 SAH sing 278 n n N HN2 SAH sing 279 n n CA CB SAH sing 280 n n CA C SAH sing 281 n n CA HA SAH sing 282 n n CB CG SAH sing 283 n n CB HB1 SAH sing 284 n n CB HB2 SAH sing 285 n n CG SD SAH sing 286 n n CG HG1 SAH sing 287 n n CG HG2 SAH sing 288 n n SD C5' SAH sing 289 n n C O SAH doub 290 n n C OXT SAH sing 291 n n OXT HXT SAH sing 292 n n C5' C4' SAH sing 293 n n C5' "H5'1" SAH sing 294 n n C5' "H5'2" SAH sing 295 n n C4' O4' SAH sing 296 n n C4' C3' SAH sing 297 n n C4' H4' SAH sing 298 n n O4' C1' SAH sing 299 n n C3' O3' SAH sing 300 n n C3' C2' SAH sing 301 n n C3' H3' SAH sing 302 n n O3' HO3' SAH sing 303 n n C2' O2' SAH sing 304 n n C2' C1' SAH sing 305 n n C2' H2' SAH sing 306 n n O2' HO2' SAH sing 307 n n C1' N9 SAH sing 308 n n C1' H1' SAH sing 309 n n N9 C8 SAH sing 310 n y N9 C4 SAH sing 311 n y C8 N7 SAH doub 312 n y C8 H8 SAH sing 313 n n N7 C5 SAH sing 314 n y C5 C6 SAH sing 315 n y C5 C4 SAH doub 316 n y C6 N6 SAH sing 317 n n C6 N1 SAH doub 318 n y N6 HN61 SAH sing 319 n n N6 HN62 SAH sing 320 n n N1 C2 SAH sing 321 n y C2 N3 SAH doub 322 n y C2 H2 SAH sing 323 n n N3 C4 SAH sing 324 n y # _atom_sites.entry_id 4G56 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005499 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00981 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007957 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 SAH A 1 701 1 SAH SAH . F 3 SAH C 1 701 1 SAH SAH . G 4 HOH A 1 801 2 HOH HOH . G 4 HOH A 2 802 3 HOH HOH . G 4 HOH A 3 803 5 HOH HOH . G 4 HOH A 4 804 7 HOH HOH . G 4 HOH A 5 805 8 HOH HOH . G 4 HOH A 6 806 9 HOH HOH . H 4 HOH C 1 801 1 HOH HOH . H 4 HOH C 2 802 4 HOH HOH . H 4 HOH C 3 803 6 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SAH . . . E 3 105.689 -16.043 123.634 1 41.5 ? N SAH 701 A 1 HETATM 2 C CA SAH . . . E 3 105.758 -17.461 124.085 1 41.07 ? CA SAH 701 A 1 HETATM 3 C CB SAH . . . E 3 104.347 -17.991 124.319 1 50.33 ? CB SAH 701 A 1 HETATM 4 C CG SAH . . . E 3 103.577 -17.059 125.247 1 46.64 ? CG SAH 701 A 1 HETATM 5 S SD SAH . . . E 3 102.212 -17.899 125.979 1 42.43 ? SD SAH 701 A 1 HETATM 6 C C SAH . . . E 3 106.445 -18.281 123.033 1 54.97 ? C SAH 701 A 1 HETATM 7 O O SAH . . . E 3 106.42 -17.941 121.849 1 67.18 ? O SAH 701 A 1 HETATM 8 O OXT SAH . . . E 3 107.05 -19.312 123.327 1 49.58 ? OXT SAH 701 A 1 HETATM 9 C C5' SAH . . . E 3 101.765 -16.691 127.183 1 30.45 ? C5' SAH 701 A 1 HETATM 10 C C4' SAH . . . E 3 100.579 -17.164 128.014 1 32.32 ? C4' SAH 701 A 1 HETATM 11 O O4' SAH . . . E 3 100.356 -16.246 129.087 1 36.66 ? O4' SAH 701 A 1 HETATM 12 C C3' SAH . . . E 3 99.297 -17.228 127.198 1 43.42 ? C3' SAH 701 A 1 HETATM 13 O O3' SAH . . . E 3 98.717 -18.528 127.324 1 35.08 ? O3' SAH 701 A 1 HETATM 14 C C2' SAH . . . E 3 98.368 -16.196 127.807 1 39.71 ? C2' SAH 701 A 1 HETATM 15 O O2' SAH . . . E 3 97.056 -16.74 127.971 1 46.99 ? O2' SAH 701 A 1 HETATM 16 C C1' SAH . . . E 3 98.977 -15.877 129.16 1 40.41 ? C1' SAH 701 A 1 HETATM 17 N N9 SAH . . . E 3 98.839 -14.43 129.462 1 38.28 ? N9 SAH 701 A 1 HETATM 18 C C8 SAH . . . E 3 99.352 -13.42 128.736 1 34.09 ? C8 SAH 701 A 1 HETATM 19 N N7 SAH . . . E 3 99.041 -12.218 129.283 1 32.98 ? N7 SAH 701 A 1 HETATM 20 C C5 SAH . . . E 3 98.308 -12.453 130.386 1 32.4 ? C5 SAH 701 A 1 HETATM 21 C C6 SAH . . . E 3 97.655 -11.629 131.431 1 36.8 ? C6 SAH 701 A 1 HETATM 22 N N6 SAH . . . E 3 97.728 -10.276 131.402 1 38.13 ? N6 SAH 701 A 1 HETATM 23 N N1 SAH . . . E 3 96.986 -12.273 132.413 1 35.18 ? N1 SAH 701 A 1 HETATM 24 C C2 SAH . . . E 3 96.906 -13.617 132.452 1 38.86 ? C2 SAH 701 A 1 HETATM 25 N N3 SAH . . . E 3 97.474 -14.425 131.538 1 35.7 ? N3 SAH 701 A 1 HETATM 26 C C4 SAH . . . E 3 98.175 -13.913 130.498 1 33.27 ? C4 SAH 701 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 44 _model_server_stats.parse_time_ms 61 _model_server_stats.create_model_time_ms 74 _model_server_stats.query_time_ms 1434 _model_server_stats.encode_time_ms 13 _model_server_stats.element_count 26 #