data_4GD3 # _model_server_result.job_id JhBr_EvxUl5HUFBkI9te0A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 14:37:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4gd3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"WA","auth_seq_id":301}' # _entry.id 4GD3 # _exptl.entry_id 4GD3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 616.487 _entity.id 11 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4GD3 _cell.length_a 126 _cell.length_b 165.3 _cell.length_c 212.8 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4GD3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA pentameric 5 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 3 PISA pentameric 5 author_and_software_defined_assembly 4 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 5 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,UA,VA,YA,ZA,AB,BB 1 1 A,B,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,YA,ZA 2 1 C,D,I,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,UA,VA,AB,BB 3 1 E,F,G,H,J,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,WA,XA,CB,DB,EB,FB 4 1 E,F,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,CB,DB 5 1 G,H,J,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,WA,XA,EB,FB 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 11 UA N N ? 11 WA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 17 S CYS 17 1_555 M FE1 F4S . S F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 19 S CYS 19 1_555 M FE1 F4S . S F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 19 S CYS 19 1_555 M FE4 F4S . S F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 20 S CYS 20 1_555 M FE4 F4S . S F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 115 S CYS 115 1_555 M FE2 F4S . S F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 120 S CYS 120 1_555 M FE3 F4S . S F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 149 S CYS 149 1_555 M FE3 F4S . S F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc8 A ND1 HIS 187 S HIS 187 1_555 K FE3 SF4 . S SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 190 S CYS 190 1_555 K FE4 SF4 . S SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 215 S CYS 215 1_555 K FE2 SF4 . S SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 221 S CYS 221 1_555 K FE1 SF4 . S SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 230 S CYS 230 1_555 L FE3 SF4 . S SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc13 A SG CYS 242 S CYS 242 1_555 L FE4 SF4 . S SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc14 A SG CYS 249 S CYS 249 1_555 L FE2 SF4 . S SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc15 A SG CYS 252 S CYS 252 1_555 L FE1 SF4 . S SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc16 B OE1 GLU 57 L GLU 57 1_555 R MG MG . L MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc17 B SG CYS 76 L CYS 76 1_555 Q NI NI . L NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc18 B SG CYS 79 L CYS 79 1_555 P FE FCO . L FCO 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc19 B SG CYS 79 L CYS 79 1_555 Q NI NI . L NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc20 B O CYS 528 L CYS 528 1_555 R MG MG . L MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc21 B SG CYS 576 L CYS 576 1_555 Q NI NI . L NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc22 B SG CYS 579 L CYS 579 1_555 P FE FCO . L FCO 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc23 B SG CYS 579 L CYS 579 1_555 Q NI NI . L NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? metalc ? metalc24 R MG MG . L MG 603 1_555 ZA O HOH . L HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc25 R MG MG . L MG 603 1_555 ZA O HOH . L HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc26 R MG MG . L MG 603 1_555 ZA O HOH . L HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? metalc ? metalc27 C SG CYS 17 T CYS 17 1_555 V FE1 F4S . T F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc28 C SG CYS 19 T CYS 19 1_555 V FE4 F4S . T F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc29 C SG CYS 19 T CYS 19 1_555 V FE1 F4S . T F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc30 C SG CYS 20 T CYS 20 1_555 V FE4 F4S . T F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc31 C SG CYS 115 T CYS 115 1_555 V FE2 F4S . T F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc32 C SG CYS 120 T CYS 120 1_555 V FE3 F4S . T F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc33 C SG CYS 149 T CYS 149 1_555 V FE3 F4S . T F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc34 C ND1 HIS 187 T HIS 187 1_555 T FE3 SF4 . T SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? metalc ? metalc35 C SG CYS 190 T CYS 190 1_555 T FE4 SF4 . T SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc36 C SG CYS 215 T CYS 215 1_555 T FE2 SF4 . T SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc37 C SG CYS 221 T CYS 221 1_555 T FE1 SF4 . T SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc38 C SG CYS 230 T CYS 230 1_555 U FE3 SF4 . T SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc39 C SG CYS 242 T CYS 242 1_555 U FE4 SF4 . T SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc40 C SG CYS 249 T CYS 249 1_555 U FE2 SF4 . T SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc41 C SG CYS 252 T CYS 252 1_555 U FE1 SF4 . T SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc42 D OE1 GLU 57 M GLU 57 1_555 AA MG MG . M MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc43 D SG CYS 76 M CYS 76 1_555 Z NI NI . M NI 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc44 D SG CYS 79 M CYS 79 1_555 Y FE FCO . M FCO 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? metalc ? metalc45 D SG CYS 79 M CYS 79 1_555 Z NI NI . M NI 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc46 D O CYS 528 M CYS 528 1_555 AA MG MG . M MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc47 D SG CYS 576 M CYS 576 1_555 Z NI NI . M NI 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc48 D SG CYS 579 M CYS 579 1_555 Y FE FCO . M FCO 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc49 AA MG MG . M MG 604 1_555 BB O HOH . M HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc50 AA MG MG . M MG 604 1_555 BB O HOH . M HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? metalc ? metalc51 AA MG MG . M MG 604 1_555 BB O HOH . M HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? metalc ? metalc52 E SG CYS 17 Q CYS 17 1_555 EA FE1 F4S . Q F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc53 E SG CYS 19 Q CYS 19 1_555 EA FE4 F4S . Q F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc54 E SG CYS 19 Q CYS 19 1_555 EA FE1 F4S . Q F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc55 E SG CYS 20 Q CYS 20 1_555 EA FE4 F4S . Q F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc56 E SG CYS 115 Q CYS 115 1_555 EA FE2 F4S . Q F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc57 E SG CYS 120 Q CYS 120 1_555 EA FE3 F4S . Q F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc58 E SG CYS 149 Q CYS 149 1_555 EA FE3 F4S . Q F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc59 E ND1 HIS 187 Q HIS 187 1_555 CA FE3 SF4 . Q SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc60 E SG CYS 190 Q CYS 190 1_555 CA FE4 SF4 . Q SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc61 E SG CYS 215 Q CYS 215 1_555 CA FE2 SF4 . Q SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc62 E SG CYS 221 Q CYS 221 1_555 CA FE1 SF4 . Q SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc63 E SG CYS 230 Q CYS 230 1_555 DA FE3 SF4 . Q SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc64 E SG CYS 242 Q CYS 242 1_555 DA FE4 SF4 . Q SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc65 E SG CYS 249 Q CYS 249 1_555 DA FE2 SF4 . Q SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc66 E SG CYS 252 Q CYS 252 1_555 DA FE1 SF4 . Q SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc67 F OE1 GLU 57 J GLU 57 1_555 JA MG MG . J MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? metalc ? metalc68 F SG CYS 76 J CYS 76 1_555 IA NI NI . J NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc69 F SG CYS 79 J CYS 79 1_555 HA FE FCO . J FCO 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc70 F SG CYS 79 J CYS 79 1_555 IA NI NI . J NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc71 F O CYS 528 J CYS 528 1_555 JA MG MG . J MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc72 F SG CYS 576 J CYS 576 1_555 IA NI NI . J NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc73 F SG CYS 579 J CYS 579 1_555 HA FE FCO . J FCO 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc74 F SG CYS 579 J CYS 579 1_555 IA NI NI . J NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc75 JA MG MG . J MG 603 1_555 DB O HOH . J HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc76 JA MG MG . J MG 603 1_555 DB O HOH . J HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc77 JA MG MG . J MG 603 1_555 DB O HOH . J HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc78 G SG CYS 17 R CYS 17 1_555 NA FE1 F4S . R F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc79 G SG CYS 19 R CYS 19 1_555 NA FE1 F4S . R F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc80 G SG CYS 19 R CYS 19 1_555 NA FE4 F4S . R F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc81 G SG CYS 20 R CYS 20 1_555 NA FE4 F4S . R F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc82 G SG CYS 115 R CYS 115 1_555 NA FE2 F4S . R F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc83 G SG CYS 120 R CYS 120 1_555 NA FE3 F4S . R F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc84 G SG CYS 149 R CYS 149 1_555 NA FE3 F4S . R F4S 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc85 G ND1 HIS 187 R HIS 187 1_555 LA FE3 SF4 . R SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc86 G SG CYS 190 R CYS 190 1_555 LA FE4 SF4 . R SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc87 G SG CYS 215 R CYS 215 1_555 LA FE2 SF4 . R SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc88 G SG CYS 221 R CYS 221 1_555 LA FE1 SF4 . R SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc89 G SG CYS 230 R CYS 230 1_555 MA FE3 SF4 . R SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc90 G SG CYS 242 R CYS 242 1_555 MA FE4 SF4 . R SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc91 G SG CYS 249 R CYS 249 1_555 MA FE2 SF4 . R SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc92 G SG CYS 252 R CYS 252 1_555 MA FE1 SF4 . R SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc93 H OE1 GLU 57 K GLU 57 1_555 SA MG MG . K MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc94 H SG CYS 76 K CYS 76 1_555 RA NI NI . K NI 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc95 H SG CYS 79 K CYS 79 1_555 QA FE FCO . K FCO 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc96 H SG CYS 79 K CYS 79 1_555 RA NI NI . K NI 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc97 H O CYS 528 K CYS 528 1_555 SA MG MG . K MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc98 H SG CYS 576 K CYS 576 1_555 RA NI NI . K NI 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc99 H SG CYS 579 K CYS 579 1_555 QA FE FCO . K FCO 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc100 H SG CYS 579 K CYS 579 1_555 RA NI NI . K NI 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc101 SA MG MG . K MG 604 1_555 FB O HOH . K HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? metalc ? metalc102 SA MG MG . K MG 604 1_555 FB O HOH . K HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc103 SA MG MG . K MG 604 1_555 FB O HOH . K HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? metalc ? metalc104 I NE2 HIS 63 A HIS 63 1_555 UA FE HEM . A HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? metalc ? metalc105 I NE2 HIS 184 A HIS 184 1_555 UA FE HEM . A HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc106 J NE2 HIS 63 B HIS 63 1_555 WA FE HEM . B HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? metalc ? metalc107 J NE2 HIS 184 B HIS 184 1_555 WA FE HEM . B HEM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? # _chem_comp.formula 'C34 H32 Fe N4 O4' _chem_comp.formula_weight 616.487 _chem_comp.id HEM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms HEME # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CHA C1A HEM sing 144 n n CHA C4D HEM doub 145 n n CHA HHA HEM sing 146 n n CHB C4A HEM sing 147 n n CHB C1B HEM doub 148 n n CHB HHB HEM sing 149 n n CHC C4B HEM sing 150 n n CHC C1C HEM doub 151 n n CHC HHC HEM sing 152 n n CHD C4C HEM doub 153 n n CHD C1D HEM sing 154 n n CHD HHD HEM sing 155 n n C1A C2A HEM doub 156 n y C1A NA HEM sing 157 n y C2A C3A HEM sing 158 n y C2A CAA HEM sing 159 n n C3A C4A HEM doub 160 n y C3A CMA HEM sing 161 n n C4A NA HEM sing 162 n y CMA HMA HEM sing 163 n n CMA HMAA HEM sing 164 n n CMA HMAB HEM sing 165 n n CAA CBA HEM sing 166 n n CAA HAA HEM sing 167 n n CAA HAAA HEM sing 168 n n CBA CGA HEM sing 169 n n CBA HBA HEM sing 170 n n CBA HBAA HEM sing 171 n n CGA O1A HEM doub 172 n n CGA O2A HEM sing 173 n n C1B C2B HEM sing 174 n n C1B NB HEM sing 175 n n C2B C3B HEM doub 176 n n C2B CMB HEM sing 177 n n C3B C4B HEM sing 178 n n C3B CAB HEM sing 179 n n C4B NB HEM doub 180 n n CMB HMB HEM sing 181 n n CMB HMBA HEM sing 182 n n CMB HMBB HEM sing 183 n n CAB CBB HEM doub 184 n n CAB HAB HEM sing 185 n n CBB HBB HEM sing 186 n n CBB HBBA HEM sing 187 n n C1C C2C HEM sing 188 n y C1C NC HEM sing 189 n y C2C C3C HEM doub 190 n y C2C CMC HEM sing 191 n n C3C C4C HEM sing 192 n y C3C CAC HEM sing 193 n n C4C NC HEM sing 194 n y CMC HMC HEM sing 195 n n CMC HMCA HEM sing 196 n n CMC HMCB HEM sing 197 n n CAC CBC HEM doub 198 n n CAC HAC HEM sing 199 n n CBC HBC HEM sing 200 n n CBC HBCA HEM sing 201 n n C1D C2D HEM sing 202 n n C1D ND HEM doub 203 n n C2D C3D HEM doub 204 n n C2D CMD HEM sing 205 n n C3D C4D HEM sing 206 n n C3D CAD HEM sing 207 n n C4D ND HEM sing 208 n n CMD HMD HEM sing 209 n n CMD HMDA HEM sing 210 n n CMD HMDB HEM sing 211 n n CAD CBD HEM sing 212 n n CAD HAD HEM sing 213 n n CAD HADA HEM sing 214 n n CBD CGD HEM sing 215 n n CBD HBD HEM sing 216 n n CBD HBDA HEM sing 217 n n CGD O1D HEM doub 218 n n CGD O2D HEM sing 219 n n O2A H2A HEM sing 220 n n O2D H2D HEM sing 221 n n FE NA HEM sing 222 n n FE NB HEM sing 223 n n FE NC HEM sing 224 n n FE ND HEM sing 225 n n # _atom_sites.entry_id 4GD3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007937 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00605 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004699 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 4 SF4 S 1 401 341 SF4 SF4 . L 4 SF4 S 1 402 342 SF4 SF4 . M 5 F4S S 1 403 343 F4S F4S . N 6 CL S 1 404 350 CL CL . O 6 CL S 1 405 353 CL CL . P 7 FCO L 1 601 583 FCO FCO . Q 8 NI L 1 602 584 NI NI . R 9 MG L 1 603 587 MG MG . S 6 CL L 1 604 592 CL CL . T 4 SF4 T 1 401 341 SF4 SF4 . U 4 SF4 T 1 402 342 SF4 SF4 . V 5 F4S T 1 403 343 F4S F4S . W 10 LMT T 1 404 312 LMT LMT . X 6 CL M 1 601 351 CL CL . Y 7 FCO M 1 602 583 FCO FCO . Z 8 NI M 1 603 584 NI NI . AA 9 MG M 1 604 587 MG MG . BA 6 CL M 1 605 591 CL CL . CA 4 SF4 Q 1 401 341 SF4 SF4 . DA 4 SF4 Q 1 402 342 SF4 SF4 . EA 5 F4S Q 1 403 343 F4S F4S . FA 6 CL Q 1 404 350 CL CL . GA 6 CL Q 1 405 353 CL CL . HA 7 FCO J 1 601 583 FCO FCO . IA 8 NI J 1 602 584 NI NI . JA 9 MG J 1 603 587 MG MG . KA 6 CL J 1 604 592 CL CL . LA 4 SF4 R 1 401 341 SF4 SF4 . MA 4 SF4 R 1 402 342 SF4 SF4 . NA 5 F4S R 1 403 343 F4S F4S . OA 10 LMT R 1 404 312 LMT LMT . PA 6 CL K 1 601 351 CL CL . QA 7 FCO K 1 602 583 FCO FCO . RA 8 NI K 1 603 584 NI NI . SA 9 MG K 1 604 587 MG MG . TA 6 CL K 1 605 591 CL CL . UA 11 HEM A 1 301 301 HEM HEM . VA 10 LMT A 1 302 311 LMT LMT . WA 11 HEM B 1 301 301 HEM HEM . XA 10 LMT B 1 302 311 LMT LMT . YA 12 HOH S 1 501 351 HOH HOH . YA 12 HOH S 2 502 352 HOH HOH . YA 12 HOH S 3 503 354 HOH HOH . YA 12 HOH S 4 504 356 HOH HOH . YA 12 HOH S 5 505 357 HOH HOH . ZA 12 HOH L 1 701 588 HOH HOH . ZA 12 HOH L 2 702 589 HOH HOH . ZA 12 HOH L 3 703 590 HOH HOH . ZA 12 HOH L 4 704 591 HOH HOH . AB 12 HOH T 1 501 352 HOH HOH . AB 12 HOH T 2 502 353 HOH HOH . AB 12 HOH T 3 503 597 HOH HOH . BB 12 HOH M 1 701 588 HOH HOH . BB 12 HOH M 2 702 589 HOH HOH . BB 12 HOH M 3 703 590 HOH HOH . BB 12 HOH M 4 704 592 HOH HOH . BB 12 HOH M 5 705 593 HOH HOH . BB 12 HOH M 6 706 594 HOH HOH . BB 12 HOH M 7 707 595 HOH HOH . BB 12 HOH M 8 708 596 HOH HOH . CB 12 HOH Q 1 501 351 HOH HOH . CB 12 HOH Q 2 502 352 HOH HOH . CB 12 HOH Q 3 503 354 HOH HOH . CB 12 HOH Q 4 504 356 HOH HOH . CB 12 HOH Q 5 505 357 HOH HOH . DB 12 HOH J 1 701 588 HOH HOH . DB 12 HOH J 2 702 589 HOH HOH . DB 12 HOH J 3 703 590 HOH HOH . DB 12 HOH J 4 704 591 HOH HOH . EB 12 HOH R 1 501 352 HOH HOH . EB 12 HOH R 2 502 353 HOH HOH . FB 12 HOH K 1 701 588 HOH HOH . FB 12 HOH K 2 702 589 HOH HOH . FB 12 HOH K 3 703 590 HOH HOH . FB 12 HOH K 4 704 592 HOH HOH . FB 12 HOH K 5 705 593 HOH HOH . FB 12 HOH K 6 706 594 HOH HOH . FB 12 HOH K 7 707 595 HOH HOH . FB 12 HOH K 8 708 596 HOH HOH . FB 12 HOH K 9 709 597 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C CHA HEM . . . WA 11 11.771 6.48 -68.452 1 83.08 ? CHA HEM 301 B 1 HETATM 2 C CHB HEM . . . WA 11 8.008 7.64 -71.218 1 88.36 ? CHB HEM 301 B 1 HETATM 3 C CHC HEM . . . WA 11 9.51 4.66 -74.688 1 96.3 ? CHC HEM 301 B 1 HETATM 4 C CHD HEM . . . WA 11 12.651 2.796 -71.507 1 89.71 ? CHD HEM 301 B 1 HETATM 5 C C1A HEM . . . WA 11 10.671 7.149 -68.943 1 81.26 ? C1A HEM 301 B 1 HETATM 6 C C2A HEM . . . WA 11 10.088 8.365 -68.415 1 78.88 ? C2A HEM 301 B 1 HETATM 7 C C3A HEM . . . WA 11 9.049 8.679 -69.184 1 81.29 ? C3A HEM 301 B 1 HETATM 8 C C4A HEM . . . WA 11 8.947 7.681 -70.223 1 83.93 ? C4A HEM 301 B 1 HETATM 9 C CMA HEM . . . WA 11 8.113 9.899 -69.01 1 86.08 ? CMA HEM 301 B 1 HETATM 10 C CAA HEM . . . WA 11 10.559 9.142 -67.169 1 79.79 ? CAA HEM 301 B 1 HETATM 11 C CBA HEM . . . WA 11 11.979 9.658 -67.27 1 84.15 ? CBA HEM 301 B 1 HETATM 12 C CGA HEM . . . WA 11 12.129 10.648 -66.161 1 88.8 ? CGA HEM 301 B 1 HETATM 13 O O1A HEM . . . WA 11 11.184 11.441 -65.944 1 90.46 ? O1A HEM 301 B 1 HETATM 14 O O2A HEM . . . WA 11 13.186 10.642 -65.492 1 91.64 ? O2A HEM 301 B 1 HETATM 15 C C1B HEM . . . WA 11 8.074 6.916 -72.383 1 91.5 ? C1B HEM 301 B 1 HETATM 16 C C2B HEM . . . WA 11 7.091 6.936 -73.436 1 96.34 ? C2B HEM 301 B 1 HETATM 17 C C3B HEM . . . WA 11 7.492 6.12 -74.406 1 97.6 ? C3B HEM 301 B 1 HETATM 18 C C4B HEM . . . WA 11 8.748 5.552 -73.99 1 95.14 ? C4B HEM 301 B 1 HETATM 19 C CMB HEM . . . WA 11 5.801 7.779 -73.421 1 100.87 ? CMB HEM 301 B 1 HETATM 20 C CAB HEM . . . WA 11 6.749 5.827 -75.729 1 100.8 ? CAB HEM 301 B 1 HETATM 21 C CBB HEM . . . WA 11 6.501 6.801 -76.608 1 102.52 ? CBB HEM 301 B 1 HETATM 22 C C1C HEM . . . WA 11 10.467 3.859 -74.111 1 94.91 ? C1C HEM 301 B 1 HETATM 23 C C2C HEM . . . WA 11 11.106 2.72 -74.744 1 96.06 ? C2C HEM 301 B 1 HETATM 24 C C3C HEM . . . WA 11 11.975 2.197 -73.868 1 95.32 ? C3C HEM 301 B 1 HETATM 25 C C4C HEM . . . WA 11 11.911 2.994 -72.649 1 91.29 ? C4C HEM 301 B 1 HETATM 26 C CMC HEM . . . WA 11 10.814 2.215 -76.176 1 93.85 ? CMC HEM 301 B 1 HETATM 27 C CAC HEM . . . WA 11 12.888 0.97 -74.119 1 96.07 ? CAC HEM 301 B 1 HETATM 28 C CBC HEM . . . WA 11 13.099 0.071 -73.152 1 95.91 ? CBC HEM 301 B 1 HETATM 29 C C1D HEM . . . WA 11 12.77 3.631 -70.415 1 88.34 ? C1D HEM 301 B 1 HETATM 30 C C2D HEM . . . WA 11 13.739 3.488 -69.342 1 86.23 ? C2D HEM 301 B 1 HETATM 31 C C3D HEM . . . WA 11 13.473 4.639 -68.378 1 85.17 ? C3D HEM 301 B 1 HETATM 32 C C4D HEM . . . WA 11 12.367 5.358 -68.982 1 85.14 ? C4D HEM 301 B 1 HETATM 33 C CMD HEM . . . WA 11 14.83 2.412 -69.187 1 85.6 ? CMD HEM 301 B 1 HETATM 34 C CAD HEM . . . WA 11 14.23 4.931 -67.052 1 85.19 ? CAD HEM 301 B 1 HETATM 35 C CBD HEM . . . WA 11 13.744 3.979 -65.945 1 84.71 ? CBD HEM 301 B 1 HETATM 36 C CGD HEM . . . WA 11 14.473 4.129 -64.622 1 87.33 ? CGD HEM 301 B 1 HETATM 37 O O1D HEM . . . WA 11 14.823 5.277 -64.232 1 88.37 ? O1D HEM 301 B 1 HETATM 38 O O2D HEM . . . WA 11 14.695 3.093 -63.928 1 88.34 ? O2D HEM 301 B 1 HETATM 39 N NA HEM . . . WA 11 9.952 6.764 -70.049 1 83.97 ? NA HEM 301 B 1 HETATM 40 N NB HEM . . . WA 11 9.068 6.045 -72.749 1 91.4 ? NB HEM 301 B 1 HETATM 41 N NC HEM . . . WA 11 10.985 3.998 -72.831 1 90.33 ? NC HEM 301 B 1 HETATM 42 N ND HEM . . . WA 11 11.979 4.736 -70.163 1 86.33 ? ND HEM 301 B 1 HETATM 43 FE FE HEM . . . WA 11 10.507 5.361 -71.458 1 87.7 ? FE HEM 301 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 48 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 43 _model_server_stats.query_time_ms 246 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 43 #