data_4GYM
#
_model_server_result.job_id            yM4VOfzku9vLKmVI1LWGgg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 15:51:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4gym 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":203}' 
#
_entry.id    4GYM 
#
_exptl.entry_id    4GYM 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              122.143 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4GYM 
_cell.length_a            58.943 
_cell.length_b            58.943 
_cell.length_c            164.99 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4GYM 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             E 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C CYS 45 A CYS 42 1_555 A N MSE 46 A MSE 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale2 A C MSE 46 A MSE 43 1_555 A N VAL 47 A VAL 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale3 A C VAL 54 A VAL 51 1_555 A N MSE 55 A MSE 52 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale4 A C VAL 54 A VAL 51 1_555 A N MSE 55 A MSE 52 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale5 A C MSE 55 A MSE 52 1_555 A N LEU 56 A LEU 53 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale6 A C MSE 55 A MSE 52 1_555 A N LEU 56 A LEU 53 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale7 A C PRO 109 A PRO 106 1_555 A N MSE 110 A MSE 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale8 A C MSE 110 A MSE 107 1_555 A N ASP 111 A ASP 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale9 A C PHE 114 A PHE 111 1_555 A N MSE 115 A MSE 112 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale10 A C PHE 114 A PHE 111 1_555 A N MSE 115 A MSE 112 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale11 A C MSE 115 A MSE 112 1_555 A N TYR 116 A TYR 113 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale12 A C MSE 115 A MSE 112 1_555 A N TYR 116 A TYR 113 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale13 A C VAL 130 A VAL 127 1_555 A N MSE 131 A MSE 128 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale14 A C VAL 130 A VAL 127 1_555 A N MSE 131 A MSE 128 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale15 A C MSE 131 A MSE 128 1_555 A N TRP 132 A TRP 129 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale16 A C MSE 131 A MSE 128 1_555 A N TRP 132 A TRP 129 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale17 A C TRP 132 A TRP 129 1_555 A N MSE 133 A MSE 130 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale18 A C TRP 132 A TRP 129 1_555 A N MSE 133 A MSE 130 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale19 A C MSE 133 A MSE 130 1_555 A N SER 134 A SER 131 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale20 A C MSE 133 A MSE 130 1_555 A N SER 134 A SER 131 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale21 A C ASP 144 A ASP 141 1_555 A N MSE 145 A MSE 142 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale22 A C ASP 144 A ASP 141 1_555 A N MSE 145 A MSE 142 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale23 A C MSE 145 A MSE 142 1_555 A N ALA 146 A ALA 143 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale24 A C MSE 145 A MSE 142 1_555 A N ALA 146 A ALA 143 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale25 B C ALA 3 B ALA 0 1_555 B N MSE 4 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale26 B C ALA 3 B ALA 0 1_555 B N MSE 4 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale27 B C MSE 4 B MSE 1 1_555 B N ALA 5 B ALA 2 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale28 B C MSE 4 B MSE 1 1_555 B N ALA 5 B ALA 2 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale29 B C CYS 45 B CYS 42 1_555 B N MSE 46 B MSE 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale30 B C MSE 46 B MSE 43 1_555 B N VAL 47 B VAL 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale31 B C VAL 54 B VAL 51 1_555 B N MSE 55 B MSE 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale32 B C MSE 55 B MSE 52 1_555 B N LEU 56 B LEU 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale33 B C PRO 109 B PRO 106 1_555 B N MSE 110 B MSE 107 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale34 B C PRO 109 B PRO 106 1_555 B N MSE 110 B MSE 107 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale35 B C PRO 109 B PRO 106 1_555 B N MSE 110 B MSE 107 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale36 B C MSE 110 B MSE 107 1_555 B N ASP 111 B ASP 108 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale37 B C MSE 110 B MSE 107 1_555 B N ASP 111 B ASP 108 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale38 B C MSE 110 B MSE 107 1_555 B N ASP 111 B ASP 108 1_555 ? C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale39 B C PHE 114 B PHE 111 1_555 B N MSE 115 B MSE 112 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale40 B C PHE 114 B PHE 111 1_555 B N MSE 115 B MSE 112 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale41 B C MSE 115 B MSE 112 1_555 B N TYR 116 B TYR 113 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale42 B C MSE 115 B MSE 112 1_555 B N TYR 116 B TYR 113 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale43 B C VAL 130 B VAL 127 1_555 B N MSE 131 B MSE 128 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale44 B C VAL 130 B VAL 127 1_555 B N MSE 131 B MSE 128 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale45 B C VAL 130 B VAL 127 1_555 B N MSE 131 B MSE 128 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale46 B C MSE 131 B MSE 128 1_555 B N TRP 132 B TRP 129 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale47 B C MSE 131 B MSE 128 1_555 B N TRP 132 B TRP 129 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale48 B C MSE 131 B MSE 128 1_555 B N TRP 132 B TRP 129 1_555 ? C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale49 B C TRP 132 B TRP 129 1_555 B N MSE 133 B MSE 130 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale50 B C TRP 132 B TRP 129 1_555 B N MSE 133 B MSE 130 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale51 B C MSE 133 B MSE 130 1_555 B N SER 134 B SER 131 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale52 B C MSE 133 B MSE 130 1_555 B N SER 134 B SER 131 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale53 B C ASP 144 B ASP 141 1_555 B N MSE 145 B MSE 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
metalc ? metalc1 A O ALA 18 A ALA 15 1_555 C K K . A K 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 58 A ASP 55 1_555 C K K . A K 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.051 ? 
metalc ? metalc3 A O ALA 63 A ALA 60 1_555 D NA NA . A NA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc4 A O THR 66 A THR 63 1_555 D NA NA . A NA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc5 C K K . A K 201 1_555 F O HOH . A HOH 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc6 C K K . A K 201 1_555 F O HOH . A HOH 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? 
metalc ? metalc7 D NA NA . A NA 202 1_555 F O HOH . A HOH 326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc8 D NA NA . A NA 202 1_555 F O HOH . A HOH 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc9 D NA NA . A NA 202 1_555 F O HOH . A HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
#
_chem_comp.formula           'C4 H12 N O3 1' 
_chem_comp.formula_weight    122.143 
_chem_comp.id                TRS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'TRIS BUFFER' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C C1 TRS sing 334 n n 
C C2 TRS sing 335 n n 
C C3 TRS sing 336 n n 
C N TRS sing 337 n n 
C1 O1 TRS sing 338 n n 
C1 H11 TRS sing 339 n n 
C1 H12 TRS sing 340 n n 
C2 O2 TRS sing 341 n n 
C2 H21 TRS sing 342 n n 
C2 H22 TRS sing 343 n n 
C3 O3 TRS sing 344 n n 
C3 H31 TRS sing 345 n n 
C3 H32 TRS sing 346 n n 
N HN1 TRS sing 347 n n 
N HN2 TRS sing 348 n n 
N HN3 TRS sing 349 n n 
O1 HO1 TRS sing 350 n n 
O2 HO2 TRS sing 351 n n 
O3 HO3 TRS sing 352 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4GYM 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.016966 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.016966 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006061 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 K A 1 201 201 K K . 
D 3 NA A 1 202 202 NA NA . 
E 4 TRS A 1 203 203 TRS TRS . 
F 5 HOH A 1 301 1 HOH HOH . 
F 5 HOH A 2 302 5 HOH HOH . 
F 5 HOH A 3 303 7 HOH HOH . 
F 5 HOH A 4 304 8 HOH HOH . 
F 5 HOH A 5 305 9 HOH HOH . 
F 5 HOH A 6 306 10 HOH HOH . 
F 5 HOH A 7 307 13 HOH HOH . 
F 5 HOH A 8 308 14 HOH HOH . 
F 5 HOH A 9 309 18 HOH HOH . 
F 5 HOH A 10 310 19 HOH HOH . 
F 5 HOH A 11 311 21 HOH HOH . 
F 5 HOH A 12 312 25 HOH HOH . 
F 5 HOH A 13 313 28 HOH HOH . 
F 5 HOH A 14 314 29 HOH HOH . 
F 5 HOH A 15 315 36 HOH HOH . 
F 5 HOH A 16 316 38 HOH HOH . 
F 5 HOH A 17 317 40 HOH HOH . 
F 5 HOH A 18 318 42 HOH HOH . 
F 5 HOH A 19 319 44 HOH HOH . 
F 5 HOH A 20 320 47 HOH HOH . 
F 5 HOH A 21 321 49 HOH HOH . 
F 5 HOH A 22 322 52 HOH HOH . 
F 5 HOH A 23 323 54 HOH HOH . 
F 5 HOH A 24 324 62 HOH HOH . 
F 5 HOH A 25 325 66 HOH HOH . 
F 5 HOH A 26 326 67 HOH HOH . 
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