data_4IRU
#
_model_server_result.job_id            -fFAYtIlzG6x7_klJz-fdg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 23:25:30' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4iru 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":705}' 
#
_entry.id    4IRU 
#
_exptl.entry_id    4IRU 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              59.044 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ACETATE ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4IRU 
_cell.length_a            139.404 
_cell.length_b            139.404 
_cell.length_c            384.519 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4IRU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        98 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 41 2 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,PA,QA 1 1 
C,D,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,RA,SA 2 1 
E,F,MA,NA,OA,TA 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 Z N N 
? 3 AA N N 
? 3 BA N N 
? 3 CA N N 
? 3 DA N N 
? 3 EA N N 
? 3 KA N N 
? 3 LA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LEU 8 A LEU 332 1_555 A N MSE 9 A MSE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale2 A C MSE 9 A MSE 333 1_555 A N THR 10 A THR 334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 A C ASP 30 A ASP 354 1_555 A N MSE 31 A MSE 355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale4 A C MSE 31 A MSE 355 1_555 A N GLU 32 A GLU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale5 A C LYS 224 A LYS 548 1_555 A N MSE 225 A MSE 549 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale6 A C MSE 225 A MSE 549 1_555 A N ASN 226 A ASN 550 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale7 B C PHE 172 B PHE 165 1_555 B N MSE 173 B MSE 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale8 B C MSE 173 B MSE 166 1_555 B N THR 174 B THR 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale9 B C THR 174 B THR 167 1_555 B N MSE 175 B MSE 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale10 B C MSE 175 B MSE 168 1_555 B N ALA 176 B ALA 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale11 B C ARG 182 B ARG 175 1_555 B N MSE 183 B MSE 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale12 C C LEU 8 C LEU 332 1_555 C N MSE 9 C MSE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale13 C C MSE 9 C MSE 333 1_555 C N THR 10 C THR 334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale14 C C ASP 30 C ASP 354 1_555 C N MSE 31 C MSE 355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale15 C C MSE 31 C MSE 355 1_555 C N GLU 32 C GLU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale16 C C LYS 224 C LYS 548 1_555 C N MSE 225 C MSE 549 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale17 C C MSE 225 C MSE 549 1_555 C N ASN 226 C ASN 550 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale18 D C PHE 172 D PHE 165 1_555 D N MSE 173 D MSE 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale19 D C MSE 173 D MSE 166 1_555 D N THR 174 D THR 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale20 D C THR 174 D THR 167 1_555 D N MSE 175 D MSE 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale21 D C MSE 175 D MSE 168 1_555 D N ALA 176 D ALA 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale22 D C ARG 182 D ARG 175 1_555 D N MSE 183 D MSE 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale23 E C LEU 8 E LEU 332 1_555 E N MSE 9 E MSE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale24 E C MSE 9 E MSE 333 1_555 E N THR 10 E THR 334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale25 E C ASP 30 E ASP 354 1_555 E N MSE 31 E MSE 355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale26 E C MSE 31 E MSE 355 1_555 E N GLU 32 E GLU 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale27 E C LYS 224 E LYS 548 1_555 E N MSE 225 E MSE 549 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale28 E C MSE 225 E MSE 549 1_555 E N ASN 226 E ASN 550 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale29 F C PHE 172 F PHE 165 1_555 F N MSE 173 F MSE 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale30 F C MSE 173 F MSE 166 1_555 F N THR 174 F THR 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale31 F C THR 174 F THR 167 1_555 F N MSE 175 F MSE 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale32 F C MSE 175 F MSE 168 1_555 F N ALA 176 F ALA 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale33 F C ARG 182 F ARG 175 1_555 F N MSE 183 F MSE 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
metalc ? metalc1 HA MG MG . D MG 201 1_555 IA O3B GDP . D GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.855 ? 
metalc ? metalc2 S MG MG . B MG 201 1_555 T O3B GDP . B GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc3 D OG SER 32 D SER 25 1_555 HA MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc4 B OG SER 32 B SER 25 1_555 S MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc5 D OG1 THR 50 D THR 43 1_555 HA MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc6 MA MG MG . F MG 200 1_555 NA O1B GDP . F GDP 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? 
metalc ? metalc7 B OG1 THR 50 B THR 43 1_555 S MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc8 C OE1 GLU 212 C GLU 536 1_555 GA K K . C K 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.025 ? 
metalc ? metalc9 A O ASN 39 A ASN 363 1_555 P K K . A K 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.262 ? 
metalc ? metalc10 A OE1 GLU 212 A GLU 536 1_555 O K K . A K 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.269 ? 
metalc ? metalc11 H OXT ACT . A ACT 902 1_555 P K K . A K 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.318 ? 
metalc ? metalc12 HA MG MG . D MG 201 1_555 SA O HOH . D HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.861 ? 
metalc ? metalc13 S MG MG . B MG 201 1_555 QA O HOH . B HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.862 ? 
metalc ? metalc14 HA MG MG . D MG 201 1_555 SA O HOH . D HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H3 O2 -1' 
_chem_comp.formula_weight    59.044 
_chem_comp.id                ACT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ACETATE ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4IRU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007173 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007173 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.002601 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 ACT A 1 901 901 ACT ACT . 
H 3 ACT A 1 902 902 ACT ACT . 
I 4 GOL A 1 903 920 GOL GOL . 
J 4 GOL A 1 904 921 GOL GOL . 
K 4 GOL A 1 905 922 GOL GOL . 
L 4 GOL A 1 906 923 GOL GOL . 
M 4 GOL A 1 907 924 GOL GOL . 
N 4 GOL A 1 908 925 GOL GOL . 
O 5 K A 1 909 930 K K . 
P 5 K A 1 910 931 K K . 
Q 5 K A 1 911 932 K K . 
R 5 K A 1 912 935 K K . 
S 6 MG B 1 201 200 MG MG . 
T 7 GDP B 1 202 201 GDP GDP . 
U 8 AF3 B 1 203 202 AF3 AF3 . 
V 3 ACT B 1 204 903 ACT ACT . 
W 3 ACT B 1 205 904 ACT ACT . 
X 4 GOL B 1 206 926 GOL GOL . 
Y 5 K B 1 207 933 K K . 
Z 3 ACT C 1 701 905 ACT ACT . 
AA 3 ACT C 1 702 906 ACT ACT . 
BA 3 ACT C 1 703 907 ACT ACT . 
CA 3 ACT C 1 704 908 ACT ACT . 
DA 3 ACT C 1 705 909 ACT ACT . 
EA 3 ACT C 1 706 911 ACT ACT . 
FA 4 GOL C 1 707 927 GOL GOL . 
GA 5 K C 1 708 934 K K . 
HA 6 MG D 1 201 200 MG MG . 
IA 7 GDP D 1 202 201 GDP GDP . 
JA 8 AF3 D 1 203 202 AF3 AF3 . 
KA 3 ACT D 1 204 910 ACT ACT . 
LA 3 ACT D 1 205 912 ACT ACT . 
MA 6 MG F 1 200 200 MG MG . 
NA 7 GDP F 1 201 201 GDP GDP . 
OA 8 AF3 F 1 202 202 AF3 AF3 . 
PA 9 HOH A 1 1001 950 HOH HOH . 
PA 9 HOH A 2 1002 951 HOH HOH . 
PA 9 HOH A 3 1003 952 HOH HOH . 
PA 9 HOH A 4 1004 953 HOH HOH . 
PA 9 HOH A 5 1005 954 HOH HOH . 
PA 9 HOH A 6 1006 955 HOH HOH . 
PA 9 HOH A 7 1007 957 HOH HOH . 
PA 9 HOH A 8 1008 958 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 1 301 956 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 2 302 959 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 3 303 960 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 4 304 961 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 5 305 962 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 6 306 963 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 7 307 964 HOH HOH . 
QA 9 HOH B 8 308 965 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 1 801 966 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 2 802 967 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 3 803 968 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 4 804 969 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 5 805 970 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 6 806 971 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 7 807 972 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 8 808 973 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 9 809 974 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 10 810 975 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 11 811 976 HOH HOH . 
RA 9 HOH C 12 812 977 HOH HOH . 
SA 9 HOH D 1 301 979 HOH HOH . 
SA 9 HOH D 2 302 980 HOH HOH . 
SA 9 HOH D 3 303 981 HOH HOH . 
TA 9 HOH F 1 301 978 HOH HOH . 
TA 9 HOH F 2 302 982 HOH HOH . 
TA 9 HOH F 3 303 983 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C ACT . . . DA 3 191.255 65.594 16.519 1 94.39 ? C ACT 705 C 1 
HETATM 2 O O ACT . . . DA 3 191.202 64.533 15.854 1 100.52 ? O ACT 705 C 1 
HETATM 3 O OXT ACT . . . DA 3 191.268 66.71 15.952 1 88.47 ? OXT ACT 705 C 1 
HETATM 4 C CH3 ACT . . . DA 3 191.294 65.529 18.021 1 88.61 ? CH3 ACT 705 C 1 
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