data_4J6E # _model_server_result.job_id mG6jos2vAr5D4Hs9ulgcTA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 00:53:15' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4j6e # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":301}' # _entry.id 4J6E # _exptl.entry_id 4J6E _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 1018.027 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '(2R,3R,4R,5S,6R)-2-{[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-3-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}tetrahydro-2H-pyran-4-yl (3R)-3-hydroxytetradecanoate' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 4J6E _cell.length_a 107.297 _cell.length_b 107.297 _cell.length_c 81.29 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4J6E _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 12_565 x,x-y+1,-z+1/6 0.5 0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 -1 -53.6485 92.921928 13.548333 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C43 H77 N3 O20 P2' _chem_comp.formula_weight 1018.027 _chem_comp.id UDG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '(2R,3R,4R,5S,6R)-2-{[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-3-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}tetrahydro-2H-pyran-4-yl (3R)-3-hydroxytetradecanoate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C2 N1 UDG sing 330 n n N1 C11 UDG sing 331 n n N1 C6 UDG sing 332 n n O2 C2 UDG doub 333 n n N3 C2 UDG sing 334 n n N3 C4 UDG sing 335 n n O4 C4 UDG doub 336 n n C4 C5 UDG sing 337 n n C5 C6 UDG doub 338 n n C5 H5 UDG sing 339 n n C6 H6 UDG sing 340 n n O15 PA UDG sing 341 n n O3A PA UDG sing 342 n n PA O2A UDG doub 343 n n PA O1A UDG sing 344 n n O2B PB UDG doub 345 n n O3B PB UDG sing 346 n n O3A PB UDG sing 347 n n PB O1B UDG sing 348 n n O5' C1' UDG sing 349 n n O3B C1' UDG sing 350 n n C2' C1' UDG sing 351 n n C1' H1' UDG sing 352 n n C11 O14 UDG sing 353 n n C11 C12 UDG sing 354 n n C11 "H1'A" UDG sing 355 n n O1A HO1A UDG sing 356 n n O1B HO1B UDG sing 357 n n C3' C2' UDG sing 358 n n C2' N34 UDG sing 359 n n C2' H2' UDG sing 360 n n O2' C12 UDG sing 361 n n C12 C13 UDG sing 362 n n C12 "H2'A" UDG sing 363 n n O2' HO2' UDG sing 364 n n C4' C3' UDG sing 365 n n O51 C3' UDG sing 366 n n C3' H3' UDG sing 367 n n C14 C13 UDG sing 368 n n O3' C13 UDG sing 369 n n C13 "H3'A" UDG sing 370 n n O3' HO3' UDG sing 371 n n N34 C35 UDG sing 372 n n N34 HN34 UDG sing 373 n n C35 O36 UDG doub 374 n n C35 C37 UDG sing 375 n n C37 C38 UDG sing 376 n n C37 H37 UDG sing 377 n n C37 H37A UDG sing 378 n n C38 C39 UDG sing 379 n n C38 O50 UDG sing 380 n n C38 H38 UDG sing 381 n n C39 C40 UDG sing 382 n n C39 H39 UDG sing 383 n n C39 H39A UDG sing 384 n n O4' C4' UDG sing 385 n n C4' C5' UDG sing 386 n n C4' H4' UDG sing 387 n n O4' HO4' UDG sing 388 n n O14 C14 UDG sing 389 n n C14 C15 UDG sing 390 n n C14 "H4'A" UDG sing 391 n n C40 C41 UDG sing 392 n n C40 H40 UDG sing 393 n n C40 H40A UDG sing 394 n n C41 C42 UDG sing 395 n n C41 H41 UDG sing 396 n n C41 H41A UDG sing 397 n n C42 C43 UDG sing 398 n n C42 H42 UDG sing 399 n n C42 H42A UDG sing 400 n n C43 C44 UDG sing 401 n n C43 H43 UDG sing 402 n n C43 H43A UDG sing 403 n n C45 C44 UDG sing 404 n n C44 H44 UDG sing 405 n n C44 H44A UDG sing 406 n n C45 C46 UDG sing 407 n n C45 H45 UDG sing 408 n n C45 H45A UDG sing 409 n n C46 C47 UDG sing 410 n n C46 H46 UDG sing 411 n n C46 H46A UDG sing 412 n n C47 C48 UDG sing 413 n n C47 H47 UDG sing 414 n n C47 H47A UDG sing 415 n n C48 C49 UDG sing 416 n n C48 H48 UDG sing 417 n n C48 H48A UDG sing 418 n n C49 H49 UDG sing 419 n n C49 H49A UDG sing 420 n n C49 H49B UDG sing 421 n n C6' C5' UDG sing 422 n n C5' O5' UDG sing 423 n n C5' H5' UDG sing 424 n n C15 O15 UDG sing 425 n n C15 "H5'A" UDG sing 426 n n C15 H5AA UDG sing 427 n n O50 HO50 UDG sing 428 n n O51 C52 UDG sing 429 n n O53 C52 UDG doub 430 n n C52 C54 UDG sing 431 n n C54 C55 UDG sing 432 n n C54 H54 UDG sing 433 n n C54 H54A UDG sing 434 n n C55 C56 UDG sing 435 n n C55 O67 UDG sing 436 n n C55 H55 UDG sing 437 n n C56 C57 UDG sing 438 n n C56 H56 UDG sing 439 n n C56 H56A UDG sing 440 n n C57 C58 UDG sing 441 n n C57 H57 UDG sing 442 n n C57 H57A UDG sing 443 n n C58 C59 UDG sing 444 n n C58 H58 UDG sing 445 n n C58 H58A UDG sing 446 n n C60 C59 UDG sing 447 n n C59 H59 UDG sing 448 n n C59 H59A UDG sing 449 n n C6' O6' UDG sing 450 n n C6' H6' UDG sing 451 n n C6' "H6'A" UDG sing 452 n n O6' HO6' UDG sing 453 n n C60 C61 UDG sing 454 n n C60 H60 UDG sing 455 n n C60 H60A UDG sing 456 n n C61 C62 UDG sing 457 n n C61 H61 UDG sing 458 n n C61 H61A UDG sing 459 n n C62 C63 UDG sing 460 n n C62 H62 UDG sing 461 n n C62 H62A UDG sing 462 n n C63 C64 UDG sing 463 n n C63 H63 UDG sing 464 n n C63 H63A UDG sing 465 n n C64 C65 UDG sing 466 n n C64 H64 UDG sing 467 n n C64 H64A UDG sing 468 n n C65 C66 UDG sing 469 n n C65 H65 UDG sing 470 n n C65 H65A UDG sing 471 n n C66 H66 UDG sing 472 n n C66 H66A UDG sing 473 n n C66 H66B UDG sing 474 n n O67 HO67 UDG sing 475 n n N3 HN3 UDG sing 476 n n # _atom_sites.entry_id 4J6E _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00932 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005381 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010762 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012302 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 UDG A 1 301 301 UDG UDG . C 3 HOH A 1 401 401 HOH HOH . C 3 HOH A 2 402 402 HOH HOH . C 3 HOH A 3 403 403 HOH HOH . C 3 HOH A 4 404 404 HOH HOH . C 3 HOH A 5 405 405 HOH HOH . C 3 HOH A 6 406 406 HOH HOH . C 3 HOH A 7 407 407 HOH HOH . C 3 HOH A 8 408 408 HOH HOH . C 3 HOH A 9 409 409 HOH HOH . C 3 HOH A 10 410 410 HOH HOH . C 3 HOH A 11 411 411 HOH HOH . C 3 HOH A 12 412 412 HOH HOH . C 3 HOH A 13 413 413 HOH HOH . C 3 HOH A 14 414 414 HOH HOH . C 3 HOH A 15 415 415 HOH HOH . C 3 HOH A 16 416 416 HOH HOH . C 3 HOH A 17 417 417 HOH HOH . C 3 HOH A 18 418 418 HOH HOH . C 3 HOH A 19 419 419 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 UDG . . . B 2 -15.5 38.828 -6.406 1 74.97 ? N1 UDG 301 A 1 HETATM 2 C C2 UDG . . . B 2 -16.114 38.303 -7.571 1 74.11 ? C2 UDG 301 A 1 HETATM 3 O O2 UDG . . . B 2 -16.973 39.053 -8.33 1 73.36 ? O2 UDG 301 A 1 HETATM 4 N N3 UDG . . . B 2 -15.87 37.028 -7.928 1 71.04 ? N3 UDG 301 A 1 HETATM 5 C C4 UDG . . . B 2 -15.043 36.267 -7.196 1 73.08 ? C4 UDG 301 A 1 HETATM 6 O O4 UDG . . . B 2 -14.82 34.993 -7.581 1 82.44 ? O4 UDG 301 A 1 HETATM 7 C C5 UDG . . . B 2 -14.422 36.761 -6.062 1 72.01 ? C5 UDG 301 A 1 HETATM 8 C C6 UDG . . . B 2 -14.666 38.073 -5.687 1 76.03 ? C6 UDG 301 A 1 HETATM 9 P PA UDG . . . B 2 -13.021 41.69 -1.225 1 59.73 ? PA UDG 301 A 1 HETATM 10 P PB UDG . . . B 2 -10.139 41.298 -1.183 1 67.87 ? PB UDG 301 A 1 HETATM 11 C C1' UDG . . . B 2 -9.579 38.748 -1.175 1 65.09 ? C1' UDG 301 A 1 HETATM 12 C C11 UDG . . . B 2 -15.738 40.216 -6.003 1 72.42 ? C11 UDG 301 A 1 HETATM 13 O O1A UDG . . . B 2 -12.768 42.897 -0.347 1 50.92 ? O1A UDG 301 A 1 HETATM 14 O O1B UDG . . . B 2 -9.771 41.289 0.279 1 80.72 ? O1B UDG 301 A 1 HETATM 15 C C2' UDG . . . B 2 -8.359 37.834 -1.241 1 71.89 ? C2' UDG 301 A 1 HETATM 16 C C12 UDG . . . B 2 -16.41 40.347 -4.647 1 68.74 ? C12 UDG 301 A 1 HETATM 17 O O2' UDG . . . B 2 -17.84 40.323 -4.764 1 67.57 ? O2' UDG 301 A 1 HETATM 18 O O2A UDG . . . B 2 -14.145 40.725 -0.919 1 58.43 ? O2A UDG 301 A 1 HETATM 19 O O2B UDG . . . B 2 -9.95 42.601 -1.944 1 60.42 ? O2B UDG 301 A 1 HETATM 20 C C3' UDG . . . B 2 -7.921 37.69 -2.68 1 75.29 ? C3' UDG 301 A 1 HETATM 21 C C13 UDG . . . B 2 -15.894 41.699 -4.182 1 71.68 ? C13 UDG 301 A 1 HETATM 22 O O3' UDG . . . B 2 -16.718 42.754 -4.703 1 68.17 ? O3' UDG 301 A 1 HETATM 23 N N34 UDG . . . B 2 -7.277 38.324 -0.423 1 76.2 ? N34 UDG 301 A 1 HETATM 24 C C35 UDG . . . B 2 -7.337 38.226 0.889 1 73.95 ? C35 UDG 301 A 1 HETATM 25 O O36 UDG . . . B 2 -7.615 37.185 1.459 1 75.04 ? O36 UDG 301 A 1 HETATM 26 C C37 UDG . . . B 2 -7.048 39.482 1.663 1 76.06 ? C37 UDG 301 A 1 HETATM 27 C C38 UDG . . . B 2 -6.922 39.051 3.113 1 82.67 ? C38 UDG 301 A 1 HETATM 28 C C39 UDG . . . B 2 -5.466 39.166 3.528 1 79.13 ? C39 UDG 301 A 1 HETATM 29 O O3A UDG . . . B 2 -11.672 40.78 -1.437 1 52.75 ? O3A UDG 301 A 1 HETATM 30 O O3B UDG . . . B 2 -9.395 40.01 -1.812 1 54.33 ? O3B UDG 301 A 1 HETATM 31 C C4' UDG . . . B 2 -9.081 37.152 -3.496 1 71.34 ? C4' UDG 301 A 1 HETATM 32 O O4' UDG . . . B 2 -8.753 37.411 -4.857 1 77.46 ? O4' UDG 301 A 1 HETATM 33 C C14 UDG . . . B 2 -14.503 41.812 -4.786 1 72.81 ? C14 UDG 301 A 1 HETATM 34 O O14 UDG . . . B 2 -14.503 40.939 -5.921 1 74.93 ? O14 UDG 301 A 1 HETATM 35 C C40 UDG . . . B 2 -5.194 38.233 4.697 1 84.44 ? C40 UDG 301 A 1 HETATM 36 C C41 UDG . . . B 2 -5.728 38.798 6.006 1 85.05 ? C41 UDG 301 A 1 HETATM 37 C C42 UDG . . . B 2 -5.83 37.725 7.086 1 79.56 ? C42 UDG 301 A 1 HETATM 38 C C43 UDG . . . B 2 -4.517 36.967 7.193 1 70.75 ? C43 UDG 301 A 1 HETATM 39 C C44 UDG . . . B 2 -4.727 35.612 7.846 1 67.96 ? C44 UDG 301 A 1 HETATM 40 C C45 UDG . . . B 2 -3.421 34.842 7.749 1 70.92 ? C45 UDG 301 A 1 HETATM 41 C C46 UDG . . . B 2 -3.578 33.38 8.153 1 71.69 ? C46 UDG 301 A 1 HETATM 42 C C47 UDG . . . B 2 -2.934 33.135 9.513 1 74.67 ? C47 UDG 301 A 1 HETATM 43 C C48 UDG . . . B 2 -3.351 31.786 10.093 1 74.66 ? C48 UDG 301 A 1 HETATM 44 C C49 UDG . . . B 2 -2.824 31.647 11.502 1 76.57 ? C49 UDG 301 A 1 HETATM 45 C C5' UDG . . . B 2 -10.414 37.829 -3.204 1 63.42 ? C5' UDG 301 A 1 HETATM 46 O O5' UDG . . . B 2 -10.655 38.077 -1.823 1 62.82 ? O5' UDG 301 A 1 HETATM 47 C C15 UDG . . . B 2 -13.402 41.375 -3.829 1 74.34 ? C15 UDG 301 A 1 HETATM 48 O O15 UDG . . . B 2 -13.327 42.26 -2.711 1 80.21 ? O15 UDG 301 A 1 HETATM 49 O O50 UDG . . . B 2 -7.763 39.882 3.926 1 94.23 ? O50 UDG 301 A 1 HETATM 50 O O51 UDG . . . B 2 -6.891 36.715 -2.799 1 80.96 ? O51 UDG 301 A 1 HETATM 51 C C52 UDG . . . B 2 -5.534 37.223 -2.715 1 83.07 ? C52 UDG 301 A 1 HETATM 52 O O53 UDG . . . B 2 -5.279 38.368 -3.063 1 81.63 ? O53 UDG 301 A 1 HETATM 53 C C54 UDG . . . B 2 -4.466 36.285 -2.208 1 85.71 ? C54 UDG 301 A 1 HETATM 54 C C55 UDG . . . B 2 -4.87 35.836 -0.807 1 85.5 ? C55 UDG 301 A 1 HETATM 55 C C56 UDG . . . B 2 -4.012 34.664 -0.336 1 84.51 ? C56 UDG 301 A 1 HETATM 56 C C57 UDG . . . B 2 -4.418 34.226 1.07 1 83.08 ? C57 UDG 301 A 1 HETATM 57 C C58 UDG . . . B 2 -3.635 34.941 2.169 1 74.62 ? C58 UDG 301 A 1 HETATM 58 C C59 UDG . . . B 2 -2.487 34.08 2.664 1 70.14 ? C59 UDG 301 A 1 HETATM 59 C C6' UDG . . . B 2 -11.579 37.029 -3.784 1 64.15 ? C6' UDG 301 A 1 HETATM 60 O O6' UDG . . . B 2 -11.294 35.634 -3.697 1 67.65 ? O6' UDG 301 A 1 HETATM 61 C C60 UDG . . . B 2 -2.983 32.727 3.159 1 68.89 ? C60 UDG 301 A 1 HETATM 62 C C61 UDG . . . B 2 -1.801 31.936 3.704 1 67.44 ? C61 UDG 301 A 1 HETATM 63 C C62 UDG . . . B 2 -1.934 31.521 5.159 1 61.36 ? C62 UDG 301 A 1 HETATM 64 C C63 UDG . . . B 2 -2.295 30.043 5.225 1 66.2 ? C63 UDG 301 A 1 HETATM 65 C C64 UDG . . . B 2 -1.11 29.151 5.566 1 69.95 ? C64 UDG 301 A 1 HETATM 66 C C65 UDG . . . B 2 -1.602 27.908 6.31 1 70.63 ? C65 UDG 301 A 1 HETATM 67 C C66 UDG . . . B 2 -0.504 26.877 6.464 1 68.77 ? C66 UDG 301 A 1 HETATM 68 O O67 UDG . . . B 2 -4.714 36.944 0.088 1 87.2 ? O67 UDG 301 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 90 _model_server_stats.parse_time_ms 117 _model_server_stats.create_model_time_ms 84 _model_server_stats.query_time_ms 331 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 68 #