data_4JPZ
#
_model_server_result.job_id            PYJfALfG9r73FKiRNT8PVg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 20:55:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4jpz 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":202}' 
#
_entry.id    4JPZ 
#
_exptl.entry_id    4JPZ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          100.9 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4JPZ 
_cell.length_a            153.133 
_cell.length_b            86.106 
_cell.length_c            109.399 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4JPZ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,O,P,Q 1 1 
D,E,F,K,L,M,N,R,S 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 C OD1 ASP 21 C ASP 21 1_555 G CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc2 C OD1 ASP 23 C ASP 23 1_555 G CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc3 C OD1 ASP 25 C ASP 25 1_555 G CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc4 C O THR 27 C THR 27 1_555 G CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc5 C OE2 GLU 32 C GLU 32 1_555 G CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc6 C OE1 GLU 32 C GLU 32 1_555 G CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc7 C OD1 ASP 57 C ASP 57 1_555 H CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc8 C OD1 ASN 61 C ASN 61 1_555 H CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc9 C O THR 63 C THR 63 1_555 H CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc10 C OE1 GLU 68 C GLU 68 1_555 H CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
metalc ? metalc11 C OE2 GLU 68 C GLU 68 1_555 H CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASP 94 C ASP 94 1_555 I CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 96 C ASP 96 1_555 I CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASN 98 C ASN 98 1_555 I CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc15 C O TYR 100 C TYR 100 1_555 I CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc16 C OD1 ASP 130 C ASP 130 1_555 J CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc17 C OD1 ASP 132 C ASP 132 1_555 J CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASP 134 C ASP 134 1_555 J CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc19 C O GLN 136 C GLN 136 1_555 J CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc20 G CA CA . C CA 201 1_555 Q O HOH . C HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc21 H CA CA . C CA 202 1_555 Q O HOH . C HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc22 I CA CA . C CA 203 1_555 Q O HOH . C HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc23 I CA CA . C CA 203 1_555 Q O HOH . C HOH 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc24 J CA CA . C CA 204 1_555 Q O HOH . C HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc25 J CA CA . C CA 204 1_555 Q O HOH . C HOH 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc26 F OD1 ASP 21 I ASP 21 1_555 K CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc27 F OD1 ASP 23 I ASP 23 1_555 K CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc28 F OD1 ASP 25 I ASP 25 1_555 K CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc29 F O THR 27 I THR 27 1_555 K CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc30 F OE2 GLU 32 I GLU 32 1_555 K CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc31 F OE1 GLU 32 I GLU 32 1_555 K CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? 
metalc ? metalc32 F OD1 ASP 57 I ASP 57 1_555 L CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc33 F OD1 ASN 61 I ASN 61 1_555 L CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc34 F O THR 63 I THR 63 1_555 L CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc35 F OE1 GLU 68 I GLU 68 1_555 L CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc36 F OE2 GLU 68 I GLU 68 1_555 L CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc37 F OD1 ASP 94 I ASP 94 1_555 M CA CA . I CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
metalc ? metalc38 F OD1 ASP 96 I ASP 96 1_555 M CA CA . I CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc39 F OD1 ASN 98 I ASN 98 1_555 M CA CA . I CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc40 F O TYR 100 I TYR 100 1_555 M CA CA . I CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc41 F OD1 ASP 130 I ASP 130 1_555 N CA CA . I CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc42 F OD1 ASP 132 I ASP 132 1_555 N CA CA . I CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc43 F OD2 ASP 132 I ASP 132 1_555 N CA CA . I CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc44 F OD1 ASP 134 I ASP 134 1_555 N CA CA . I CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc45 F O GLN 136 I GLN 136 1_555 N CA CA . I CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4JPZ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00653 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001258 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011614 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009309 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 CA C 1 201 1 CA CA . 
H 4 CA C 1 202 1 CA CA . 
I 4 CA C 1 203 1 CA CA . 
J 4 CA C 1 204 1 CA CA . 
K 4 CA I 1 201 1 CA CA . 
L 4 CA I 1 202 1 CA CA . 
M 4 CA I 1 203 1 CA CA . 
N 4 CA I 1 204 1 CA CA . 
O 5 HOH A 1 201 18 HOH HOH . 
O 5 HOH A 2 202 19 HOH HOH . 
O 5 HOH A 3 203 23 HOH HOH . 
O 5 HOH A 4 204 24 HOH HOH . 
O 5 HOH A 5 205 25 HOH HOH . 
O 5 HOH A 6 206 31 HOH HOH . 
O 5 HOH A 7 207 32 HOH HOH . 
O 5 HOH A 8 208 33 HOH HOH . 
P 5 HOH B 1 2001 11 HOH HOH . 
P 5 HOH B 2 2002 12 HOH HOH . 
P 5 HOH B 3 2003 13 HOH HOH . 
P 5 HOH B 4 2004 14 HOH HOH . 
P 5 HOH B 5 2005 17 HOH HOH . 
P 5 HOH B 6 2006 22 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 1 301 1 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 2 302 2 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 3 303 3 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 4 304 4 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 5 305 5 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 6 306 6 HOH HOH . 
R 5 HOH E 1 201 15 HOH HOH . 
R 5 HOH E 2 202 20 HOH HOH . 
R 5 HOH E 3 203 26 HOH HOH . 
R 5 HOH E 4 204 27 HOH HOH . 
R 5 HOH E 5 205 30 HOH HOH . 
S 5 HOH H 1 2001 9 HOH HOH . 
S 5 HOH H 2 2002 10 HOH HOH . 
S 5 HOH H 3 2003 16 HOH HOH . 
S 5 HOH H 4 2004 21 HOH HOH . 
S 5 HOH H 5 2005 28 HOH HOH . 
S 5 HOH H 6 2006 29 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         H 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               118.757 
_atom_site.Cartn_y               62.772 
_atom_site.Cartn_z               130.545 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        90.39 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           202 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              9 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    8 
_model_server_stats.query_time_ms           294 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           1 
#