data_4JV0 # _model_server_result.job_id T8_iH2S1JlS2TUSGYZWCpQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 11:07:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4jv0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 4JV0 # _exptl.entry_id 4JV0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4JV0 _cell.length_a 93.826 _cell.length_b 104.486 _cell.length_c 52.529 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4JV0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' DT 1 B DT 4 1_555 B P KAG 2 B KAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.615 ? covale ? covale2 B O3' KAG 2 B KAG 5 1_555 B P DG 3 B DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.6 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 13 A ASP 7 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? metalc ? metalc2 A O PHE 14 A PHE 8 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 111 A ASP 105 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc4 A O ALA 187 A ALA 181 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc5 A O ILE 192 A ILE 186 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? metalc ? metalc6 D O1G DTP . A DTP 1000 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc7 D O1A DTP . A DTP 1000 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc8 D O2B DTP . A DTP 1000 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc ? metalc9 F CA CA . A CA 1002 1_555 G O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.975 ? metalc ? metalc10 F CA CA . A CA 1002 1_555 G O HOH . A HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.089 ? metalc ? metalc11 F CA CA . A CA 1002 1_555 I O HOH . C HOH 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 KAG 2 B KAG 5 1_555 C N3 DC 14 C DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 KAG 2 B KAG 5 1_555 C O2 DC 14 C DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 KAG 2 B KAG 5 1_555 C N4 DC 14 C DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DG 3 B DG 6 1_555 C N3 DC 13 C DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N2 DG 3 B DG 6 1_555 C O2 DC 13 C DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O6 DG 3 B DG 6 1_555 C N4 DC 13 C DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N1 DA 4 B DA 7 1_555 C N3 DT 12 C DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N6 DA 4 B DA 7 1_555 C O4 DT 12 C DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N1 DA 5 B DA 8 1_555 C N3 DT 11 C DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N6 DA 5 B DA 8 1_555 C O4 DT 11 C DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N3 DT 6 B DT 9 1_555 C N1 DA 10 C DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B O4 DT 6 B DT 9 1_555 C N6 DA 10 C DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N3 DC 7 B DC 10 1_555 C N1 DG 9 C DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N4 DC 7 B DC 10 1_555 C O6 DG 9 C DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B O2 DC 7 B DC 10 1_555 C N2 DG 9 C DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N3 DC 8 B DC 11 1_555 C N1 DG 8 C DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N4 DC 8 B DC 11 1_555 C O6 DG 8 C DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B O2 DC 8 B DC 11 1_555 C N2 DG 8 C DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N3 DT 9 B DT 12 1_555 C N1 DA 7 C DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B O4 DT 9 B DT 12 1_555 C N6 DA 7 C DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N3 DT 10 B DT 13 1_555 C N1 DA 6 C DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O4 DT 10 B DT 13 1_555 C N6 DA 6 C DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 DC 11 B DC 14 1_555 C N1 DG 5 C DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 DC 11 B DC 14 1_555 C O6 DG 5 C DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 DC 11 B DC 14 1_555 C N2 DG 5 C DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 DC 12 B DC 15 1_555 C N1 DG 4 C DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N4 DC 12 B DC 15 1_555 C O6 DG 4 C DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B O2 DC 12 B DC 15 1_555 C N2 DG 4 C DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N3 DC 13 B DC 16 1_555 C N1 DG 3 C DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B N4 DC 13 B DC 16 1_555 C O6 DG 3 C DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B O2 DC 13 B DC 16 1_555 C N2 DG 3 C DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N3 DC 14 B DC 17 1_555 C N1 DG 2 C DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N4 DC 14 B DC 17 1_555 C O6 DG 2 C DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B O2 DC 14 B DC 17 1_555 C N2 DG 2 C DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N3 DC 15 B DC 18 1_555 C N1 DG 1 C DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B N4 DC 15 B DC 18 1_555 C O6 DG 1 C DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B O2 DC 15 B DC 18 1_555 C N2 DG 1 C DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4JV0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010658 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009571 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.019037 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 DTP A 1 1000 1000 DTP DTP . E 5 CA A 1 1001 1001 CA CA . F 5 CA A 1 1002 1002 CA CA . G 6 HOH A 1 1101 342 HOH HOH . G 6 HOH A 2 1102 343 HOH HOH . G 6 HOH A 3 1103 344 HOH HOH . G 6 HOH A 4 1104 345 HOH HOH . G 6 HOH A 5 1105 346 HOH HOH . G 6 HOH A 6 1106 347 HOH HOH . G 6 HOH A 7 1107 348 HOH HOH . G 6 HOH A 8 1108 349 HOH HOH . G 6 HOH A 9 1109 350 HOH HOH . G 6 HOH A 10 1110 351 HOH HOH . G 6 HOH A 11 1111 352 HOH HOH . G 6 HOH A 12 1112 353 HOH HOH . G 6 HOH A 13 1113 354 HOH HOH . G 6 HOH A 14 1114 355 HOH HOH . G 6 HOH A 15 1115 356 HOH HOH . G 6 HOH A 16 1116 357 HOH HOH . G 6 HOH A 17 1117 358 HOH HOH . G 6 HOH A 18 1118 359 HOH HOH . G 6 HOH A 19 1119 360 HOH HOH . G 6 HOH A 20 1120 361 HOH HOH . G 6 HOH A 21 1121 362 HOH HOH . G 6 HOH A 22 1122 363 HOH HOH . G 6 HOH A 23 1123 364 HOH HOH . G 6 HOH A 24 1124 365 HOH HOH . G 6 HOH A 25 1125 366 HOH HOH . H 6 HOH B 1 101 25 HOH HOH . H 6 HOH B 2 102 1 HOH HOH . H 6 HOH B 3 103 29 HOH HOH . H 6 HOH B 4 104 30 HOH HOH . H 6 HOH B 5 105 32 HOH HOH . H 6 HOH B 6 106 33 HOH HOH . H 6 HOH B 7 107 34 HOH HOH . H 6 HOH B 8 108 35 HOH HOH . H 6 HOH B 9 109 38 HOH HOH . H 6 HOH B 10 110 39 HOH HOH . H 6 HOH B 11 111 40 HOH HOH . I 6 HOH C 1 101 4 HOH HOH . I 6 HOH C 2 102 18 HOH HOH . I 6 HOH C 3 103 33 HOH HOH . I 6 HOH C 4 104 34 HOH HOH . I 6 HOH C 5 105 35 HOH HOH . I 6 HOH C 6 106 41 HOH HOH . I 6 HOH C 7 107 43 HOH HOH . I 6 HOH C 8 108 45 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 23.497 _atom_site.Cartn_y 77.857 _atom_site.Cartn_z 56.742 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 75.3 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 24 _model_server_stats.query_time_ms 1018 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 1 #