data_4JV1 # _model_server_result.job_id fCkO-eOpxXZJzfqRn3RfVA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 14:31:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4jv1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":601}' # _entry.id 4JV1 # _exptl.entry_id 4JV1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4JV1 _cell.length_a 93.274 _cell.length_b 102.183 _cell.length_c 52.727 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4JV1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N ? 5 G N N ? 5 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' DC 1 B DC 604 1_555 B P HN1 2 B HN1 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale2 B O3' HN1 2 B HN1 605 1_555 B P DG 3 B DG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 13 A ASP 7 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 13 A ASP 7 1_555 F CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 13 A ASP 7 1_555 F CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.174 ? metalc ? metalc4 A O PHE 14 A PHE 8 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 111 A ASP 105 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 111 A ASP 105 1_555 F CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.134 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 112 A GLU 106 1_555 F CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.178 ? metalc ? metalc8 A O ALA 187 A ALA 181 1_555 G CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? metalc ? metalc9 A O ILE 192 A ILE 186 1_555 G CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? metalc ? metalc10 D O2A DGT . A DGT 401 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? metalc ? metalc11 D O2B DGT . A DGT 401 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc12 D O2G DGT . A DGT 401 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? metalc ? metalc13 D O2A DGT . A DGT 401 1_555 F CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? metalc ? metalc14 F CA CA . A CA 403 1_555 I O HOH . A HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.152 ? metalc ? metalc15 G CA CA . A CA 404 1_555 I O HOH . A HOH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? metalc ? metalc16 G CA CA . A CA 404 1_555 K O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.193 ? metalc ? metalc17 H CA CA . C CA 601 1_555 K O HOH . C HOH 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.188 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 DG 3 B DG 606 1_555 C N3 DC 13 C DC 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 DG 3 B DG 606 1_555 C O2 DC 13 C DC 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 DG 3 B DG 606 1_555 C N4 DC 13 C DC 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DA 4 B DA 607 1_555 C N3 DT 12 C DT 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N6 DA 4 B DA 607 1_555 C O4 DT 12 C DT 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N1 DA 5 B DA 608 1_555 C N3 DT 11 C DT 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N6 DA 5 B DA 608 1_555 C O4 DT 11 C DT 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N3 DT 6 B DT 609 1_555 C N1 DA 10 C DA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B O4 DT 6 B DT 609 1_555 C N6 DA 10 C DA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N3 DC 7 B DC 610 1_555 C N1 DG 9 C DG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N4 DC 7 B DC 610 1_555 C O6 DG 9 C DG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B O2 DC 7 B DC 610 1_555 C N2 DG 9 C DG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N3 DC 8 B DC 611 1_555 C N1 DG 8 C DG 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N4 DC 8 B DC 611 1_555 C O6 DG 8 C DG 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B O2 DC 8 B DC 611 1_555 C N2 DG 8 C DG 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N3 DT 9 B DT 612 1_555 C N1 DA 7 C DA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O4 DT 9 B DT 612 1_555 C N6 DA 7 C DA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N3 DT 10 B DT 613 1_555 C N1 DA 6 C DA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B O4 DT 10 B DT 613 1_555 C N6 DA 6 C DA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N3 DC 11 B DC 614 1_555 C N1 DG 5 C DG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N4 DC 11 B DC 614 1_555 C O6 DG 5 C DG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O2 DC 11 B DC 614 1_555 C N2 DG 5 C DG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 DC 12 B DC 615 1_555 C N1 DG 4 C DG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 DC 12 B DC 615 1_555 C O6 DG 4 C DG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 DC 12 B DC 615 1_555 C N2 DG 4 C DG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 DC 13 B DC 616 1_555 C N1 DG 3 C DG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N4 DC 13 B DC 616 1_555 C O6 DG 3 C DG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B O2 DC 13 B DC 616 1_555 C N2 DG 3 C DG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N3 DC 14 B DC 617 1_555 C N1 DG 2 C DG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B N4 DC 14 B DC 617 1_555 C O6 DG 2 C DG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B O2 DC 14 B DC 617 1_555 C N2 DG 2 C DG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N3 DC 15 B DC 618 1_555 C N1 DG 1 C DG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N4 DC 15 B DC 618 1_555 C O6 DG 1 C DG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B O2 DC 15 B DC 618 1_555 C N2 DG 1 C DG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4JV1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010721 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009786 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.018966 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 DGT A 1 401 7000 DGT DGT . E 5 CA A 1 402 1001 CA CA . F 5 CA A 1 403 1002 CA CA . G 5 CA A 1 404 1003 CA CA . H 5 CA C 1 601 1004 CA CA . I 6 HOH A 1 501 342 HOH HOH . I 6 HOH A 2 502 343 HOH HOH . I 6 HOH A 3 503 344 HOH HOH . I 6 HOH A 4 504 345 HOH HOH . I 6 HOH A 5 505 346 HOH HOH . I 6 HOH A 6 506 347 HOH HOH . I 6 HOH A 7 507 348 HOH HOH . I 6 HOH A 8 508 349 HOH HOH . I 6 HOH A 9 509 350 HOH HOH . I 6 HOH A 10 510 351 HOH HOH . I 6 HOH A 11 511 352 HOH HOH . I 6 HOH A 12 512 353 HOH HOH . I 6 HOH A 13 513 354 HOH HOH . I 6 HOH A 14 514 355 HOH HOH . I 6 HOH A 15 515 356 HOH HOH . I 6 HOH A 16 516 357 HOH HOH . I 6 HOH A 17 517 358 HOH HOH . I 6 HOH A 18 518 359 HOH HOH . I 6 HOH A 19 519 360 HOH HOH . I 6 HOH A 20 520 361 HOH HOH . I 6 HOH A 21 521 362 HOH HOH . I 6 HOH A 22 522 363 HOH HOH . I 6 HOH A 23 523 364 HOH HOH . I 6 HOH A 24 524 365 HOH HOH . I 6 HOH A 25 525 366 HOH HOH . I 6 HOH A 26 526 367 HOH HOH . I 6 HOH A 27 527 368 HOH HOH . I 6 HOH A 28 528 369 HOH HOH . I 6 HOH A 29 529 370 HOH HOH . I 6 HOH A 30 530 371 HOH HOH . I 6 HOH A 31 531 372 HOH HOH . I 6 HOH A 32 532 373 HOH HOH . I 6 HOH A 33 533 374 HOH HOH . I 6 HOH A 34 534 375 HOH HOH . I 6 HOH A 35 535 376 HOH HOH . I 6 HOH A 36 536 377 HOH HOH . I 6 HOH A 37 537 378 HOH HOH . I 6 HOH A 38 538 379 HOH HOH . I 6 HOH A 39 539 380 HOH HOH . I 6 HOH A 40 540 381 HOH HOH . I 6 HOH A 41 541 382 HOH HOH . I 6 HOH A 42 542 383 HOH HOH . I 6 HOH A 43 543 384 HOH HOH . I 6 HOH A 44 544 385 HOH HOH . I 6 HOH A 45 545 386 HOH HOH . I 6 HOH A 46 546 387 HOH HOH . I 6 HOH A 47 547 388 HOH HOH . I 6 HOH A 48 548 389 HOH HOH . I 6 HOH A 49 549 390 HOH HOH . I 6 HOH A 50 550 391 HOH HOH . I 6 HOH A 51 551 392 HOH HOH . I 6 HOH A 52 552 393 HOH HOH . I 6 HOH A 53 553 394 HOH HOH . I 6 HOH A 54 554 395 HOH HOH . I 6 HOH A 55 555 396 HOH HOH . I 6 HOH A 56 556 397 HOH HOH . I 6 HOH A 57 557 398 HOH HOH . I 6 HOH A 58 558 399 HOH HOH . I 6 HOH A 59 559 400 HOH HOH . J 6 HOH B 1 701 401 HOH HOH . J 6 HOH B 2 702 10 HOH HOH . J 6 HOH B 3 703 24 HOH HOH . J 6 HOH B 4 704 33 HOH HOH . J 6 HOH B 5 705 36 HOH HOH . J 6 HOH B 6 706 42 HOH HOH . J 6 HOH B 7 707 43 HOH HOH . J 6 HOH B 8 708 44 HOH HOH . J 6 HOH B 9 709 50 HOH HOH . J 6 HOH B 10 710 53 HOH HOH . J 6 HOH B 11 711 73 HOH HOH . J 6 HOH B 12 712 74 HOH HOH . K 6 HOH C 1 701 6 HOH HOH . K 6 HOH C 2 702 11 HOH HOH . K 6 HOH C 3 703 18 HOH HOH . K 6 HOH C 4 704 19 HOH HOH . K 6 HOH C 5 705 20 HOH HOH . K 6 HOH C 6 706 21 HOH HOH . K 6 HOH C 7 707 26 HOH HOH . K 6 HOH C 8 708 28 HOH HOH . K 6 HOH C 9 709 29 HOH HOH . K 6 HOH C 10 710 30 HOH HOH . K 6 HOH C 11 711 81 HOH HOH . K 6 HOH C 12 712 84 HOH HOH . K 6 HOH C 13 713 85 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -20.098 _atom_site.Cartn_y 39.574 _atom_site.Cartn_z 32.06 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 97.54 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 601 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 64 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 258 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #