data_4K5F
#
_model_server_result.job_id            4sHYCbNaBHExh0dLv-yXKA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 18:58:58' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4k5f 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":803}' 
#
_entry.id    4K5F 
#
_exptl.entry_id    4K5F 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              345.439 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            6-[({(2S)-1-amino-4-[(6-amino-4-methylpyridin-2-yl)methoxy]butan-2-yl}oxy)methyl]-4-methylpyridin-2-amine 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4K5F 
_cell.length_a            51.588 
_cell.length_b            110.742 
_cell.length_c            164.353 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4K5F 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 F N N 
? 5 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 30 A CYS 326 1_555 G ZN ZN . A ZN 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 35 A CYS 331 1_555 G ZN ZN . A ZN 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 119 A CYS 415 1_555 C FE HEM . A HEM 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc4 G ZN ZN . A ZN 805 1_555 B SG CYS 30 B CYS 326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc5 G ZN ZN . A ZN 805 1_555 B SG CYS 35 B CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 119 B CYS 415 1_555 H FE HEM . B HEM 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
#
_chem_comp.formula           'C18 H27 N5 O2' 
_chem_comp.formula_weight    345.439 
_chem_comp.id                Q14 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              6-[({(2S)-1-amino-4-[(6-amino-4-methylpyridin-2-yl)methoxy]butan-2-yl}oxy)methyl]-4-methylpyridin-2-amine 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C27 C24 Q14 sing 398 n n 
C24 C23 Q14 doub 399 n y 
C24 C25 Q14 sing 400 n y 
C23 C22 Q14 sing 401 n y 
C25 C26 Q14 doub 402 n y 
C22 N22 Q14 sing 403 n n 
C22 N21 Q14 doub 404 n y 
C26 N21 Q14 sing 405 n y 
C26 C28 Q14 sing 406 n n 
C11 C12 Q14 sing 407 n n 
C11 C10 Q14 sing 408 n n 
O29 C28 Q14 sing 409 n n 
O29 C12 Q14 sing 410 n n 
C12 C13 Q14 sing 411 n n 
C10 O09 Q14 sing 412 n n 
C13 N14 Q14 sing 413 n n 
O09 C08 Q14 sing 414 n n 
N02 C02 Q14 sing 415 n n 
C02 N01 Q14 doub 416 n y 
C02 C03 Q14 sing 417 n y 
N01 C06 Q14 sing 418 n y 
C08 C06 Q14 sing 419 n n 
C03 C04 Q14 doub 420 n y 
C06 C05 Q14 doub 421 n y 
C04 C05 Q14 sing 422 n y 
C04 C07 Q14 sing 423 n n 
N22 H1 Q14 sing 424 n n 
N22 H2 Q14 sing 425 n n 
C23 H3 Q14 sing 426 n n 
C27 H4 Q14 sing 427 n n 
C27 H5 Q14 sing 428 n n 
C27 H6 Q14 sing 429 n n 
C25 H7 Q14 sing 430 n n 
C28 H8 Q14 sing 431 n n 
C28 H9 Q14 sing 432 n n 
C12 H10 Q14 sing 433 n n 
C13 H11 Q14 sing 434 n n 
C13 H12 Q14 sing 435 n n 
N14 H13 Q14 sing 436 n n 
N14 H14 Q14 sing 437 n n 
C11 H16 Q14 sing 438 n n 
C11 H17 Q14 sing 439 n n 
C10 H18 Q14 sing 440 n n 
C10 H19 Q14 sing 441 n n 
C08 H20 Q14 sing 442 n n 
C08 H21 Q14 sing 443 n n 
N02 H22 Q14 sing 444 n n 
N02 H23 Q14 sing 445 n n 
C03 H24 Q14 sing 446 n n 
C05 H25 Q14 sing 447 n n 
C07 H26 Q14 sing 448 n n 
C07 H27 Q14 sing 449 n n 
C07 H28 Q14 sing 450 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4K5F 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.019384 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00903 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006084 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 HEM A 1 801 750 HEM HEM . 
D 3 H4B A 1 802 760 H4B BH4 . 
E 4 ACT A 1 803 860 ACT ACT . 
F 5 Q14 A 1 804 800 Q14 Q14 . 
G 6 ZN A 1 805 900 ZN ZN . 
H 2 HEM B 1 801 750 HEM HEM . 
I 3 H4B B 1 802 760 H4B BH4 . 
J 5 Q14 B 1 803 800 Q14 Q14 . 
K 4 ACT B 1 804 860 ACT ACT . 
L 7 HOH A 1 901 4 HOH HOH . 
L 7 HOH A 2 902 5 HOH HOH . 
L 7 HOH A 3 903 8 HOH HOH . 
L 7 HOH A 4 904 10 HOH HOH . 
L 7 HOH A 5 905 16 HOH HOH . 
L 7 HOH A 6 906 18 HOH HOH . 
L 7 HOH A 7 907 19 HOH HOH . 
L 7 HOH A 8 908 22 HOH HOH . 
L 7 HOH A 9 909 23 HOH HOH . 
L 7 HOH A 10 910 34 HOH HOH . 
L 7 HOH A 11 911 37 HOH HOH . 
L 7 HOH A 12 912 38 HOH HOH . 
L 7 HOH A 13 913 39 HOH HOH . 
L 7 HOH A 14 914 41 HOH HOH . 
L 7 HOH A 15 915 42 HOH HOH . 
L 7 HOH A 16 916 44 HOH HOH . 
L 7 HOH A 17 917 46 HOH HOH . 
L 7 HOH A 18 918 50 HOH HOH . 
L 7 HOH A 19 919 55 HOH HOH . 
L 7 HOH A 20 920 57 HOH HOH . 
L 7 HOH A 21 921 60 HOH HOH . 
L 7 HOH A 22 922 62 HOH HOH . 
L 7 HOH A 23 923 64 HOH HOH . 
L 7 HOH A 24 924 65 HOH HOH . 
L 7 HOH A 25 925 66 HOH HOH . 
L 7 HOH A 26 926 67 HOH HOH . 
L 7 HOH A 27 927 68 HOH HOH . 
L 7 HOH A 28 928 69 HOH HOH . 
L 7 HOH A 29 929 70 HOH HOH . 
L 7 HOH A 30 930 74 HOH HOH . 
L 7 HOH A 31 931 76 HOH HOH . 
L 7 HOH A 32 932 85 HOH HOH . 
L 7 HOH A 33 933 88 HOH HOH . 
L 7 HOH A 34 934 90 HOH HOH . 
L 7 HOH A 35 935 93 HOH HOH . 
L 7 HOH A 36 936 94 HOH HOH . 
L 7 HOH A 37 937 96 HOH HOH . 
L 7 HOH A 38 938 97 HOH HOH . 
L 7 HOH A 39 939 98 HOH HOH . 
L 7 HOH A 40 940 99 HOH HOH . 
L 7 HOH A 41 941 101 HOH HOH . 
L 7 HOH A 42 942 103 HOH HOH . 
L 7 HOH A 43 943 105 HOH HOH . 
L 7 HOH A 44 944 106 HOH HOH . 
L 7 HOH A 45 945 108 HOH HOH . 
L 7 HOH A 46 946 110 HOH HOH . 
L 7 HOH A 47 947 111 HOH HOH . 
L 7 HOH A 48 948 112 HOH HOH . 
L 7 HOH A 49 949 114 HOH HOH . 
L 7 HOH A 50 950 119 HOH HOH . 
L 7 HOH A 51 951 122 HOH HOH . 
L 7 HOH A 52 952 127 HOH HOH . 
L 7 HOH A 53 953 130 HOH HOH . 
L 7 HOH A 54 954 131 HOH HOH . 
L 7 HOH A 55 955 132 HOH HOH . 
L 7 HOH A 56 956 133 HOH HOH . 
L 7 HOH A 57 957 134 HOH HOH . 
L 7 HOH A 58 958 135 HOH HOH . 
L 7 HOH A 59 959 136 HOH HOH . 
L 7 HOH A 60 960 137 HOH HOH . 
M 7 HOH B 1 901 1 HOH HOH . 
M 7 HOH B 2 902 2 HOH HOH . 
M 7 HOH B 3 903 3 HOH HOH . 
M 7 HOH B 4 904 6 HOH HOH . 
M 7 HOH B 5 905 7 HOH HOH . 
M 7 HOH B 6 906 9 HOH HOH . 
M 7 HOH B 7 907 11 HOH HOH . 
M 7 HOH B 8 908 12 HOH HOH . 
M 7 HOH B 9 909 13 HOH HOH . 
M 7 HOH B 10 910 14 HOH HOH . 
M 7 HOH B 11 911 15 HOH HOH . 
M 7 HOH B 12 912 17 HOH HOH . 
M 7 HOH B 13 913 20 HOH HOH . 
M 7 HOH B 14 914 21 HOH HOH . 
M 7 HOH B 15 915 24 HOH HOH . 
M 7 HOH B 16 916 25 HOH HOH . 
M 7 HOH B 17 917 26 HOH HOH . 
M 7 HOH B 18 918 27 HOH HOH . 
M 7 HOH B 19 919 28 HOH HOH . 
M 7 HOH B 20 920 29 HOH HOH . 
M 7 HOH B 21 921 30 HOH HOH . 
M 7 HOH B 22 922 31 HOH HOH . 
M 7 HOH B 23 923 32 HOH HOH . 
M 7 HOH B 24 924 33 HOH HOH . 
M 7 HOH B 25 925 35 HOH HOH . 
M 7 HOH B 26 926 36 HOH HOH . 
M 7 HOH B 27 927 40 HOH HOH . 
M 7 HOH B 28 928 43 HOH HOH . 
M 7 HOH B 29 929 45 HOH HOH . 
M 7 HOH B 30 930 47 HOH HOH . 
M 7 HOH B 31 931 48 HOH HOH . 
M 7 HOH B 32 932 49 HOH HOH . 
M 7 HOH B 33 933 51 HOH HOH . 
M 7 HOH B 34 934 52 HOH HOH . 
M 7 HOH B 35 935 53 HOH HOH . 
M 7 HOH B 36 936 54 HOH HOH . 
M 7 HOH B 37 937 56 HOH HOH . 
M 7 HOH B 38 938 58 HOH HOH . 
M 7 HOH B 39 939 59 HOH HOH . 
M 7 HOH B 40 940 61 HOH HOH . 
M 7 HOH B 41 941 63 HOH HOH . 
M 7 HOH B 42 942 71 HOH HOH . 
M 7 HOH B 43 943 72 HOH HOH . 
M 7 HOH B 44 944 73 HOH HOH . 
M 7 HOH B 45 945 75 HOH HOH . 
M 7 HOH B 46 946 77 HOH HOH . 
M 7 HOH B 47 947 78 HOH HOH . 
M 7 HOH B 48 948 79 HOH HOH . 
M 7 HOH B 49 949 80 HOH HOH . 
M 7 HOH B 50 950 81 HOH HOH . 
M 7 HOH B 51 951 82 HOH HOH . 
M 7 HOH B 52 952 83 HOH HOH . 
M 7 HOH B 53 953 84 HOH HOH . 
M 7 HOH B 54 954 86 HOH HOH . 
M 7 HOH B 55 955 87 HOH HOH . 
M 7 HOH B 56 956 89 HOH HOH . 
M 7 HOH B 57 957 91 HOH HOH . 
M 7 HOH B 58 958 92 HOH HOH . 
M 7 HOH B 59 959 95 HOH HOH . 
M 7 HOH B 60 960 100 HOH HOH . 
M 7 HOH B 61 961 102 HOH HOH . 
M 7 HOH B 62 962 104 HOH HOH . 
M 7 HOH B 63 963 107 HOH HOH . 
M 7 HOH B 64 964 109 HOH HOH . 
M 7 HOH B 65 965 113 HOH HOH . 
M 7 HOH B 66 966 115 HOH HOH . 
M 7 HOH B 67 967 116 HOH HOH . 
M 7 HOH B 68 968 117 HOH HOH . 
M 7 HOH B 69 969 118 HOH HOH . 
M 7 HOH B 70 970 120 HOH HOH . 
M 7 HOH B 71 971 121 HOH HOH . 
M 7 HOH B 72 972 123 HOH HOH . 
M 7 HOH B 73 973 124 HOH HOH . 
M 7 HOH B 74 974 125 HOH HOH . 
M 7 HOH B 75 975 126 HOH HOH . 
M 7 HOH B 76 976 128 HOH HOH . 
M 7 HOH B 77 977 129 HOH HOH . 
M 7 HOH B 78 978 138 HOH HOH . 
M 7 HOH B 79 979 139 HOH HOH . 
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