data_4KBL # _model_server_result.job_id Meu6aNvf-uGWvo7jbCbWqg _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 23:11:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4kbl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":605}' # _entry.id 4KBL # _exptl.entry_id 4KBL _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4KBL _cell.length_a 147.403 _cell.length_b 147.403 _cell.length_c 86.821 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4KBL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 76 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H 1 1 B,I,J,K,L,M,N 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 188 A CYS 186 1_555 G ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 191 A CYS 189 1_555 G ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 205 A CYS 203 1_555 H ZN ZN . A ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc4 A ND1 HIS 207 A HIS 205 1_555 H ZN ZN . A ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.872 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 210 A CYS 208 1_555 G ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 213 A CYS 211 1_555 G ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 233 A CYS 231 1_555 H ZN ZN . A ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 238 A CYS 236 1_555 H ZN ZN . A ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 278 A CYS 276 1_555 E ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 283 A CYS 281 1_555 E ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 299 A CYS 297 1_555 E ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 301 A CYS 299 1_555 E ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc13 A SG CYS 306 A CYS 304 1_555 F ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc14 A SG CYS 309 A CYS 307 1_555 F ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc15 A NE2 HIS 314 A HIS 312 1_555 F ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc16 A SG CYS 319 A CYS 317 1_555 F ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc17 A SG CYS 346 A CYS 344 1_555 C ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc18 A SG CYS 349 A CYS 347 1_555 C ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc19 A SG CYS 364 A CYS 362 1_555 C ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc20 A SG CYS 369 A CYS 367 1_555 C ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? metalc ? metalc21 A SG CYS 374 A CYS 372 1_555 D ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc22 A SG CYS 377 A CYS 375 1_555 D ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc23 A NE2 HIS 384 A HIS 382 1_555 D ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc24 A SG CYS 391 A CYS 389 1_555 D ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc25 B SG CYS 188 B CYS 186 1_555 M ZN ZN . B ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc26 B SG CYS 191 B CYS 189 1_555 M ZN ZN . B ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc27 B SG CYS 205 B CYS 203 1_555 N ZN ZN . B ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc28 B ND1 HIS 207 B HIS 205 1_555 N ZN ZN . B ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc29 B SG CYS 210 B CYS 208 1_555 M ZN ZN . B ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc30 B SG CYS 213 B CYS 211 1_555 M ZN ZN . B ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc31 B SG CYS 233 B CYS 231 1_555 N ZN ZN . B ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc32 B SG CYS 238 B CYS 236 1_555 N ZN ZN . B ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc33 B SG CYS 278 B CYS 276 1_555 K ZN ZN . B ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc34 B SG CYS 283 B CYS 281 1_555 K ZN ZN . B ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc35 B SG CYS 299 B CYS 297 1_555 K ZN ZN . B ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc36 B SG CYS 301 B CYS 299 1_555 K ZN ZN . B ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc37 B SG CYS 306 B CYS 304 1_555 L ZN ZN . B ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc38 B SG CYS 309 B CYS 307 1_555 L ZN ZN . B ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc39 B NE2 HIS 314 B HIS 312 1_555 L ZN ZN . B ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc40 B SG CYS 319 B CYS 317 1_555 L ZN ZN . B ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc41 B SG CYS 346 B CYS 344 1_555 I ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc42 B SG CYS 349 B CYS 347 1_555 I ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc43 B SG CYS 364 B CYS 362 1_555 I ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc44 B SG CYS 369 B CYS 367 1_555 I ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc45 B SG CYS 374 B CYS 372 1_555 J ZN ZN . B ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc46 B SG CYS 377 B CYS 375 1_555 J ZN ZN . B ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc47 B NE2 HIS 384 B HIS 382 1_555 J ZN ZN . B ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? metalc ? metalc48 B SG CYS 391 B CYS 389 1_555 J ZN ZN . B ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4KBL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006784 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006784 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011518 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 ZN A 1 601 601 ZN ZN . D 2 ZN A 1 602 602 ZN ZN . E 2 ZN A 1 603 603 ZN ZN . F 2 ZN A 1 604 604 ZN ZN . G 2 ZN A 1 605 605 ZN ZN . H 2 ZN A 1 606 606 ZN ZN . I 2 ZN B 1 601 601 ZN ZN . J 2 ZN B 1 602 602 ZN ZN . K 2 ZN B 1 603 603 ZN ZN . L 2 ZN B 1 604 604 ZN ZN . M 2 ZN B 1 605 605 ZN ZN . N 2 ZN B 1 606 606 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 73.661 _atom_site.Cartn_y 110.157 _atom_site.Cartn_z -14.593 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 139.51 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 605 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 316 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #