data_4KPE # _model_server_result.job_id b1mnyTcfHWo3fdYiXpCaug _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 16:48:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4kpe # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":701}' # _entry.id 4KPE # _exptl.entry_id 4KPE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 4KPE _cell.length_a 157.83 _cell.length_b 157.83 _cell.length_c 210.71 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4KPE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 152 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 I N N ? 7 J N N ? 7 K N N ? 7 L N N ? 7 M N N ? 7 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A OH TYR 118 A TYR 118 1_555 F P DA 1 F DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.587 ? covale ? covale2 B OH TYR 118 B TYR 118 1_555 H P DG 1 H DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? metalc ? metalc1 A O PHE 316 A PHE 316 1_555 I MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.927 ? metalc ? metalc2 A O THR 319 A THR 319 1_555 I MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc3 A O GLN 322 A GLN 322 1_555 I MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc4 J MG MG . A MG 502 1_555 O O08 AF5 . F AF5 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc5 J MG MG . A MG 502 1_555 O O11 AF5 . F AF5 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc6 B O PHE 316 B PHE 316 1_555 K MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc7 B O THR 319 B THR 319 1_555 K MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc8 B O GLN 322 B GLN 322 1_555 K MG MG . B MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc9 L MG MG . B MG 502 1_555 P O09 AF5 . H AF5 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc10 L MG MG . B MG 502 1_555 P O11 AF5 . H AF5 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc11 C OD2 ASP 127 C ASP 506 1_555 M MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? metalc ? metalc12 C OD2 ASP 129 C ASP 508 1_555 M MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc13 D OD2 ASP 127 D ASP 506 1_555 N MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.852 ? metalc ? metalc14 D OD2 ASP 129 D ASP 508 1_555 N MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N3 DC 1 E DC 9 1_555 F N1 DG 11 F DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N4 DC 1 E DC 9 1_555 F O6 DG 11 F DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E O2 DC 1 E DC 9 1_555 F N2 DG 11 F DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E N1 DA 2 E DA 10 1_555 F N3 DT 10 F DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N6 DA 2 E DA 10 1_555 F O4 DT 10 F DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E N3 DT 3 E DT 11 1_555 F N1 DA 9 F DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E O4 DT 3 E DT 11 1_555 F N6 DA 9 F DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N1 DG 4 E DG 12 1_555 F N3 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N2 DG 4 E DG 12 1_555 F O2 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E O6 DG 4 E DG 12 1_555 F N4 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E N1 DA 5 E DA 13 1_555 F N3 DT 7 F DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E N6 DA 5 E DA 13 1_555 F O4 DT 7 F DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E N1 DA 6 E DA 14 1_555 F N3 DT 6 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N6 DA 6 E DA 14 1_555 F O4 DT 6 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E N3 DT 7 E DT 15 1_555 F N1 DA 5 F DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E O4 DT 7 E DT 15 1_555 F N6 DA 5 F DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 F N1 DA 1 F DA 1 1_555 H N3 DT 4 H DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 F N6 DA 1 F DA 1 1_555 H O4 DT 4 H DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 F N1 DG 2 F DG 2 1_555 H N3 DC 3 H DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 F N2 DG 2 F DG 2 1_555 H O2 DC 3 H DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 F O6 DG 2 F DG 2 1_555 H N4 DC 3 H DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 F N3 DT 3 F DT 3 1_555 H N1 DA 2 H DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 F O4 DT 3 F DT 3 1_555 H N6 DA 2 H DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 F N3 DC 4 F DC 4 1_555 H N1 DG 1 H DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 F N4 DC 4 F DC 4 1_555 H O6 DG 1 H DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 F O2 DC 4 F DC 4 1_555 H N2 DG 1 H DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 G N3 DC 1 G DC 9 1_555 H N1 DG 11 H DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 G N4 DC 1 G DC 9 1_555 H O6 DG 11 H DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 G O2 DC 1 G DC 9 1_555 H N2 DG 11 H DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G N1 DG 2 G DG 10 1_555 H N3 DC 10 H DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N2 DG 2 G DG 10 1_555 H O2 DC 10 H DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G O6 DG 2 G DG 10 1_555 H N4 DC 10 H DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 G N3 DT 3 G DT 11 1_555 H N1 DA 9 H DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 G O4 DT 3 G DT 11 1_555 H N6 DA 9 H DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 G N1 DG 4 G DG 12 1_555 H N3 DC 8 H DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 G N2 DG 4 G DG 12 1_555 H O2 DC 8 H DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 G O6 DG 4 G DG 12 1_555 H N4 DC 8 H DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 G N3 DC 5 G DC 13 1_555 H N1 DG 7 H DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 G N4 DC 5 G DC 13 1_555 H O6 DG 7 H DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 G O2 DC 5 G DC 13 1_555 H N2 DG 7 H DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 G N1 DA 6 G DA 14 1_555 H N3 DT 6 H DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 G N6 DA 6 G DA 14 1_555 H O4 DT 6 H DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 G N3 DT 7 G DT 15 1_555 H N1 DA 5 H DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 G O4 DT 7 G DT 15 1_555 H N6 DA 5 H DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4KPE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006336 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003658 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007316 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004746 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 7 MG A 1 501 700 MG MG . J 7 MG A 1 502 100 MG MG . K 7 MG B 1 501 700 MG MG . L 7 MG B 1 502 100 MG MG . M 7 MG C 1 701 742 MG MG . N 7 MG D 1 701 742 MG MG . O 8 AF5 F 1 101 0 AF5 AF5 . P 8 AF5 H 1 101 0 AF5 AF5 . Q 9 HOH A 1 601 800 HOH HOH . Q 9 HOH A 2 602 802 HOH HOH . Q 9 HOH A 3 603 803 HOH HOH . Q 9 HOH A 4 604 806 HOH HOH . Q 9 HOH A 5 605 807 HOH HOH . Q 9 HOH A 6 606 813 HOH HOH . Q 9 HOH A 7 607 814 HOH HOH . Q 9 HOH A 8 608 815 HOH HOH . Q 9 HOH A 9 609 847 HOH HOH . Q 9 HOH A 10 610 850 HOH HOH . Q 9 HOH A 11 611 852 HOH HOH . Q 9 HOH A 12 612 841 HOH HOH . Q 9 HOH A 13 613 843 HOH HOH . R 9 HOH B 1 601 800 HOH HOH . R 9 HOH B 2 602 816 HOH HOH . R 9 HOH B 3 603 822 HOH HOH . R 9 HOH B 4 604 823 HOH HOH . R 9 HOH B 5 605 828 HOH HOH . R 9 HOH B 6 606 833 HOH HOH . R 9 HOH B 7 607 835 HOH HOH . R 9 HOH B 8 608 839 HOH HOH . R 9 HOH B 9 609 840 HOH HOH . S 9 HOH C 1 801 830 HOH HOH . T 9 HOH D 1 801 832 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id N _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 95.736 _atom_site.Cartn_y -6.7 _atom_site.Cartn_z 9.963 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 52.81 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 701 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 88 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 319 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #