data_4KPN # _model_server_result.job_id Y2kuQQ6JqmSoODU6sKU-Sw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 10:29:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4kpn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":400}' # _entry.id 4KPN # _exptl.entry_id 4KPN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4KPN _cell.length_a 125.85 _cell.length_b 126.08 _cell.length_c 253.64 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4KPN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,I,J,Q,R 1 1 C,D,K,L,S,T 2 1 E,F,M,N,U 3 1 G,H,O,P,V 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 37 A ASP 25 1_555 I CA CA . A CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 42 A ASP 30 1_555 I CA CA . A CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 42 A ASP 30 1_555 I CA CA . A CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc4 A O LEU 153 A LEU 141 1_555 I CA CA . A CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 270 A ASP 258 1_555 I CA CA . A CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASP 37 B ASP 25 1_555 J CA CA . B CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 42 B ASP 30 1_555 J CA CA . B CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 42 B ASP 30 1_555 J CA CA . B CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc9 B O LEU 153 B LEU 141 1_555 J CA CA . B CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 270 B ASP 258 1_555 J CA CA . B CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc11 C OD1 ASP 37 C ASP 25 1_555 K CA CA . C CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASP 42 C ASP 30 1_555 K CA CA . C CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc13 C OD2 ASP 42 C ASP 30 1_555 K CA CA . C CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc14 C O LEU 153 C LEU 141 1_555 K CA CA . C CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 270 C ASP 258 1_555 K CA CA . C CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc16 D OD1 ASP 37 D ASP 25 1_555 L CA CA . D CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc17 D OD1 ASP 42 D ASP 30 1_555 L CA CA . D CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc18 D OD2 ASP 42 D ASP 30 1_555 L CA CA . D CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc19 D O LEU 153 D LEU 141 1_555 L CA CA . D CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc20 D OD2 ASP 270 D ASP 258 1_555 L CA CA . D CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc21 E OD1 ASP 37 E ASP 25 1_555 M CA CA . E CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc22 E OD1 ASP 42 E ASP 30 1_555 M CA CA . E CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc23 E OD2 ASP 42 E ASP 30 1_555 M CA CA . E CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? metalc ? metalc24 E O LEU 153 E LEU 141 1_555 M CA CA . E CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc25 E OD2 ASP 270 E ASP 258 1_555 M CA CA . E CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc26 F OD1 ASP 37 F ASP 25 1_555 N CA CA . F CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc27 F OD1 ASP 42 F ASP 30 1_555 N CA CA . F CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc28 F OD2 ASP 42 F ASP 30 1_555 N CA CA . F CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc29 F O LEU 153 F LEU 141 1_555 N CA CA . F CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc30 F OD2 ASP 270 F ASP 258 1_555 N CA CA . F CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc31 G OD1 ASP 37 G ASP 25 1_555 O CA CA . G CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc32 G OD1 ASP 42 G ASP 30 1_555 O CA CA . G CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc33 G OD2 ASP 42 G ASP 30 1_555 O CA CA . G CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.922 ? metalc ? metalc34 G O LEU 153 G LEU 141 1_555 O CA CA . G CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc35 G OD2 ASP 270 G ASP 258 1_555 O CA CA . G CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc36 H OD1 ASP 37 H ASP 25 1_555 P CA CA . H CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc37 H OD1 ASP 42 H ASP 30 1_555 P CA CA . H CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc38 H OD2 ASP 42 H ASP 30 1_555 P CA CA . H CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? metalc ? metalc39 H O LEU 153 H LEU 141 1_555 P CA CA . H CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc40 H OD2 ASP 270 H ASP 258 1_555 P CA CA . H CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4KPN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007946 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007931 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003943 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 CA A 1 400 400 CA CA . J 2 CA B 1 400 400 CA CA . K 2 CA C 1 400 400 CA CA . L 2 CA D 1 400 400 CA CA . M 2 CA E 1 400 400 CA CA . N 2 CA F 1 400 400 CA CA . O 2 CA G 1 400 400 CA CA . P 2 CA H 1 400 400 CA CA . Q 3 HOH A 1 501 501 HOH HOH . Q 3 HOH A 2 502 502 HOH HOH . Q 3 HOH A 3 503 2 HOH HOH . Q 3 HOH A 4 504 11 HOH HOH . R 3 HOH B 1 501 501 HOH HOH . R 3 HOH B 2 502 502 HOH HOH . R 3 HOH B 3 503 4 HOH HOH . R 3 HOH B 4 504 6 HOH HOH . S 3 HOH C 1 501 5 HOH HOH . S 3 HOH C 2 502 13 HOH HOH . T 3 HOH D 1 501 1 HOH HOH . T 3 HOH D 2 502 10 HOH HOH . U 3 HOH E 1 501 7 HOH HOH . U 3 HOH E 2 502 8 HOH HOH . U 3 HOH E 3 503 9 HOH HOH . V 3 HOH G 1 501 3 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 43.481 _atom_site.Cartn_y -36.595 _atom_site.Cartn_z -33.287 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 77.68 _atom_site.pdbx_formal_charge 2 _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 400 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 58 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 42 _model_server_stats.query_time_ms 378 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #