data_4KR3 # _model_server_result.job_id z01mZusBjFbLPY_IOg6ilg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 12:53:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4kr3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":701}' # _entry.id 4KR3 # _exptl.entry_id 4KR3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 75.067 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4KR3 _cell.length_a 134.834 _cell.length_b 87.41 _cell.length_c 80.592 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4KR3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -x,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' GTP 1 C GTP 1 1_555 B P C 2 C C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.599 ? hydrog 'GTP-C PAIR' hydrog1 B N1 GTP 1 C GTP 1 1_555 B N3 C 70 C C 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N3 C 2 C C 2 1_555 B N1 G 69 C G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B N4 C 2 C C 2 1_555 B O6 G 69 C G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B O2 C 2 C C 2 1_555 B N2 G 69 C G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N1 G 3 C G 3 1_555 B N3 C 68 C C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N2 G 3 C G 3 1_555 B O2 C 68 C C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B O6 G 3 C G 3 1_555 B N4 C 68 C C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N3 C 4 C C 4 1_555 B N1 G 67 C G 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N4 C 4 C C 4 1_555 B O6 G 67 C G 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B O2 C 4 C C 4 1_555 B N2 G 67 C G 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N3 C 5 C C 5 1_555 B N1 G 66 C G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N4 C 5 C C 5 1_555 B O6 G 66 C G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B O2 C 5 C C 5 1_555 B N2 G 66 C G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N1 G 6 C G 6 1_555 B N3 C 65 C C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N2 G 6 C G 6 1_555 B O2 C 65 C C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O6 G 6 C G 6 1_555 B N4 C 65 C C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N3 C 7 C C 7 1_555 B N1 G 64 C G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N4 C 7 C C 7 1_555 B O6 G 64 C G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B O2 C 7 C C 7 1_555 B N2 G 64 C G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog20 B N3 U 8 C U 8 1_555 B N7 A 14 C A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog21 B O2 U 8 C U 8 1_555 B N6 A 14 C A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog22 B N7 G 9 C G 9 1_555 B N6 A 23 C A 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog23 B N1 G 10 C G 10 1_555 B O2 U 24 C U 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog24 B O6 G 10 C G 10 1_555 B N3 U 24 C U 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-G MISPAIR' hydrog25 B O6 G 10 C G 10 1_555 B N2 G 44 C G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 U 11 C U 11 1_555 B N1 A 23 C A 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B O4 U 11 C U 11 1_555 B N6 A 23 C A 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B N1 G 12 C G 12 1_555 B N3 C 22 C C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N2 G 12 C G 12 1_555 B O2 C 22 C C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B O6 G 12 C G 12 1_555 B N4 C 22 C C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog31 B N3 U 13 C U 13 1_555 B O4 U 21 C U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog32 B O2 U 13 C U 13 1_555 B N3 U 21 C U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog33 B N6 A 14 C A 14 1_555 B N3 A 20 C A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog34 B N1 G 15 C G 15 1_555 B O2 C 46 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog35 B N2 G 15 C G 15 1_555 B N3 C 46 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog36 B N2 G 15 C G 15 1_555 B O2 U 57 C U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_13_PAIR hydrog37 B N3 U 16 C U 16 1_555 B O2 U 57 C U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_13_PAIR hydrog38 B O2 U 16 C U 16 1_555 B N3 U 57 C U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog39 B N1 G 17 C G 18 1_555 B O2 U 53 C U 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N1 G 18 C G 19 1_555 B N3 C 54 C C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N2 G 18 C G 19 1_555 B O2 C 54 C C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B O6 G 18 C G 19 1_555 B N4 C 54 C C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog43 B O4 U 24 C U 25 1_555 B N1 G 44 C G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B N1 G 25 C G 26 1_555 B N3 C 43 C C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 B N2 G 25 C G 26 1_555 B O2 C 43 C C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 B O6 G 25 C G 26 1_555 B N4 C 43 C C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 B N3 C 26 C C 27 1_555 B N1 G 42 C G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 B N4 C 26 C C 27 1_555 B O6 G 42 C G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 B O2 C 26 C C 27 1_555 B N2 G 42 C G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 B N1 A 27 C A 28 1_555 B N3 U 41 C U 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 B N6 A 27 C A 28 1_555 B O4 U 41 C U 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 B N1 A 28 C A 29 1_555 B N3 U 40 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 B N6 A 28 C A 29 1_555 B O4 U 40 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 B N1 G 29 C G 30 1_555 B N3 C 39 C C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 B N2 G 29 C G 30 1_555 B O2 C 39 C C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 B O6 G 29 C G 30 1_555 B N4 C 39 C C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 B N1 A 30 C A 31 1_555 B N3 U 38 C U 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 B N6 A 30 C A 31 1_555 B O4 U 38 C U 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog59 B N3 U 31 C U 32 1_555 B O4 U 37 C U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog60 B O2 U 31 C U 32 1_555 B N3 U 37 C U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 B N3 C 47 C C 49 1_555 B N1 G 63 C G 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 B N4 C 47 C C 49 1_555 B O6 G 63 C G 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 B O2 C 47 C C 49 1_555 B N2 G 63 C G 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 B N3 C 48 C C 50 1_555 B N1 G 62 C G 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 B N4 C 48 C C 50 1_555 B O6 G 62 C G 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 B O2 C 48 C C 50 1_555 B N2 G 62 C G 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 B N1 G 49 C G 51 1_555 B N3 C 61 C C 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 B N2 G 49 C G 51 1_555 B O2 C 61 C C 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 B O6 G 49 C G 51 1_555 B N4 C 61 C C 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 B N1 G 50 C G 52 1_555 B N3 C 60 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 B N2 G 50 C G 52 1_555 B O2 C 60 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 B O6 G 50 C G 52 1_555 B N4 C 60 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 B N1 G 51 C G 53 1_555 B N3 C 59 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog74 B N2 G 51 C G 53 1_555 B O2 C 59 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 B O6 G 51 C G 53 1_555 B N4 C 59 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C2 H5 N O2' _chem_comp.formula_weight 75.067 _chem_comp.id GLY _chem_comp.mon_nstd_flag y _chem_comp.name GLYCINE _chem_comp.type 'peptide linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA GLY sing 285 n n N H GLY sing 286 n n N H2 GLY sing 287 n n CA C GLY sing 288 n n CA HA2 GLY sing 289 n n CA HA3 GLY sing 290 n n C O GLY doub 291 n n C OXT GLY sing 292 n n OXT HXT GLY sing 293 n n # _atom_sites.entry_id 4KR3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007417 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01144 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012408 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 GLY A 1 701 701 GLY GLY . D 4 ANP A 1 702 702 ANP ANP . E 5 HOH A 1 801 801 HOH HOH . E 5 HOH A 2 802 802 HOH HOH . E 5 HOH A 3 803 803 HOH HOH . E 5 HOH A 4 804 804 HOH HOH . E 5 HOH A 5 805 805 HOH HOH . E 5 HOH A 6 806 806 HOH HOH . E 5 HOH A 7 807 807 HOH HOH . E 5 HOH A 8 808 808 HOH HOH . E 5 HOH A 9 809 809 HOH HOH . E 5 HOH A 10 810 810 HOH HOH . E 5 HOH A 11 811 811 HOH HOH . E 5 HOH A 12 812 812 HOH HOH . F 5 HOH C 1 101 101 HOH HOH . F 5 HOH C 2 102 102 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N GLY . . . C 3 8.759 -15.925 90.327 1 111.09 ? N GLY 701 A 1 HETATM 2 C CA GLY . . . C 3 9.908 -15.095 90.162 1 111.21 ? CA GLY 701 A 1 HETATM 3 C C GLY . . . C 3 9.695 -13.728 89.651 1 111.25 ? C GLY 701 A 1 HETATM 4 O O GLY . . . C 3 8.973 -13.532 88.646 1 110.87 ? O GLY 701 A 1 HETATM 5 O OXT GLY . . . C 3 10.233 -12.748 90.224 1 111.6 ? OXT GLY 701 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 278 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 5 #