data_4KRH # _model_server_result.job_id SQfWcxRHFGEuhhyAGL4Cww _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 22:06:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4krh # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":900}' # _entry.id 4KRH # _exptl.entry_id 4KRH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 398.437 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description S-ADENOSYLMETHIONINE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4KRH _cell.length_a 184.542 _cell.length_b 184.542 _cell.length_c 184.542 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4KRH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 197 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 3' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C 1 1 B,D 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C SER 2 A SER 0 1_555 A N MSE 3 A MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C MSE 3 A MSE 1 1_555 A N PRO 4 A PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale3 A C GLU 111 A GLU 109 1_555 A N MSE 112 A MSE 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 A C MSE 112 A MSE 110 1_555 A N LYS 113 A LYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale5 A C LYS 114 A LYS 112 1_555 A N MSE 115 A MSE 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale6 A C MSE 115 A MSE 113 1_555 A N ALA 116 A ALA 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale7 A C ALA 116 A ALA 114 1_555 A N MSE 117 A MSE 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 A C MSE 117 A MSE 115 1_555 A N LEU 118 A LEU 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale9 A C LEU 161 A LEU 159 1_555 A N MSE 162 A MSE 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale10 A C MSE 162 A MSE 160 1_555 A N LYS 163 A LYS 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale11 A C PRO 219 A PRO 217 1_555 A N MSE 220 A MSE 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale12 A C MSE 220 A MSE 218 1_555 A N LYS 221 A LYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale13 A C ARG 225 A ARG 223 1_555 A N MSE 226 A MSE 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale14 A C MSE 226 A MSE 224 1_555 A N LEU 227 A LEU 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale15 A C ASN 256 A ASN 254 1_555 A N MSE 257 A MSE 255 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale16 A C MSE 257 A MSE 255 1_555 A N LEU 258 A LEU 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale17 A C THR 325 A THR 323 1_555 A N MSE 326 A MSE 324 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale18 A C MSE 326 A MSE 324 1_555 A N TYR 327 A TYR 325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale19 A C ASN 371 A ASN 369 1_555 A N MSE 372 A MSE 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale20 A C MSE 372 A MSE 370 1_555 A N THR 373 A THR 371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale21 B C SER 2 B SER 0 1_555 B N MSE 3 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale22 B C MSE 3 B MSE 1 1_555 B N PRO 4 B PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? covale ? covale23 B C GLU 111 B GLU 109 1_555 B N MSE 112 B MSE 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale24 B C MSE 112 B MSE 110 1_555 B N LYS 113 B LYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale25 B C LYS 114 B LYS 112 1_555 B N MSE 115 B MSE 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale26 B C MSE 115 B MSE 113 1_555 B N ALA 116 B ALA 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale27 B C ALA 116 B ALA 114 1_555 B N MSE 117 B MSE 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale28 B C MSE 117 B MSE 115 1_555 B N LEU 118 B LEU 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale29 B C LEU 161 B LEU 159 1_555 B N MSE 162 B MSE 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale30 B C MSE 162 B MSE 160 1_555 B N LYS 163 B LYS 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale31 B C PRO 219 B PRO 217 1_555 B N MSE 220 B MSE 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale32 B C MSE 220 B MSE 218 1_555 B N LYS 221 B LYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale33 B C ARG 225 B ARG 223 1_555 B N MSE 226 B MSE 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale34 B C MSE 226 B MSE 224 1_555 B N LEU 227 B LEU 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale35 B C ASN 256 B ASN 254 1_555 B N MSE 257 B MSE 255 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale36 B C MSE 257 B MSE 255 1_555 B N LEU 258 B LEU 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale37 B C THR 325 B THR 323 1_555 B N MSE 326 B MSE 324 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale38 B C MSE 326 B MSE 324 1_555 B N TYR 327 B TYR 325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale39 B C ASN 371 B ASN 369 1_555 B N MSE 372 B MSE 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale40 B C MSE 372 B MSE 370 1_555 B N THR 373 B THR 371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? # _chem_comp.formula 'C15 H22 N6 O5 S' _chem_comp.formula_weight 398.437 _chem_comp.id SAM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name S-ADENOSYLMETHIONINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SAM sing 275 n n N HN1 SAM sing 276 n n N HN2 SAM sing 277 n n CA C SAM sing 278 n n CA CB SAM sing 279 n n CA HA SAM sing 280 n n C O SAM doub 281 n n C OXT SAM sing 282 n n CB CG SAM sing 283 n n CB HB1 SAM sing 284 n n CB HB2 SAM sing 285 n n CG SD SAM sing 286 n n CG HG1 SAM sing 287 n n CG HG2 SAM sing 288 n n SD CE SAM sing 289 n n SD C5' SAM sing 290 n n CE HE1 SAM sing 291 n n CE HE2 SAM sing 292 n n CE HE3 SAM sing 293 n n C5' C4' SAM sing 294 n n C5' "H5'1" SAM sing 295 n n C5' "H5'2" SAM sing 296 n n C4' O4' SAM sing 297 n n C4' C3' SAM sing 298 n n C4' H4' SAM sing 299 n n O4' C1' SAM sing 300 n n C3' O3' SAM sing 301 n n C3' C2' SAM sing 302 n n C3' H3' SAM sing 303 n n O3' HO3' SAM sing 304 n n C2' O2' SAM sing 305 n n C2' C1' SAM sing 306 n n C2' H2' SAM sing 307 n n O2' HO2' SAM sing 308 n n C1' N9 SAM sing 309 n n C1' H1' SAM sing 310 n n N9 C8 SAM sing 311 n y N9 C4 SAM sing 312 n y C8 N7 SAM doub 313 n y C8 H8 SAM sing 314 n n N7 C5 SAM sing 315 n y C5 C6 SAM sing 316 n y C5 C4 SAM doub 317 n y C6 N6 SAM sing 318 n n C6 N1 SAM doub 319 n y N6 HN61 SAM sing 320 n n N6 HN62 SAM sing 321 n n N1 C2 SAM sing 322 n y C2 N3 SAM doub 323 n y C2 H2 SAM sing 324 n n N3 C4 SAM sing 325 n y # _atom_sites.entry_id 4KRH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005419 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005419 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005419 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 SAM A 1 900 900 SAM SAM . D 2 SAM B 1 900 900 SAM SAM . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SAM . . . C 2 -13.385 43.414 68.868 1 108.57 ? N SAM 900 A 1 HETATM 2 C CA SAM . . . C 2 -13.689 42.43 69.876 1 110.87 ? CA SAM 900 A 1 HETATM 3 C C SAM . . . C 2 -12.677 42.447 70.972 1 126.29 ? C SAM 900 A 1 HETATM 4 O O SAM . . . C 2 -11.728 43.278 70.93 1 132.91 ? O SAM 900 A 1 HETATM 5 O OXT SAM . . . C 2 -12.771 41.638 71.934 1 128.67 ? OXT SAM 900 A 1 HETATM 6 C CB SAM . . . C 2 -13.726 41.094 69.185 1 109.84 ? CB SAM 900 A 1 HETATM 7 C CG SAM . . . C 2 -12.985 40.996 67.896 1 111.46 ? CG SAM 900 A 1 HETATM 8 S SD SAM . . . C 2 -13.023 39.426 66.965 1 116.4 ? SD SAM 900 A 1 HETATM 9 C CE SAM . . . C 2 -11.45 38.986 66.232 1 151.29 ? CE SAM 900 A 1 HETATM 10 C C5' SAM . . . C 2 -14.276 39.509 65.671 1 101.52 ? C5' SAM 900 A 1 HETATM 11 C C4' SAM . . . C 2 -15.652 39.66 66.041 1 101.6 ? C4' SAM 900 A 1 HETATM 12 O O4' SAM . . . C 2 -16.33 40.377 64.96 1 89.46 ? O4' SAM 900 A 1 HETATM 13 C C3' SAM . . . C 2 -16.29 38.343 66.139 1 106.13 ? C3' SAM 900 A 1 HETATM 14 O O3' SAM . . . C 2 -16.908 38.221 67.363 1 104.51 ? O3' SAM 900 A 1 HETATM 15 C C2' SAM . . . C 2 -17.303 38.295 65.078 1 108.42 ? C2' SAM 900 A 1 HETATM 16 O O2' SAM . . . C 2 -18.451 37.732 65.548 1 122.64 ? O2' SAM 900 A 1 HETATM 17 C C1' SAM . . . C 2 -17.541 39.727 64.731 1 91.41 ? C1' SAM 900 A 1 HETATM 18 N N9 SAM . . . C 2 -18.031 39.791 63.376 1 94.04 ? N9 SAM 900 A 1 HETATM 19 C C8 SAM . . . C 2 -17.513 39.29 62.248 1 104.97 ? C8 SAM 900 A 1 HETATM 20 N N7 SAM . . . C 2 -18.349 39.623 61.25 1 107.61 ? N7 SAM 900 A 1 HETATM 21 C C5 SAM . . . C 2 -19.385 40.327 61.755 1 105.05 ? C5 SAM 900 A 1 HETATM 22 C C6 SAM . . . C 2 -20.521 40.911 61.191 1 110.28 ? C6 SAM 900 A 1 HETATM 23 N N6 SAM . . . C 2 -20.769 40.822 59.776 1 110.03 ? N6 SAM 900 A 1 HETATM 24 N N1 SAM . . . C 2 -21.378 41.56 61.993 1 112.31 ? N1 SAM 900 A 1 HETATM 25 C C2 SAM . . . C 2 -21.154 41.649 63.312 1 120.44 ? C2 SAM 900 A 1 HETATM 26 N N3 SAM . . . C 2 -20.076 41.099 63.882 1 118.06 ? N3 SAM 900 A 1 HETATM 27 C C4 SAM . . . C 2 -19.184 40.436 63.128 1 102.95 ? C4 SAM 900 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 250 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 27 #