data_4KYI
#
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 13:30:12' 
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          4kyi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    4KYI 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
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_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         76.57 
_cell.angle_beta          80.71 
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_cell.entry_id            4KYI 
_cell.length_a            94.275 
_cell.length_b            97.976 
_cell.length_c            109.849 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4KYI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
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? dimeric 2 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,I,J,K,L,M,N,O,P 1 1 
C,D,Q,R 2 1 
E,F,S,T,U,V 3 1 
G,H,W,X,Y 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 M N N 
? 5 Q N N 
? 5 U N N 
? 5 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 52 B CYS 64 1_555 D SG CYS 52 D CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf2 F SG CYS 52 F CYS 64 1_555 H SG CYS 52 H CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc1 D OG SER 23 D SER 35 1_555 R MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? 
metalc ? metalc2 H OG1 THR 41 H THR 53 1_555 Y MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? 
metalc ? metalc3 X O2B GNP . H GNP 301 1_555 Y MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc4 Q O2B GNP . D GNP 301 1_555 R MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? 
metalc ? metalc5 D OG1 THR 41 D THR 53 1_555 R MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? 
metalc ? metalc6 Q O2G GNP . D GNP 301 1_555 R MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc7 B OG SER 23 B SER 35 1_555 P MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc8 F OG1 THR 41 F THR 53 1_555 V MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc9 U O2B GNP . F GNP 301 1_555 V MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc10 B OG1 THR 41 B THR 53 1_555 P MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc11 M O2G GNP . B GNP 301 1_555 P MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc12 H OG SER 23 H SER 35 1_555 Y MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc13 U O2G GNP . F GNP 301 1_555 V MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
metalc ? metalc14 F OG SER 23 F SER 35 1_555 V MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc15 M O2B GNP . B GNP 301 1_555 P MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc16 X O2G GNP . H GNP 301 1_555 Y MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc17 M O3G GNP . B GNP 301 1_555 P MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc18 U O3G GNP . F GNP 301 1_555 V MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    522.196 
_chem_comp.id                GNP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4KYI 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.00208 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.001332 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010401 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.002209 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00943 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 EDO A 1 601 1 EDO EDO . 
J 3 EDO A 1 602 3 EDO EDO . 
K 4 GOL A 1 603 1 GOL GOL . 
L 4 GOL A 1 604 3 GOL GOL . 
M 5 GNP B 1 301 301 GNP GNP . 
N 3 EDO B 1 302 4 EDO EDO . 
O 3 EDO B 1 303 6 EDO EDO . 
P 6 MG B 1 304 1 MG MG . 
Q 5 GNP D 1 301 301 GNP GNP . 
R 6 MG D 1 302 2 MG MG . 
S 3 EDO E 1 601 2 EDO EDO . 
T 4 GOL E 1 602 2 GOL GOL . 
U 5 GNP F 1 301 301 GNP GNP . 
V 6 MG F 1 302 3 MG MG . 
W 3 EDO G 1 601 5 EDO EDO . 
X 5 GNP H 1 301 301 GNP GNP . 
Y 6 MG H 1 302 4 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GNP . . . U 5 -64.514 53.42 8.934 1 81.39 ? PG GNP 301 F 1 
HETATM 2 O O1G GNP . . . U 5 -63.965 52.788 7.679 1 81.39 ? O1G GNP 301 F 1 
HETATM 3 O O2G GNP . . . U 5 -63.759 53.126 10.205 1 81.39 ? O2G GNP 301 F 1 
HETATM 4 O O3G GNP . . . U 5 -65.981 53.072 8.941 1 81.39 ? O3G GNP 301 F 1 
HETATM 5 N N3B GNP . . . U 5 -64.458 54.99 8.79 1 81.39 ? N3B GNP 301 F 1 
HETATM 6 P PB GNP . . . U 5 -65.587 55.881 9.44 1 81.39 ? PB GNP 301 F 1 
HETATM 7 O O1B GNP . . . U 5 -66.751 55.969 8.535 1 81.39 ? O1B GNP 301 F 1 
HETATM 8 O O2B GNP . . . U 5 -65.806 55.351 10.803 1 81.39 ? O2B GNP 301 F 1 
HETATM 9 O O3A GNP . . . U 5 -65.023 57.284 9.589 1 81.39 ? O3A GNP 301 F 1 
HETATM 10 P PA GNP . . . U 5 -64.463 57.768 10.917 1 81.39 ? PA GNP 301 F 1 
HETATM 11 O O1A GNP . . . U 5 -65.611 58.136 11.774 1 81.39 ? O1A GNP 301 F 1 
HETATM 12 O O2A GNP . . . U 5 -63.482 56.795 11.446 1 81.39 ? O2A GNP 301 F 1 
HETATM 13 O O5' GNP . . . U 5 -63.673 59.1 10.618 1 81.39 ? O5' GNP 301 F 1 
HETATM 14 C C5' GNP . . . U 5 -63.028 59.258 9.364 1 81.39 ? C5' GNP 301 F 1 
HETATM 15 C C4' GNP . . . U 5 -62.719 60.719 9.09 1 81.39 ? C4' GNP 301 F 1 
HETATM 16 O O4' GNP . . . U 5 -63.956 61.459 8.932 1 81.39 ? O4' GNP 301 F 1 
HETATM 17 C C3' GNP . . . U 5 -61.933 61.426 10.191 1 81.39 ? C3' GNP 301 F 1 
HETATM 18 O O3' GNP . . . U 5 -60.857 62.155 9.615 1 81.39 ? O3' GNP 301 F 1 
HETATM 19 C C2' GNP . . . U 5 -62.965 62.349 10.83 1 81.39 ? C2' GNP 301 F 1 
HETATM 20 O O2' GNP . . . U 5 -62.393 63.528 11.356 1 81.39 ? O2' GNP 301 F 1 
HETATM 21 C C1' GNP . . . U 5 -63.835 62.679 9.627 1 81.39 ? C1' GNP 301 F 1 
HETATM 22 N N9 GNP . . . U 5 -65.169 63.161 9.967 1 81.39 ? N9 GNP 301 F 1 
HETATM 23 C C8 GNP . . . U 5 -66.209 62.439 10.5 1 81.39 ? C8 GNP 301 F 1 
HETATM 24 N N7 GNP . . . U 5 -67.286 63.147 10.695 1 81.39 ? N7 GNP 301 F 1 
HETATM 25 C C5 GNP . . . U 5 -66.939 64.42 10.262 1 81.39 ? C5 GNP 301 F 1 
HETATM 26 C C6 GNP . . . U 5 -67.699 65.611 10.228 1 81.39 ? C6 GNP 301 F 1 
HETATM 27 O O6 GNP . . . U 5 -68.869 65.778 10.589 1 81.39 ? O6 GNP 301 F 1 
HETATM 28 N N1 GNP . . . U 5 -66.969 66.678 9.716 1 81.39 ? N1 GNP 301 F 1 
HETATM 29 C C2 GNP . . . U 5 -65.666 66.6 9.289 1 81.39 ? C2 GNP 301 F 1 
HETATM 30 N N2 GNP . . . U 5 -65.125 67.735 8.824 1 81.39 ? N2 GNP 301 F 1 
HETATM 31 N N3 GNP . . . U 5 -64.94 65.491 9.313 1 81.39 ? N3 GNP 301 F 1 
HETATM 32 C C4 GNP . . . U 5 -65.64 64.444 9.811 1 81.39 ? C4 GNP 301 F 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              55 
_model_server_stats.parse_time_ms           24 
_model_server_stats.create_model_time_ms    34 
_model_server_stats.query_time_ms           277 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           32 
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