data_4L06
#
_model_server_result.job_id            2oJVsLLG5DJpF9wL9bKhDA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 15:24:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4l06 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    4L06 
#
_exptl.entry_id    4L06 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4L06 
_cell.length_a            96.22 
_cell.length_b            116.55 
_cell.length_c            275.71 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4L06 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J,K,L,Y,Z 1 1 
C,D,M,N,O,P,Q,R,AA,BA 2 1 
E,F,S,T,U,V,W,X,CA,DA 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
? 2 P N N 
? 2 S N N 
? 2 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 252 A ASP 252 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 275 A ASP 275 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc3 A O ASP 275 A ASP 275 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.035 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 279 A ASP 279 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc5 G CA CA . A CA 501 1_555 I O2 AKG . A AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc6 G CA CA . A CA 501 1_555 I O5 AKG . A AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? 
metalc ? metalc7 G CA CA . A CA 501 1_555 B OD1 ASP 252 B ASP 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASP 275 B ASP 275 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc9 B O ASP 275 B ASP 275 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 279 B ASP 279 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc11 J CA CA . B CA 501 1_555 L O2 AKG . B AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc12 J CA CA . B CA 501 1_555 L O5 AKG . B AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? 
metalc ? metalc13 C OD2 ASP 252 C ASP 252 1_555 P CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASP 275 C ASP 275 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc15 C O ASP 275 C ASP 275 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? 
metalc ? metalc16 C OD2 ASP 279 C ASP 279 1_555 M CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? 
metalc ? metalc17 M CA CA . C CA 501 1_555 O O2 AKG . C AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc18 M CA CA . C CA 501 1_555 AA O HOH . C HOH 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc19 M CA CA . C CA 501 1_555 D OD2 ASP 252 D ASP 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
metalc ? metalc20 D OD1 ASP 275 D ASP 275 1_555 P CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc21 D O ASP 275 D ASP 275 1_555 P CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? 
metalc ? metalc22 D OD2 ASP 279 D ASP 279 1_555 P CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc23 P CA CA . D CA 501 1_555 R O2 AKG . D AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc24 E OD1 ASP 252 E ASP 252 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc25 E OD1 ASP 275 E ASP 275 1_555 S CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc26 E O ASP 275 E ASP 275 1_555 S CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.978 ? 
metalc ? metalc27 E OD2 ASP 279 E ASP 279 1_555 S CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc28 S CA CA . E CA 501 1_555 U O2 AKG . E AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc29 S CA CA . E CA 501 1_555 U O5 AKG . E AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.955 ? 
metalc ? metalc30 S CA CA . E CA 501 1_555 CA O HOH . E HOH 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc31 S CA CA . E CA 501 1_555 F OD1 ASP 252 F ASP 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc32 F OD1 ASP 275 F ASP 275 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? 
metalc ? metalc33 F O ASP 275 F ASP 275 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? 
metalc ? metalc34 F OD2 ASP 279 F ASP 279 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.922 ? 
metalc ? metalc35 V CA CA . F CA 501 1_555 X O2 AKG . F AKG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4L06 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010393 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00858 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003627 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 CA A 1 501 1 CA CA . 
H 3 NAP A 1 502 1 NAP NAP . 
I 4 AKG A 1 503 2 AKG AKG . 
J 2 CA B 1 501 2 CA CA . 
K 3 NAP B 1 502 2 NAP NAP . 
L 4 AKG B 1 503 1 AKG AKG . 
M 2 CA C 1 501 3 CA CA . 
N 3 NAP C 1 502 3 NAP NAP . 
O 4 AKG C 1 503 4 AKG AKG . 
P 2 CA D 1 501 4 CA CA . 
Q 3 NAP D 1 502 4 NAP NAP . 
R 4 AKG D 1 503 3 AKG AKG . 
S 2 CA E 1 501 5 CA CA . 
T 3 NAP E 1 502 5 NAP NAP . 
U 4 AKG E 1 503 6 AKG AKG . 
V 2 CA F 1 501 6 CA CA . 
W 3 NAP F 1 502 6 NAP NAP . 
X 4 AKG F 1 503 5 AKG AKG . 
Y 5 HOH A 1 601 7 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 2 602 8 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 3 603 9 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 4 604 12 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 5 605 21 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 6 606 22 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 7 607 23 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 8 608 24 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 9 609 25 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 10 610 26 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 11 611 27 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 12 612 36 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 13 613 37 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 14 614 40 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 15 615 41 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 16 616 42 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 17 617 43 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 18 618 44 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 19 619 45 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 20 620 46 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 21 621 47 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 22 622 48 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 23 623 50 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 24 624 51 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 25 625 52 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 26 626 53 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 27 627 57 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 28 628 60 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 29 629 61 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 30 630 69 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 31 631 72 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 32 632 78 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 33 633 94 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 34 634 95 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 35 635 100 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 36 636 101 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 37 637 102 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 38 638 103 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 39 639 104 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 40 640 107 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 41 641 108 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 42 642 109 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 43 643 113 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 44 644 114 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 45 645 115 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 46 646 117 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 47 647 118 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 1 601 2 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 2 602 3 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 3 603 32 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 4 604 38 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 5 605 49 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 6 606 59 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 7 607 62 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 8 608 63 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 9 609 70 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 10 610 71 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 11 611 86 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 12 612 88 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 13 613 110 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 14 614 111 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 1 601 4 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 2 602 5 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 3 603 10 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 4 604 15 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 5 605 16 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 6 606 17 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 7 607 30 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 8 608 39 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 9 609 55 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 10 610 56 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 11 611 83 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 12 612 84 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 13 613 87 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 14 614 112 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 15 615 123 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 16 616 124 HOH HOH . 
BA 5 HOH D 1 601 13 HOH HOH . 
BA 5 HOH D 2 602 54 HOH HOH . 
BA 5 HOH D 3 603 85 HOH HOH . 
BA 5 HOH D 4 604 120 HOH HOH . 
BA 5 HOH D 5 605 121 HOH HOH . 
BA 5 HOH D 6 606 129 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 1 601 1 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 2 602 6 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 3 603 18 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 4 604 19 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 5 605 20 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 6 606 31 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 7 607 33 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 8 608 34 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 9 609 64 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 10 610 73 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 11 611 74 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 12 612 77 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 13 613 81 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 14 614 82 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 15 615 89 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 16 616 90 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 17 617 91 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 18 618 92 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 19 619 93 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 20 620 97 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 21 621 105 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 22 622 106 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 23 623 116 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 24 624 122 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 25 625 128 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 1 601 11 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 2 602 14 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 3 603 28 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 4 604 29 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 5 605 35 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 6 606 65 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 7 607 66 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 8 608 67 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 9 609 68 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 10 610 75 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 11 611 76 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 12 612 79 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 13 613 80 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 14 614 96 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 15 615 98 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 16 616 99 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 17 617 119 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 18 618 125 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 19 619 126 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 20 620 127 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 21 621 130 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         S 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               77.517 
_atom_site.Cartn_y               15.978 
_atom_site.Cartn_z               -27.546 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        35 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           501 
_atom_site.auth_asym_id          E 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              39 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    26 
_model_server_stats.query_time_ms           285 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#