data_4LD7 # _model_server_result.job_id SAPd5uo2UNuo6xKghkseLA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 00:27:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4ld7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"NA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 4LD7 # _exptl.entry_id 4LD7 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 89.99 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4LD7 _cell.length_a 97.55 _cell.length_b 242.59 _cell.length_c 145.32 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4LD7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 3 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 E,F,G,H,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 2 1 I,J,K,L,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 3 1 M,N,O,P,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 R N N ? 3 T N N ? 3 V N N ? 3 X N N ? 3 Z N N ? 3 BA N N ? 3 DA N N ? 3 FA N N ? 3 HA N N ? 3 JA N N ? 3 LA N N ? 3 NA N N ? 3 PA N N ? 3 RA N N ? 3 TA N N ? 3 VA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O LEU 360 A LEU 360 1_555 R NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc2 A O ARG 363 A ARG 363 1_555 R NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 365 A ASP 365 1_555 R NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.114 ? metalc ? metalc4 A O THR 405 A THR 405 1_555 R NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc5 A O GLN 408 A GLN 408 1_555 R NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? metalc ? metalc6 B O LEU 360 B LEU 360 1_555 T NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc7 B O ARG 363 B ARG 363 1_555 T NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc8 B OD1 ASP 365 B ASP 365 1_555 T NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? metalc ? metalc9 B O THR 405 B THR 405 1_555 T NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? metalc ? metalc10 B O GLN 408 B GLN 408 1_555 T NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc11 C O LEU 360 C LEU 360 1_555 V NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? metalc ? metalc12 C O ARG 363 C ARG 363 1_555 V NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASP 365 C ASP 365 1_555 V NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc14 C O THR 405 C THR 405 1_555 V NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.082 ? metalc ? metalc15 C O GLN 408 C GLN 408 1_555 V NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc16 D O LEU 360 D LEU 360 1_555 X NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.964 ? metalc ? metalc17 D O ARG 363 D ARG 363 1_555 X NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASP 365 D ASP 365 1_555 X NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? metalc ? metalc19 D O THR 405 D THR 405 1_555 X NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.071 ? metalc ? metalc20 D O GLN 408 D GLN 408 1_555 X NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc21 E O LEU 360 E LEU 360 1_555 Z NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc22 E O ARG 363 E ARG 363 1_555 Z NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? metalc ? metalc23 E OD1 ASP 365 E ASP 365 1_555 Z NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.037 ? metalc ? metalc24 E O THR 405 E THR 405 1_555 Z NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc25 E O GLN 408 E GLN 408 1_555 Z NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc26 F O LEU 360 F LEU 360 1_555 BA NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.906 ? metalc ? metalc27 F O ARG 363 F ARG 363 1_555 BA NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? metalc ? metalc28 F OD1 ASP 365 F ASP 365 1_555 BA NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? metalc ? metalc29 F O THR 405 F THR 405 1_555 BA NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? metalc ? metalc30 F O GLN 408 F GLN 408 1_555 BA NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc31 G O LEU 360 G LEU 360 1_555 DA NA NA . G NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? metalc ? metalc32 G O ARG 363 G ARG 363 1_555 DA NA NA . G NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc33 G OD1 ASP 365 G ASP 365 1_555 DA NA NA . G NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.099 ? metalc ? metalc34 G O THR 405 G THR 405 1_555 DA NA NA . G NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc35 G O GLN 408 G GLN 408 1_555 DA NA NA . G NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc36 H O LEU 360 H LEU 360 1_555 FA NA NA . H NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc37 H O ARG 363 H ARG 363 1_555 FA NA NA . H NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc38 H OD1 ASP 365 H ASP 365 1_555 FA NA NA . H NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.065 ? metalc ? metalc39 H O THR 405 H THR 405 1_555 FA NA NA . H NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc40 H O GLN 408 H GLN 408 1_555 FA NA NA . H NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? metalc ? metalc41 I O LEU 360 I LEU 360 1_555 HA NA NA . I NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc42 I O ARG 363 I ARG 363 1_555 HA NA NA . I NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc43 I OD1 ASP 365 I ASP 365 1_555 HA NA NA . I NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? metalc ? metalc44 I O THR 405 I THR 405 1_555 HA NA NA . I NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.071 ? metalc ? metalc45 I O GLN 408 I GLN 408 1_555 HA NA NA . I NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? metalc ? metalc46 J O LEU 360 J LEU 360 1_555 JA NA NA . J NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? metalc ? metalc47 J O ARG 363 J ARG 363 1_555 JA NA NA . J NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? metalc ? metalc48 J OD1 ASP 365 J ASP 365 1_555 JA NA NA . J NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? metalc ? metalc49 J O THR 405 J THR 405 1_555 JA NA NA . J NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.07 ? metalc ? metalc50 J O GLN 408 J GLN 408 1_555 JA NA NA . J NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? metalc ? metalc51 K O LEU 360 K LEU 360 1_555 LA NA NA . K NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? metalc ? metalc52 K O ARG 363 K ARG 363 1_555 LA NA NA . K NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc53 K OD1 ASP 365 K ASP 365 1_555 LA NA NA . K NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.063 ? metalc ? metalc54 K O THR 405 K THR 405 1_555 LA NA NA . K NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.106 ? metalc ? metalc55 K O GLN 408 K GLN 408 1_555 LA NA NA . K NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc56 L O LEU 360 L LEU 360 1_555 NA NA NA . L NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? metalc ? metalc57 L O ARG 363 L ARG 363 1_555 NA NA NA . L NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc58 L OD1 ASP 365 L ASP 365 1_555 NA NA NA . L NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc59 L O GLN 408 L GLN 408 1_555 NA NA NA . L NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc60 M O LEU 360 M LEU 360 1_555 PA NA NA . M NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? metalc ? metalc61 M O ARG 363 M ARG 363 1_555 PA NA NA . M NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? metalc ? metalc62 M OD1 ASP 365 M ASP 365 1_555 PA NA NA . M NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.021 ? metalc ? metalc63 M O THR 405 M THR 405 1_555 PA NA NA . M NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? metalc ? metalc64 M O GLN 408 M GLN 408 1_555 PA NA NA . M NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc65 N O LEU 360 N LEU 360 1_555 RA NA NA . N NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc66 N O ARG 363 N ARG 363 1_555 RA NA NA . N NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc67 N OD1 ASP 365 N ASP 365 1_555 RA NA NA . N NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? metalc ? metalc68 N O GLN 408 N GLN 408 1_555 RA NA NA . N NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc69 O O LEU 360 O LEU 360 1_555 TA NA NA . O NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? metalc ? metalc70 O O ARG 363 O ARG 363 1_555 TA NA NA . O NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.841 ? metalc ? metalc71 O OD1 ASP 365 O ASP 365 1_555 TA NA NA . O NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.034 ? metalc ? metalc72 O O THR 405 O THR 405 1_555 TA NA NA . O NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.08 ? metalc ? metalc73 O O GLN 408 O GLN 408 1_555 TA NA NA . O NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc74 P O LEU 360 P LEU 360 1_555 VA NA NA . P NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc75 P O ARG 363 P ARG 363 1_555 VA NA NA . P NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc76 P OD1 ASP 365 P ASP 365 1_555 VA NA NA . P NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.133 ? metalc ? metalc77 P O THR 405 P THR 405 1_555 VA NA NA . P NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.072 ? metalc ? metalc78 P O GLN 408 P GLN 408 1_555 VA NA NA . P NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4LD7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010251 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] -0.000003 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004122 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006881 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 2 PIS A 1 501 480 PIS DRG . R 3 NA A 1 502 490 NA NA . S 2 PIS B 1 501 480 PIS DRG . T 3 NA B 1 502 490 NA NA . U 2 PIS C 1 501 480 PIS DRG . V 3 NA C 1 502 490 NA NA . W 2 PIS D 1 501 480 PIS DRG . X 3 NA D 1 502 490 NA NA . Y 2 PIS E 1 501 480 PIS DRG . Z 3 NA E 1 502 490 NA NA . AA 2 PIS F 1 501 480 PIS DRG . BA 3 NA F 1 502 490 NA NA . CA 2 PIS G 1 501 480 PIS DRG . DA 3 NA G 1 502 490 NA NA . EA 2 PIS H 1 501 480 PIS DRG . FA 3 NA H 1 502 490 NA NA . GA 2 PIS I 1 501 480 PIS DRG . HA 3 NA I 1 502 490 NA NA . IA 2 PIS J 1 501 480 PIS DRG . JA 3 NA J 1 502 490 NA NA . KA 2 PIS K 1 501 480 PIS DRG . LA 3 NA K 1 502 490 NA NA . MA 2 PIS L 1 501 480 PIS DRG . NA 3 NA L 1 502 490 NA NA . OA 2 PIS M 1 501 480 PIS DRG . PA 3 NA M 1 502 490 NA NA . QA 2 PIS N 1 501 480 PIS DRG . RA 3 NA N 1 502 490 NA NA . SA 2 PIS O 1 501 480 PIS DRG . TA 3 NA O 1 502 490 NA NA . UA 2 PIS P 1 501 480 PIS DRG . VA 3 NA P 1 502 490 NA NA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id NA _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -66.448 _atom_site.Cartn_y 102.189 _atom_site.Cartn_z 167.892 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 89.37 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id L _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 92 _model_server_stats.parse_time_ms 20 _model_server_stats.create_model_time_ms 78 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #