data_4LFN # _model_server_result.job_id tn3bSyK0y6klcYhl77A1dA _model_server_result.datetime_utc '2025-01-02 22:10:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4lfn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":201}' # _entry.id 4LFN # _exptl.entry_id 4LFN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 150.13 _entity.id 3 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description D-ribulose _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4LFN _cell.length_a 108.261 _cell.length_b 116.009 _cell.length_c 54.752 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4LFN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 108.261 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N # _chem_comp.formula 'C5 H10 O5' _chem_comp.formula_weight 150.13 _chem_comp.id RBL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name D-ribulose _chem_comp.type d-saccharide _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 RBL sing 277 n n C1 O1 RBL sing 278 n n C2 C3 RBL sing 279 n n C2 O2 RBL doub 280 n n C3 O3 RBL sing 281 n n C3 C4 RBL sing 282 n n C4 O4 RBL sing 283 n n C4 C5 RBL sing 284 n n C5 O5 RBL sing 285 n n C1 H11 RBL sing 286 n n C1 H12 RBL sing 287 n n C3 H3 RBL sing 288 n n O3 HO3 RBL sing 289 n n C4 H4 RBL sing 290 n n O4 HO4 RBL sing 291 n n C5 H51 RBL sing 292 n n C5 H52 RBL sing 293 n n O5 HO5 RBL sing 294 n n O1 HO1 RBL sing 295 n n # _atom_sites.entry_id 4LFN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009237 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00862 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.018264 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 RBL B 1 201 1 RBL RBL . F 3 RBL D 1 201 2 RBL RBL . G 4 HOH A 1 201 1 HOH WAT . G 4 HOH A 2 202 3 HOH WAT . G 4 HOH A 3 203 7 HOH WAT . G 4 HOH A 4 204 14 HOH WAT . G 4 HOH A 5 205 28 HOH WAT . G 4 HOH A 6 206 34 HOH WAT . G 4 HOH A 7 207 38 HOH WAT . G 4 HOH A 8 208 39 HOH WAT . G 4 HOH A 9 209 41 HOH WAT . G 4 HOH A 10 210 43 HOH WAT . G 4 HOH A 11 211 44 HOH WAT . G 4 HOH A 12 212 53 HOH WAT . G 4 HOH A 13 213 60 HOH WAT . G 4 HOH A 14 214 61 HOH WAT . G 4 HOH A 15 215 65 HOH WAT . G 4 HOH A 16 216 67 HOH WAT . G 4 HOH A 17 217 70 HOH WAT . G 4 HOH A 18 218 71 HOH WAT . G 4 HOH A 19 219 72 HOH WAT . G 4 HOH A 20 220 77 HOH WAT . G 4 HOH A 21 221 79 HOH WAT . G 4 HOH A 22 222 98 HOH WAT . G 4 HOH A 23 223 100 HOH WAT . G 4 HOH A 24 224 103 HOH WAT . G 4 HOH A 25 225 119 HOH WAT . G 4 HOH A 26 226 121 HOH WAT . G 4 HOH A 27 227 125 HOH WAT . G 4 HOH A 28 228 126 HOH WAT . G 4 HOH A 29 229 135 HOH WAT . G 4 HOH A 30 230 140 HOH WAT . G 4 HOH A 31 231 148 HOH WAT . G 4 HOH A 32 232 153 HOH WAT . G 4 HOH A 33 233 164 HOH WAT . G 4 HOH A 34 234 171 HOH WAT . G 4 HOH A 35 235 174 HOH WAT . G 4 HOH A 36 236 178 HOH WAT . G 4 HOH A 37 237 183 HOH WAT . G 4 HOH A 38 238 184 HOH WAT . G 4 HOH A 39 239 188 HOH WAT . G 4 HOH A 40 240 191 HOH WAT . G 4 HOH A 41 241 196 HOH WAT . G 4 HOH A 42 242 214 HOH WAT . G 4 HOH A 43 243 216 HOH WAT . G 4 HOH A 44 244 217 HOH WAT . H 4 HOH B 1 301 2 HOH WAT . H 4 HOH B 2 302 4 HOH WAT . H 4 HOH B 3 303 13 HOH WAT . H 4 HOH B 4 304 15 HOH WAT . H 4 HOH B 5 305 17 HOH WAT . H 4 HOH B 6 306 19 HOH WAT . H 4 HOH B 7 307 21 HOH WAT . H 4 HOH B 8 308 24 HOH WAT . H 4 HOH B 9 309 26 HOH WAT . H 4 HOH B 10 310 31 HOH WAT . H 4 HOH B 11 311 37 HOH WAT . H 4 HOH B 12 312 46 HOH WAT . H 4 HOH B 13 313 50 HOH WAT . H 4 HOH B 14 314 52 HOH WAT . H 4 HOH B 15 315 55 HOH WAT . H 4 HOH B 16 316 56 HOH WAT . H 4 HOH B 17 317 57 HOH WAT . H 4 HOH B 18 318 63 HOH WAT . H 4 HOH B 19 319 64 HOH WAT . H 4 HOH B 20 320 66 HOH WAT . H 4 HOH B 21 321 68 HOH WAT . H 4 HOH B 22 322 74 HOH WAT . H 4 HOH B 23 323 75 HOH WAT . H 4 HOH B 24 324 76 HOH WAT . H 4 HOH B 25 325 78 HOH WAT . H 4 HOH B 26 326 81 HOH WAT . H 4 HOH B 27 327 82 HOH WAT . H 4 HOH B 28 328 83 HOH WAT . H 4 HOH B 29 329 87 HOH WAT . H 4 HOH B 30 330 88 HOH WAT . H 4 HOH B 31 331 89 HOH WAT . H 4 HOH B 32 332 95 HOH WAT . H 4 HOH B 33 333 101 HOH WAT . H 4 HOH B 34 334 104 HOH WAT . H 4 HOH B 35 335 105 HOH WAT . H 4 HOH B 36 336 110 HOH WAT . H 4 HOH B 37 337 112 HOH WAT . H 4 HOH B 38 338 115 HOH WAT . H 4 HOH B 39 339 117 HOH WAT . H 4 HOH B 40 340 118 HOH WAT . H 4 HOH B 41 341 120 HOH WAT . H 4 HOH B 42 342 127 HOH WAT . H 4 HOH B 43 343 129 HOH WAT . H 4 HOH B 44 344 132 HOH WAT . H 4 HOH B 45 345 136 HOH WAT . H 4 HOH B 46 346 137 HOH WAT . H 4 HOH B 47 347 138 HOH WAT . H 4 HOH B 48 348 142 HOH WAT . H 4 HOH B 49 349 143 HOH WAT . H 4 HOH B 50 350 144 HOH WAT . H 4 HOH B 51 351 145 HOH WAT . H 4 HOH B 52 352 146 HOH WAT . H 4 HOH B 53 353 147 HOH WAT . H 4 HOH B 54 354 150 HOH WAT . H 4 HOH B 55 355 151 HOH WAT . H 4 HOH B 56 356 152 HOH WAT . H 4 HOH B 57 357 155 HOH WAT . H 4 HOH B 58 358 157 HOH WAT . H 4 HOH B 59 359 158 HOH WAT . H 4 HOH B 60 360 161 HOH WAT . H 4 HOH B 61 361 162 HOH WAT . H 4 HOH B 62 362 165 HOH WAT . H 4 HOH B 63 363 166 HOH WAT . H 4 HOH B 64 364 168 HOH WAT . H 4 HOH B 65 365 170 HOH WAT . H 4 HOH B 66 366 173 HOH WAT . H 4 HOH B 67 367 179 HOH WAT . H 4 HOH B 68 368 187 HOH WAT . H 4 HOH B 69 369 190 HOH WAT . H 4 HOH B 70 370 197 HOH WAT . H 4 HOH B 71 371 200 HOH WAT . H 4 HOH B 72 372 201 HOH WAT . H 4 HOH B 73 373 202 HOH WAT . H 4 HOH B 74 374 209 HOH WAT . H 4 HOH B 75 375 211 HOH WAT . H 4 HOH B 76 376 212 HOH WAT . H 4 HOH B 77 377 218 HOH WAT . I 4 HOH C 1 201 5 HOH WAT . I 4 HOH C 2 202 12 HOH WAT . I 4 HOH C 3 203 25 HOH WAT . I 4 HOH C 4 204 30 HOH WAT . I 4 HOH C 5 205 33 HOH WAT . I 4 HOH C 6 206 35 HOH WAT . I 4 HOH C 7 207 36 HOH WAT . I 4 HOH C 8 208 45 HOH WAT . I 4 HOH C 9 209 47 HOH WAT . I 4 HOH C 10 210 54 HOH WAT . I 4 HOH C 11 211 58 HOH WAT . I 4 HOH C 12 212 59 HOH WAT . I 4 HOH C 13 213 69 HOH WAT . I 4 HOH C 14 214 73 HOH WAT . I 4 HOH C 15 215 80 HOH WAT . I 4 HOH C 16 216 84 HOH WAT . I 4 HOH C 17 217 85 HOH WAT . I 4 HOH C 18 218 109 HOH WAT . I 4 HOH C 19 219 114 HOH WAT . I 4 HOH C 20 220 122 HOH WAT . I 4 HOH C 21 221 128 HOH WAT . I 4 HOH C 22 222 141 HOH WAT . I 4 HOH C 23 223 149 HOH WAT . I 4 HOH C 24 224 163 HOH WAT . I 4 HOH C 25 225 167 HOH WAT . I 4 HOH C 26 226 172 HOH WAT . I 4 HOH C 27 227 175 HOH WAT . I 4 HOH C 28 228 182 HOH WAT . I 4 HOH C 29 229 186 HOH WAT . I 4 HOH C 30 230 189 HOH WAT . I 4 HOH C 31 231 193 HOH WAT . I 4 HOH C 32 232 194 HOH WAT . I 4 HOH C 33 233 203 HOH WAT . I 4 HOH C 34 234 205 HOH WAT . I 4 HOH C 35 235 206 HOH WAT . I 4 HOH C 36 236 213 HOH WAT . I 4 HOH C 37 237 219 HOH WAT . J 4 HOH D 1 301 6 HOH WAT . J 4 HOH D 2 302 8 HOH WAT . J 4 HOH D 3 303 9 HOH WAT . J 4 HOH D 4 304 10 HOH WAT . J 4 HOH D 5 305 11 HOH WAT . J 4 HOH D 6 306 16 HOH WAT . J 4 HOH D 7 307 18 HOH WAT . J 4 HOH D 8 308 20 HOH WAT . J 4 HOH D 9 309 22 HOH WAT . J 4 HOH D 10 310 23 HOH WAT . J 4 HOH D 11 311 27 HOH WAT . J 4 HOH D 12 312 29 HOH WAT . J 4 HOH D 13 313 32 HOH WAT . J 4 HOH D 14 314 40 HOH WAT . J 4 HOH D 15 315 42 HOH WAT . J 4 HOH D 16 316 48 HOH WAT . J 4 HOH D 17 317 49 HOH WAT . J 4 HOH D 18 318 51 HOH WAT . J 4 HOH D 19 319 62 HOH WAT . J 4 HOH D 20 320 86 HOH WAT . J 4 HOH D 21 321 90 HOH WAT . J 4 HOH D 22 322 91 HOH WAT . J 4 HOH D 23 323 92 HOH WAT . J 4 HOH D 24 324 93 HOH WAT . J 4 HOH D 25 325 94 HOH WAT . J 4 HOH D 26 326 96 HOH WAT . J 4 HOH D 27 327 97 HOH WAT . J 4 HOH D 28 328 99 HOH WAT . J 4 HOH D 29 329 102 HOH WAT . J 4 HOH D 30 330 106 HOH WAT . J 4 HOH D 31 331 107 HOH WAT . J 4 HOH D 32 332 108 HOH WAT . J 4 HOH D 33 333 111 HOH WAT . J 4 HOH D 34 334 113 HOH WAT . J 4 HOH D 35 335 116 HOH WAT . J 4 HOH D 36 336 123 HOH WAT . J 4 HOH D 37 337 124 HOH WAT . J 4 HOH D 38 338 130 HOH WAT . J 4 HOH D 39 339 131 HOH WAT . J 4 HOH D 40 340 133 HOH WAT . J 4 HOH D 41 341 134 HOH WAT . J 4 HOH D 42 342 139 HOH WAT . J 4 HOH D 43 343 154 HOH WAT . J 4 HOH D 44 344 156 HOH WAT . J 4 HOH D 45 345 159 HOH WAT . J 4 HOH D 46 346 160 HOH WAT . J 4 HOH D 47 347 169 HOH WAT . J 4 HOH D 48 348 176 HOH WAT . J 4 HOH D 49 349 177 HOH WAT . J 4 HOH D 50 350 180 HOH WAT . J 4 HOH D 51 351 181 HOH WAT . J 4 HOH D 52 352 185 HOH WAT . J 4 HOH D 53 353 192 HOH WAT . J 4 HOH D 54 354 195 HOH WAT . J 4 HOH D 55 355 198 HOH WAT . J 4 HOH D 56 356 199 HOH WAT . J 4 HOH D 57 357 204 HOH WAT . J 4 HOH D 58 358 207 HOH WAT . J 4 HOH D 59 359 208 HOH WAT . J 4 HOH D 60 360 210 HOH WAT . J 4 HOH D 61 361 215 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 RBL . . . E 3 48.903 -17.88 2.911 1 43.06 ? C1 RBL 201 B 1 HETATM 2 C C2 RBL . . . E 3 48.924 -16.459 3.481 1 41.8 ? C2 RBL 201 B 1 HETATM 3 C C3 RBL . . . E 3 50.1 -15.536 3.165 1 40.79 ? C3 RBL 201 B 1 HETATM 4 O O3 RBL . . . E 3 50.309 -14.63 4.267 1 33.76 ? O3 RBL 201 B 1 HETATM 5 C C4 RBL . . . E 3 49.832 -14.734 1.859 1 41.42 ? C4 RBL 201 B 1 HETATM 6 O O4 RBL . . . E 3 49.625 -15.63 0.75 1 40.91 ? O4 RBL 201 B 1 HETATM 7 C C5 RBL . . . E 3 51.006 -13.774 1.508 1 43.05 ? C5 RBL 201 B 1 HETATM 8 O O5 RBL . . . E 3 50.707 -13.056 0.302 1 45.39 ? O5 RBL 201 B 1 HETATM 9 O O2 RBL . . . E 3 48.001 -16.06 4.192 1 42.27 ? O2 RBL 201 B 1 HETATM 10 O O1 RBL . . . E 3 47.723 -18.593 3.317 1 45.64 ? O1 RBL 201 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 20 _model_server_stats.parse_time_ms 28 _model_server_stats.create_model_time_ms 71 _model_server_stats.query_time_ms 313 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 10 #