data_4LGD
#
_model_server_result.job_id            TOal_vPryfBMQ9TrVPnUvw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-10 23:51:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4lgd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    4LGD 
#
_exptl.entry_id    4LGD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              506.196 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          100.7 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4LGD 
_cell.length_a            123.403 
_cell.length_b            237.136 
_cell.length_c            95.862 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4LGD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
? dimeric 2 author_defined_assembly 4 
PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 5 
PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,I,J,K 1 1 
C,G,R,S,T,U,V 2 1 
D,H,W,X,Y,Z,AA,BA 3 1 
B,F,L,M,N,O,P,Q 4 1 
A,B,E,F,I,J,K,L,M,N,O,P,Q 5 1 
C,D,G,H,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 I N N 
? 3 L N N 
? 3 R N N 
? 3 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 165 A ASP 164 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 165 A ASP 164 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc3 I O2B ANP . A ANP 501 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc4 I O1A ANP . A ANP 501 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc5 B OD1 ASP 165 B ASP 164 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc6 B OD2 ASP 165 B ASP 164 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? 
metalc ? metalc7 L O2A ANP . B ANP 501 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc8 L O2B ANP . B ANP 501 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? 
metalc ? metalc9 C OD2 ASP 122 C ASP 121 1_555 U NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? 
metalc ? metalc10 C OD1 ASP 165 C ASP 164 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc11 C OD2 ASP 165 C ASP 164 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc12 R O2B ANP . C ANP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc13 R O1A ANP . C ANP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc14 V NA NA . C NA 505 1_555 H OD1 ASN 15 H ASN 379 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc15 D OD1 ASP 122 D ASP 121 1_555 BA NA NA . D NA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc16 D OD1 ASP 165 D ASP 164 1_555 X MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc17 D OD2 ASP 165 D ASP 164 1_555 X MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc18 W O1A ANP . D ANP 501 1_555 X MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc19 W O2B ANP . D ANP 501 1_555 X MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    506.196 
_chem_comp.id                ANP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ANP doub 13 n n 
PG O2G ANP sing 14 n n 
PG O3G ANP sing 15 n n 
PG N3B ANP sing 16 n n 
O2G HOG2 ANP sing 17 n n 
O3G HOG3 ANP sing 18 n n 
PB O1B ANP doub 19 n n 
PB O2B ANP sing 20 n n 
PB N3B ANP sing 21 n n 
PB O3A ANP sing 22 n n 
O2B HOB2 ANP sing 23 n n 
N3B HNB1 ANP sing 24 n n 
PA O1A ANP doub 25 n n 
PA O2A ANP sing 26 n n 
PA O3A ANP sing 27 n n 
PA O5' ANP sing 28 n n 
O2A HOA2 ANP sing 29 n n 
O5' C5' ANP sing 30 n n 
C5' C4' ANP sing 31 n n 
C5' "H5'1" ANP sing 32 n n 
C5' "H5'2" ANP sing 33 n n 
C4' O4' ANP sing 34 n n 
C4' C3' ANP sing 35 n n 
C4' H4' ANP sing 36 n n 
O4' C1' ANP sing 37 n n 
C3' O3' ANP sing 38 n n 
C3' C2' ANP sing 39 n n 
C3' H3' ANP sing 40 n n 
O3' HO3' ANP sing 41 n n 
C2' O2' ANP sing 42 n n 
C2' C1' ANP sing 43 n n 
C2' H2' ANP sing 44 n n 
O2' HO2' ANP sing 45 n n 
C1' N9 ANP sing 46 n n 
C1' H1' ANP sing 47 n n 
N9 C8 ANP sing 48 n y 
N9 C4 ANP sing 49 n y 
C8 N7 ANP doub 50 n y 
C8 H8 ANP sing 51 n n 
N7 C5 ANP sing 52 n y 
C5 C6 ANP sing 53 n y 
C5 C4 ANP doub 54 n y 
C6 N6 ANP sing 55 n n 
C6 N1 ANP doub 56 n y 
N6 HN61 ANP sing 57 n n 
N6 HN62 ANP sing 58 n n 
N1 C2 ANP sing 59 n y 
C2 N3 ANP doub 60 n y 
C2 H2 ANP sing 61 n n 
N3 C4 ANP sing 62 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     4LGD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008104 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001531 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004217 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010616 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 ANP A 1 501 600 ANP ANP . 
J 4 MG A 1 502 601 MG MG . 
K 5 SO4 A 1 503 101 SO4 SO4 . 
L 3 ANP B 1 501 600 ANP ANP . 
M 4 MG B 1 502 601 MG MG . 
N 5 SO4 B 1 503 102 SO4 SO4 . 
O 5 SO4 B 1 504 105 SO4 SO4 . 
P 5 SO4 B 1 505 107 SO4 SO4 . 
Q 5 SO4 B 1 506 109 SO4 SO4 . 
R 3 ANP C 1 501 600 ANP ANP . 
S 4 MG C 1 502 601 MG MG . 
T 5 SO4 C 1 503 103 SO4 SO4 . 
U 6 NA C 1 504 1 NA NA . 
V 6 NA C 1 505 3 NA NA . 
W 3 ANP D 1 501 600 ANP ANP . 
X 4 MG D 1 502 601 MG MG . 
Y 5 SO4 D 1 503 104 SO4 SO4 . 
Z 5 SO4 D 1 504 106 SO4 SO4 . 
AA 5 SO4 D 1 505 108 SO4 SO4 . 
BA 6 NA D 1 506 2 NA NA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ANP . . . L 3 26.955 -31.481 -4.384 1 97.41 ? PG ANP 501 B 1 
HETATM 2 O O1G ANP . . . L 3 28.403 -31.797 -4.544 1 110.62 ? O1G ANP 501 B 1 
HETATM 3 O O2G ANP . . . L 3 26.102 -32.362 -5.347 1 104.36 ? O2G ANP 501 B 1 
HETATM 4 O O3G ANP . . . L 3 26.518 -31.757 -2.916 1 123.56 ? O3G ANP 501 B 1 
HETATM 5 P PB ANP . . . L 3 27.126 -29.468 -6.262 1 77.93 ? PB ANP 501 B 1 
HETATM 6 O O1B ANP . . . L 3 28.327 -28.579 -6.244 1 73.24 ? O1B ANP 501 B 1 
HETATM 7 O O2B ANP . . . L 3 25.893 -28.721 -6.839 1 140.48 ? O2B ANP 501 B 1 
HETATM 8 N N3B ANP . . . L 3 26.725 -29.871 -4.697 1 206.01 ? N3B ANP 501 B 1 
HETATM 9 P PA ANP . . . L 3 27.303 -30.54 -8.728 1 99.33 ? PA ANP 501 B 1 
HETATM 10 O O1A ANP . . . L 3 27.846 -31.755 -9.451 1 84.25 ? O1A ANP 501 B 1 
HETATM 11 O O2A ANP . . . L 3 25.841 -30.325 -9.049 1 110.68 ? O2A ANP 501 B 1 
HETATM 12 O O3A ANP . . . L 3 27.447 -30.723 -7.164 1 195.12 ? O3A ANP 501 B 1 
HETATM 13 O O5' ANP . . . L 3 28.08 -29.254 -9.223 1 71.66 ? O5' ANP 501 B 1 
HETATM 14 C C5' ANP . . . L 3 29.46 -29.3 -9.45 1 86.61 ? C5' ANP 501 B 1 
HETATM 15 C C4' ANP . . . L 3 30.016 -27.906 -9.644 1 103.49 ? C4' ANP 501 B 1 
HETATM 16 O O4' ANP . . . L 3 30.012 -27.542 -10.994 1 101.09 ? O4' ANP 501 B 1 
HETATM 17 C C3' ANP . . . L 3 29.271 -26.839 -8.921 1 111.27 ? C3' ANP 501 B 1 
HETATM 18 O O3' ANP . . . L 3 29.775 -26.63 -7.656 1 118.69 ? O3' ANP 501 B 1 
HETATM 19 C C2' ANP . . . L 3 29.456 -25.649 -9.766 1 101.52 ? C2' ANP 501 B 1 
HETATM 20 O O2' ANP . . . L 3 30.607 -24.971 -9.445 1 107.72 ? O2' ANP 501 B 1 
HETATM 21 C C1' ANP . . . L 3 29.528 -26.236 -11.121 1 94.01 ? C1' ANP 501 B 1 
HETATM 22 N N9 ANP . . . L 3 28.222 -26.214 -11.753 1 83.48 ? N9 ANP 501 B 1 
HETATM 23 C C8 ANP . . . L 3 27.157 -26.965 -11.417 1 84.71 ? C8 ANP 501 B 1 
HETATM 24 N N7 ANP . . . L 3 26.13 -26.68 -12.206 1 66.33 ? N7 ANP 501 B 1 
HETATM 25 C C5 ANP . . . L 3 26.491 -25.739 -13.076 1 64.91 ? C5 ANP 501 B 1 
HETATM 26 C C6 ANP . . . L 3 25.844 -25.075 -14.108 1 72.86 ? C6 ANP 501 B 1 
HETATM 27 N N6 ANP . . . L 3 24.461 -25.393 -14.398 1 80.68 ? N6 ANP 501 B 1 
HETATM 28 N N1 ANP . . . L 3 26.503 -24.149 -14.819 1 57.99 ? N1 ANP 501 B 1 
HETATM 29 C C2 ANP . . . L 3 27.795 -23.848 -14.553 1 63.51 ? C2 ANP 501 B 1 
HETATM 30 N N3 ANP . . . L 3 28.454 -24.481 -13.553 1 72.3 ? N3 ANP 501 B 1 
HETATM 31 C C4 ANP . . . L 3 27.838 -25.418 -12.806 1 70.7 ? C4 ANP 501 B 1 
HETATM 32 H HOG2 ANP . . . L 3 25.793 -33.07 -4.906 1 125.24 ? HOG2 ANP 501 B 1 
HETATM 33 H HOG3 ANP . . . L 3 27.01 -32.417 -2.579 1 148.27 ? HOG3 ANP 501 B 1 
HETATM 34 H HOB2 ANP . . . L 3 25.577 -28.167 -6.234 1 168.57 ? HOB2 ANP 501 B 1 
HETATM 35 H HNB1 ANP . . . L 3 25.859 -29.664 -4.56 1 247.22 ? HNB1 ANP 501 B 1 
HETATM 36 H "H5'1" ANP . . . L 3 29.637 -29.829 -10.25 1 103.94 ? "H5'1" ANP 501 B 1 
HETATM 37 H "H5'2" ANP . . . L 3 29.895 -29.715 -8.691 1 103.94 ? "H5'2" ANP 501 B 1 
HETATM 38 H H4' ANP . . . L 3 30.933 -27.899 -9.33 1 124.19 ? H4' ANP 501 B 1 
HETATM 39 H H3' ANP . . . L 3 28.334 -27.074 -8.871 1 133.52 ? H3' ANP 501 B 1 
HETATM 40 H H2' ANP . . . L 3 28.688 -25.05 -9.696 1 121.83 ? H2' ANP 501 B 1 
HETATM 41 H HO2' ANP . . . L 3 30.472 -24.099 -9.541 1 129.27 ? HO2' ANP 501 B 1 
HETATM 42 H H1' ANP . . . L 3 30.162 -25.725 -11.655 1 112.82 ? H1' ANP 501 B 1 
HETATM 43 H H8 ANP . . . L 3 27.144 -27.62 -10.702 1 101.65 ? H8 ANP 501 B 1 
HETATM 44 H HN61 ANP . . . L 3 24.024 -26.024 -13.903 1 96.81 ? HN61 ANP 501 B 1 
HETATM 45 H HN62 ANP . . . L 3 24.028 -24.965 -15.073 1 96.81 ? HN62 ANP 501 B 1 
HETATM 46 H H2 ANP . . . L 3 28.252 -23.177 -15.081 1 76.21 ? H2 ANP 501 B 1 
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