data_4LY6 # _model_server_result.job_id k8zIvboVe_SK-f5e-urRog _model_server_result.datetime_utc '2024-12-01 07:01:53' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4ly6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"EB","auth_seq_id":401}' # _entry.id 4LY6 # _exptl.entry_id 4LY6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 20 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 89.73 _cell.angle_gamma 89.9 _cell.entry_id 4LY6 _cell.length_a 119.339 _cell.length_b 130.037 _cell.length_c 206.368 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4LY6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 3 PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA 1 1 G,H,I,J,K,L,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA 2 1 M,N,O,P,Q,R,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB 3 1 S,T,U,V,W,X,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 Z N N ? 3 BA N N ? 3 DA N N ? 3 FA N N ? 3 HA N N ? 3 JA N N ? 3 LA N N ? 3 NA N N ? 3 PA N N ? 3 RA N N ? 3 UA N N ? 3 WA N N ? 3 YA N N ? 3 AB N N ? 3 CB N N ? 3 EB N N ? 3 GB N N ? 3 IB N N ? 3 KB N N ? 3 MB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG SER 50 A SER 169 1_555 Y BE 08T . A 08T 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.54 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 119 A ASP 238 1_555 Z MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 119 A ASP 238 1_555 Z MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc4 Y O2B 08T . A 08T 400 1_555 Z MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc5 Y O3B 08T . A 08T 400 1_555 Z MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc6 B OD2 ASP 119 B ASP 238 1_555 BA MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 119 B ASP 238 1_555 BA MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc8 AA O2B 08T . B 08T 400 1_555 BA MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc9 CA O3B 08T . C 08T 400 1_555 DA MG MG . C MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc10 CA O2B 08T . C 08T 400 1_555 DA MG MG . C MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc11 D OD2 ASP 119 D ASP 238 1_555 FA MG MG . D MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc12 D OD1 ASP 119 D ASP 238 1_555 FA MG MG . D MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc13 EA O3B 08T . D 08T 400 1_555 FA MG MG . D MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc14 EA O1B 08T . D 08T 400 1_555 FA MG MG . D MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? metalc ? metalc15 E OD2 ASP 119 E ASP 238 1_555 HA MG MG . E MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc16 E OD1 ASP 119 E ASP 238 1_555 HA MG MG . E MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc17 GA O1B 08T . E 08T 400 1_555 HA MG MG . E MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc18 G OE1 GLU 55 G GLU 174 1_555 JA MG MG . G MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc19 G OD2 ASP 119 G ASP 238 1_555 JA MG MG . G MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc20 IA O1A 08T . G 08T 400 1_555 JA MG MG . G MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc21 H OD2 ASP 119 H ASP 238 1_555 LA MG MG . H MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc22 H OD1 ASP 119 H ASP 238 1_555 LA MG MG . H MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc23 H OE2 GLU 120 H GLU 239 1_555 KA BE 08T . H 08T 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? metalc ? metalc24 KA O2B 08T . H 08T 400 1_555 LA MG MG . H MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc25 KA O3B 08T . H 08T 400 1_555 LA MG MG . H MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc26 I OD1 ASP 119 I ASP 238 1_555 NA MG MG . I MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc27 I OD2 ASP 119 I ASP 238 1_555 NA MG MG . I MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.926 ? metalc ? metalc28 I NH2 ARG 238 I ARG 357 1_555 MA BE 08T . I 08T 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.693 ? metalc ? metalc29 MA O2B 08T . I 08T 400 1_555 NA MG MG . I MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc30 OA O3B 08T . J 08T 400 1_555 PA MG MG . J MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc31 K OD2 ASP 119 K ASP 238 1_555 RA MG MG . K MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc32 K OD1 ASP 119 K ASP 238 1_555 RA MG MG . K MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc33 M OD2 ASP 119 M ASP 238 1_555 UA MG MG . M MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc34 TA O3B 08T . M 08T 400 1_555 UA MG MG . M MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc35 TA O1B 08T . M 08T 400 1_555 UA MG MG . M MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc36 N OD2 ASP 119 N ASP 238 1_555 WA MG MG . N MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc37 N OE2 GLU 120 N GLU 239 1_555 VA BE 08T . N 08T 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? metalc ? metalc38 VA O3B 08T . N 08T 400 1_555 WA MG MG . N MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc39 VA O2B 08T . N 08T 400 1_555 WA MG MG . N MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc40 O OD2 ASP 119 O ASP 238 1_555 YA MG MG . O MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc41 O OD1 ASP 119 O ASP 238 1_555 YA MG MG . O MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc42 XA O2B 08T . O 08T 400 1_555 YA MG MG . O MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc43 XA O3B 08T . O 08T 400 1_555 YA MG MG . O MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc44 P OD2 ASP 119 P ASP 238 1_555 AB MG MG . P MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc45 P OD1 ASP 119 P ASP 238 1_555 AB MG MG . P MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc46 ZA O2B 08T . P 08T 400 1_555 AB MG MG . P MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc47 Q OD2 ASP 119 Q ASP 238 1_555 CB MG MG . Q MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc48 Q OD1 ASP 119 Q ASP 238 1_555 CB MG MG . Q MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc49 Q OE1 GLU 120 Q GLU 239 1_555 CB MG MG . Q MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc50 S OD2 ASP 119 S ASP 238 1_555 EB MG MG . S MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc51 S OD1 ASP 119 S ASP 238 1_555 EB MG MG . S MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? metalc ? metalc52 DB O3B 08T . S 08T 400 1_555 EB MG MG . S MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? metalc ? metalc53 T OD2 ASP 119 T ASP 238 1_555 GB MG MG . T MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc54 T NH2 ARG 238 T ARG 357 1_555 FB BE 08T . T 08T 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.65 ? metalc ? metalc55 FB O2B 08T . T 08T 400 1_555 GB MG MG . T MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc56 FB O3B 08T . T 08T 400 1_555 GB MG MG . T MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc57 U NH2 ARG 238 U ARG 357 1_555 HB BE 08T . U 08T 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.715 ? metalc ? metalc58 HB O2B 08T . U 08T 400 1_555 IB MG MG . U MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc59 HB O3B 08T . U 08T 400 1_555 IB MG MG . U MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc60 V OD2 ASP 119 V ASP 238 1_555 KB MG MG . V MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.975 ? metalc ? metalc61 JB O3B 08T . V 08T 400 1_555 KB MG MG . V MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? metalc ? metalc62 W OD2 ASP 119 W ASP 238 1_555 MB MG MG . W MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc63 W OD1 ASP 119 W ASP 238 1_555 MB MG MG . W MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc64 LB O2B 08T . W 08T 400 1_555 MB MG MG . W MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4LY6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008379 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] -0.000015 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] -0.000039 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00769 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004846 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Y 2 08T A 1 400 400 08T 08T . Z 3 MG A 1 401 401 MG MG . AA 2 08T B 1 400 400 08T 08T . BA 3 MG B 1 401 401 MG MG . CA 2 08T C 1 400 400 08T 08T . DA 3 MG C 1 401 401 MG MG . EA 2 08T D 1 400 400 08T 08T . FA 3 MG D 1 401 401 MG MG . GA 2 08T E 1 400 400 08T 08T . HA 3 MG E 1 401 401 MG MG . IA 2 08T G 1 400 400 08T 08T . JA 3 MG G 1 401 401 MG MG . KA 2 08T H 1 400 400 08T 08T . LA 3 MG H 1 401 401 MG MG . MA 2 08T I 1 400 400 08T 08T . NA 3 MG I 1 401 401 MG MG . OA 2 08T J 1 400 400 08T 08T . PA 3 MG J 1 401 401 MG MG . QA 2 08T K 1 400 400 08T 08T . RA 3 MG K 1 401 401 MG MG . SA 4 ADP L 1 400 400 ADP ADP . TA 2 08T M 1 400 400 08T 08T . UA 3 MG M 1 401 401 MG MG . VA 2 08T N 1 400 400 08T 08T . WA 3 MG N 1 401 401 MG MG . XA 2 08T O 1 400 400 08T 08T . YA 3 MG O 1 401 401 MG MG . ZA 2 08T P 1 400 400 08T 08T . AB 3 MG P 1 401 401 MG MG . BB 2 08T Q 1 400 400 08T 08T . CB 3 MG Q 1 401 401 MG MG . DB 2 08T S 1 400 400 08T 08T . EB 3 MG S 1 401 401 MG MG . FB 2 08T T 1 400 400 08T 08T . GB 3 MG T 1 401 401 MG MG . HB 2 08T U 1 400 400 08T 08T . IB 3 MG U 1 401 401 MG MG . JB 2 08T V 1 400 400 08T 08T . KB 3 MG V 1 401 401 MG MG . LB 2 08T W 1 400 400 08T 08T . MB 3 MG W 1 401 401 MG MG . NB 4 ADP X 1 400 400 ADP ADP . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id EB _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -68.127 _atom_site.Cartn_y 16.515 _atom_site.Cartn_z 106.476 _atom_site.occupancy 0.92 _atom_site.B_iso_or_equiv 153.01 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id S _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 37 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 370 _model_server_stats.query_time_ms 302 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #