data_4MC7 # _model_server_result.job_id nW5Q1G4SpKRAIZDda9bEUA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-08 08:49:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4mc7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":501}' # _entry.id 4MC7 # _exptl.entry_id 4MC7 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4MC7 _cell.length_a 123.374 _cell.length_b 164.358 _cell.length_c 214.912 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4MC7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 H N N ? 2 J N N ? 2 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 21 A CYS 85 1_555 A SG CYS 336 A CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 53 A CYS 117 1_555 A SG CYS 58 A CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 110 A CYS 174 1_555 A SG CYS 154 A CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 156 A CYS 220 1_555 A SG CYS 161 A CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 204 A CYS 268 1_555 A SG CYS 213 A CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 241 A CYS 305 1_555 A SG CYS 258 A CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 340 A CYS 404 1_555 A SG CYS 362 A CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 21 B CYS 85 1_555 B SG CYS 336 B CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 53 B CYS 117 1_555 B SG CYS 58 B CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 110 B CYS 174 1_555 B SG CYS 154 B CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 156 B CYS 220 1_555 B SG CYS 161 B CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 204 B CYS 268 1_555 B SG CYS 213 B CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 241 B CYS 305 1_555 B SG CYS 258 B CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 340 B CYS 404 1_555 B SG CYS 362 B CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 21 C CYS 85 1_555 C SG CYS 336 C CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf16 C SG CYS 53 C CYS 117 1_555 C SG CYS 58 C CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 110 C CYS 174 1_555 C SG CYS 154 C CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? disulf ? disulf18 C SG CYS 156 C CYS 220 1_555 C SG CYS 161 C CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? disulf ? disulf19 C SG CYS 204 C CYS 268 1_555 C SG CYS 213 C CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? disulf ? disulf20 C SG CYS 241 C CYS 305 1_555 C SG CYS 258 C CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf21 C SG CYS 340 C CYS 404 1_555 C SG CYS 362 C CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? disulf ? disulf22 D SG CYS 21 D CYS 85 1_555 D SG CYS 336 D CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf23 D SG CYS 53 D CYS 117 1_555 D SG CYS 58 D CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf24 D SG CYS 110 D CYS 174 1_555 D SG CYS 154 D CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf25 D SG CYS 156 D CYS 220 1_555 D SG CYS 161 D CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf26 D SG CYS 204 D CYS 268 1_555 D SG CYS 213 D CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf27 D SG CYS 241 D CYS 305 1_555 D SG CYS 258 D CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf28 D SG CYS 340 D CYS 404 1_555 D SG CYS 362 D CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 183 A ASN 247 1_555 E C1 NAG . A NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 183 B ASN 247 1_555 H C1 NAG . B NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale3 C ND2 ASN 183 C ASN 247 1_555 J C1 NAG . C NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? covale ? covale4 D ND2 ASN 183 D ASN 247 1_555 L C1 NAG . D NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 96 A ASP 160 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc2 A O ASN 217 A ASN 281 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc3 A O ASP 221 A ASP 285 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 247 A ASP 311 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc5 A O GLY 265 A GLY 329 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc6 A O GLY 267 A GLY 331 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc7 G CA CA . A CA 503 1_555 B OD2 ASP 96 B ASP 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc8 G CA CA . A CA 503 1_555 C OD2 ASP 96 C ASP 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc9 G CA CA . A CA 503 1_555 D OD2 ASP 96 D ASP 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc10 B O ASN 217 B ASN 281 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc11 B O ASP 221 B ASP 285 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 247 B ASP 311 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc13 B O GLY 265 B GLY 329 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc14 B O GLY 267 B GLY 331 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc15 C O ASN 217 C ASN 281 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc16 C O ASP 221 C ASP 285 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 247 C ASP 311 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc18 C O GLY 265 C GLY 329 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc19 C O GLY 267 C GLY 331 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc20 D O ASN 217 D ASN 281 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc21 D O ASP 221 D ASP 285 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc22 D OD2 ASP 247 D ASP 311 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? metalc ? metalc23 D O GLY 265 D GLY 329 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc24 D O GLY 267 D GLY 331 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 235 n n C1 O1 NAG sing 236 n n C1 O5 NAG sing 237 n n C1 H1 NAG sing 238 n n C2 C3 NAG sing 239 n n C2 N2 NAG sing 240 n n C2 H2 NAG sing 241 n n C3 C4 NAG sing 242 n n C3 O3 NAG sing 243 n n C3 H3 NAG sing 244 n n C4 C5 NAG sing 245 n n C4 O4 NAG sing 246 n n C4 H4 NAG sing 247 n n C5 C6 NAG sing 248 n n C5 O5 NAG sing 249 n n C5 H5 NAG sing 250 n n C6 O6 NAG sing 251 n n C6 H61 NAG sing 252 n n C6 H62 NAG sing 253 n n C7 C8 NAG sing 254 n n C7 N2 NAG sing 255 n n C7 O7 NAG doub 256 n n C8 H81 NAG sing 257 n n C8 H82 NAG sing 258 n n C8 H83 NAG sing 259 n n N2 HN2 NAG sing 260 n n O1 HO1 NAG sing 261 n n O3 HO3 NAG sing 262 n n O4 HO4 NAG sing 263 n n O6 HO6 NAG sing 264 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 4MC7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008105 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006084 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004653 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NAG A 1 501 5000 NAG NAG . F 3 CA A 1 502 801 CA CA . G 3 CA A 1 503 805 CA CA . H 2 NAG B 1 501 5000 NAG NAG . I 3 CA B 1 502 802 CA CA . J 2 NAG C 1 501 5000 NAG NAG . K 3 CA C 1 502 803 CA CA . L 2 NAG D 1 501 5000 NAG NAG . M 3 CA D 1 502 804 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . J 2 63.22 56.052 88.724 1 82.93 ? C1 NAG 501 C 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . J 2 64.74 56.374 88.761 1 81.61 ? C2 NAG 501 C 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . J 2 65.128 57.687 87.993 1 90.96 ? C3 NAG 501 C 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . J 2 64.496 57.783 86.589 1 103.51 ? C4 NAG 501 C 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . J 2 63.022 57.454 86.767 1 86.68 ? C5 NAG 501 C 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . J 2 62.36 57.446 85.41 1 92.61 ? C6 NAG 501 C 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . J 2 65.339 55.13 90.841 1 96.81 ? C7 NAG 501 C 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . J 2 65.9 55.207 92.231 1 75.44 ? C8 NAG 501 C 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . J 2 65.256 56.295 90.14 1 83.5 ? N2 NAG 501 C 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . J 2 66.517 57.878 87.792 1 79.32 ? O3 NAG 501 C 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . J 2 64.684 59.036 85.901 1 97.24 ? O4 NAG 501 C 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . J 2 62.865 56.164 87.352 1 78.46 ? O5 NAG 501 C 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . J 2 61.067 56.961 85.68 1 108.49 ? O6 NAG 501 C 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . J 2 64.982 54.007 90.429 1 101.78 ? O7 NAG 501 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 292 _model_server_stats.encode_time_ms 15 _model_server_stats.element_count 14 #