data_4MC7 # _model_server_result.job_id BzxBT35qhmJUWTWOs9hKoA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-08 08:58:23' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4mc7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":502}' # _entry.id 4MC7 # _exptl.entry_id 4MC7 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4MC7 _cell.length_a 123.374 _cell.length_b 164.358 _cell.length_c 214.912 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4MC7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 I N N ? 3 K N N ? 3 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 21 A CYS 85 1_555 A SG CYS 336 A CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 53 A CYS 117 1_555 A SG CYS 58 A CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 110 A CYS 174 1_555 A SG CYS 154 A CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 156 A CYS 220 1_555 A SG CYS 161 A CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 204 A CYS 268 1_555 A SG CYS 213 A CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 241 A CYS 305 1_555 A SG CYS 258 A CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 340 A CYS 404 1_555 A SG CYS 362 A CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 21 B CYS 85 1_555 B SG CYS 336 B CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 53 B CYS 117 1_555 B SG CYS 58 B CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 110 B CYS 174 1_555 B SG CYS 154 B CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 156 B CYS 220 1_555 B SG CYS 161 B CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 204 B CYS 268 1_555 B SG CYS 213 B CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 241 B CYS 305 1_555 B SG CYS 258 B CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 340 B CYS 404 1_555 B SG CYS 362 B CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 21 C CYS 85 1_555 C SG CYS 336 C CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf16 C SG CYS 53 C CYS 117 1_555 C SG CYS 58 C CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 110 C CYS 174 1_555 C SG CYS 154 C CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? disulf ? disulf18 C SG CYS 156 C CYS 220 1_555 C SG CYS 161 C CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? disulf ? disulf19 C SG CYS 204 C CYS 268 1_555 C SG CYS 213 C CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? disulf ? disulf20 C SG CYS 241 C CYS 305 1_555 C SG CYS 258 C CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf21 C SG CYS 340 C CYS 404 1_555 C SG CYS 362 C CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? disulf ? disulf22 D SG CYS 21 D CYS 85 1_555 D SG CYS 336 D CYS 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf23 D SG CYS 53 D CYS 117 1_555 D SG CYS 58 D CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf24 D SG CYS 110 D CYS 174 1_555 D SG CYS 154 D CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf25 D SG CYS 156 D CYS 220 1_555 D SG CYS 161 D CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf26 D SG CYS 204 D CYS 268 1_555 D SG CYS 213 D CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf27 D SG CYS 241 D CYS 305 1_555 D SG CYS 258 D CYS 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf28 D SG CYS 340 D CYS 404 1_555 D SG CYS 362 D CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 183 A ASN 247 1_555 E C1 NAG . A NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 183 B ASN 247 1_555 H C1 NAG . B NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale3 C ND2 ASN 183 C ASN 247 1_555 J C1 NAG . C NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? covale ? covale4 D ND2 ASN 183 D ASN 247 1_555 L C1 NAG . D NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 96 A ASP 160 1_555 G CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc2 A O ASN 217 A ASN 281 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc3 A O ASP 221 A ASP 285 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 247 A ASP 311 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc5 A O GLY 265 A GLY 329 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc6 A O GLY 267 A GLY 331 1_555 F CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc7 G CA CA . A CA 503 1_555 B OD2 ASP 96 B ASP 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc8 G CA CA . A CA 503 1_555 C OD2 ASP 96 C ASP 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc9 G CA CA . A CA 503 1_555 D OD2 ASP 96 D ASP 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc10 B O ASN 217 B ASN 281 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc11 B O ASP 221 B ASP 285 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 247 B ASP 311 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc13 B O GLY 265 B GLY 329 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc14 B O GLY 267 B GLY 331 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc15 C O ASN 217 C ASN 281 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc16 C O ASP 221 C ASP 285 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 247 C ASP 311 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc18 C O GLY 265 C GLY 329 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc19 C O GLY 267 C GLY 331 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc20 D O ASN 217 D ASN 281 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc21 D O ASP 221 D ASP 285 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc22 D OD2 ASP 247 D ASP 311 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? metalc ? metalc23 D O GLY 265 D GLY 329 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc24 D O GLY 267 D GLY 331 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4MC7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008105 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006084 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004653 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NAG A 1 501 5000 NAG NAG . F 3 CA A 1 502 801 CA CA . G 3 CA A 1 503 805 CA CA . H 2 NAG B 1 501 5000 NAG NAG . I 3 CA B 1 502 802 CA CA . J 2 NAG C 1 501 5000 NAG NAG . K 3 CA C 1 502 803 CA CA . L 2 NAG D 1 501 5000 NAG NAG . M 3 CA D 1 502 804 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 4.284 _atom_site.Cartn_y 71.389 _atom_site.Cartn_z 65.625 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 42.96 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 274 _model_server_stats.encode_time_ms 17 _model_server_stats.element_count 1 #