data_4MD9 # _model_server_result.job_id c7ikrh1P2YFo5lOFGXA6vA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 01:35:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4md9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":301}' # _entry.id 4MD9 # _exptl.entry_id 4MD9 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 119.22 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4MD9 _cell.length_a 283.924 _cell.length_b 115.707 _cell.length_c 208.223 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4MD9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 3 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,Q,R 1 1 C,D,H,K,S,T 2 1 G,N,O,P,W,X 3 1 I,J,L,M,U,V 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 109 A CYS 109 1_555 Q ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 114 A CYS 114 1_555 Q ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 137 A CYS 137 1_555 Q ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 140 A CYS 140 1_555 Q ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 109 B CYS 109 1_555 R ZN ZN . B ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 114 B CYS 114 1_555 R ZN ZN . B ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 137 B CYS 137 1_555 R ZN ZN . B ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 140 B CYS 140 1_555 R ZN ZN . B ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 109 C CYS 109 1_555 S ZN ZN . C ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc10 C SG CYS 114 C CYS 114 1_555 S ZN ZN . C ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 137 C CYS 137 1_555 S ZN ZN . C ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 140 C CYS 140 1_555 S ZN ZN . C ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc13 D SG CYS 109 D CYS 109 1_555 T ZN ZN . D ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc14 D SG CYS 114 D CYS 114 1_555 T ZN ZN . D ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc15 D SG CYS 137 D CYS 137 1_555 T ZN ZN . D ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc16 D SG CYS 140 D CYS 140 1_555 T ZN ZN . D ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc17 I SG CYS 109 I CYS 109 1_555 U ZN ZN . I ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc18 I SG CYS 114 I CYS 114 1_555 U ZN ZN . I ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc19 I SG CYS 137 I CYS 137 1_555 U ZN ZN . I ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc20 I SG CYS 140 I CYS 140 1_555 U ZN ZN . I ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc21 J SG CYS 109 J CYS 109 1_555 V ZN ZN . J ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc22 J SG CYS 114 J CYS 114 1_555 V ZN ZN . J ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc23 J SG CYS 137 J CYS 137 1_555 V ZN ZN . J ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc24 J SG CYS 140 J CYS 140 1_555 V ZN ZN . J ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc25 N SG CYS 109 N CYS 109 1_555 W ZN ZN . N ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc26 N SG CYS 114 N CYS 114 1_555 W ZN ZN . N ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc27 N SG CYS 137 N CYS 137 1_555 W ZN ZN . N ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc28 N SG CYS 140 N CYS 140 1_555 W ZN ZN . N ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? metalc ? metalc29 O SG CYS 109 O CYS 109 1_555 X ZN ZN . O ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc30 O SG CYS 114 O CYS 114 1_555 X ZN ZN . O ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc31 O SG CYS 137 O CYS 137 1_555 X ZN ZN . O ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc32 O SG CYS 140 O CYS 140 1_555 X ZN ZN . O ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4MD9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003522 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00197 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008643 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005503 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 3 ZN A 1 301 216 ZN ZN . R 3 ZN B 1 301 216 ZN ZN . S 3 ZN C 1 301 216 ZN ZN . T 3 ZN D 1 301 216 ZN ZN . U 3 ZN I 1 301 216 ZN ZN . V 3 ZN J 1 301 216 ZN ZN . W 3 ZN N 1 301 216 ZN ZN . X 3 ZN O 1 301 216 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id W _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -5.467 _atom_site.Cartn_y -29.347 _atom_site.Cartn_z -28.951 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 73.66 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id N _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 69 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 45 _model_server_stats.query_time_ms 283 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #