data_4NA4
#
_model_server_result.job_id            DoUQYK5wzDfRcfcEF3Mn6w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 23:55:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4na4 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":1003}' 
#
_entry.id    4NA4 
#
_exptl.entry_id    4NA4 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              126.904 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IODIDE ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4NA4 
_cell.length_a            188.949 
_cell.length_b            55.569 
_cell.length_c            165.993 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4NA4 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,E,F,L 1 1 
B,G,H,M 2 1 
C,I,J,K,N 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLU 16 A GLU 453 1_555 A N MSE 17 A MSE 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale2 A C MSE 17 A MSE 454 1_555 A N ARG 18 A ARG 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale3 A C LYS 19 A LYS 456 1_555 A N MSE 20 A MSE 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale4 A C MSE 20 A MSE 457 1_555 A N PRO 21 A PRO 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? 
covale ? covale5 A C LYS 68 A LYS 505 1_555 A N MSE 69 A MSE 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale6 A C MSE 69 A MSE 506 1_555 A N PRO 70 A PRO 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale7 A C ASP 152 A ASP 589 1_555 A N MSE 153 A MSE 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale8 A C MSE 153 A MSE 590 1_555 A N VAL 154 A VAL 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale9 A C LYS 174 A LYS 611 1_555 A N MSE 175 A MSE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale10 A C MSE 175 A MSE 612 1_555 A N ASN 176 A ASN 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale11 A C THR 180 A THR 617 1_555 A N MSE 181 A MSE 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale12 A C MSE 181 A MSE 618 1_555 A N SER 182 A SER 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale13 A C GLY 288 A GLY 725 1_555 A N MSE 289 A MSE 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale14 A C MSE 289 A MSE 726 1_555 A N LEU 290 A LEU 727 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale15 A C LEU 463 A LEU 900 1_555 A N MSE 464 A MSE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale16 A C MSE 464 A MSE 901 1_555 A N ARG 465 A ARG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale17 A C SER 469 A SER 906 1_555 A N MSE 470 A MSE 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale18 A C MSE 470 A MSE 907 1_555 A N HIS 471 A HIS 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale19 B C GLU 16 B GLU 453 1_555 B N MSE 17 B MSE 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale20 B C MSE 17 B MSE 454 1_555 B N ARG 18 B ARG 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale21 B C LYS 19 B LYS 456 1_555 B N MSE 20 B MSE 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale22 B C MSE 20 B MSE 457 1_555 B N PRO 21 B PRO 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? 
covale ? covale23 B C LYS 68 B LYS 505 1_555 B N MSE 69 B MSE 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale24 B C MSE 69 B MSE 506 1_555 B N PRO 70 B PRO 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale25 B C ASP 152 B ASP 589 1_555 B N MSE 153 B MSE 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale26 B C MSE 153 B MSE 590 1_555 B N VAL 154 B VAL 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale27 B C LYS 174 B LYS 611 1_555 B N MSE 175 B MSE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale28 B C MSE 175 B MSE 612 1_555 B N ASN 176 B ASN 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale29 B C THR 180 B THR 617 1_555 B N MSE 181 B MSE 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale30 B C MSE 181 B MSE 618 1_555 B N SER 182 B SER 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale31 B C GLY 288 B GLY 725 1_555 B N MSE 289 B MSE 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale32 B C MSE 289 B MSE 726 1_555 B N LEU 290 B LEU 727 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale33 B C LEU 463 B LEU 900 1_555 B N MSE 464 B MSE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale34 B C MSE 464 B MSE 901 1_555 B N ARG 465 B ARG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale35 B C SER 469 B SER 906 1_555 B N MSE 470 B MSE 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale36 B C MSE 470 B MSE 907 1_555 B N HIS 471 B HIS 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale37 C C GLU 16 C GLU 453 1_555 C N MSE 17 C MSE 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale38 C C MSE 17 C MSE 454 1_555 C N ARG 18 C ARG 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale39 C C LYS 19 C LYS 456 1_555 C N MSE 20 C MSE 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale40 C C MSE 20 C MSE 457 1_555 C N PRO 21 C PRO 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale41 C C LYS 68 C LYS 505 1_555 C N MSE 69 C MSE 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale42 C C MSE 69 C MSE 506 1_555 C N PRO 70 C PRO 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale43 C C ASP 152 C ASP 589 1_555 C N MSE 153 C MSE 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale44 C C MSE 153 C MSE 590 1_555 C N VAL 154 C VAL 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale45 C C LYS 174 C LYS 611 1_555 C N MSE 175 C MSE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale46 C C MSE 175 C MSE 612 1_555 C N ASN 176 C ASN 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale47 C C THR 180 C THR 617 1_555 C N MSE 181 C MSE 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale48 C C MSE 181 C MSE 618 1_555 C N SER 182 C SER 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale49 C C GLY 288 C GLY 725 1_555 C N MSE 289 C MSE 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale50 C C MSE 289 C MSE 726 1_555 C N LEU 290 C LEU 727 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale51 C C LEU 463 C LEU 900 1_555 C N MSE 464 C MSE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale52 C C MSE 464 C MSE 901 1_555 C N ARG 465 C ARG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale53 C C SER 469 C SER 906 1_555 C N MSE 470 C MSE 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale54 C C MSE 470 C MSE 907 1_555 C N HIS 471 C HIS 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
#
_chem_comp.formula           'I -1' 
_chem_comp.formula_weight    126.904 
_chem_comp.id                IOD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IODIDE ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4NA4 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005292 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.017996 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006024 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 A1R A 1 1001 1 A1R A1R . 
E 3 IOD A 1 1002 1 IOD IOD . 
F 3 IOD A 1 1003 2 IOD IOD . 
G 2 A1R B 1 1001 1 A1R A1R . 
H 3 IOD B 1 1002 4 IOD IOD . 
I 2 A1R C 1 1001 1 A1R A1R . 
J 3 IOD C 1 1002 5 IOD IOD . 
K 3 IOD C 1 1003 6 IOD IOD . 
L 4 HOH A 1 1101 1 HOH HOH . 
L 4 HOH A 2 1102 2 HOH HOH . 
L 4 HOH A 3 1103 3 HOH HOH . 
L 4 HOH A 4 1104 5 HOH HOH . 
L 4 HOH A 5 1105 7 HOH HOH . 
L 4 HOH A 6 1106 8 HOH HOH . 
L 4 HOH A 7 1107 11 HOH HOH . 
L 4 HOH A 8 1108 15 HOH HOH . 
L 4 HOH A 9 1109 16 HOH HOH . 
L 4 HOH A 10 1110 17 HOH HOH . 
L 4 HOH A 11 1111 18 HOH HOH . 
L 4 HOH A 12 1112 21 HOH HOH . 
L 4 HOH A 13 1113 23 HOH HOH . 
L 4 HOH A 14 1114 25 HOH HOH . 
L 4 HOH A 15 1115 26 HOH HOH . 
L 4 HOH A 16 1116 29 HOH HOH . 
L 4 HOH A 17 1117 37 HOH HOH . 
L 4 HOH A 18 1118 46 HOH HOH . 
L 4 HOH A 19 1119 50 HOH HOH . 
L 4 HOH A 20 1120 56 HOH HOH . 
L 4 HOH A 21 1121 61 HOH HOH . 
L 4 HOH A 22 1122 64 HOH HOH . 
L 4 HOH A 23 1123 70 HOH HOH . 
L 4 HOH A 24 1124 71 HOH HOH . 
L 4 HOH A 25 1125 72 HOH HOH . 
L 4 HOH A 26 1126 73 HOH HOH . 
L 4 HOH A 27 1127 79 HOH HOH . 
L 4 HOH A 28 1128 80 HOH HOH . 
L 4 HOH A 29 1129 81 HOH HOH . 
L 4 HOH A 30 1130 88 HOH HOH . 
L 4 HOH A 31 1131 89 HOH HOH . 
L 4 HOH A 32 1132 90 HOH HOH . 
L 4 HOH A 33 1133 91 HOH HOH . 
L 4 HOH A 34 1134 94 HOH HOH . 
L 4 HOH A 35 1135 99 HOH HOH . 
L 4 HOH A 36 1136 100 HOH HOH . 
L 4 HOH A 37 1137 103 HOH HOH . 
L 4 HOH A 38 1138 106 HOH HOH . 
L 4 HOH A 39 1139 112 HOH HOH . 
L 4 HOH A 40 1140 118 HOH HOH . 
L 4 HOH A 41 1141 128 HOH HOH . 
L 4 HOH A 42 1142 139 HOH HOH . 
L 4 HOH A 43 1143 140 HOH HOH . 
L 4 HOH A 44 1144 141 HOH HOH . 
L 4 HOH A 45 1145 142 HOH HOH . 
M 4 HOH B 1 1101 24 HOH HOH . 
M 4 HOH B 2 1102 39 HOH HOH . 
M 4 HOH B 3 1103 55 HOH HOH . 
M 4 HOH B 4 1104 62 HOH HOH . 
M 4 HOH B 5 1105 76 HOH HOH . 
M 4 HOH B 6 1106 93 HOH HOH . 
N 4 HOH C 1 1101 4 HOH HOH . 
N 4 HOH C 2 1102 6 HOH HOH . 
N 4 HOH C 3 1103 9 HOH HOH . 
N 4 HOH C 4 1104 10 HOH HOH . 
N 4 HOH C 5 1105 12 HOH HOH . 
N 4 HOH C 6 1106 13 HOH HOH . 
N 4 HOH C 7 1107 14 HOH HOH . 
N 4 HOH C 8 1108 19 HOH HOH . 
N 4 HOH C 9 1109 22 HOH HOH . 
N 4 HOH C 10 1110 27 HOH HOH . 
N 4 HOH C 11 1111 30 HOH HOH . 
N 4 HOH C 12 1112 33 HOH HOH . 
N 4 HOH C 13 1113 34 HOH HOH . 
N 4 HOH C 14 1114 35 HOH HOH . 
N 4 HOH C 15 1115 36 HOH HOH . 
N 4 HOH C 16 1116 38 HOH HOH . 
N 4 HOH C 17 1117 42 HOH HOH . 
N 4 HOH C 18 1118 43 HOH HOH . 
N 4 HOH C 19 1119 47 HOH HOH . 
N 4 HOH C 20 1120 51 HOH HOH . 
N 4 HOH C 21 1121 52 HOH HOH . 
N 4 HOH C 22 1122 53 HOH HOH . 
N 4 HOH C 23 1123 54 HOH HOH . 
N 4 HOH C 24 1124 59 HOH HOH . 
N 4 HOH C 25 1125 65 HOH HOH . 
N 4 HOH C 26 1126 67 HOH HOH . 
N 4 HOH C 27 1127 68 HOH HOH . 
N 4 HOH C 28 1128 75 HOH HOH . 
N 4 HOH C 29 1129 78 HOH HOH . 
N 4 HOH C 30 1130 82 HOH HOH . 
N 4 HOH C 31 1131 84 HOH HOH . 
N 4 HOH C 32 1132 85 HOH HOH . 
N 4 HOH C 33 1133 96 HOH HOH . 
N 4 HOH C 34 1134 109 HOH HOH . 
N 4 HOH C 35 1135 114 HOH HOH . 
N 4 HOH C 36 1136 125 HOH HOH . 
N 4 HOH C 37 1137 143 HOH HOH . 
N 4 HOH C 38 1138 144 HOH HOH . 
N 4 HOH C 39 1139 145 HOH HOH . 
N 4 HOH C 40 1140 146 HOH HOH . 
N 4 HOH C 41 1141 147 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           I 
_atom_site.label_atom_id         I 
_atom_site.label_comp_id         IOD 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         K 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               1.66 
_atom_site.Cartn_y               78.489 
_atom_site.Cartn_z               54.311 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        121.05 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          I 
_atom_site.auth_comp_id          IOD 
_atom_site.auth_seq_id           1003 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              27 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    23 
_model_server_stats.query_time_ms           281 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#