data_4NI7 # _model_server_result.job_id pzwTjOowIrmO1Zzi7P1ZPg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:04:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4ni7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":102}' # _entry.id 4NI7 # _exptl.entry_id 4NI7 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 4NI7 _cell.length_a 50.23 _cell.length_b 50.23 _cell.length_c 103.63 _cell.Z_PDB 3 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4NI7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 145 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 75 A CYS 73 1_555 A SG CYS 85 A CYS 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 B O3' DG 2 B DG 2 1_555 B P OMC 3 B OMC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale2 B O3' OMC 3 B OMC 3 1_555 B P DA 4 B DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? covale ? covale3 B O3' DG 5 B DG 5 1_555 B P OMG 6 B OMG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.601 ? covale ? covale4 B O3' OMG 6 B OMG 6 1_555 B P DUZ 7 B DUZ 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.583 ? covale ? covale5 B O3' DUZ 7 B DUZ 7 1_555 B P DUZ 8 B DUZ 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.615 ? covale ? covale6 B O3' DUZ 8 B DUZ 8 1_555 B P UPE 9 B UPE 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? covale ? covale7 B O3' UPE 9 B UPE 9 1_555 B P DG 10 B DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? covale ? covale8 B O3' DG 11 B DG 11 1_555 B P 2JU 12 B 2JU 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.588 ? covale ? covale9 B O3' 2JU 12 B 2JU 12 1_555 B P DA 13 B DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.579 ? covale ? covale10 B O3' DA 13 B DA 13 1_555 B P DUZ 14 B DUZ 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.584 ? covale ? covale11 B O3' DUZ 14 B DUZ 14 1_555 B P DUZ 15 B DUZ 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? covale ? covale12 B O3' DUZ 15 B DUZ 15 1_555 B P A2M 16 B A2M 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.623 ? covale ? covale13 B O3' A2M 16 B A2M 16 1_555 B P DA 17 B DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale ? covale14 B O3' DC 18 B DC 18 1_555 B P A2M 19 B A2M 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? covale ? covale15 B O3' DG 21 B DG 21 1_555 B P DUZ 22 B DUZ 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale ? covale16 B O3' DUZ 22 B DUZ 22 1_555 B P DUZ 23 B DUZ 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? covale ? covale17 B O3' DUZ 23 B DUZ 23 1_555 B P DA 24 B DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? covale ? covale18 B O3' DG 26 B DG 26 1_555 B P DUZ 27 B DUZ 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? covale ? covale19 B O3' DUZ 27 B DUZ 27 1_555 B P OMC 28 B OMC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? covale ? covale20 B O3' OMC 28 B OMC 28 1_555 B P DG 29 B DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.586 ? covale ? covale21 B O3' DG 29 B DG 29 1_555 B P DUZ 30 B DUZ 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? covale ? covale22 B O3' DUZ 30 B DUZ 30 1_555 B P DG 31 B DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? metalc ? metalc1 B O6 DG 1 B DG 1 1_555 C NA NA . B NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc2 B O6 DG 2 B DG 2 1_555 D NA NA . B NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc3 B O6 DG 5 B DG 5 1_555 D NA NA . B NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc4 B O6 OMG 6 B OMG 6 1_555 C NA NA . B NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc5 B O22 UPE 9 B UPE 9 1_555 C NA NA . B NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc6 B O6 DG 10 B DG 10 1_555 C NA NA . B NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc7 B O6 DG 10 B DG 10 1_555 D NA NA . B NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.626 ? metalc ? metalc8 B O6 DG 11 B DG 11 1_555 D NA NA . B NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc9 B O6 DG 31 B DG 31 1_555 D NA NA . B NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc10 B O6 DG 32 B DG 32 1_555 C NA NA . B NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc11 B O6 DG 32 B DG 32 1_555 D NA NA . B NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.11 ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog1 B N1 DG 1 B DG 1 1_555 B O6 OMG 6 B OMG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog2 B N2 DG 1 B DG 1 1_555 B N7 OMG 6 B OMG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog3 B N7 DG 1 B DG 1 1_555 B N2 DG 32 B DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog4 B O6 DG 1 B DG 1 1_555 B N1 DG 32 B DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog5 B N7 DG 2 B DG 2 1_555 B N2 DG 5 B DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog6 B O6 DG 2 B DG 2 1_555 B N1 DG 5 B DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog7 B N1 DG 2 B DG 2 1_555 B O6 DG 31 B DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog8 B N2 DG 2 B DG 2 1_555 B N7 DG 31 B DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog9 B N3 OMC 3 B OMC 3 1_555 B N2 DG 29 B DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog10 B O2 OMC 3 B OMC 3 1_555 B N1 DG 29 B DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog11 B N6 DA 4 B DA 4 1_555 B O6 DG 31 B DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 B N7 DG 5 B DG 5 1_555 B N2 DG 11 B DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 B O6 DG 5 B DG 5 1_555 B N1 DG 11 B DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 B N1 OMG 6 B OMG 6 1_555 B O6 DG 10 B DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 B N2 OMG 6 B OMG 6 1_555 B N7 DG 10 B DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog16 B N1 DG 10 B DG 10 1_555 B O6 DG 32 B DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog17 B N2 DG 10 B DG 10 1_555 B N7 DG 32 B DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 B N7 DG 11 B DG 11 1_555 B N2 DG 31 B DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 B O6 DG 11 B DG 11 1_555 B N1 DG 31 B DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog20 B N6 DA 13 B DA 13 1_555 B N3 DG 26 B DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog21 B N7 DA 13 B DA 13 1_555 B N2 DG 26 B DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog22 B O2 DC 18 B DC 18 1_555 B N1 DG 21 B DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4NI7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019908 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.011494 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.022988 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00965 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 NA B 1 101 1 NA NA . D 3 NA B 1 102 2 NA NA . E 4 HOH A 1 201 1 HOH HOH . E 4 HOH A 2 202 2 HOH HOH . E 4 HOH A 3 203 3 HOH HOH . E 4 HOH A 4 204 5 HOH HOH . E 4 HOH A 5 205 6 HOH HOH . E 4 HOH A 6 206 7 HOH HOH . E 4 HOH A 7 207 8 HOH HOH . E 4 HOH A 8 208 12 HOH HOH . E 4 HOH A 9 209 13 HOH HOH . E 4 HOH A 10 210 14 HOH HOH . E 4 HOH A 11 211 15 HOH HOH . E 4 HOH A 12 212 19 HOH HOH . E 4 HOH A 13 213 20 HOH HOH . E 4 HOH A 14 214 21 HOH HOH . E 4 HOH A 15 215 22 HOH HOH . E 4 HOH A 16 216 27 HOH HOH . E 4 HOH A 17 217 28 HOH HOH . E 4 HOH A 18 218 29 HOH HOH . F 4 HOH B 1 201 4 HOH HOH . F 4 HOH B 2 202 9 HOH HOH . F 4 HOH B 3 203 10 HOH HOH . F 4 HOH B 4 204 11 HOH HOH . F 4 HOH B 5 205 16 HOH HOH . F 4 HOH B 6 206 17 HOH HOH . F 4 HOH B 7 207 18 HOH HOH . F 4 HOH B 8 208 23 HOH HOH . F 4 HOH B 9 209 24 HOH HOH . F 4 HOH B 10 210 25 HOH HOH . F 4 HOH B 11 211 26 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 18.111 _atom_site.Cartn_y 14.343 _atom_site.Cartn_z -0.721 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 40.51 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 102 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 307 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #