data_4NQ3
#
_model_server_result.job_id            2tI3Ea22aH_nPAygdak3Bw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 10:59:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4nq3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    4NQ3 
#
_exptl.entry_id    4NQ3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              128.086 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'BARBITURIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4NQ3 
_cell.length_a            237.866 
_cell.length_b            237.866 
_cell.length_c            105.313 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4NQ3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        98 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 41 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 8_666 -y+1,-x+1,-z+1 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 237.866 237.866 105.313 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C MSE 1 A MSE 1 1_555 A N PRO 2 A PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale2 A C GLN 60 A GLN 60 1_555 A N MSE 61 A MSE 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale3 A C MSE 61 A MSE 61 1_555 A N LEU 62 A LEU 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale4 A C HIS 66 A HIS 66 1_555 A N MSE 67 A MSE 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale5 A C MSE 67 A MSE 67 1_555 A N GLY 68 A GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale6 A C VAL 77 A VAL 77 1_555 A N MSE 78 A MSE 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale7 A C MSE 78 A MSE 78 1_555 A N SER 79 A SER 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale8 A C GLY 85 A GLY 85 1_555 A N MSE 86 A MSE 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale9 A C MSE 86 A MSE 86 1_555 A N SER 87 A SER 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale10 A C ARG 124 A ARG 124 1_555 A N MSE 125 A MSE 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale11 A C MSE 125 A MSE 125 1_555 A N GLY 126 A GLY 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale12 A C ARG 129 A ARG 129 1_555 A N MSE 130 A MSE 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale13 A C MSE 130 A MSE 130 1_555 A N VAL 131 A VAL 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale14 A C ALA 138 A ALA 138 1_555 A N MSE 139 A MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale15 A C MSE 139 A MSE 139 1_555 A N ALA 140 A ALA 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale16 A C ALA 162 A ALA 162 1_555 A N MSE 163 A MSE 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale17 A C MSE 163 A MSE 163 1_555 A N ARG 164 A ARG 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale18 A C SER 183 A SER 183 1_555 A N MSE 184 A MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale19 A C MSE 184 A MSE 184 1_555 A N GLY 185 A GLY 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale20 A C GLY 240 A GLY 240 1_555 A N MSE 241 A MSE 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale21 A C MSE 241 A MSE 241 1_555 A N SER 242 A SER 242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale22 A C VAL 255 A VAL 255 1_555 A N MSE 256 A MSE 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale23 A C MSE 256 A MSE 256 1_555 A N ALA 257 A ALA 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale24 A C THR 300 A THR 300 1_555 A N MSE 301 A MSE 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale25 A C MSE 301 A MSE 301 1_555 A N LEU 302 A LEU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale26 A C THR 354 A THR 354 1_555 A N MSE 355 A MSE 355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale27 B C MSE 1 B MSE 1 1_555 B N PRO 2 B PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? 
covale ? covale28 B C GLN 60 B GLN 60 1_555 B N MSE 61 B MSE 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale29 B C MSE 61 B MSE 61 1_555 B N LEU 62 B LEU 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale30 B C HIS 66 B HIS 66 1_555 B N MSE 67 B MSE 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale31 B C MSE 67 B MSE 67 1_555 B N GLY 68 B GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale32 B C VAL 77 B VAL 77 1_555 B N MSE 78 B MSE 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale33 B C MSE 78 B MSE 78 1_555 B N SER 79 B SER 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale34 B C GLY 85 B GLY 85 1_555 B N MSE 86 B MSE 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale35 B C MSE 86 B MSE 86 1_555 B N SER 87 B SER 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale36 B C ARG 124 B ARG 124 1_555 B N MSE 125 B MSE 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale37 B C MSE 125 B MSE 125 1_555 B N GLY 126 B GLY 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale38 B C ARG 129 B ARG 129 1_555 B N MSE 130 B MSE 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale39 B C MSE 130 B MSE 130 1_555 B N VAL 131 B VAL 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale40 B C ALA 138 B ALA 138 1_555 B N MSE 139 B MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale41 B C MSE 139 B MSE 139 1_555 B N ALA 140 B ALA 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale42 B C ALA 162 B ALA 162 1_555 B N MSE 163 B MSE 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale43 B C MSE 163 B MSE 163 1_555 B N ARG 164 B ARG 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale44 B C SER 183 B SER 183 1_555 B N MSE 184 B MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale45 B C MSE 184 B MSE 184 1_555 B N GLY 185 B GLY 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale46 B C GLY 240 B GLY 240 1_555 B N MSE 241 B MSE 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale47 B C MSE 241 B MSE 241 1_555 B N SER 242 B SER 242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale48 B C VAL 255 B VAL 255 1_555 B N MSE 256 B MSE 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale49 B C MSE 256 B MSE 256 1_555 B N ALA 257 B ALA 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale50 B C THR 300 B THR 300 1_555 B N MSE 301 B MSE 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale51 B C MSE 301 B MSE 301 1_555 B N LEU 302 B LEU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 287 A GLU 287 1_555 K MG MG . A MG 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc2 A O GLY 336 A GLY 336 1_555 K MG MG . A MG 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? 
metalc ? metalc3 A O GLN 339 A GLN 339 1_555 K MG MG . A MG 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 340 A GLY 340 1_555 K MG MG . A MG 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? 
metalc ? metalc5 A O PRO 341 A PRO 341 1_555 K MG MG . A MG 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 344 A GLY 344 1_555 K MG MG . A MG 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc7 L MG MG . A MG 410 1_555 S O HOH . A HOH 530 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? 
metalc ? metalc8 L MG MG . A MG 410 1_555 S O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLU 287 B GLU 287 1_555 R MG MG . B MG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc10 B O GLY 336 B GLY 336 1_555 R MG MG . B MG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc11 B O GLN 339 B GLN 339 1_555 R MG MG . B MG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? 
metalc ? metalc12 B O GLY 340 B GLY 340 1_555 R MG MG . B MG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc13 B O PRO 341 B PRO 341 1_555 R MG MG . B MG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? 
metalc ? metalc14 B O GLY 344 B GLY 344 1_555 R MG MG . B MG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
#
_chem_comp.formula           'C4 H4 N2 O3' 
_chem_comp.formula_weight    128.086 
_chem_comp.id                BR8 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'BARBITURIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 BR8 sing 70 n n 
N1 C6 BR8 sing 71 n n 
C2 O2 BR8 doub 72 n n 
C2 N3 BR8 sing 73 n n 
N3 C4 BR8 sing 74 n n 
C4 O4 BR8 doub 75 n n 
C4 C5 BR8 sing 76 n n 
C5 C6 BR8 sing 77 n n 
C6 O8 BR8 doub 78 n n 
N1 H1 BR8 sing 79 n n 
N3 H3 BR8 sing 80 n n 
C5 H51C BR8 sing 81 n n 
C5 H52C BR8 sing 82 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4NQ3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004204 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004204 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009496 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 BR8 A 1 401 1 BR8 WDL . 
D 3 SO4 A 1 402 1 SO4 SO4 . 
E 3 SO4 A 1 403 2 SO4 SO4 . 
F 3 SO4 A 1 404 3 SO4 SO4 . 
G 3 SO4 A 1 405 4 SO4 SO4 . 
H 3 SO4 A 1 406 6 SO4 SO4 . 
I 3 SO4 A 1 407 13 SO4 SO4 . 
J 2 BR8 A 1 408 1 BR8 WDL . 
K 4 MG A 1 409 1 MG MG . 
L 4 MG A 1 410 1 MG MG . 
M 2 BR8 B 1 401 1 BR8 WDL . 
N 3 SO4 B 1 402 7 SO4 SO4 . 
O 3 SO4 B 1 403 8 SO4 SO4 . 
P 3 SO4 B 1 404 11 SO4 SO4 . 
Q 3 SO4 B 1 405 12 SO4 SO4 . 
R 4 MG B 1 406 1 MG MG . 
S 5 HOH A 1 501 1 HOH HOH . 
S 5 HOH A 2 502 3 HOH HOH . 
S 5 HOH A 3 503 5 HOH HOH . 
S 5 HOH A 4 504 6 HOH HOH . 
S 5 HOH A 5 505 7 HOH HOH . 
S 5 HOH A 6 506 8 HOH HOH . 
S 5 HOH A 7 507 9 HOH HOH . 
S 5 HOH A 8 508 10 HOH HOH . 
S 5 HOH A 9 509 11 HOH HOH . 
S 5 HOH A 10 510 12 HOH HOH . 
S 5 HOH A 11 511 13 HOH HOH . 
S 5 HOH A 12 512 14 HOH HOH . 
S 5 HOH A 13 513 15 HOH HOH . 
S 5 HOH A 14 514 16 HOH HOH . 
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