data_4NUM # _model_server_result.job_id '_l4v8d9a4MmwI5SIev3Oaw' _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 16:22:43' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4num # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":303}' # _entry.id 4NUM # _exptl.entry_id 4NUM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 103.85 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4NUM _cell.length_a 59.751 _cell.length_b 221.152 _cell.length_c 72.239 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4NUM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J 1 1 C,D,K,L,M,N,O,P 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 11 A GLU 11 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 11 A GLU 11 1_555 G CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 67 A ASP 67 1_555 G CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 69 A GLU 69 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 69 A GLU 69 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.114 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 69 A GLU 69 1_555 G CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 100 A ASP 100 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc8 A O MET 101 A MET 101 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 102 A ASN 102 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 103 A ASP 103 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 103 A ASP 103 1_555 G CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc12 A O ASN 104 A ASN 104 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 134 A ASP 134 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 134 A ASP 134 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.11 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 136 A ASP 136 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 136 A ASP 136 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc17 A O ASN 142 A ASN 142 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 194 A ASP 194 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 11 B GLU 11 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc20 B OE2 GLU 11 B GLU 11 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 67 B ASP 67 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc22 B OE2 GLU 69 B GLU 69 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc23 B OE1 GLU 69 B GLU 69 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 100 B ASP 100 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc25 B O MET 101 B MET 101 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASN 102 B ASN 102 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 103 B ASP 103 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 103 B ASP 103 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc29 B O ASN 104 B ASN 104 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 134 B ASP 134 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 134 B ASP 134 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc32 B OD2 ASP 136 B ASP 136 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASP 136 B ASP 136 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc34 B O ASN 142 B ASN 142 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc35 B OD2 ASP 194 B ASP 194 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc36 C OE1 GLU 11 C GLU 11 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc37 C OE2 GLU 11 C GLU 11 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc38 C OD1 ASP 67 C ASP 67 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc39 C OE2 GLU 69 C GLU 69 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc40 C OE1 GLU 69 C GLU 69 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc41 C OD1 ASP 100 C ASP 100 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc42 C O MET 101 C MET 101 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc43 C OD1 ASN 102 C ASN 102 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc44 C OD1 ASP 103 C ASP 103 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc45 C OD2 ASP 103 C ASP 103 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? metalc ? metalc46 C O ASN 104 C ASN 104 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.97 ? metalc ? metalc47 C OD2 ASP 134 C ASP 134 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc48 C OD1 ASP 134 C ASP 134 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? metalc ? metalc49 C OD2 ASP 136 C ASP 136 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc50 C OD1 ASP 136 C ASP 136 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc51 C O ASN 142 C ASN 142 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc52 C OD2 ASP 194 C ASP 194 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc53 D OE1 GLU 11 D GLU 11 1_555 O CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc54 D OE2 GLU 11 D GLU 11 1_555 P CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc55 D OD1 ASP 67 D ASP 67 1_555 P CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc56 D OE2 GLU 69 D GLU 69 1_555 O CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc57 D OE1 GLU 69 D GLU 69 1_555 O CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.179 ? metalc ? metalc58 D OE1 GLU 69 D GLU 69 1_555 P CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc59 D OD1 ASP 100 D ASP 100 1_555 O CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc60 D O MET 101 D MET 101 1_555 O CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc61 D OD1 ASN 102 D ASN 102 1_555 N CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc62 D OD1 ASP 103 D ASP 103 1_555 O CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc63 D OD2 ASP 103 D ASP 103 1_555 P CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? metalc ? metalc64 D O ASN 104 D ASN 104 1_555 N CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc65 D OD2 ASP 134 D ASP 134 1_555 N CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc66 D OD1 ASP 134 D ASP 134 1_555 N CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? metalc ? metalc67 D OD2 ASP 136 D ASP 136 1_555 N CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc68 D OD1 ASP 136 D ASP 136 1_555 O CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc69 D O ASN 142 D ASN 142 1_555 N CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc70 D OD2 ASP 194 D ASP 194 1_555 N CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4NUM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016736 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004125 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004522 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014257 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 CA A 1 301 301 CA CA . F 2 CA A 1 302 302 CA CA . G 2 CA A 1 303 303 CA CA . H 2 CA B 1 301 301 CA CA . I 2 CA B 1 302 302 CA CA . J 2 CA B 1 303 303 CA CA . K 2 CA C 1 301 301 CA CA . L 2 CA C 1 302 302 CA CA . M 2 CA C 1 303 303 CA CA . N 2 CA D 1 301 301 CA CA . O 2 CA D 1 302 302 CA CA . P 2 CA D 1 303 303 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id P _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 11.683 _atom_site.Cartn_y 70.722 _atom_site.Cartn_z 20.881 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 69.51 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 303 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #