data_4NYA # _model_server_result.job_id qKyuAbZK9xGUhZ9DXF-NvQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 01:51:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4nya # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":110}' # _entry.id 4NYA # _exptl.entry_id 4NYA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 164.168 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 5-(azidomethyl)-2-methylpyrimidin-4-amine _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 93.94 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4NYA _cell.length_a 149.73 _cell.length_b 29.89 _cell.length_c 95.43 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4NYA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,T 1 1 B,M,N,O,P,Q,R,S 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 L N N ? 3 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' GTP 1 A GTP 10 1_555 A P G 2 A G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale ? covale2 A O3' U 79 A U 88 1_555 A P CCC 80 A CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? covale ? covale3 B O3' GTP 1 B GTP 10 1_555 B P G 2 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.584 ? covale ? covale4 B O3' U 79 B U 88 1_555 B P CCC 80 B CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.6 ? metalc ? metalc1 A O2' G 31 A G 40 1_555 K MG MG . A MG 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc2 A O3' C 46 A C 55 1_555 C MG MG . A MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc3 A O6 G 51 A G 60 1_555 I MG MG . A MG 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc4 A OP1 C 54 A C 63 1_555 D MG MG . A MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc5 A OP1 C 68 A C 77 1_555 E MG MG . A MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? metalc ? metalc6 A O2' C 68 A C 77 1_555 J MG MG . A MG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc7 A OP1 G 69 A G 78 1_555 J MG MG . A MG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc8 F MG MG . A MG 104 1_555 T O HOH . A HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc9 B OP1 A 52 B A 61 1_555 Q MG MG . B MG 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc10 B O4' C 54 B C 63 1_555 Q MG MG . B MG 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc11 B O5' U 55 B U 64 1_555 P MG MG . B MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc12 B OP2 U 55 B U 64 1_555 P MG MG . B MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc13 B OP2 G 56 B G 65 1_555 P MG MG . B MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc14 B O4 U 59 B U 68 1_555 O MG MG . B MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc15 B O4 U 78 B U 87 1_555 R MG MG . B MG 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 GTP 1 A GTP 10 1_555 A N3 CCC 80 A CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 GTP 1 A GTP 10 1_555 A O2 CCC 80 A CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 GTP 1 A GTP 10 1_555 A N4 CCC 80 A CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog4 A N1 G 2 A G 11 1_555 A O2 U 79 A U 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog5 A O6 G 2 A G 11 1_555 A N3 U 79 A U 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 A 3 A A 12 1_555 A N3 U 78 A U 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N6 A 3 A A 12 1_555 A O4 U 78 A U 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N3 C 4 A C 13 1_555 A N1 G 77 A G 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N4 C 4 A C 13 1_555 A O6 G 77 A G 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O2 C 4 A C 13 1_555 A N2 G 77 A G 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N3 U 5 A U 14 1_555 A N1 A 76 A A 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O4 U 5 A U 14 1_555 A N6 A 76 A A 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N3 C 6 A C 15 1_555 A N1 G 42 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N4 C 6 A C 15 1_555 A O6 G 42 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O2 C 6 A C 15 1_555 A N2 G 42 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N1 G 7 A G 16 1_555 A N3 C 41 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N2 G 7 A G 16 1_555 A O2 C 41 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O6 G 7 A G 16 1_555 A N4 C 41 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog19 A N2 G 7 A G 16 1_555 A N3 A 75 A A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 G 8 A G 17 1_555 A N3 C 40 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N2 G 8 A G 17 1_555 A O2 C 40 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O6 G 8 A G 17 1_555 A N4 C 40 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog23 A N2 G 8 A G 17 1_555 A N3 A 47 A A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N1 G 9 A G 18 1_555 A N3 C 39 A C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N2 G 9 A G 18 1_555 A O2 C 39 A C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O6 G 9 A G 18 1_555 A N4 C 39 A C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog27 A N2 G 10 A G 19 1_555 A N3 G 33 A G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog28 A N3 G 10 A G 19 1_555 A N2 G 33 A G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog29 A N1 G 10 A G 19 1_555 A N1 A 38 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog30 A O6 G 10 A G 19 1_555 A N6 A 38 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N3 U 11 A U 20 1_555 A N1 A 36 A A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A O4 U 11 A U 20 1_555 A N6 A 36 A A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N1 G 12 A G 21 1_555 A N3 C 29 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N2 G 12 A G 21 1_555 A O2 C 29 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O6 G 12 A G 21 1_555 A N4 C 29 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog36 A N2 G 12 A G 21 1_555 A O2 U 62 A U 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N3 C 13 A C 22 1_555 A N1 G 28 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N4 C 13 A C 22 1_555 A O6 G 28 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O2 C 13 A C 22 1_555 A N2 G 28 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N3 C 14 A C 23 1_555 A N1 G 27 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N4 C 14 A C 23 1_555 A O6 G 27 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O2 C 14 A C 23 1_555 A N2 G 27 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog43 A N4 C 15 A C 24 1_555 A N3 G 28 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N3 U 16 A U 25 1_555 A N1 A 26 A A 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A O4 U 16 A U 25 1_555 A N6 A 26 A A 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N3 U 17 A U 26 1_555 A N1 A 25 A A 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A O4 U 17 A U 26 1_555 A N6 A 25 A A 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N3 C 18 A C 27 1_555 A N1 G 24 A G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N4 C 18 A C 27 1_555 A O6 G 24 A G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A O2 C 18 A C 27 1_555 A N2 G 24 A G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_12_PAIR hydrog51 A N3 U 19 A U 28 1_555 A O4 U 23 A U 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_12_PAIR hydrog52 A O4 U 19 A U 28 1_555 A N3 U 23 A U 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog53 A O4 U 19 A U 28 1_555 A N1 G 24 A G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A N1 G 20 A G 29 1_555 B N3 C 21 B C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 A N2 G 20 A G 29 1_555 B O2 C 21 B C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A O6 G 20 A G 29 1_555 B N4 C 21 B C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 A N3 C 21 A C 30 1_555 B N1 G 20 B G 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 A N4 C 21 A C 30 1_555 B O6 G 20 B G 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 A O2 C 21 A C 30 1_555 B N2 G 20 B G 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog60 A N2 G 28 A G 37 1_555 A N1 A 60 A A 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog61 A N3 U 30 A U 39 1_555 A N7 A 34 A A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog62 A O2 U 30 A U 39 1_555 A N6 A 34 A A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog63 A N7 A 44 A A 53 1_555 A N6 A 75 A A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog64 A N6 A 47 A A 56 1_555 A N3 G 74 A G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog65 A N7 A 47 A A 56 1_555 A N2 G 74 A G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 A N3 C 48 A C 57 1_555 A N1 G 73 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 A N4 C 48 A C 57 1_555 A O6 G 73 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 A O2 C 48 A C 57 1_555 A N2 G 73 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 A N3 C 49 A C 58 1_555 A N1 G 72 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 A N4 C 49 A C 58 1_555 A O6 G 72 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 A O2 C 49 A C 58 1_555 A N2 G 72 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 A N3 U 50 A U 59 1_555 A N1 A 71 A A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 A O4 U 50 A U 59 1_555 A N6 A 71 A A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog74 A N1 G 51 A G 60 1_555 A O6 G 69 A G 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog75 A N2 G 51 A G 60 1_555 A N7 G 69 A G 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog76 A N6 A 52 A A 61 1_555 A O2 C 68 A C 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 A N3 C 54 A C 63 1_555 A N1 G 67 A G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 A N4 C 54 A C 63 1_555 A O6 G 67 A G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 A O2 C 54 A C 63 1_555 A N2 G 67 A G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog80 A N3 U 55 A U 64 1_555 A N1 A 66 A A 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog81 A O4 U 55 A U 64 1_555 A N6 A 66 A A 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog82 A N1 G 56 A G 65 1_555 A N3 C 65 A C 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog83 A N2 G 56 A G 65 1_555 A O2 C 65 A C 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog84 A O6 G 56 A G 65 1_555 A N4 C 65 A C 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog85 A N1 G 57 A G 66 1_555 A N3 C 64 A C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog86 A N2 G 57 A G 66 1_555 A O2 C 64 A C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog87 A O6 G 57 A G 66 1_555 A N4 C 64 A C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog88 B N1 GTP 1 B GTP 10 1_555 B N3 CCC 80 B CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog89 B N2 GTP 1 B GTP 10 1_555 B O2 CCC 80 B CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog90 B O6 GTP 1 B GTP 10 1_555 B N4 CCC 80 B CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog91 B N1 G 2 B G 11 1_555 B O2 U 79 B U 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-CCC PAIR' hydrog92 B N1 G 2 B G 11 1_555 B O2 CCC 80 B CCC 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog93 B N3 C 4 B C 13 1_555 B N1 G 77 B G 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog94 B N4 C 4 B C 13 1_555 B O6 G 77 B G 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog95 B O2 C 4 B C 13 1_555 B N2 G 77 B G 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog96 B N3 C 6 B C 15 1_555 B N1 G 42 B G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog97 B N4 C 6 B C 15 1_555 B O6 G 42 B G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog98 B O2 C 6 B C 15 1_555 B N2 G 42 B G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog99 B N1 G 7 B G 16 1_555 B N3 C 41 B C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog100 B N2 G 7 B G 16 1_555 B O2 C 41 B C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog101 B O6 G 7 B G 16 1_555 B N4 C 41 B C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog102 B N2 G 7 B G 16 1_555 B N3 A 75 B A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog103 B N1 G 8 B G 17 1_555 B N3 C 40 B C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog104 B N2 G 8 B G 17 1_555 B O2 C 40 B C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog105 B O6 G 8 B G 17 1_555 B N4 C 40 B C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog106 B N2 G 8 B G 17 1_555 B N3 A 47 B A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog107 B N1 G 9 B G 18 1_555 B N3 C 39 B C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog108 B N2 G 9 B G 18 1_555 B O2 C 39 B C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog109 B O6 G 9 B G 18 1_555 B N4 C 39 B C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog110 B N2 G 10 B G 19 1_555 B N3 G 33 B G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog111 B N3 G 10 B G 19 1_555 B N2 G 33 B G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog112 B N1 G 10 B G 19 1_555 B N1 A 38 B A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog113 B O6 G 10 B G 19 1_555 B N6 A 38 B A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog114 B N3 U 11 B U 20 1_555 B N1 A 36 B A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog115 B O4 U 11 B U 20 1_555 B N6 A 36 B A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog116 B N1 G 12 B G 21 1_555 B N3 C 29 B C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog117 B N2 G 12 B G 21 1_555 B O2 C 29 B C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog118 B O6 G 12 B G 21 1_555 B N4 C 29 B C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog119 B N2 G 12 B G 21 1_555 B O2 U 62 B U 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog120 B N3 C 13 B C 22 1_555 B N1 G 28 B G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog121 B N4 C 13 B C 22 1_555 B O6 G 28 B G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog122 B O2 C 13 B C 22 1_555 B N2 G 28 B G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog123 B N3 C 14 B C 23 1_555 B N1 G 27 B G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog124 B N4 C 14 B C 23 1_555 B O6 G 27 B G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog125 B O2 C 14 B C 23 1_555 B N2 G 27 B G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog126 B N4 C 15 B C 24 1_555 B N3 G 28 B G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog127 B N3 U 16 B U 25 1_555 B N1 A 26 B A 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog128 B O4 U 16 B U 25 1_555 B N6 A 26 B A 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog129 B N3 U 17 B U 26 1_555 B N1 A 25 B A 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog130 B O4 U 17 B U 26 1_555 B N6 A 25 B A 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog131 B N3 C 18 B C 27 1_555 B N1 G 24 B G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog132 B N4 C 18 B C 27 1_555 B O6 G 24 B G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog133 B O2 C 18 B C 27 1_555 B N2 G 24 B G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog134 B N2 G 28 B G 37 1_555 B N1 A 60 B A 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog135 B N3 U 30 B U 39 1_555 B N7 A 34 B A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog136 B O2 U 30 B U 39 1_555 B N6 A 34 B A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog137 B N7 A 44 B A 53 1_555 B N6 A 75 B A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog138 B N6 A 47 B A 56 1_555 B N3 G 74 B G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog139 B N7 A 47 B A 56 1_555 B N2 G 74 B G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog140 B N3 C 48 B C 57 1_555 B N1 G 73 B G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog141 B N4 C 48 B C 57 1_555 B O6 G 73 B G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog142 B O2 C 48 B C 57 1_555 B N2 G 73 B G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog143 B N3 C 49 B C 58 1_555 B N1 G 72 B G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog144 B N4 C 49 B C 58 1_555 B O6 G 72 B G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog145 B O2 C 49 B C 58 1_555 B N2 G 72 B G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog146 B N3 U 50 B U 59 1_555 B N1 A 71 B A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog147 B O4 U 50 B U 59 1_555 B N6 A 71 B A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog148 B N1 G 51 B G 60 1_555 B O6 G 69 B G 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog149 B N2 G 51 B G 60 1_555 B N7 G 69 B G 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog150 B N6 A 52 B A 61 1_555 B O2 C 68 B C 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog151 B N3 C 54 B C 63 1_555 B N1 G 67 B G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog152 B N4 C 54 B C 63 1_555 B O6 G 67 B G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog153 B O2 C 54 B C 63 1_555 B N2 G 67 B G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog154 B N3 U 55 B U 64 1_555 B N1 A 66 B A 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog155 B O4 U 55 B U 64 1_555 B N6 A 66 B A 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog156 B N1 G 56 B G 65 1_555 B N3 C 65 B C 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog157 B N2 G 56 B G 65 1_555 B O2 C 65 B C 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog158 B O6 G 56 B G 65 1_555 B N4 C 65 B C 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog159 B N1 G 57 B G 66 1_555 B N3 C 64 B C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog160 B N2 G 57 B G 66 1_555 B O2 C 64 B C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog161 B O6 G 57 B G 66 1_555 B N4 C 64 B C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C6 H8 N6' _chem_comp.formula_weight 164.168 _chem_comp.id 2QB _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 5-(azidomethyl)-2-methylpyrimidin-4-amine _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CAL C2 2QB sing 1 n n N3 C2 2QB doub 2 n y N3 C4 2QB sing 3 n y C2 N1 2QB sing 4 n y NAF NAG 2QB doub 5 n n NAF CAE 2QB sing 6 n n NAG NAH 2QB doub 7 n n C4 NAA 2QB sing 8 n n C4 C5 2QB doub 9 n y N1 C6 2QB doub 10 n y C5 C6 2QB sing 11 n y C5 CAE 2QB sing 12 n n CAE H2 2QB sing 13 n n CAE H3 2QB sing 14 n n C6 H4 2QB sing 15 n n CAL H5 2QB sing 16 n n CAL H6 2QB sing 17 n n CAL H7 2QB sing 18 n n NAA H8 2QB sing 19 n n NAA H9 2QB sing 20 n n # _atom_sites.entry_id 4NYA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006679 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00046 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.033456 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010504 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 MG A 1 101 308 MG MG2 . D 2 MG A 1 102 310 MG MG2 . E 2 MG A 1 103 301 MG MG2 . F 2 MG A 1 104 303 MG MG2 . G 2 MG A 1 105 304 MG MG2 . H 2 MG A 1 106 305 MG MG2 . I 2 MG A 1 107 306 MG MG2 . J 2 MG A 1 108 315 MG MG2 . K 2 MG A 1 109 319 MG MG2 . L 3 2QB A 1 110 1 2QB 2QB . M 2 MG B 1 101 309 MG MG2 . N 2 MG B 1 102 302 MG MG2 . O 2 MG B 1 103 311 MG MG2 . P 2 MG B 1 104 314 MG MG2 . Q 2 MG B 1 105 316 MG MG2 . R 2 MG B 1 106 318 MG MG2 . S 3 2QB B 1 107 2 2QB 2QB . T 4 HOH A 1 201 312 HOH HOH . T 4 HOH A 2 202 313 HOH HOH . T 4 HOH A 3 203 317 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N NAH 2QB . . . L 3 -25.363 -11.528 95.438 1 57.71 ? NAH 2QB 110 A 1 HETATM 2 N NAG 2QB . . . L 3 -24.28 -11.814 95.402 1 56.84 ? NAG 2QB 110 A 1 HETATM 3 N NAF 2QB . . . L 3 -23.196 -12.097 95.362 1 53.62 ? NAF 2QB 110 A 1 HETATM 4 C CAE 2QB . . . L 3 -22.338 -11.479 96.383 1 51.07 ? CAE 2QB 110 A 1 HETATM 5 C C5 2QB . . . L 3 -21.725 -10.349 95.856 1 48.56 ? C5 2QB 110 A 1 HETATM 6 C C6 2QB . . . L 3 -22.345 -9.11 95.965 1 48.85 ? C6 2QB 110 A 1 HETATM 7 N N1 2QB . . . L 3 -21.588 -7.961 95.707 1 49.99 ? N1 2QB 110 A 1 HETATM 8 C C2 2QB . . . L 3 -20.3 -8.058 95.352 1 48.34 ? C2 2QB 110 A 1 HETATM 9 C CAL 2QB . . . L 3 -19.583 -6.91 95.037 1 47.58 ? CAL 2QB 110 A 1 HETATM 10 N N3 2QB . . . L 3 -19.709 -9.256 95.231 1 47.58 ? N3 2QB 110 A 1 HETATM 11 C C4 2QB . . . L 3 -20.389 -10.386 95.474 1 47.4 ? C4 2QB 110 A 1 HETATM 12 N NAA 2QB . . . L 3 -19.76 -11.547 95.62 1 47.48 ? NAA 2QB 110 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 239 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 12 #