data_4NYF # _model_server_result.job_id AKRQH6h1ojFzKDd7xgb5gg _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 18:23:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4nyf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":302}' # _entry.id 4NYF # _exptl.entry_id 4NYF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 112.411 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CADMIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4NYF _cell.length_a 59.77 _cell.length_b 62.45 _cell.length_c 81.32 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4NYF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 23 A CYS 65 1_555 D CD CD . A CD 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 23 A CYS 65 1_555 E CD CD . A CD 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc3 A NE2 HIS 25 A HIS 67 1_555 E CD CD . A CD 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 50 A GLU 92 1_555 E CD CD . A CD 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc5 D CD CD . A CD 302 1_555 H O HOH . A HOH 1037 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc6 D CD CD . A CD 302 1_555 H O HOH . A HOH 1055 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 23 B CYS 65 1_555 F CD CD . B CD 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 23 B CYS 65 1_555 G CD CD . B CD 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc9 B NE2 HIS 25 B HIS 67 1_555 G CD CD . B CD 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLU 50 B GLU 92 1_555 G CD CD . B CD 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 74 B ASP 116 1_555 F CD CD . B CD 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc12 F CD CD . B CD 2001 1_555 I O HOH . B HOH 2114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? # _chem_comp.formula 'Cd 2' _chem_comp.formula_weight 112.411 _chem_comp.id CD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CADMIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4NYF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016731 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016013 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012297 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 4BI A 1 301 1 4BI BI . D 3 CD A 1 302 2005 CD CD . E 3 CD A 1 303 2006 CD CD . F 3 CD B 1 2001 2001 CD CD . G 3 CD B 1 2002 2002 CD CD . H 4 HOH A 1 1001 1001 HOH WAT . H 4 HOH A 2 1002 1003 HOH WAT . H 4 HOH A 3 1003 1005 HOH WAT . H 4 HOH A 4 1004 1006 HOH WAT . H 4 HOH A 5 1005 1009 HOH WAT . H 4 HOH A 6 1006 1013 HOH WAT . H 4 HOH A 7 1007 1015 HOH WAT . H 4 HOH A 8 1008 1016 HOH WAT . H 4 HOH A 9 1009 1017 HOH WAT . H 4 HOH A 10 1010 1018 HOH WAT . H 4 HOH A 11 1011 1019 HOH WAT . H 4 HOH A 12 1012 1022 HOH WAT . H 4 HOH A 13 1013 1025 HOH WAT . H 4 HOH A 14 1014 1028 HOH WAT . H 4 HOH A 15 1015 1034 HOH WAT . H 4 HOH A 16 1016 1035 HOH WAT . H 4 HOH A 17 1017 1038 HOH WAT . H 4 HOH A 18 1018 1039 HOH WAT . H 4 HOH A 19 1019 1041 HOH WAT . H 4 HOH A 20 1020 1042 HOH WAT . H 4 HOH A 21 1021 1044 HOH WAT . H 4 HOH A 22 1022 1046 HOH WAT . H 4 HOH A 23 1023 1047 HOH WAT . H 4 HOH A 24 1024 1048 HOH WAT . H 4 HOH A 25 1025 1049 HOH WAT . H 4 HOH A 26 1026 1050 HOH WAT . H 4 HOH A 27 1027 1051 HOH WAT . H 4 HOH A 28 1028 1054 HOH WAT . H 4 HOH A 29 1029 1059 HOH WAT . H 4 HOH A 30 1030 1061 HOH WAT . H 4 HOH A 31 1031 1062 HOH WAT . H 4 HOH A 32 1032 1067 HOH WAT . H 4 HOH A 33 1033 1073 HOH WAT . H 4 HOH A 34 1034 1074 HOH WAT . H 4 HOH A 35 1035 1075 HOH WAT . H 4 HOH A 36 1036 1077 HOH WAT . H 4 HOH A 37 1037 1079 HOH WAT . H 4 HOH A 38 1038 1081 HOH WAT . H 4 HOH A 39 1039 1082 HOH WAT . H 4 HOH A 40 1040 1083 HOH WAT . H 4 HOH A 41 1041 1088 HOH WAT . H 4 HOH A 42 1042 1090 HOH WAT . H 4 HOH A 43 1043 1103 HOH WAT . H 4 HOH A 44 1044 1104 HOH WAT . H 4 HOH A 45 1045 1105 HOH WAT . H 4 HOH A 46 1046 1107 HOH WAT . H 4 HOH A 47 1047 1109 HOH WAT . H 4 HOH A 48 1048 1111 HOH WAT . H 4 HOH A 49 1049 1113 HOH WAT . H 4 HOH A 50 1050 1115 HOH WAT . H 4 HOH A 51 1051 1118 HOH WAT . H 4 HOH A 52 1052 1121 HOH WAT . H 4 HOH A 53 1053 1122 HOH WAT . H 4 HOH A 54 1054 1126 HOH WAT . H 4 HOH A 55 1055 1127 HOH WAT . H 4 HOH A 56 1056 1129 HOH WAT . H 4 HOH A 57 1057 1133 HOH WAT . H 4 HOH A 58 1058 1135 HOH WAT . H 4 HOH A 59 1059 1136 HOH WAT . H 4 HOH A 60 1060 1139 HOH WAT . H 4 HOH A 61 1061 1142 HOH WAT . H 4 HOH A 62 1062 1145 HOH WAT . H 4 HOH A 63 1063 1149 HOH WAT . H 4 HOH A 64 1064 1160 HOH WAT . H 4 HOH A 65 1065 1165 HOH WAT . H 4 HOH A 66 1066 1166 HOH WAT . H 4 HOH A 67 1067 1167 HOH WAT . H 4 HOH A 68 1068 1168 HOH WAT . H 4 HOH A 69 1069 1174 HOH WAT . I 4 HOH B 1 2101 1002 HOH WAT . I 4 HOH B 2 2102 1004 HOH WAT . I 4 HOH B 3 2103 1007 HOH WAT . I 4 HOH B 4 2104 1008 HOH WAT . I 4 HOH B 5 2105 1010 HOH WAT . I 4 HOH B 6 2106 1011 HOH WAT . I 4 HOH B 7 2107 1012 HOH WAT . I 4 HOH B 8 2108 1014 HOH WAT . I 4 HOH B 9 2109 1020 HOH WAT . I 4 HOH B 10 2110 1021 HOH WAT . I 4 HOH B 11 2111 1023 HOH WAT . I 4 HOH B 12 2112 1024 HOH WAT . I 4 HOH B 13 2113 1026 HOH WAT . I 4 HOH B 14 2114 1027 HOH WAT . I 4 HOH B 15 2115 1029 HOH WAT . I 4 HOH B 16 2116 1030 HOH WAT . I 4 HOH B 17 2117 1031 HOH WAT . I 4 HOH B 18 2118 1032 HOH WAT . I 4 HOH B 19 2119 1033 HOH WAT . I 4 HOH B 20 2120 1036 HOH WAT . I 4 HOH B 21 2121 1037 HOH WAT . I 4 HOH B 22 2122 1040 HOH WAT . I 4 HOH B 23 2123 1043 HOH WAT . I 4 HOH B 24 2124 1052 HOH WAT . I 4 HOH B 25 2125 1053 HOH WAT . I 4 HOH B 26 2126 1055 HOH WAT . I 4 HOH B 27 2127 1056 HOH WAT . I 4 HOH B 28 2128 1057 HOH WAT . I 4 HOH B 29 2129 1058 HOH WAT . I 4 HOH B 30 2130 1060 HOH WAT . I 4 HOH B 31 2131 1063 HOH WAT . I 4 HOH B 32 2132 1064 HOH WAT . I 4 HOH B 33 2133 1065 HOH WAT . I 4 HOH B 34 2134 1066 HOH WAT . I 4 HOH B 35 2135 1068 HOH WAT . I 4 HOH B 36 2136 1069 HOH WAT . I 4 HOH B 37 2137 1070 HOH WAT . I 4 HOH B 38 2138 1071 HOH WAT . I 4 HOH B 39 2139 1072 HOH WAT . I 4 HOH B 40 2140 1076 HOH WAT . I 4 HOH B 41 2141 1078 HOH WAT . I 4 HOH B 42 2142 1080 HOH WAT . I 4 HOH B 43 2143 1084 HOH WAT . I 4 HOH B 44 2144 1085 HOH WAT . I 4 HOH B 45 2145 1086 HOH WAT . I 4 HOH B 46 2146 1087 HOH WAT . I 4 HOH B 47 2147 1089 HOH WAT . I 4 HOH B 48 2148 1091 HOH WAT . I 4 HOH B 49 2149 1093 HOH WAT . I 4 HOH B 50 2150 1094 HOH WAT . I 4 HOH B 51 2151 1095 HOH WAT . I 4 HOH B 52 2152 1096 HOH WAT . I 4 HOH B 53 2153 1097 HOH WAT . I 4 HOH B 54 2154 1098 HOH WAT . I 4 HOH B 55 2155 1100 HOH WAT . I 4 HOH B 56 2156 1101 HOH WAT . I 4 HOH B 57 2157 1102 HOH WAT . I 4 HOH B 58 2158 1106 HOH WAT . I 4 HOH B 59 2159 1108 HOH WAT . I 4 HOH B 60 2160 1110 HOH WAT . I 4 HOH B 61 2161 1112 HOH WAT . I 4 HOH B 62 2162 1114 HOH WAT . I 4 HOH B 63 2163 1116 HOH WAT . I 4 HOH B 64 2164 1117 HOH WAT . I 4 HOH B 65 2165 1120 HOH WAT . I 4 HOH B 66 2166 1123 HOH WAT . I 4 HOH B 67 2167 1124 HOH WAT . I 4 HOH B 68 2168 1125 HOH WAT . I 4 HOH B 69 2169 1128 HOH WAT . I 4 HOH B 70 2170 1130 HOH WAT . I 4 HOH B 71 2171 1131 HOH WAT . I 4 HOH B 72 2172 1132 HOH WAT . I 4 HOH B 73 2173 1134 HOH WAT . I 4 HOH B 74 2174 1137 HOH WAT . I 4 HOH B 75 2175 1138 HOH WAT . I 4 HOH B 76 2176 1140 HOH WAT . I 4 HOH B 77 2177 1141 HOH WAT . I 4 HOH B 78 2178 1143 HOH WAT . I 4 HOH B 79 2179 1144 HOH WAT . I 4 HOH B 80 2180 1146 HOH WAT . I 4 HOH B 81 2181 1150 HOH WAT . I 4 HOH B 82 2182 1151 HOH WAT . I 4 HOH B 83 2183 1152 HOH WAT . I 4 HOH B 84 2184 1153 HOH WAT . I 4 HOH B 85 2185 1154 HOH WAT . I 4 HOH B 86 2186 1155 HOH WAT . I 4 HOH B 87 2187 1156 HOH WAT . I 4 HOH B 88 2188 1157 HOH WAT . I 4 HOH B 89 2189 1158 HOH WAT . I 4 HOH B 90 2190 1159 HOH WAT . I 4 HOH B 91 2191 1161 HOH WAT . I 4 HOH B 92 2192 1162 HOH WAT . I 4 HOH B 93 2193 1163 HOH WAT . I 4 HOH B 94 2194 1169 HOH WAT . I 4 HOH B 95 2195 1170 HOH WAT . I 4 HOH B 96 2196 1171 HOH WAT . I 4 HOH B 97 2197 1172 HOH WAT . I 4 HOH B 98 2198 1173 HOH WAT . I 4 HOH B 99 2199 1175 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CD _atom_site.label_atom_id CD _atom_site.label_comp_id CD _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 41.247 _atom_site.Cartn_y 53.683 _atom_site.Cartn_z -7.508 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 55.43 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CD _atom_site.auth_comp_id CD _atom_site.auth_seq_id 302 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 31 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 351 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #