data_4NYG # _model_server_result.job_id Y-RCMoQ0C9ox3rvc_GRUzg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 23:35:34' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4nyg # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":104}' # _entry.id 4NYG # _exptl.entry_id 4NYG _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 4NYG _cell.length_a 61.503 _cell.length_b 61.503 _cell.length_c 103.935 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4NYG _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 153 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 1 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' C 82 A C 90 1_555 A P A23 83 A A23 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? metalc ? metalc1 A O6 G 9 A G 17 1_555 D MG MG . A MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? metalc ? metalc2 A OP2 A 27 A A 35 1_555 F MG MG . A MG 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc3 A OP1 G 32 A G 40 1_555 E MG MG . A MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? metalc ? metalc4 C MG MG . A MG 102 1_555 I O HOH . A HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 107 1_555 I O HOH . A HOH 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 G 1 A G 9 1_555 A N3 C 82 A C 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 G 1 A G 9 1_555 A O2 C 82 A C 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 G 1 A G 9 1_555 A N4 C 82 A C 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 2 A C 10 1_555 A N1 G 81 A G 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 2 A C 10 1_555 A O6 G 81 A G 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 2 A C 10 1_555 A N2 G 81 A G 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 G 3 A G 11 1_555 A N3 C 80 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 G 3 A G 11 1_555 A O2 C 80 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 G 3 A G 11 1_555 A N4 C 80 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N1 A 4 A A 12 1_555 A N3 U 79 A U 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N6 A 4 A A 12 1_555 A O4 U 79 A U 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog12 A O2 C 5 A C 13 1_555 A N2 G 78 A G 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N3 C 7 A C 15 1_555 A N1 G 43 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N4 C 7 A C 15 1_555 A O6 G 43 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O2 C 7 A C 15 1_555 A N2 G 43 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N1 G 8 A G 16 1_555 A N3 C 42 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N2 G 8 A G 16 1_555 A O2 C 42 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O6 G 8 A G 16 1_555 A N4 C 42 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog19 A N2 G 8 A G 16 1_555 A N3 A 76 A A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 G 9 A G 17 1_555 A N3 C 41 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N2 G 9 A G 17 1_555 A O2 C 41 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O6 G 9 A G 17 1_555 A N4 C 41 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog23 A N2 G 9 A G 17 1_555 A N3 A 48 A A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog24 A N1 G 10 A G 18 1_555 A O2 C 40 A C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog25 A N2 G 11 A G 19 1_555 A N3 G 34 A G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog26 A N3 G 11 A G 19 1_555 A N2 G 34 A G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog27 A N1 G 11 A G 19 1_555 A N1 A 39 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog28 A O6 G 11 A G 19 1_555 A N6 A 39 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 U 12 A U 20 1_555 A N1 A 37 A A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O4 U 12 A U 20 1_555 A N6 A 37 A A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N1 G 13 A G 21 1_555 A N3 C 30 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N2 G 13 A G 21 1_555 A O2 C 30 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A O6 G 13 A G 21 1_555 A N4 C 30 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog34 A N2 G 13 A G 21 1_555 A O2 U 63 A U 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog35 A O2 C 14 A C 22 1_555 A N2 G 29 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N3 C 15 A C 23 1_555 A N1 G 28 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N4 C 15 A C 23 1_555 A O6 G 28 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O2 C 15 A C 23 1_555 A N2 G 28 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog39 A N3 U 31 A U 39 1_555 A N7 A 35 A A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog40 A O2 U 31 A U 39 1_555 A N6 A 35 A A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog41 A N7 A 45 A A 53 1_555 A N6 A 76 A A 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog42 A N6 A 48 A A 56 1_555 A N3 G 75 A G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog43 A N7 A 48 A A 56 1_555 A N2 G 75 A G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N3 C 49 A C 57 1_555 A N1 G 74 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N4 C 49 A C 57 1_555 A O6 G 74 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A O2 C 49 A C 57 1_555 A N2 G 74 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N3 C 50 A C 58 1_555 A N1 G 73 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N4 C 50 A C 58 1_555 A O6 G 73 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A O2 C 50 A C 58 1_555 A N2 G 73 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N3 U 51 A U 59 1_555 A N1 A 72 A A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A O4 U 51 A U 59 1_555 A N6 A 72 A A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog52 A N1 G 52 A G 60 1_555 A N3 C 69 A C 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog53 A N2 G 58 A G 66 1_555 A N3 C 65 A C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog54 A N1 G 58 A G 66 1_555 A N3 C 66 A C 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4NYG _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016259 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.009387 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.018775 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009621 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 VIB A 1 101 200 VIB VIB . C 3 MG A 1 102 102 MG MG . D 3 MG A 1 103 103 MG MG . E 3 MG A 1 104 104 MG MG . F 3 MG A 1 105 105 MG MG . G 3 MG A 1 106 108 MG MG . H 3 MG A 1 107 109 MG MG . I 4 HOH A 1 201 110 HOH HOH . I 4 HOH A 2 202 107 HOH HOH . I 4 HOH A 3 203 111 HOH HOH . I 4 HOH A 4 204 101 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -6.349 _atom_site.Cartn_y 4.009 _atom_site.Cartn_z 3.891 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 77.88 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 104 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 261 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #