data_4P5Y # _model_server_result.job_id 7oWJjknCJN-NfHxgXYaRWQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 00:58:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4p5y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":201}' # _entry.id 4P5Y # _exptl.entry_id 4P5Y _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4P5Y _cell.length_a 60.65 _cell.length_b 60.65 _cell.length_c 83.61 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4P5Y _symmetry.cell_setting . _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O ASN 42 A ASN 37 1_555 C CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 45 A ASP 40 1_555 C CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc3 A O ASP 47 A ASP 42 1_555 C CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc4 A O THR 50 A THR 45 1_555 C CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc5 A OG1 THR 50 A THR 45 1_555 C CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc6 A O ALA 160 A ALA 155 1_555 C CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NGA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NGA sing 224 n n C1 O1 NGA sing 225 n n C1 O5 NGA sing 226 n n C1 H1 NGA sing 227 n n C2 C3 NGA sing 228 n n C2 N2 NGA sing 229 n n C2 H2 NGA sing 230 n n C3 C4 NGA sing 231 n n C3 O3 NGA sing 232 n n C3 H3 NGA sing 233 n n C4 C5 NGA sing 234 n n C4 O4 NGA sing 235 n n C4 H4 NGA sing 236 n n C5 C6 NGA sing 237 n n C5 O5 NGA sing 238 n n C5 H5 NGA sing 239 n n C6 O6 NGA sing 240 n n C6 H61 NGA sing 241 n n C6 H62 NGA sing 242 n n C7 C8 NGA sing 243 n n C7 N2 NGA sing 244 n n C7 O7 NGA doub 245 n n C8 H81 NGA sing 246 n n C8 H82 NGA sing 247 n n C8 H83 NGA sing 248 n n N2 HN2 NGA sing 249 n n O1 HO1 NGA sing 250 n n O3 HO3 NGA sing 251 n n O4 HO4 NGA sing 252 n n O6 HO6 NGA sing 253 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 4P5Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016488 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016488 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01196 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NGA A 1 201 1 NGA NGA . C 3 CA A 1 202 1 CA CA . D 4 HOH A 1 301 42 HOH HOH . D 4 HOH A 2 302 46 HOH HOH . D 4 HOH A 3 303 21 HOH HOH . D 4 HOH A 4 304 47 HOH HOH . D 4 HOH A 5 305 20 HOH HOH . D 4 HOH A 6 306 41 HOH HOH . D 4 HOH A 7 307 48 HOH HOH . D 4 HOH A 8 308 29 HOH HOH . D 4 HOH A 9 309 10 HOH HOH . D 4 HOH A 10 310 45 HOH HOH . D 4 HOH A 11 311 44 HOH HOH . D 4 HOH A 12 312 52 HOH HOH . D 4 HOH A 13 313 17 HOH HOH . D 4 HOH A 14 314 5 HOH HOH . D 4 HOH A 15 315 30 HOH HOH . D 4 HOH A 16 316 43 HOH HOH . D 4 HOH A 17 317 1 HOH HOH . D 4 HOH A 18 318 19 HOH HOH . D 4 HOH A 19 319 24 HOH HOH . D 4 HOH A 20 320 2 HOH HOH . D 4 HOH A 21 321 3 HOH HOH . D 4 HOH A 22 322 4 HOH HOH . D 4 HOH A 23 323 6 HOH HOH . D 4 HOH A 24 324 7 HOH HOH . D 4 HOH A 25 325 8 HOH HOH . D 4 HOH A 26 326 9 HOH HOH . D 4 HOH A 27 327 11 HOH HOH . D 4 HOH A 28 328 12 HOH HOH . D 4 HOH A 29 329 13 HOH HOH . D 4 HOH A 30 330 14 HOH HOH . D 4 HOH A 31 331 15 HOH HOH . D 4 HOH A 32 332 16 HOH HOH . D 4 HOH A 33 333 18 HOH HOH . D 4 HOH A 34 334 22 HOH HOH . D 4 HOH A 35 335 23 HOH HOH . D 4 HOH A 36 336 25 HOH HOH . D 4 HOH A 37 337 26 HOH HOH . D 4 HOH A 38 338 27 HOH HOH . D 4 HOH A 39 339 28 HOH HOH . D 4 HOH A 40 340 31 HOH HOH . D 4 HOH A 41 341 32 HOH HOH . D 4 HOH A 42 342 33 HOH HOH . D 4 HOH A 43 343 34 HOH HOH . D 4 HOH A 44 344 35 HOH HOH . D 4 HOH A 45 345 36 HOH HOH . D 4 HOH A 46 346 37 HOH HOH . D 4 HOH A 47 347 38 HOH HOH . D 4 HOH A 48 348 39 HOH HOH . D 4 HOH A 49 349 40 HOH HOH . D 4 HOH A 50 350 49 HOH HOH . D 4 HOH A 51 351 50 HOH HOH . D 4 HOH A 52 352 51 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NGA . . . B 2 -5.047 14.369 13.718 1 39.13 ? C1 NGA 201 A 1 HETATM 2 C C2 NGA . . . B 2 -5.687 15.535 12.968 1 44.26 ? C2 NGA 201 A 1 HETATM 3 C C3 NGA . . . B 2 -6.847 15.017 12.12 1 39.19 ? C3 NGA 201 A 1 HETATM 4 C C4 NGA . . . B 2 -6.368 13.864 11.245 1 33.38 ? C4 NGA 201 A 1 HETATM 5 C C5 NGA . . . B 2 -5.746 12.797 12.132 1 31.65 ? C5 NGA 201 A 1 HETATM 6 C C6 NGA . . . B 2 -5.292 11.566 11.349 1 35.39 ? C6 NGA 201 A 1 HETATM 7 C C7 NGA . . . B 2 -5.421 17.718 14.06 1 47.4 ? C7 NGA 201 A 1 HETATM 8 C C8 NGA . . . B 2 -5.959 18.663 15.098 1 42.79 ? C8 NGA 201 A 1 HETATM 9 N N2 NGA . . . B 2 -6.127 16.598 13.866 1 45.73 ? N2 NGA 201 A 1 HETATM 10 O O1 NGA . . . B 2 -3.89 14.797 14.399 1 43.5 ? O1 NGA 201 A 1 HETATM 11 O O3 NGA . . . B 2 -7.407 16.054 11.337 1 42.57 ? O3 NGA 201 A 1 HETATM 12 O O4 NGA . . . B 2 -5.402 14.329 10.329 1 35.78 ? O4 NGA 201 A 1 HETATM 13 O O5 NGA . . . B 2 -4.654 13.379 12.795 1 42.69 ? O5 NGA 201 A 1 HETATM 14 O O6 NGA . . . B 2 -3.992 11.184 11.755 1 46.15 ? O6 NGA 201 A 1 HETATM 15 O O7 NGA . . . B 2 -4.378 17.997 13.453 1 47.63 ? O7 NGA 201 A 1 HETATM 16 H H1 NGA . . . B 2 -5.76 13.95 14.428 1 46.95 ? H1 NGA 201 A 1 HETATM 17 H H2 NGA . . . B 2 -4.95 15.946 12.28 1 53.11 ? H2 NGA 201 A 1 HETATM 18 H H3 NGA . . . B 2 -7.609 14.615 12.789 1 47.03 ? H3 NGA 201 A 1 HETATM 19 H H4 NGA . . . B 2 -7.225 13.468 10.7 1 40.06 ? H4 NGA 201 A 1 HETATM 20 H H5 NGA . . . B 2 -6.49 12.483 12.864 1 37.99 ? H5 NGA 201 A 1 HETATM 21 H H61 NGA . . . B 2 -5.307 11.789 10.282 1 42.47 ? H61 NGA 201 A 1 HETATM 22 H H62 NGA . . . B 2 -5.985 10.745 11.529 1 42.47 ? H62 NGA 201 A 1 HETATM 23 H H81 NGA . . . B 2 -6.18 19.624 14.634 1 51.34 ? H81 NGA 201 A 1 HETATM 24 H H82 NGA . . . B 2 -5.217 18.801 15.884 1 51.34 ? H82 NGA 201 A 1 HETATM 25 H H83 NGA . . . B 2 -6.871 18.249 15.528 1 51.34 ? H83 NGA 201 A 1 HETATM 26 H HN2 NGA . . . B 2 -7.001 16.471 14.355 1 54.88 ? HN2 NGA 201 A 1 HETATM 27 H HO1 NGA . . . B 2 -3.753 15.754 14.24 1 52.2 ? HO1 NGA 201 A 1 HETATM 28 H HO3 NGA . . . B 2 -6.925 16.89 11.51 1 51.08 ? HO3 NGA 201 A 1 HETATM 29 H HO4 NGA . . . B 2 -5.26 15.29 10.465 1 42.93 ? HO4 NGA 201 A 1 HETATM 30 H HO6 NGA . . . B 2 -3.674 11.798 12.45 1 55.38 ? HO6 NGA 201 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 30 #