data_4P9D # _model_server_result.job_id 66eW2aycH3pmhze6KcLqzQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 19:23:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4p9d # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":201}' # _entry.id 4P9D # _exptl.entry_id 4P9D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4P9D _cell.length_a 75.9 _cell.length_b 79.02 _cell.length_c 126.52 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4P9D _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 L N N ? 2 Q N N ? 2 U N N ? 2 Y N N ? 2 DA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 25 A CYS 22 1_555 A SG CYS 57 A CYS 54 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 25 B CYS 22 1_555 B SG CYS 57 B CYS 54 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 25 C CYS 22 1_555 C SG CYS 57 C CYS 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf4 D SG CYS 25 D CYS 22 1_555 D SG CYS 57 D CYS 54 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 25 E CYS 22 1_555 E SG CYS 57 E CYS 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? disulf ? disulf6 F SG CYS 25 F CYS 22 1_555 F SG CYS 57 F CYS 54 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 55 A ASN 52 1_555 H MG MG . A MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc2 A ND1 HIS 70 A HIS 67 1_555 G ZN ZN . A ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 98 A CYS 95 1_555 G ZN ZN . A ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 101 A CYS 98 1_555 G ZN ZN . A ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc5 G ZN ZN . A ZN 201 1_555 HA O HOH . A HOH 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 202 1_555 I O3A TTP . A TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 202 1_555 I O2B TTP . A TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 202 1_555 I O3G TTP . A TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 202 1_555 HA O HOH . A HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 202 1_555 HA O HOH . A HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASN 55 B ASN 52 1_555 M MG MG . B MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc12 B ND1 HIS 70 B HIS 67 1_555 L ZN ZN . B ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 98 B CYS 95 1_555 L ZN ZN . B ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 101 B CYS 98 1_555 L ZN ZN . B ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc15 L ZN ZN . B ZN 201 1_555 IA O HOH . B HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc16 M MG MG . B MG 202 1_555 O O2G TTP . B TTP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc17 M MG MG . B MG 202 1_555 O O2B TTP . B TTP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc18 M MG MG . B MG 202 1_555 O O2A TTP . B TTP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc19 M MG MG . B MG 202 1_555 IA O HOH . B HOH 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc20 C OD1 ASN 55 C ASN 52 1_555 R MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc21 C ND1 HIS 70 C HIS 67 1_555 Q ZN ZN . C ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc22 C SG CYS 98 C CYS 95 1_555 Q ZN ZN . C ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc23 C SG CYS 101 C CYS 98 1_555 Q ZN ZN . C ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc24 Q ZN ZN . C ZN 201 1_555 JA O HOH . C HOH 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc25 R MG MG . C MG 202 1_555 S O2A TTP . C TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc26 R MG MG . C MG 202 1_555 S O2B TTP . C TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc27 R MG MG . C MG 202 1_555 S O1G TTP . C TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc28 D OD1 ASN 55 D ASN 52 1_555 V MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc29 D ND1 HIS 70 D HIS 67 1_555 U ZN ZN . D ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc30 D SG CYS 98 D CYS 95 1_555 U ZN ZN . D ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc31 D SG CYS 101 D CYS 98 1_555 U ZN ZN . D ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc32 U ZN ZN . D ZN 201 1_555 KA O HOH . D HOH 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc33 V MG MG . D MG 202 1_555 W O2B TTP . D TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc34 V MG MG . D MG 202 1_555 W O2A TTP . D TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc35 V MG MG . D MG 202 1_555 KA O HOH . D HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? metalc ? metalc36 E OD1 ASN 55 E ASN 52 1_555 Z MG MG . E MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc37 E ND1 HIS 70 E HIS 67 1_555 Y ZN ZN . E ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc38 E SG CYS 98 E CYS 95 1_555 Y ZN ZN . E ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc39 E SG CYS 101 E CYS 98 1_555 Y ZN ZN . E ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc40 Y ZN ZN . E ZN 201 1_555 LA O HOH . E HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc41 Z MG MG . E MG 202 1_555 AA O2A TTP . E TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc42 Z MG MG . E MG 202 1_555 AA O2B TTP . E TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc43 Z MG MG . E MG 202 1_555 AA O2G TTP . E TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc44 Z MG MG . E MG 202 1_555 LA O HOH . E HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc45 F OD1 ASN 55 F ASN 52 1_555 EA MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc46 F ND1 HIS 70 F HIS 67 1_555 DA ZN ZN . F ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc47 F SG CYS 98 F CYS 95 1_555 DA ZN ZN . F ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc48 F SG CYS 101 F CYS 98 1_555 DA ZN ZN . F ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc49 DA ZN ZN . F ZN 201 1_555 MA O HOH . F HOH 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc50 EA MG MG . F MG 202 1_555 FA O2A TTP . F TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc51 EA MG MG . F MG 202 1_555 FA O2B TTP . F TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc52 EA MG MG . F MG 202 1_555 FA O3G TTP . F TTP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? metalc ? metalc53 EA MG MG . F MG 202 1_555 MA O HOH . F HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4P9D _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013175 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012655 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007904 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 ZN A 1 201 1111 ZN ZN . H 3 MG A 1 202 1112 MG MG . I 4 TTP A 1 203 200 TTP TTP . J 5 TMP A 1 204 300 TMP TMP . K 6 CL A 1 205 1 CL CL . L 2 ZN B 1 201 1111 ZN ZN . M 3 MG B 1 202 1112 MG MG . N 5 TMP B 1 203 300 TMP TMP . O 4 TTP B 1 204 200 TTP TTP . P 6 CL B 1 205 1 CL CL . Q 2 ZN C 1 201 1111 ZN ZN . R 3 MG C 1 202 1112 MG MG . S 4 TTP C 1 203 200 TTP TTP . T 5 TMP C 1 204 300 TMP TMP . U 2 ZN D 1 201 1111 ZN ZN . V 3 MG D 1 202 1112 MG MG . W 4 TTP D 1 203 200 TTP TTP . X 5 TMP D 1 204 300 TMP TMP . Y 2 ZN E 1 201 1111 ZN ZN . Z 3 MG E 1 202 1112 MG MG . AA 4 TTP E 1 203 200 TTP TTP . BA 5 TMP E 1 204 300 TMP TMP . CA 6 CL E 1 205 1 CL CL . DA 2 ZN F 1 201 1111 ZN ZN . EA 3 MG F 1 202 1112 MG MG . FA 4 TTP F 1 203 200 TTP TTP . GA 5 TMP F 1 204 300 TMP TMP . HA 7 HOH A 1 301 15 HOH HOH . HA 7 HOH A 2 302 2 HOH HOH . HA 7 HOH A 3 303 9 HOH HOH . HA 7 HOH A 4 304 26 HOH HOH . HA 7 HOH A 5 305 36 HOH HOH . IA 7 HOH B 1 301 23 HOH HOH . IA 7 HOH B 2 302 13 HOH HOH . IA 7 HOH B 3 303 1 HOH HOH . IA 7 HOH B 4 304 20 HOH HOH . IA 7 HOH B 5 305 27 HOH HOH . IA 7 HOH B 6 306 32 HOH HOH . IA 7 HOH B 7 307 37 HOH HOH . JA 7 HOH C 1 301 10 HOH HOH . JA 7 HOH C 2 302 6 HOH HOH . JA 7 HOH C 3 303 7 HOH HOH . JA 7 HOH C 4 304 8 HOH HOH . JA 7 HOH C 5 305 17 HOH HOH . JA 7 HOH C 6 306 19 HOH HOH . JA 7 HOH C 7 307 28 HOH HOH . JA 7 HOH C 8 308 40 HOH HOH . KA 7 HOH D 1 301 4 HOH HOH . KA 7 HOH D 2 302 14 HOH HOH . KA 7 HOH D 3 303 18 HOH HOH . KA 7 HOH D 4 304 29 HOH HOH . KA 7 HOH D 5 305 34 HOH HOH . KA 7 HOH D 6 306 38 HOH HOH . LA 7 HOH E 1 301 12 HOH HOH . LA 7 HOH E 2 302 24 HOH HOH . LA 7 HOH E 3 303 30 HOH HOH . LA 7 HOH E 4 304 39 HOH HOH . LA 7 HOH E 5 305 41 HOH HOH . MA 7 HOH F 1 301 16 HOH HOH . MA 7 HOH F 2 302 22 HOH HOH . MA 7 HOH F 3 303 3 HOH HOH . MA 7 HOH F 4 304 5 HOH HOH . MA 7 HOH F 5 305 21 HOH HOH . MA 7 HOH F 6 306 31 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id U _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 32.744 _atom_site.Cartn_y 4.263 _atom_site.Cartn_z 22.875 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 41.31 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 201 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 13 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #