data_4PH5
#
_model_server_result.job_id            '_kcWotkUFApMfgKJJAv91Q' 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 00:24:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4ph5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    4PH5 
#
_exptl.entry_id    4PH5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          107.61 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4PH5 
_cell.length_a            50.613 
_cell.length_b            80.377 
_cell.length_c            55.294 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4PH5 
_symmetry.cell_setting             . 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 E N N 
? 5 F N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B OP1 DG 9 P DG 9 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc2 B O3' DC 10 P DC 10 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc3 B OP1 DC 11 P DC 11 1_555 E MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc4 B OP1 DC 11 P DC 11 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc5 K O HOH . P HOH 101 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc6 C OP1 DC 3 D DC 3 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc7 D O LYS 51 A LYS 60 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc8 D O LEU 53 A LEU 62 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? 
metalc ? metalc9 D O VAL 56 A VAL 65 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc10 D O THR 92 A THR 101 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc11 D O VAL 94 A VAL 103 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? 
metalc ? metalc12 D O ILE 97 A ILE 106 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? 
metalc ? metalc13 D OD1 ASP 181 A ASP 190 1_555 E MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc14 D OD2 ASP 181 A ASP 190 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc15 D OD2 ASP 183 A ASP 192 1_555 E MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? 
metalc ? metalc16 D OD1 ASP 183 A ASP 192 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc17 D OD2 ASP 247 A ASP 256 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc18 E MG MG . A MG 401 1_555 I O1 PO4 . A PO4 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc19 G NA NA . A NA 403 1_555 M O HOH . A HOH 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc20 H NA NA . A NA 404 1_555 M O HOH . A HOH 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.148 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 1 T DC 1 1_555 C N1 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 1 T DC 1 1_555 C O6 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 1 T DC 1 1_555 C N2 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 DC 2 T DC 2 1_555 C N1 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 DC 2 T DC 2 1_555 C O6 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 DC 2 T DC 2 1_555 C N2 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog7 A N1 DG 3 T DG 3 1_555 C O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N1 DA 4 T DA 4 1_555 C N3 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N6 DA 4 T DA 4 1_555 C O4 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N3 DC 5 T DC 5 1_555 C N1 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N4 DC 5 T DC 5 1_555 C O6 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O2 DC 5 T DC 5 1_555 C N2 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N1 DG 6 T DG 6 1_555 B N3 DC 11 P DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N2 DG 6 T DG 6 1_555 B O2 DC 11 P DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O6 DG 6 T DG 6 1_555 B N4 DC 11 P DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DC MISPAIR' hydrog16 A N1 DA 7 T DA 7 1_555 B N4 DC 10 P DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 DC 8 T DC 8 1_555 B N1 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 DC 8 T DC 8 1_555 B O6 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 DC 8 T DC 8 1_555 B N2 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 DG 9 T DG 9 1_555 B N3 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N2 DG 9 T DG 9 1_555 B O2 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O6 DG 9 T DG 9 1_555 B N4 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 DC 10 T DC 10 1_555 B N1 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N4 DC 10 T DC 10 1_555 B O6 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O2 DC 10 T DC 10 1_555 B N2 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 DA 11 T DA 11 1_555 B N3 DT 6 P DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N6 DA 11 T DA 11 1_555 B O4 DT 6 P DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N3 DT 12 T DT 12 1_555 B N1 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O4 DT 12 T DT 12 1_555 B N6 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N3 DC 13 T DC 13 1_555 B N1 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N4 DC 13 T DC 13 1_555 B O6 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A O2 DC 13 T DC 13 1_555 B N2 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N1 DA 14 T DA 14 1_555 B N3 DT 3 P DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N6 DA 14 T DA 14 1_555 B O4 DT 3 P DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N1 DG 15 T DG 15 1_555 B N3 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N2 DG 15 T DG 15 1_555 B O2 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A O6 DG 15 T DG 15 1_555 B N4 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N3 DC 16 T DC 16 1_555 B N1 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N4 DC 16 T DC 16 1_555 B O6 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O2 DC 16 T DC 16 1_555 B N2 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4PH5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.019758 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.006273 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012441 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.018975 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 5 MG A 1 401 339 MG MG . 
F 5 MG A 1 402 340 MG MG . 
G 6 NA A 1 403 341 NA NA . 
H 6 NA A 1 404 342 NA NA . 
I 7 PO4 A 1 405 404 PO4 PO4 . 
J 8 HOH T 1 101 4 HOH HOH . 
J 8 HOH T 2 102 18 HOH HOH . 
J 8 HOH T 3 103 31 HOH HOH . 
J 8 HOH T 4 104 46 HOH HOH . 
J 8 HOH T 5 105 69 HOH HOH . 
J 8 HOH T 6 106 70 HOH HOH . 
K 8 HOH P 1 101 5 HOH HOH . 
K 8 HOH P 2 102 23 HOH HOH . 
K 8 HOH P 3 103 26 HOH HOH . 
K 8 HOH P 4 104 37 HOH HOH . 
K 8 HOH P 5 105 48 HOH HOH . 
K 8 HOH P 6 106 50 HOH HOH . 
K 8 HOH P 7 107 53 HOH HOH . 
L 8 HOH D 1 101 36 HOH HOH . 
M 8 HOH A 1 501 29 HOH HOH . 
M 8 HOH A 2 502 22 HOH HOH . 
M 8 HOH A 3 503 9 HOH HOH . 
M 8 HOH A 4 504 8 HOH HOH . 
M 8 HOH A 5 505 10 HOH HOH . 
M 8 HOH A 6 506 2 HOH HOH . 
M 8 HOH A 7 507 55 HOH HOH . 
M 8 HOH A 8 508 33 HOH HOH . 
M 8 HOH A 9 509 52 HOH HOH . 
M 8 HOH A 10 510 30 HOH HOH . 
M 8 HOH A 11 511 65 HOH HOH . 
M 8 HOH A 12 512 13 HOH HOH . 
M 8 HOH A 13 513 58 HOH HOH . 
M 8 HOH A 14 514 32 HOH HOH . 
M 8 HOH A 15 515 25 HOH HOH . 
M 8 HOH A 16 516 17 HOH HOH . 
M 8 HOH A 17 517 68 HOH HOH . 
M 8 HOH A 18 518 19 HOH HOH . 
M 8 HOH A 19 519 47 HOH HOH . 
M 8 HOH A 20 520 1 HOH HOH . 
M 8 HOH A 21 521 3 HOH HOH . 
M 8 HOH A 22 522 6 HOH HOH . 
M 8 HOH A 23 523 7 HOH HOH . 
M 8 HOH A 24 524 11 HOH HOH . 
M 8 HOH A 25 525 12 HOH HOH . 
M 8 HOH A 26 526 14 HOH HOH . 
M 8 HOH A 27 527 15 HOH HOH . 
M 8 HOH A 28 528 16 HOH HOH . 
M 8 HOH A 29 529 20 HOH HOH . 
M 8 HOH A 30 530 21 HOH HOH . 
M 8 HOH A 31 531 24 HOH HOH . 
M 8 HOH A 32 532 27 HOH HOH . 
M 8 HOH A 33 533 28 HOH HOH . 
M 8 HOH A 34 534 34 HOH HOH . 
M 8 HOH A 35 535 38 HOH HOH . 
M 8 HOH A 36 536 39 HOH HOH . 
M 8 HOH A 37 537 40 HOH HOH . 
M 8 HOH A 38 538 41 HOH HOH . 
M 8 HOH A 39 539 42 HOH HOH . 
M 8 HOH A 40 540 43 HOH HOH . 
M 8 HOH A 41 541 44 HOH HOH . 
M 8 HOH A 42 542 45 HOH HOH . 
M 8 HOH A 43 543 54 HOH HOH . 
M 8 HOH A 44 544 56 HOH HOH . 
M 8 HOH A 45 545 57 HOH HOH . 
M 8 HOH A 46 546 59 HOH HOH . 
M 8 HOH A 47 547 60 HOH HOH . 
M 8 HOH A 48 548 61 HOH HOH . 
M 8 HOH A 49 549 62 HOH HOH . 
M 8 HOH A 50 550 63 HOH HOH . 
M 8 HOH A 51 551 64 HOH HOH . 
M 8 HOH A 52 552 67 HOH HOH . 
M 8 HOH A 53 553 71 HOH HOH . 
M 8 HOH A 54 554 72 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         E 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               -22.715 
_atom_site.Cartn_y               -3.561 
_atom_site.Cartn_z               15.88 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        28.57 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           401 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              9 
_model_server_stats.parse_time_ms           26 
_model_server_stats.create_model_time_ms    3 
_model_server_stats.query_time_ms           319 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           1 
#