data_4PHA # _model_server_result.job_id bChZaGKIiWJ6VIwX4a8P1Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 10:38:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4pha # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":403}' # _entry.id 4PHA # _exptl.entry_id 4PHA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 108.88 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4PHA _cell.length_a 54.44 _cell.length_b 80.71 _cell.length_c 54.834 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4PHA _symmetry.cell_setting . _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 G N N ? 6 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O LYS 54 A LYS 60 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc2 A O LEU 56 A LEU 62 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.952 ? metalc ? metalc3 A O VAL 59 A VAL 65 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc4 A O THR 95 A THR 101 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc5 A O VAL 97 A VAL 103 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc6 A O ILE 100 A ILE 106 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 184 A ASP 190 1_555 E MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 184 A ASP 190 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 186 A ASP 192 1_555 E MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 186 A ASP 192 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 186 A ASP 192 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc12 E MG MG . A MG 401 1_555 I O2B 0KX . A 0KX 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc13 E MG MG . A MG 401 1_555 I O1A 0KX . A 0KX 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? metalc ? metalc14 E MG MG . A MG 401 1_555 I O1G 0KX . A 0KX 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc15 E MG MG . A MG 401 1_555 J O HOH . A HOH 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc16 F MG MG . A MG 402 1_555 I O1A 0KX . A 0KX 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc17 F MG MG . A MG 402 1_555 C O3' DA 10 P DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.996 ? metalc ? metalc18 G NA NA . A NA 403 1_555 J O HOH . A HOH 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.073 ? metalc ? metalc19 G NA NA . A NA 403 1_555 J O HOH . A HOH 548 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc20 G NA NA . A NA 403 1_555 C OP1 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc21 G NA NA . A NA 403 1_555 L O HOH . P HOH 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc22 H NA NA . A NA 404 1_555 D OP1 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.922 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N3 DC 1 T DC 1 1_555 D N1 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N4 DC 1 T DC 1 1_555 D O6 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O2 DC 1 T DC 1 1_555 D N2 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N3 DC 2 T DC 2 1_555 D N1 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N4 DC 2 T DC 2 1_555 D O6 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O2 DC 2 T DC 2 1_555 D N2 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N1 DG 3 T DG 3 1_555 D N3 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N2 DG 3 T DG 3 1_555 D O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B O6 DG 3 T DG 3 1_555 D N4 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N1 DA 4 T DA 4 1_555 D N3 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N6 DA 4 T DA 4 1_555 D O4 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N3 DC 5 T DC 5 1_555 D N1 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N4 DC 5 T DC 5 1_555 D O6 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B O2 DC 5 T DC 5 1_555 D N2 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N3 DT 7 T DT 7 1_555 C N1 DA 10 P DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O4 DT 7 T DT 7 1_555 C N6 DA 10 P DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N3 DC 8 T DC 8 1_555 C N1 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N4 DC 8 T DC 8 1_555 C O6 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B O2 DC 8 T DC 8 1_555 C N2 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N1 DG 9 T DG 9 1_555 C N3 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N2 DG 9 T DG 9 1_555 C O2 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O6 DG 9 T DG 9 1_555 C N4 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 DC 10 T DC 10 1_555 C N1 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 DC 10 T DC 10 1_555 C O6 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 DC 10 T DC 10 1_555 C N2 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N1 DA 11 T DA 11 1_555 C N3 DT 6 P DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N6 DA 11 T DA 11 1_555 C O4 DT 6 P DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B N3 DT 12 T DT 12 1_555 C N1 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B O4 DT 12 T DT 12 1_555 C N6 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B N3 DC 13 T DC 13 1_555 C N1 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N4 DC 13 T DC 13 1_555 C O6 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B O2 DC 13 T DC 13 1_555 C N2 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N1 DA 14 T DA 14 1_555 C N3 DT 3 P DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B N6 DA 14 T DA 14 1_555 C O4 DT 3 P DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N1 DG 15 T DG 15 1_555 C N3 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B N2 DG 15 T DG 15 1_555 C O2 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B O6 DG 15 T DG 15 1_555 C N4 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N3 DC 16 T DC 16 1_555 C N1 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B N4 DC 16 T DC 16 1_555 C O6 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B O2 DC 16 T DC 16 1_555 C N2 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4PHA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018369 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.006283 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01239 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.019274 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MG A 1 401 400 MG MG . F 5 MG A 1 402 401 MG MG . G 6 NA A 1 403 402 NA NA . H 6 NA A 1 404 403 NA NA . I 7 0KX A 1 405 405 0KX 0KX . J 8 HOH A 1 501 46 HOH HOH . J 8 HOH A 2 502 34 HOH HOH . J 8 HOH A 3 503 8 HOH HOH . J 8 HOH A 4 504 17 HOH HOH . J 8 HOH A 5 505 9 HOH HOH . J 8 HOH A 6 506 54 HOH HOH . J 8 HOH A 7 507 35 HOH HOH . J 8 HOH A 8 508 29 HOH HOH . J 8 HOH A 9 509 10 HOH HOH . J 8 HOH A 10 510 57 HOH HOH . J 8 HOH A 11 511 43 HOH HOH . J 8 HOH A 12 512 11 HOH HOH . J 8 HOH A 13 513 27 HOH HOH . J 8 HOH A 14 514 1 HOH HOH . J 8 HOH A 15 515 2 HOH HOH . J 8 HOH A 16 516 3 HOH HOH . J 8 HOH A 17 517 4 HOH HOH . J 8 HOH A 18 518 5 HOH HOH . J 8 HOH A 19 519 7 HOH HOH . J 8 HOH A 20 520 13 HOH HOH . J 8 HOH A 21 521 15 HOH HOH . J 8 HOH A 22 522 16 HOH HOH . J 8 HOH A 23 523 19 HOH HOH . J 8 HOH A 24 524 21 HOH HOH . J 8 HOH A 25 525 22 HOH HOH . J 8 HOH A 26 526 23 HOH HOH . J 8 HOH A 27 527 24 HOH HOH . J 8 HOH A 28 528 25 HOH HOH . J 8 HOH A 29 529 26 HOH HOH . J 8 HOH A 30 530 28 HOH HOH . J 8 HOH A 31 531 32 HOH HOH . J 8 HOH A 32 532 33 HOH HOH . J 8 HOH A 33 533 38 HOH HOH . J 8 HOH A 34 534 40 HOH HOH . J 8 HOH A 35 535 41 HOH HOH . J 8 HOH A 36 536 45 HOH HOH . J 8 HOH A 37 537 48 HOH HOH . J 8 HOH A 38 538 49 HOH HOH . J 8 HOH A 39 539 53 HOH HOH . J 8 HOH A 40 540 56 HOH HOH . J 8 HOH A 41 541 58 HOH HOH . J 8 HOH A 42 542 59 HOH HOH . J 8 HOH A 43 543 61 HOH HOH . J 8 HOH A 44 544 62 HOH HOH . J 8 HOH A 45 545 63 HOH HOH . J 8 HOH A 46 546 66 HOH HOH . J 8 HOH A 47 547 67 HOH HOH . J 8 HOH A 48 548 68 HOH HOH . J 8 HOH A 49 549 69 HOH HOH . J 8 HOH A 50 550 71 HOH HOH . J 8 HOH A 51 551 72 HOH HOH . J 8 HOH A 52 552 73 HOH HOH . J 8 HOH A 53 553 76 HOH HOH . J 8 HOH A 54 554 79 HOH HOH . J 8 HOH A 55 555 80 HOH HOH . K 8 HOH T 1 101 6 HOH HOH . K 8 HOH T 2 102 20 HOH HOH . K 8 HOH T 3 103 31 HOH HOH . K 8 HOH T 4 104 42 HOH HOH . K 8 HOH T 5 105 51 HOH HOH . K 8 HOH T 6 106 78 HOH HOH . L 8 HOH P 1 101 12 HOH HOH . L 8 HOH P 2 102 36 HOH HOH . L 8 HOH P 3 103 77 HOH HOH . L 8 HOH P 4 104 18 HOH HOH . L 8 HOH P 5 105 14 HOH HOH . L 8 HOH P 6 106 30 HOH HOH . L 8 HOH P 7 107 39 HOH HOH . L 8 HOH P 8 108 60 HOH HOH . L 8 HOH P 9 109 70 HOH HOH . L 8 HOH P 10 110 74 HOH HOH . L 8 HOH P 11 111 75 HOH HOH . M 8 HOH D 1 101 47 HOH HOH . M 8 HOH D 2 102 50 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 14.814 _atom_site.Cartn_y -2.086 _atom_site.Cartn_z 24.752 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 20.04 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 403 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 223 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #