data_4PHM
#
_model_server_result.job_id            9noApsfDbbJ8gO5UWSePCA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-04-26 11:25:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4phm 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    4PHM 
#
_exptl.entry_id    4PHM 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              298.156 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '3-(5-bromo-1H-indol-3-yl)-2-thioxopropanoic acid' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          91.23 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4PHM 
_cell.length_a            49.41 
_cell.length_b            79.34 
_cell.length_c            57.26 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4PHM 
_symmetry.cell_setting             . 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 14 A ALA 109 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 17 A ASP 112 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc3 A O GLU 19 A GLU 114 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 24 A GLU 119 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 24 A GLU 119 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASP 42 A ASP 137 1_555 G CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 57 A ASP 152 1_555 E CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 59 A ASP 154 1_555 E CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc9 A OG1 THR 61 A THR 156 1_555 E CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc10 A O LYS 63 A LYS 158 1_555 E CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc11 A OE1 GLU 68 A GLU 163 1_555 E CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc12 A OE2 GLU 68 A GLU 163 1_555 E CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.952 ? 
metalc ? metalc13 A OD1 ASP 87 A ASP 182 1_555 F CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc14 A OD1 ASP 89 A ASP 184 1_555 F CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc15 A OG SER 91 A SER 186 1_555 F CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc16 A O THR 93 A THR 188 1_555 F CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc17 A OE1 GLU 98 A GLU 193 1_555 F CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc18 A OE2 GLU 98 A GLU 193 1_555 F CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? 
metalc ? metalc19 A OD1 ASP 130 A ASP 225 1_555 G CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
metalc ? metalc20 A OD2 ASP 130 A ASP 225 1_555 G CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc21 A OD1 ASP 132 A ASP 227 1_555 G CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc22 A OD2 ASP 132 A ASP 227 1_555 G CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc23 A OD1 ASN 133 A ASN 228 1_555 G CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc24 D CA CA . A CA 302 1_555 M O HOH . A HOH 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc25 D CA CA . A CA 302 1_555 M O HOH . A HOH 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc26 E CA CA . A CA 303 1_555 M O HOH . A HOH 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc27 F CA CA . A CA 304 1_555 M O HOH . A HOH 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc28 G CA CA . A CA 305 1_555 M O HOH . A HOH 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc29 G CA CA . A CA 305 1_555 M O HOH . A HOH 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc30 M O HOH . A HOH 443 1_555 L CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc31 B O ALA 14 B ALA 109 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc32 B OD1 ASP 17 B ASP 112 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc33 B O GLU 19 B GLU 114 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc34 B OE1 GLU 24 B GLU 119 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc35 B OE2 GLU 24 B GLU 119 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? 
metalc ? metalc36 B OD1 ASP 42 B ASP 137 1_555 L CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
metalc ? metalc37 B OD1 ASP 57 B ASP 152 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc38 B OD1 ASP 59 B ASP 154 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc39 B OG1 THR 61 B THR 156 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc40 B O LYS 63 B LYS 158 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc41 B OE1 GLU 68 B GLU 163 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc42 B OE2 GLU 68 B GLU 163 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc43 B OD1 ASP 87 B ASP 182 1_555 K CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc44 B OD1 ASP 89 B ASP 184 1_555 K CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc45 B OG SER 91 B SER 186 1_555 K CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc46 B O THR 93 B THR 188 1_555 K CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc47 B OE1 GLU 98 B GLU 193 1_555 K CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc48 B OE2 GLU 98 B GLU 193 1_555 K CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc49 B OD1 ASP 130 B ASP 225 1_555 L CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc50 B OD2 ASP 130 B ASP 225 1_555 L CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc51 B OD1 ASP 132 B ASP 227 1_555 L CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc52 B OD2 ASP 132 B ASP 227 1_555 L CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc53 B OD1 ASN 133 B ASN 228 1_555 L CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc54 I CA CA . B CA 302 1_555 N O HOH . B HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc55 I CA CA . B CA 302 1_555 N O HOH . B HOH 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc56 J CA CA . B CA 303 1_555 N O HOH . B HOH 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc57 K CA CA . B CA 304 1_555 N O HOH . B HOH 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc58 L CA CA . B CA 305 1_555 N O HOH . B HOH 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H8 Br N O2 S' 
_chem_comp.formula_weight    298.156 
_chem_comp.id                2UD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '3-(5-bromo-1H-indol-3-yl)-2-thioxopropanoic acid' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
BR CAA 2UD sing 1 n n 
CAA CAF 2UD doub 2 n y 
CAA CAB 2UD sing 3 n y 
CAF CAE 2UD sing 4 n y 
CAB CAC 2UD doub 5 n y 
CAE CAD 2UD doub 6 n y 
CAE CAI 2UD sing 7 n y 
CAC CAD 2UD sing 8 n y 
CAJ CAI 2UD sing 9 n n 
CAJ CAK 2UD sing 10 n n 
CAD NAG 2UD sing 11 n y 
CAI CAH 2UD doub 12 n y 
SAL CAK 2UD doub 13 n n 
CAK CAM 2UD sing 14 n n 
NAG CAH 2UD sing 15 n y 
CAM OAN 2UD doub 16 n n 
CAM OAO 2UD sing 17 n n 
OAO H1 2UD sing 18 n n 
CAJ H2 2UD sing 19 n n 
CAJ H3 2UD sing 20 n n 
CAF H4 2UD sing 21 n n 
CAB H5 2UD sing 22 n n 
CAC H6 2UD sing 23 n n 
NAG H7 2UD sing 24 n n 
CAH H8 2UD sing 25 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4PHM 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.020239 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000435 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012604 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.017468 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 2UD A 1 301 270 2UD B5S . 
D 3 CA A 1 302 301 CA CA . 
E 3 CA A 1 303 302 CA CA . 
F 3 CA A 1 304 303 CA CA . 
G 3 CA A 1 305 304 CA CA . 
H 2 2UD B 1 301 270 2UD B5S . 
I 3 CA B 1 302 301 CA CA . 
J 3 CA B 1 303 302 CA CA . 
K 3 CA B 1 304 303 CA CA . 
L 3 CA B 1 305 304 CA CA . 
M 4 HOH A 1 401 536 HOH HOH . 
M 4 HOH A 2 402 486 HOH HOH . 
M 4 HOH A 3 403 446 HOH HOH . 
M 4 HOH A 4 404 523 HOH HOH . 
M 4 HOH A 5 405 488 HOH HOH . 
M 4 HOH A 6 406 537 HOH HOH . 
M 4 HOH A 7 407 519 HOH HOH . 
M 4 HOH A 8 408 515 HOH HOH . 
M 4 HOH A 9 409 419 HOH HOH . 
M 4 HOH A 10 410 532 HOH HOH . 
M 4 HOH A 11 411 474 HOH HOH . 
M 4 HOH A 12 412 443 HOH HOH . 
M 4 HOH A 13 413 505 HOH HOH . 
M 4 HOH A 14 414 497 HOH HOH . 
M 4 HOH A 15 415 493 HOH HOH . 
M 4 HOH A 16 416 487 HOH HOH . 
M 4 HOH A 17 417 517 HOH HOH . 
M 4 HOH A 18 418 526 HOH HOH . 
M 4 HOH A 19 419 550 HOH HOH . 
M 4 HOH A 20 420 407 HOH HOH . 
M 4 HOH A 21 421 533 HOH HOH . 
M 4 HOH A 22 422 450 HOH HOH . 
M 4 HOH A 23 423 507 HOH HOH . 
M 4 HOH A 24 424 535 HOH HOH . 
M 4 HOH A 25 425 430 HOH HOH . 
M 4 HOH A 26 426 457 HOH HOH . 
M 4 HOH A 27 427 438 HOH HOH . 
M 4 HOH A 28 428 403 HOH HOH . 
M 4 HOH A 29 429 538 HOH HOH . 
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