data_4PHT # _model_server_result.job_id pgwr5foj7YAQaK0FAHNN5A _model_server_result.datetime_utc '2024-10-28 02:31:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4pht # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":602}' # _entry.id 4PHT # _exptl.entry_id 4PHT _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 506.196 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 91.41 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4PHT _cell.length_a 226.43 _cell.length_b 133.9 _cell.length_c 93.49 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4PHT _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,G,H,I,P,Q 1 1 C,D,J,K,L,R,S 2 1 E,F,M,N,O,T 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 H N N ? 4 K N N ? 4 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 B OG SER 268 A SER 267 1_555 I MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.84 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 394 A CYS 393 1_555 G ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 397 A CYS 396 1_555 G ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 427 A CYS 426 1_555 G ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 430 A CYS 429 1_555 G ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? metalc ? metalc6 H O2G ANP . A ANP 602 1_555 I MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc7 H O2B ANP . A ANP 602 1_555 I MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc8 D OG SER 268 B SER 267 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 394 B CYS 393 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 397 B CYS 396 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc11 D SG CYS 427 B CYS 426 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc12 D SG CYS 430 B CYS 429 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc13 K O1G ANP . B ANP 602 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc14 K O1B ANP . B ANP 602 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc15 F OG SER 268 C SER 267 1_555 O MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.861 ? metalc ? metalc16 F SG CYS 394 C CYS 393 1_555 M ZN ZN . C ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc17 F SG CYS 397 C CYS 396 1_555 M ZN ZN . C ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc18 F SG CYS 427 C CYS 426 1_555 M ZN ZN . C ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc19 F SG CYS 430 C CYS 429 1_555 M ZN ZN . C ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc20 N O1G ANP . C ANP 602 1_555 O MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc21 N O1B ANP . C ANP 602 1_555 O MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N6 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 506.196 _chem_comp.id ANP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G ANP doub 13 n n PG O2G ANP sing 14 n n PG O3G ANP sing 15 n n PG N3B ANP sing 16 n n O2G HOG2 ANP sing 17 n n O3G HOG3 ANP sing 18 n n PB O1B ANP doub 19 n n PB O2B ANP sing 20 n n PB N3B ANP sing 21 n n PB O3A ANP sing 22 n n O2B HOB2 ANP sing 23 n n N3B HNB1 ANP sing 24 n n PA O1A ANP doub 25 n n PA O2A ANP sing 26 n n PA O3A ANP sing 27 n n PA O5' ANP sing 28 n n O2A HOA2 ANP sing 29 n n O5' C5' ANP sing 30 n n C5' C4' ANP sing 31 n n C5' "H5'1" ANP sing 32 n n C5' "H5'2" ANP sing 33 n n C4' O4' ANP sing 34 n n C4' C3' ANP sing 35 n n C4' H4' ANP sing 36 n n O4' C1' ANP sing 37 n n C3' O3' ANP sing 38 n n C3' C2' ANP sing 39 n n C3' H3' ANP sing 40 n n O3' HO3' ANP sing 41 n n C2' O2' ANP sing 42 n n C2' C1' ANP sing 43 n n C2' H2' ANP sing 44 n n O2' HO2' ANP sing 45 n n C1' N9 ANP sing 46 n n C1' H1' ANP sing 47 n n N9 C8 ANP sing 48 n y N9 C4 ANP sing 49 n y C8 N7 ANP doub 50 n y C8 H8 ANP sing 51 n n N7 C5 ANP sing 52 n y C5 C6 ANP sing 53 n y C5 C4 ANP doub 54 n y C6 N6 ANP sing 55 n n C6 N1 ANP doub 56 n y N6 HN61 ANP sing 57 n n N6 HN62 ANP sing 58 n n N1 C2 ANP sing 59 n y C2 N3 ANP doub 60 n y C2 H2 ANP sing 61 n n N3 C4 ANP sing 62 n y # _atom_sites.entry_id 4PHT _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004416 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000109 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007468 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.0107 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 ZN A 1 601 601 ZN ZN . H 4 ANP A 1 602 701 ANP ANP . I 5 MG A 1 603 702 MG MG . J 3 ZN B 1 601 601 ZN ZN . K 4 ANP B 1 602 701 ANP ANP . L 5 MG B 1 603 702 MG MG . M 3 ZN C 1 601 601 ZN ZN . N 4 ANP C 1 602 701 ANP ANP . O 5 MG C 1 603 702 MG MG . P 6 HOH X 1 301 1 HOH HOH . P 6 HOH X 2 302 6 HOH HOH . P 6 HOH X 3 303 13 HOH HOH . Q 6 HOH A 1 701 9 HOH HOH . R 6 HOH Y 1 301 10 HOH HOH . S 6 HOH B 1 701 14 HOH HOH . S 6 HOH B 2 702 2 HOH HOH . S 6 HOH B 3 703 7 HOH HOH . S 6 HOH B 4 704 8 HOH HOH . S 6 HOH B 5 705 15 HOH HOH . T 6 HOH C 1 701 12 HOH HOH . T 6 HOH C 2 702 3 HOH HOH . T 6 HOH C 3 703 4 HOH HOH . T 6 HOH C 4 704 5 HOH HOH . T 6 HOH C 5 705 11 HOH HOH . T 6 HOH C 6 706 16 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ANP . . . K 4 -76.2 30.307 -6.091 1 40.81 ? PG ANP 602 B 1 HETATM 2 O O1G ANP . . . K 4 -75.653 31.303 -7.189 1 45.32 ? O1G ANP 602 B 1 HETATM 3 O O2G ANP . . . K 4 -77.042 29.138 -6.651 1 45 ? O2G ANP 602 B 1 HETATM 4 O O3G ANP . . . K 4 -75.079 29.844 -5.283 1 41.63 ? O3G ANP 602 B 1 HETATM 5 P PB ANP . . . K 4 -77.079 32.826 -4.896 1 39.66 ? PB ANP 602 B 1 HETATM 6 O O1B ANP . . . K 4 -77.026 33.556 -6.26 1 37.02 ? O1B ANP 602 B 1 HETATM 7 O O2B ANP . . . K 4 -75.915 32.992 -4.01 1 36.08 ? O2B ANP 602 B 1 HETATM 8 N N3B ANP . . . K 4 -77.25 31.222 -5.215 1 40.2 ? N3B ANP 602 B 1 HETATM 9 P PA ANP . . . K 4 -79.765 33.705 -4.909 1 38.87 ? PA ANP 602 B 1 HETATM 10 O O1A ANP . . . K 4 -80.153 32.457 -5.652 1 39.76 ? O1A ANP 602 B 1 HETATM 11 O O2A ANP . . . K 4 -79.657 35.003 -5.634 1 36.1 ? O2A ANP 602 B 1 HETATM 12 O O3A ANP . . . K 4 -78.395 33.368 -4.15 1 38.26 ? O3A ANP 602 B 1 HETATM 13 O O5' ANP . . . K 4 -80.804 33.858 -3.719 1 40.39 ? O5' ANP 602 B 1 HETATM 14 C C5' ANP . . . K 4 -81.38 32.731 -3.04 1 39.36 ? C5' ANP 602 B 1 HETATM 15 C C4' ANP . . . K 4 -82.875 32.936 -3.022 1 40.19 ? C4' ANP 602 B 1 HETATM 16 O O4' ANP . . . K 4 -83.216 33.829 -1.961 1 39.2 ? O4' ANP 602 B 1 HETATM 17 C C3' ANP . . . K 4 -83.456 33.517 -4.299 1 40.01 ? C3' ANP 602 B 1 HETATM 18 O O3' ANP . . . K 4 -84.487 32.624 -4.708 1 42.27 ? O3' ANP 602 B 1 HETATM 19 C C2' ANP . . . K 4 -84.01 34.894 -3.935 1 40.07 ? C2' ANP 602 B 1 HETATM 20 O O2' ANP . . . K 4 -85.322 34.997 -4.468 1 40.82 ? O2' ANP 602 B 1 HETATM 21 C C1' ANP . . . K 4 -83.953 34.941 -2.422 1 40.21 ? C1' ANP 602 B 1 HETATM 22 N N9 ANP . . . K 4 -83.254 36.131 -1.977 1 39.43 ? N9 ANP 602 B 1 HETATM 23 C C8 ANP . . . K 4 -82.002 36.521 -2.363 1 38.46 ? C8 ANP 602 B 1 HETATM 24 N N7 ANP . . . K 4 -81.59 37.642 -1.782 1 38.75 ? N7 ANP 602 B 1 HETATM 25 C C5 ANP . . . K 4 -82.643 38.001 -0.954 1 40.03 ? C5 ANP 602 B 1 HETATM 26 C C6 ANP . . . K 4 -82.85 39.114 -0.058 1 42.05 ? C6 ANP 602 B 1 HETATM 27 N N6 ANP . . . K 4 -81.928 40.089 0.157 1 43.38 ? N6 ANP 602 B 1 HETATM 28 N N1 ANP . . . K 4 -84.035 39.181 0.623 1 43.7 ? N1 ANP 602 B 1 HETATM 29 C C2 ANP . . . K 4 -84.956 38.219 0.426 1 43.16 ? C2 ANP 602 B 1 HETATM 30 N N3 ANP . . . K 4 -84.862 37.163 -0.407 1 40.56 ? N3 ANP 602 B 1 HETATM 31 C C4 ANP . . . K 4 -83.686 37.084 -1.069 1 39.66 ? C4 ANP 602 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 32 _model_server_stats.query_time_ms 317 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 31 #