data_4PI0 # _model_server_result.job_id drPq-ShzbUmIuzEr7i7uOA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 20:29:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4pi0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":501}' # _entry.id 4PI0 # _exptl.entry_id 4PI0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 63.546 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'COPPER (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4PI0 _cell.length_a 116.361 _cell.length_b 184.739 _cell.length_c 188.637 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4PI0 _symmetry.cell_setting . _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 M N N ? 5 N N N ? 5 O N N ? 5 P N N ? 5 Q N N ? 5 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C UNK 1 D UNK 3 1_555 A N UNK 2 D UNK 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? covale ? covale2 A C UNK 2 D UNK 4 1_555 A N UNK 3 D UNK 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? covale ? covale3 A C UNK 3 D UNK 5 1_555 A N UNK 4 D UNK 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale4 A C UNK 4 D UNK 6 1_555 A N UNK 5 D UNK 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale5 A C UNK 5 D UNK 7 1_555 A N UNK 6 D UNK 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale6 A C UNK 6 D UNK 8 1_555 A N UNK 7 D UNK 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale7 A C UNK 7 D UNK 9 1_555 A N UNK 8 D UNK 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? covale ? covale8 A C UNK 8 D UNK 10 1_555 A N UNK 9 D UNK 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.357 ? covale ? covale9 A C UNK 9 D UNK 11 1_555 A N UNK 10 D UNK 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale10 A C UNK 10 D UNK 12 1_555 A N UNK 11 D UNK 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? covale ? covale11 A C UNK 11 D UNK 13 1_555 A N UNK 12 D UNK 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale12 A C UNK 12 D UNK 14 1_555 A N UNK 13 D UNK 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale13 A C UNK 13 D UNK 15 1_555 A N UNK 14 D UNK 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale14 A C UNK 14 D UNK 16 1_555 A N UNK 15 D UNK 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale15 A C UNK 15 D UNK 17 1_555 A N UNK 16 D UNK 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale16 A C UNK 16 D UNK 18 1_555 A N UNK 17 D UNK 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale17 A C UNK 17 D UNK 19 1_555 A N UNK 18 D UNK 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale18 A C UNK 18 D UNK 20 1_555 A N UNK 19 D UNK 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale19 B C UNK 1 H UNK 3 1_555 B N UNK 2 H UNK 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale20 B C UNK 2 H UNK 4 1_555 B N UNK 3 H UNK 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? covale ? covale21 B C UNK 3 H UNK 5 1_555 B N UNK 4 H UNK 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? covale ? covale22 B C UNK 4 H UNK 6 1_555 B N UNK 5 H UNK 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale23 B C UNK 5 H UNK 7 1_555 B N UNK 6 H UNK 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale24 B C UNK 6 H UNK 8 1_555 B N UNK 7 H UNK 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale25 B C UNK 7 H UNK 9 1_555 B N UNK 8 H UNK 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale26 B C UNK 8 H UNK 10 1_555 B N UNK 9 H UNK 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? covale ? covale27 B C UNK 9 H UNK 11 1_555 B N UNK 10 H UNK 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale28 B C UNK 10 H UNK 12 1_555 B N UNK 11 H UNK 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale29 B C UNK 11 H UNK 13 1_555 B N UNK 12 H UNK 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale30 B C UNK 12 H UNK 14 1_555 B N UNK 13 H UNK 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale31 B C UNK 13 H UNK 15 1_555 B N UNK 14 H UNK 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale32 B C UNK 14 H UNK 16 1_555 B N UNK 15 H UNK 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale33 B C UNK 15 H UNK 17 1_555 B N UNK 16 H UNK 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale34 B C UNK 16 H UNK 18 1_555 B N UNK 17 H UNK 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale35 B C UNK 17 H UNK 19 1_555 B N UNK 18 H UNK 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale36 B C UNK 18 H UNK 20 1_555 B N UNK 19 H UNK 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale37 B C UNK 19 H UNK 21 1_555 B N UNK 20 H UNK 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? covale ? covale38 F C UNK 1 N UNK 1 1_555 F N UNK 2 N UNK 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale39 F C UNK 2 N UNK 2 1_555 F N UNK 3 N UNK 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale40 F C UNK 3 N UNK 3 1_555 F N UNK 4 N UNK 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale41 F C UNK 4 N UNK 4 1_555 F N UNK 5 N UNK 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? covale ? covale42 F C UNK 5 N UNK 5 1_555 F N UNK 6 N UNK 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale43 F C UNK 6 N UNK 6 1_555 F N UNK 7 N UNK 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale44 F C UNK 7 N UNK 7 1_555 F N UNK 8 N UNK 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale45 F C UNK 8 N UNK 8 1_555 F N UNK 9 N UNK 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale46 F C UNK 9 N UNK 9 1_555 F N UNK 10 N UNK 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale47 F C UNK 10 N UNK 10 1_555 F N UNK 11 N UNK 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale48 F C UNK 11 N UNK 11 1_555 F N UNK 12 N UNK 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.356 ? covale ? covale49 F C UNK 12 N UNK 12 1_555 F N UNK 13 N UNK 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale50 F C UNK 13 N UNK 13 1_555 F N UNK 14 N UNK 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale51 F C UNK 14 N UNK 14 1_555 F N UNK 15 N UNK 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale52 F C UNK 15 N UNK 15 1_555 F N UNK 16 N UNK 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? covale ? covale53 F C UNK 16 N UNK 16 1_555 F N UNK 17 N UNK 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale54 F C UNK 17 N UNK 17 1_555 F N UNK 18 N UNK 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale55 F C UNK 18 N UNK 18 1_555 F N UNK 19 N UNK 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale56 F C UNK 19 N UNK 19 1_555 F N UNK 20 N UNK 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? covale ? covale57 F C UNK 20 N UNK 20 1_555 F N UNK 21 N UNK 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? covale ? covale58 F C UNK 21 N UNK 21 1_555 F N UNK 22 N UNK 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale59 F C UNK 22 N UNK 22 1_555 F N UNK 23 N UNK 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? covale ? covale60 F C UNK 23 N UNK 23 1_555 F N UNK 24 N UNK 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale61 F C UNK 24 N UNK 24 1_555 F N UNK 25 N UNK 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? metalc ? metalc1 D OD2 ASP 129 K ASP 129 1_555 M CU CU . K CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc2 D NE2 HIS 133 K HIS 133 1_555 M CU CU . K CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc3 D NE2 HIS 146 K HIS 146 1_555 M CU CU . K CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.844 ? metalc ? metalc4 E ND1 HIS 29 E HIS 29 1_555 N CU CU . E CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? metalc ? metalc5 E ND1 HIS 133 E HIS 133 1_555 N CU CU . E CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc6 E NE2 HIS 135 E HIS 135 1_555 N CU CU . E CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? metalc ? metalc7 G ND1 HIS 29 A HIS 29 1_555 O CU CU . A CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.825 ? metalc ? metalc8 G ND1 HIS 133 A HIS 133 1_555 O CU CU . A CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc9 G NE2 HIS 135 A HIS 135 1_555 O CU CU . A CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc10 H ND1 HIS 29 I HIS 29 1_555 P CU CU . I CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.903 ? metalc ? metalc11 H ND1 HIS 133 I HIS 133 1_555 P CU CU . I CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc12 H NE2 HIS 135 I HIS 135 1_555 P CU CU . I CU 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? metalc ? metalc13 I OD2 ASP 129 C ASP 129 1_555 Q CU CU . C CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc14 I NE2 HIS 133 C HIS 133 1_555 Q CU CU . C CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc15 I NE2 HIS 146 C HIS 146 1_555 Q CU CU . C CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? metalc ? metalc16 J OD2 ASP 129 G ASP 129 1_555 R CU CU . G CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc17 J NE2 HIS 133 G HIS 133 1_555 R CU CU . G CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc18 J NE2 HIS 146 G HIS 146 1_555 R CU CU . G CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.916 ? # _chem_comp.formula 'Cu 2' _chem_comp.formula_weight 63.546 _chem_comp.id CU _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'COPPER (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4PI0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008594 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005413 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005301 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 5 CU K 1 301 5 CU CU . N 5 CU E 1 501 2 CU CU . O 5 CU A 1 501 4 CU CU . P 5 CU I 1 501 1 CU CU . Q 5 CU C 1 301 6 CU CU . R 5 CU G 1 301 3 CU CU . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CU _atom_site.label_atom_id CU _atom_site.label_comp_id CU _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id N _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 8.268 _atom_site.Cartn_y 16.098 _atom_site.Cartn_z 38.932 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 53.82 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CU _atom_site.auth_comp_id CU _atom_site.auth_seq_id 501 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 42 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 84 _model_server_stats.query_time_ms 1103 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #