data_4PKD
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_model_server_params.name     atom_site 
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_entry.id    4PKD 
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.Z_PDB               4 
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#
_symmetry.entry_id                 4PKD 
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_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
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_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
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_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
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#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
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#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
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#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 C N N 
? 3 D N N 
? 3 E N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A O3' GTP 1 V GTP 59 1_555 A P G 2 V G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? 
metalc ? metalc1 A O4 U 34 V U 92 1_555 C MG MG . V MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? 
metalc ? metalc2 A O4 U 34 V U 92 1_555 D MG MG . V MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc3 A O6 G 45 V G 103 1_555 C MG MG . V MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? 
metalc ? metalc4 C MG MG . V MG 201 1_555 G O HOH . V HOH 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? 
metalc ? metalc5 C MG MG . V MG 201 1_555 G O HOH . V HOH 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? 
metalc ? metalc6 C MG MG . V MG 201 1_555 G O HOH . V HOH 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? 
metalc ? metalc7 C MG MG . V MG 201 1_555 G O HOH . V HOH 329 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? 
metalc ? metalc8 D MG MG . V MG 202 1_555 G O HOH . V HOH 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc9 D MG MG . V MG 202 1_555 G O HOH . V HOH 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc10 G O HOH . V HOH 308 4_548 E MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc11 G O HOH . V HOH 310 4_548 E MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc12 B O TRP 153 B TRP 154 1_555 E MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc13 E MG MG . B MG 301 1_555 H O HOH . B HOH 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 GTP 1 V GTP 59 1_555 A N3 C 22 V C 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 GTP 1 V GTP 59 1_555 A O2 C 22 V C 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 GTP 1 V GTP 59 1_555 A N4 C 22 V C 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 G 2 V G 60 1_555 A N3 C 21 V C 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 G 2 V G 60 1_555 A O2 C 21 V C 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 G 2 V G 60 1_555 A N4 C 21 V C 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 A 3 V A 61 1_555 A N3 U 20 V U 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N6 A 3 V A 61 1_555 A O4 U 20 V U 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 U 4 V U 62 1_555 A N1 A 19 V A 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O4 U 4 V U 62 1_555 A N6 A 19 V A 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N3 C 5 V C 63 1_555 A N1 G 18 V G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N4 C 5 V C 63 1_555 A O6 G 18 V G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O2 C 5 V C 63 1_555 A N2 G 18 V G 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N3 C 6 V C 64 1_555 A N1 G 17 V G 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N4 C 6 V C 64 1_555 A O6 G 17 V G 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O2 C 6 V C 64 1_555 A N2 G 17 V G 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N1 A 23 V A 81 1_555 A N3 U 55 V U 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N6 A 23 V A 81 1_555 A O4 U 55 V U 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N1 G 24 V G 82 1_555 A N3 C 54 V C 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N2 G 24 V G 82 1_555 A O2 C 54 V C 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O6 G 24 V G 82 1_555 A N4 C 54 V C 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N1 G 25 V G 83 1_555 A N3 C 53 V C 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N2 G 25 V G 83 1_555 A O2 C 53 V C 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O6 G 25 V G 83 1_555 A N4 C 53 V C 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N1 A 26 V A 84 1_555 A N3 U 52 V U 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N6 A 26 V A 84 1_555 A O4 U 52 V U 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog27 A N1 G 27 V G 85 1_555 A O2 U 51 V U 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog28 A O6 G 27 V G 85 1_555 A N3 U 51 V U 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N1 A 28 V A 86 1_555 A N3 U 50 V U 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N6 A 28 V A 86 1_555 A O4 U 50 V U 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_16_PAIR hydrog31 A N3 U 29 V U 87 1_555 A O4 U 49 V U 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_16_PAIR hydrog32 A O2 U 29 V U 87 1_555 A N3 U 49 V U 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N3 C 31 V C 89 1_555 A N1 G 48 V G 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N4 C 31 V C 89 1_555 A O6 G 48 V G 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O2 C 31 V C 89 1_555 A N2 G 48 V G 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N3 C 32 V C 90 1_555 A N1 G 47 V G 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N4 C 32 V C 90 1_555 A O6 G 47 V G 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O2 C 32 V C 90 1_555 A N2 G 47 V G 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N1 A 33 V A 91 1_555 A N3 U 46 V U 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N6 A 33 V A 91 1_555 A O4 U 46 V U 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog41 A N3 U 34 V U 92 1_555 A O6 G 45 V G 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog42 A O2 U 34 V U 92 1_555 A N1 G 45 V G 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_5_PAIR hydrog43 A N1 A 36 V A 94 1_555 A N6 A 43 V A 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_5_PAIR hydrog44 A N6 A 36 V A 94 1_555 A N7 A 43 V A 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4PKD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012466 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004773 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.015015 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011424 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 MG V 1 201 1 MG MG . 
D 3 MG V 1 202 2 MG MG . 
E 3 MG B 1 301 3 MG MG . 
F 4 IMD B 1 302 1 IMD IMD . 
G 5 HOH V 1 301 30 HOH HOH . 
G 5 HOH V 2 302 55 HOH HOH . 
G 5 HOH V 3 303 73 HOH HOH . 
G 5 HOH V 4 304 54 HOH HOH . 
G 5 HOH V 5 305 85 HOH HOH . 
G 5 HOH V 6 306 83 HOH HOH . 
G 5 HOH V 7 307 67 HOH HOH . 
G 5 HOH V 8 308 87 HOH HOH . 
G 5 HOH V 9 309 105 HOH HOH . 
G 5 HOH V 10 310 86 HOH HOH . 
G 5 HOH V 11 311 4 HOH HOH . 
G 5 HOH V 12 312 9 HOH HOH . 
G 5 HOH V 13 313 11 HOH HOH . 
G 5 HOH V 14 314 12 HOH HOH . 
G 5 HOH V 15 315 13 HOH HOH . 
G 5 HOH V 16 316 15 HOH HOH . 
G 5 HOH V 17 317 19 HOH HOH . 
G 5 HOH V 18 318 20 HOH HOH . 
G 5 HOH V 19 319 22 HOH HOH . 
G 5 HOH V 20 320 24 HOH HOH . 
G 5 HOH V 21 321 29 HOH HOH . 
G 5 HOH V 22 322 32 HOH HOH . 
G 5 HOH V 23 323 33 HOH HOH . 
G 5 HOH V 24 324 34 HOH HOH . 
G 5 HOH V 25 325 36 HOH HOH . 
G 5 HOH V 26 326 43 HOH HOH . 
G 5 HOH V 27 327 45 HOH HOH . 
G 5 HOH V 28 328 46 HOH HOH . 
G 5 HOH V 29 329 47 HOH HOH . 
G 5 HOH V 30 330 52 HOH HOH . 
G 5 HOH V 31 331 53 HOH HOH . 
G 5 HOH V 32 332 59 HOH HOH . 
G 5 HOH V 33 333 60 HOH HOH . 
G 5 HOH V 34 334 62 HOH HOH . 
G 5 HOH V 35 335 68 HOH HOH . 
G 5 HOH V 36 336 74 HOH HOH . 
G 5 HOH V 37 337 89 HOH HOH . 
G 5 HOH V 38 338 90 HOH HOH . 
G 5 HOH V 39 339 91 HOH HOH . 
G 5 HOH V 40 340 97 HOH HOH . 
G 5 HOH V 41 341 98 HOH HOH . 
G 5 HOH V 42 342 103 HOH HOH . 
G 5 HOH V 43 343 106 HOH HOH . 
G 5 HOH V 44 344 111 HOH HOH . 
H 5 HOH B 1 401 77 HOH HOH . 
H 5 HOH B 2 402 64 HOH HOH . 
H 5 HOH B 3 403 110 HOH HOH . 
H 5 HOH B 4 404 69 HOH HOH . 
H 5 HOH B 5 405 8 HOH HOH . 
H 5 HOH B 6 406 108 HOH HOH . 
H 5 HOH B 7 407 40 HOH HOH . 
H 5 HOH B 8 408 72 HOH HOH . 
H 5 HOH B 9 409 42 HOH HOH . 
H 5 HOH B 10 410 50 HOH HOH . 
H 5 HOH B 11 411 37 HOH HOH . 
H 5 HOH B 12 412 115 HOH HOH . 
H 5 HOH B 13 413 51 HOH HOH . 
H 5 HOH B 14 414 14 HOH HOH . 
H 5 HOH B 15 415 61 HOH HOH . 
H 5 HOH B 16 416 71 HOH HOH . 
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